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基于多级优化的真核生物基因结构预测 被引量：7

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摘要 基因结构预测对于发现新基因、了解基因组结构规律具有重要作用,是各类基因组计划的重要内容.但对于真核生物,现有基因预测方法的效果仍不理想.为探讨多级优化的真核生物基因结构预测方法,在将复杂的多基因结构预测问题划分为基因级(单外显子基因、多外显子基因)、元件级(外显子、内含子等)和特征级(功能位点信号、密码子使用偏好等)等多个层次上的一系列较简单子问题的基础上,通过从简单到复杂进行逐级优化的策略,建立了基因结构预测的多级模型,设计了基因结构寻优的动态规划算法,开发了真核生物基因结构预测系统GeneKey(1.0).用广泛采用的数据集对该系统进行测试的结果表明,GeneKey(1.0)的预测精度在核苷酸、外显子和基因水平上均高于著名系统GENSCAN.Gene-Key(1.0)已提供网上服务(http://infosci.hust.edu.cn).
作者 周艳红 杨雷 王卉 陆枫 万宏辉
机构地区 华中科技大学计算机科学与技术学院 华中科技大学生命科学与技术学院 Laboratory of Bioinformatics
出处 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第2期140-145,共6页 Chinese Science Bulletin
关键词 多级优化 真核生物 基因结构预测 DNA序列 蛋白质编码区
分类号 Q75 [生物学—分子生物学]
  • 相关文献

参考文献2

  • 1Burset M Guigó R.Evaluation of gene structure prediction programs[J].Genomics,1996,34(3):353-367.
  • 2Guigó R.Assembling genes from predicted exons in linear time with dynamic programming[J].J Comput Biol,1998,5(4):681-702.

同被引文献111

  • 1孙红卫,翁洋,朱允民.基因预测准确性的度量标准分析[J].四川大学学报（自然科学版）,2006,43(3):649-654. 被引量：2
  • 2童庆,郑浩然,王煦法.基于统计组合与特征分类的基因预测算法[J].中国科学技术大学学报,2006,36(11):1184-1189. 被引量：2
  • 3Freeze H HI Update and perspectives on congenital disorders of glycosylation[J]. Glyeobiology, 2001, 11(3) : 129-143.
  • 4Aebi M, Hennet T. Congenital disorders of glycosylation: genetic model systems lead the way [J]. Trends Cell Biol, 2001, 11(3): 136-141.
  • 5Schachter H. Congenital disorders involving defective N-glycosylation of proteins[J]. Cell Mol Life Sci, 2001, 58(8): 1 085-1 104.
  • 6Perez-Iratxeta C, Bork P, Andrade-Navarro M A. Update of the G2D tool for prioritization of gene candidates to inherited diseases[J]. Nucleic Acids Res,2007, 35(Web Server Issue) : W212-6.
  • 7Sprinzak E, Margalit H. Correlated sequence-signatures as markers of protein-protein interaction[J]. J Mol Biol, 2001, 311(4): 681-692.
  • 8Li Z R, Lin H H, Han L Y, et al. PROFEAT.. a web server for computing strtlctural and physicochemical features of proteins and peptides from amino acid sequence[J]. Nucleic Acids Res, 2006, 34(Web Server Issue) : W32-37.
  • 9Dubchak I, Muchnik I, Holbrook S R, et al. Prediction of protein folding class using global description of amino acid sequence[J]. Proc Natl Acad Sci U S A, 1999, 92(19): 8 700-8 704.
  • 10Dobson P D, Cai Y D, Stapley B J, et al. Prediction of protein function in the absence of significant se- quence similarity [J]. Curr Med Chem, 2004, 11(16): 2 135-2 142.

引证文献7

二级引证文献7

科学通报
2004年 第2期

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