长链非编码RNA作为竞争性内源RNA调控银屑病发展的机制研究

lncRNA as a competing endogenous RNA regulates development of psoriasis:a mechanistic study

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在银屑病中作为竞争性内源RNA(ceRNA)调控微小RNA(miRNA)和基因表达的临床与病理意义.方法 下载银屑病患者正常组织、非皮损组织、皮损组织3类60个样本的高通量测序数据(GSE63980),通过生物信息的研究方法构建了银屑病不同类型样本之间差异lncRNA-mRNA共表达网络.通过StarBase数据库下载miRNA、lncRNA和mRNA的靶向关系对,通过计算二者的皮尔森相关系数(r≥0.7,P<0.05)和共享miRNA靶点,构建了银屑病竞争性内源RNA(ceRNA)网络.利用文献证实的银屑病相关的miRNA、lncRNA、mRNA作为种子节点计算随机游走得分,筛选出银屑病相关的lncRNA,并对部分结果开展了GO(gene ontology)功能分析和KEGG通路分析,通过文献检索验证了部分lncRNA具有潜在的ceRNA关系.结果 识别了正常和皮损组织中显著差异的677个mRNA,356个lncRNA;正常和非皮损组织中显著差异的240个mRNA,77个lncRNA;皮损和非皮损组织中显著差异的612个mRNA,209个lncRNA.在共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有G蛋白偶联受体活性、DNA绑定、氮化合物代谢等,KEGG信号通路主要有嗅觉传导、味觉传导等.在ceRNA网络中的mRNA主要参与的GO通路有跨膜受体活性、信号受体活性等,KEGG信号通路主要有系统性红斑狼疮,自身免疫疾等.结论 GAS5与HOTAIR等多个lncRNA在银屑病不同样本中通过与基因竞争miRNA形成潜在的ceRNA关系,有望成为银屑病诊断,治疗的靶标.