感染性腹泻患者肠道菌群失衡特征分析

目的研究不同病原体感染造成的感染性腹泻患者肠道菌群失衡特征,以及拟杆菌属在维持肠道内环境稳态中的作用,为后续感染性腹泻的治疗提供新思路。方法采用三代全长16S rRNA扩增子方法,测定由病毒和细菌等病原感染引起的腹泻患者肠道菌群,同时与健康人群肠道进行对比分析。按照单一细菌感染、单一病毒感染、混合感染以及艰难梭菌感染等对腹泻患者进行分组和分析。结果拟杆菌在健康人群肠道环境中占据绝对的数量和丰度水平,而感染性腹泻患者的拟杆菌门/纲/目/科/属等各分类水平的相对丰度均有下降。α多样性分析结果显示不同组别之间无统计学差异;β多样性中,NMDS和PCoA分析显示健康对照组与感染性腹泻各组中形成了明显的不同聚类群。健康人群肠道菌群的多样性水平高于各感染性腹泻组。物种差异分析表明,由不同病原体感染造成的感染性腹泻患者具有各自不同的优势肠道菌群。单一病毒感染之后以双歧杆菌属作为其优势菌群;单一细菌感染之后以链球菌属为优势菌群;混合感染组中以拉氏梭菌属为优势菌群。艰难梭菌感染组中的埃希菌属和克雷伯菌属是该组中的优势菌群。同时,健康人群肠道中的优势菌群是拟杆菌属。COG功能预测结果显示,健康对照组与各感染组形成了明显不同的聚类群。感染性腹泻各组中的防御机制功能、细胞壁合成、蛋白修饰、细胞分化以及复制和重组等功能均明显降低。结论由不同病原感染造成的感染性腹泻患者出现不同程度的菌群失调特征,肠道菌群的多样性降低,并出现各自的优势菌群。同时,拟杆菌属在维持人体肠道内环境稳态中具有关键作用,为后续感染性腹泻的治疗和研究等领域提供了新的思路。

云南省2005年健康人群流脑带菌调查结果分析

目的了解云南省健康人群流行性脑脊髓膜炎(流脑)带菌状况和人群抗体水平,为流脑的预防控制提供依据。方法采用横断面调查,按整群抽样的方法,在流脑流行期对云南省5个县(市、区)9个不同年龄组健康人群分别采集咽拭子和血清样本。咽拭采样直接接种于巧克力营养琼脂平板,用常规培养法分离流脑双球菌;血清样本应用酶联免疫吸附试验(ELISA法),进行A群和C群流脑抗体检测。结果5个调查点咽拭和血清样本各采集979份,分离出脑膜炎奈瑟氏菌(Nm)14株,阳性率为1.43%;菌株鉴定结果以B群为主(8株),占57.14%,A群3株占21.43%,C群2株占14.29%,1889群检出1株,占7.14%;人群流脑抗体水平测定,A群抗体阳性数289份,阳性率为29.52%;C群抗体阳性数318份,阳性率为32.48%。结论云南省2005年健康人群流脑整体带菌水平相对较低,带菌菌群以B群为主,发现有A群和C群流脑带菌者;人群抗体水平不高,对流脑的免疫力较弱。因此,加强监测和按计划接种流脑多糖体菌苗仍是今后流脑防控工作的关键。

1995-2006年云南省狂犬病流行情况及防制对策

目的分析近年来云南省狂犬病流行特征,探讨发病率回升的因素及存在问题并提出相应的防制措施。方法对1995-2006年云南省狂犬病疫情报告、病例调查及监测资料进行分析。结果1995-2006年云南省狂犬病发病95例,死亡95例,病死率100%、除1995、1996、1998年3年无病例报告外,其余各年均有病例发生,发病呈逐年增长趋势,以5～10月份相对较多,占73.7%。全省有11个州(市)报告病例,其中文山、曲靖、德宏等3个州(市)是主要发病地区,集中了79%的病例。发病最多为农民(52.6%),其次是学生(23.2%);年龄最小的2岁,最大的65岁,男女性别比为25:1。病例以犬伤为主,70%以上未进行任何伤口处理和免疫接种。结论云南省狂犬病呈快速增长趋势。领导重视不够,犬只数量增多且缺乏监管,犬只免疫率极低,伤后大多未进行伤口处理和免疫接种等是狂犬病发病率回升的主要原因,今后应加强以上各方面的工作。

云南省非O1/O139群霍乱弧菌分子特征分析

目的非O1/O139群霍乱弧菌能够引起人类急性腹泻性疾病,但与O1群和O139群相比,人们往往容易忽视其危害性。因此,我们对分离于云南省的31株非O1/O139群霍乱弧菌开展了分子特征分析。方法采用纸片法(K-B)开展抗生素敏感试验;多聚酶链反应(PCR)扩增检测毒力基因;同时,我们对菌株进行了脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分析(MLST)分子分型研究。结果药敏实验结果显示,67.74%的菌株对利福平耐药,对萘啶酸和复方新诺明的耐药率为29.03%,所有的菌株对庆大霉素和环丙沙星敏感;PCR结果显示,所有菌株的ompW基因为阳性,87.10%的菌株hly基因为阳性,25.81%的菌株rstREl tor为阳性,16.13%的菌株rstRClassical和tcpAEl tor为阳性,而CT、rfbO1和rfbO139基因全为阴性;PFGE结果显示,31株非O1/O139群霍乱弧菌呈现出高度的离散趋势,几乎没有相同带型的菌株出现;在MLST结果分析中,发现了1个gyrB新的等位基因,mdh基因发现了4个新的等位基因,metE基因发现了6个新的等位基因,pntA中发现了2个新的等位基因,purM中发现了3个新等位基因,pyrC中发现了4个新等位基因。经过排列组合后,共发现了17个新的霍乱弧菌ST型别(ST273-ST289)。结论非O1/O139群霍乱弧菌呈现出高度的多样性特征,同时,云南省的非O1/O139群霍乱弧菌具有一定的地域特点,丰富了现有的霍乱弧菌分子分型数据库。

2002～2004年云南省流感监测结果分析

目的监测流感流行趋势,了解监测点正常人群流感的抗体水平。方法用鸡胚和MDCK细胞分离病毒,用血凝抑制试验半加敏法鉴定分离毒株和测定血清抗体。结果3年来云南省人群中流行的是A3型和B型流感毒株,正常人群对所有流感流行株抗体的总阳性率在15.33%～99.33%之间。结论不同型别的毒株表现出交替占优势的特征,人群流感抗体水平的消长与优势株的型别一致。

贵州、云南四县区居民伤寒、副伤寒防治知识、态度及行为调查

目的了解伤寒、副伤寒高发地区居民的伤寒、副伤寒防治知识、态度和行为现状，为在贵州、云南伤寒、副伤寒高发地区采取干预措施提供参考。方法采用多阶段随机整群抽样方法，在贵州省2县、云南省2县区共抽取96个村小组／居民小组的2400户家庭，每个抽中的调查户采用Kish表法进行调查对象抽样，调查员使用统一问卷调查伤寒、副伤寒相关知识、态度、行为情况。结果4县区居民伤寒、副伤寒知识总知晓率为：贵州开阳县7．87％，贵州平坝县15．04％，云南玉溪市红塔区35．92％，云南澄江县31．09％。云南两县区居民伤寒、副伤寒防治知识的总知晓率均高于贵州两县（P〈0．05）；4个区县均以“20-29岁”组人群总知晓率最高。不同文化程度居民伤寒、副伤寒相关知识、态度、行为存在差异（P〈0．05），文化程度越低，知识知晓率和行为正确率也越低。4区县居民喝生水的比例均较高，对采取何种措施预防伤寒、副伤寒的行为正确率较低。结论4个高发区县的居民普遍缺乏对伤寒、副伤寒疾病及防治知识的了解，在此地区人群中开展伤寒、副伤寒相关知识的健康教育很有必要，对农民、中小学生的健康教育模式需要进一步探讨。

云南省2005-2012年91株甲型副伤寒沙门菌病原学特征分析

目的通过对分离自云南省不同地区、不同年份的甲型副伤寒沙门菌进行病原学分析研究,弄清云南省甲型副伤寒的流行特征,为查明云南省甲型副伤寒高发原因提供科学依据。方法采用K-B纸片扩散法对所有菌株进行药物敏感试验;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对菌株进行分子分型研究。结果 91株甲型副伤寒沙门菌药敏试验结果表明,大多数菌株对常用多种抗生素敏感,但有部分地区的菌株出现三重及多重耐药。所有菌株的PFGE结果显示,91株甲型副伤寒沙门菌XbaI酶切结果可分为两个大的聚类群,而且经XbaI和Spe I双酶切证实云南省不同地区、年份分离的菌株具有较高的同源性关系。结论云南省的甲型副伤寒沙门菌具有2种类型的优势菌株,并且具有较高的同源性关系,提示云南省不同地区、年份的甲型副伤寒的流行可能具有相似的传播途径,而菌株的药敏试验结果则能给临床治疗提供用药参考依据。

2019年云南省文山州柯萨奇病毒A16型的基因特征

目的对云南省文山州2019年手足口病(hand,foot and mouth disease,hfmd)病原分离情况和14株柯萨奇病毒a16型(coxsackievirus a16,cv-a16)的基因特征进行分析。方法对文山州2019年hfmd实验室送到云南省疾病预防控制中心hfmd实验室的595份手足口病患者粪便标本进行病毒分离,并对分离到的74株肠道病毒(enterovirus,ev)vp1区基因进行扩增和测序定型,对cv-a16病毒进行基因特征和分子流行病学分析。结果共从595份标本中分离到74株ev,ev分离率为12.44%(74/595),其中a组病毒(enterovirus species a,ev-a)72株,占97.30%(72/74),ev-b组病毒2株,占2.70%(2/74),未分离到ev-c和ev-d组病毒。ev-a组病毒中,cv-a6病毒最多,共44株,占ev-a组分离数的61.11%(44/72),cv-a16次之,共14株,占ev-a组病毒的19.44%(14/72),ev-a109株,占12.50%(9/72)。基因进化分析表明,14株cv-a16均为b1基因亚型(subgenotype b1)。它们分为2个不同的进化分支(b1a和b1b),其中8株为b1a,6株为b1b。结论2019年文山州hfmd病原以cv-a6组为主,cv-a16次之。cv-a16病毒b1a和b1b两个分支同时在文山州流行。

昆明地区急性呼吸道感染病毒病原谱分析

目的了解昆明地区急性呼吸道感染病毒病原谱.方法采集急性呼吸道感染患者鼻、咽拭子,采用多重RT-PCR法进行15种呼吸道病毒病原体检测.结果 600例样本中检出病毒144株,阳性率24%,阳性率最高的是RSV(49/600,8.2%),依次是PIV(32/600,5.3%)、HRV(27/600,4.5%)和IFV(27/600,4.5%);不同年龄组呼吸道病毒感染情况不同,≤1岁年龄组病毒检出率最高(72/216,33.3%);不同季节呼吸道病毒感染情况也不同,其中第一季度病毒检出率最高(85/144,59%).结论 2011年昆明地区急性呼吸道感染的主要病原是RSV,患者中儿童检出率最高;第一季度的病毒检出率高于其他季度.

昆明市2008-2011年流行性感冒流行特征分析

[目的]了解2008-2011年昆明市流行性感冒流行特征,掌握其流行规律。[方法]对2008-2011年监测哨点医院流感样病例(ILI)及病原学监测数据进行回顾性分析。[结果]2008-2011年,昆明市ILI就诊百分比(ILI%)为3.20%;ILI构成以小年龄组人群为主,构成比随着年龄的增加而逐渐降低(χ2=246.592,P<0.001);甲型H1N1流感大流行期间的ILI%明显高于非大流行期间(χ2=688.95,P<0.001)。流感大流行时4年时间里累计检测了6095份标本,结果有480份病毒分离阳性;大流行期间的病毒阳性分离率明显高于非流行期间,小年龄组人群的采样数及病毒分离阳性数要高于大年龄组人群。云南省昆明市ILI就诊百分比的基线值为4.24%。[结论]2008-2011年监测数据呈现了典型流感流行特点:即通常情况下表现为流感的季节性、局部流行,当病毒抗原发生突变出现新亚型时则引起大流行。儿童、青少年是甲型H1N1流感的易感人群。

2006年云南省部分地区健康人群流脑带菌状况调查

目的了解云南省健康人群中脑膜炎奈瑟菌菌群变迁情况。方法采用横断面调查,按整群抽样的方法,流脑流行期在云南省3个地州6个年龄组健康人群分别采集咽拭子进行脑膜炎奈瑟菌的分离;用乳胶凝集、血清分型、生化试验对所分离到菌株进行鉴定。结果共采集1249份健康人群咽拭子,共分离出21株脑膜炎奈瑟菌(A群5株、B群8株、C群7株、1892群1株),阳性率为1.68%。结论云南省2006年健康人群流脑整体带菌水平相对较低,带菌菌群以B、C群为主。

A(H3N2)亚型流感病毒R292K和N294S突变位点TaqMan-MGB探针检测方法的建立

目的建立A（H3N2）亚型流感病毒R292K和N294S突变位点TaqMan-MGB探针检测方法．方法由NCBI获取的6株流感疫苗株及2012年～2015年本实验室分离的17株，共计23条A（H3N2）亚型毒株NA基因全序列．根据序列比对结果，特异性设计针对R292K和N294S突变位点的TaqMan-MGB探针及引物进行3重realtimeRT-PCR检测方法．使用倍比稀释的方法检测其敏感性．并利用临床标本，其他亚型流感及其他常见呼吸道病毒验证该方法的特异性．结果设计的TaqMan-MGB探针可以检测到107（1000copies）稀释度的对应模板，使用其他亚型流感病毒与常见呼吸道病毒验证该引物无交叉反应．通过对57份日常监测分离毒株进行检测，未发现耐药位点突变株．结论建立了A（H3N2）亚型流感病毒R292K和N294S突变位点TaqMan-MGB探针检测方法；验证了该引物探针具有较高的敏感性与特异性，具有实际应用潜力．

2020年云南省曲靖地区手足口病患儿柯萨奇病毒A6型VP1区基因特征分析

目的对2020年云南省曲靖地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)VP1区基因特征进行分析。方法(1)直接从HFMD病例粪便标本中提取人类肠道病毒(human enteroviruses,EVs)RNA,先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行逆转录-聚合酶链反应(Reverse-Transcription Polymerase Chian Reaction,RT-PCR)和测序,确定病毒型别,再用各型病毒的相关引物扩增VP1区全序并测序,按测序定型标准对EVs进行VP1区定型;(2)按文献下载基因库中CVA6病毒VP1区基因参考序列,用MEGA 5.2软件构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果2020年共从曲靖地区HFMD病例500份标本中检测到49株EVs,EVs阳性率为9.80%(49/500)。49株EVs中,A组病毒(enterovirus species A,EV-A)48份,占阳性总数的97.96%(48/49),B组病毒(enterovirus species B,EV-B)1份,占2.04%(1/49)。A组病毒共4个血清型,其中CV-A43株,占6.12%(3/49);CV-A636株,占73.47%(36/49);CV-A105株,占10.20%(5/49);CV-A164株,占8.16%(4/49)。B组病毒只检测到1株,一个血清型(CV-B4)。用MEGA 5.2软件对36株CV-A6病毒的VP1基因完整序列(915bp)和Yang Song、Mizuta K等发表的26株参考株序列共62株病毒作基因进化分析,曲靖地区36株均为D3a亚型。结论2020年云南省曲靖地区HFMD流行以CV-A6(占73.47%)为主。基因进化分析表明,跟以往中国内地的情况一样,云南省曲靖地区2020年流行的CV-A6为D3a基因亚型,加强CV-A6病毒的实验室和分子流行病学监测是今后曲靖地区乃至云南省HFMD监测的重要工作。

1998年～2008年澂江县伤寒、副伤寒疫情动态分析

[目的]了解澂江县伤寒、副伤寒的流行趋势,掌握其流行规律,为制定预防和控制伤寒、副伤寒的措施提供依据。[方法]对澂江县1998年～2008年伤寒、副伤寒资料进行统计分析。[结果]澂江县1998年～2004年伤寒、副伤寒发病率呈上升趋势,2004年达高峰;2004年～2008年呈下降趋势,年均发病率为119.48/10万;地区分布主要以坝区为主;季节分布集中在4月～8月份;人群分布以农民和学生为主;发病年龄主要集中在10岁～50岁组。[结论]及时发现和控制传染源、加强农村饮用水卫生的监测和管理力度、加强对重点人群的发热症状监测,并采取综合的防治手段,是控制澂江县伤寒、副伤寒流行的主要措施。

云南省1株分离自手足口病病例的新型肠道病毒EV-A89的分子生物学鉴定

目的对云南省1株从手足口病病例中分离得到的新型肠道病毒EV-A89进行分子生物学鉴定,并对其基因特征进行分析。方法对2022年1―12月云南省手足口病实验室监测网络收集的1448份手足口病病例粪便标本进行病毒分离,将经处理的便悬液接种于人横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞和人喉表皮样癌(human epidermoid carcinoma,Hep-2)细胞,在出现典型的细胞病变效应(cytopathic effect,CPE)后,采用反转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)对阳性分离物进行VP4/VP2结合区序列和VP1区基因扩增,对扩增产物进行基因测序(Sanger法)。用Sequencher5.4.5软件对测序图谱进行拼接和编辑,分别得到病毒VP4/VP2结合区序列和VP1区序列。对病毒株VP4/VP2结合区序列和VP1区序列进行序列鉴定,得到1株EV-A89(标本编号:B36)。用Mega 5.2软件的邻位相接法(neighbor jorning method)和Kimura 2参数法(Kimura 2 parameter)构建B36株病毒的基因进化树。结果1448份手足口病病例粪便标本中,共分离得到126株病毒。对病毒株VP4/VP2结合区和VP1区序列鉴定,得到1株EV-A89。VP4/VP2结合区的序列同源性分析表明,该病毒最接近分离自新疆的1株EV-A89病毒(KSYPH-TRMH22F-XJ-CHN-2011,KT277550,以下简称KSYPH-TRMH22F),二者的核苷酸(nucleotide,nt)相似性为100.00%,氨基酸(amino acid,aa)同源性为100.00%;该病毒与EV-A89原型株BAN00-10359-BAN-2000(基因库编号:AY697459)的核苷酸相似性为93.82%,氨基酸同源性为99.38%;在VP1区,该病毒也最接近分离自新疆的EV-A89病毒KSYPH-TRMH22F;该病毒与KSYPHTRMH22F的核苷酸相似性为99.66%,氨基酸同源性为98.99%;该病毒与EV-A89原型株BAN00-10359的核苷酸相似性为97.90%,氨基酸同源性为98.31%。结论在云南省2022年手足口病病例中检测到1株EV-A89病毒,该病毒为肠道病毒A组的一种新型病毒。

艰难梭菌CysE和CysK蛋白的克隆、表达与生物信息学分析

目的生物信息学分析艰难梭菌半胱氨酸合成蛋白CysE和CysK的理化性质、三维结构和蛋白互作信息,并进行两个蛋白的体外克隆表达和纯化。方法采用ProtParam对CysE和CysK蛋白进行理化性质预测,TMHMM进行跨膜结构域分析,SignalP分析蛋白信号肽,SWISS-MODEL预测二者的三维结构,STRING分析蛋白互作信息。将cysE和cysK目的基因片段分别克隆到pET-32a和pET-28a载体,融合His标签通过大肠埃希菌表达系统来表达目的蛋白,并进行表达纯化测试。结果CysE蛋白共有196氨基酸(AA),无跨膜区,信号肽序列为无,疏水性一般,有2个无序性片段。CysK蛋白共有302 AA,无跨膜区,信号肽序列为无,疏水性一般,有5个无序性片段。两个蛋白共产生α螺旋、β片层、β转角和无规卷曲4种二级结构。CysE的二级结构共由5个α螺旋、15个β片层、10个β转角和19个无规卷曲组成;CysK的二级结构共由15个α螺旋、16个β片层、16个β转角和26个无规卷曲组成。蛋白互作预测结果显示,CysE与CysK涉及菌株的蛋白合成和代谢途径,主要是半胱氨酸的合成途径、甲硫氨酸的合成以及硫代谢途径等。重组表达载体pET-32a-cysE和pET-28a-cysK构建成功,对蛋白诱导表达条件进行优化后,进行SDS-PAGE电泳。结果显示,两个蛋白的分子量分别为CysE 38 ku和CysK 34 ku,二者的纯度大于85%。最终得到的CysE重组蛋白浓度为0.8 mg/mL,CysK重组蛋白的浓度为1 mg/mL。结论本研究对艰难梭菌CysE和CysK的蛋白进行了生物信息学分析,并成功构建和表达了CysE与CysK重组蛋白,为进一步探索二者对于艰难梭菌致病性的相关机制提供了基础。

2021年云南省两地区手足口病病原构成及柯萨奇病毒B2型VP1区基因特征分析

目的对2021年云南省曲靖市和文山州两地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原构成及检测到的6株柯萨奇病毒B组2型(coxsackievirus B2,CVB2)VP1区基因特征进行分析,为今后手足口病及CVB2感染的防控提供科学依据。方法对2021年1—12月云南省曲靖市和文山州收集到的手足口病病例粪便标本开展肠道病毒实时荧光定量反转录聚合酶链反应(real-time quantitative reverse transcription PCR,real-time qRT-PCR)检测,并对结果为其他肠道病毒(非EV-A71及非CVA16)的标本进行VP1区核酸序列测定。按文献下载CVB2病毒VP1基因代表株参考序列,用Mega 5.2软件进行基因特征分析,用邻位相接法构建系统进化树,所用模式为Kimura二参数置换法(Kimura 2-parameter substitution model)。结果2021年云南省曲靖市和文山州共收集手足口病病例粪便标本1164份,经real-time qRT-PCR检测,检出肠道病毒阳性标本927份,阳性率为79.64%(927/1164),其中EV-A71型109份,占9.36%(109/1164);CV A16型343份,占29.47%(343/1164);其他肠道病毒475份,占51.24%(475/927)。对其他肠道病毒进行基因测序,鉴定出6株CVB2(曲靖市2株、文山州4株),占比为1.26%(6/475),基因特征分析结果表明6株CVB2病毒属于基因型D中的分支2。结论2021年云南省曲靖市和文山州的手足口病病例标本中其他肠道病毒阳性检出率最高,两地区均检出CVB2病毒,且同为D基因型中的分支2,提示在今后手足口病病原监测中应加强对其他肠道病毒的分型分析,以便全面了解手足口病的病原构成,为科学防控提供依据。

云南省2022年手足口病病例中2株埃可病毒11型VP1区基因特征分析

目的对云南省2022年从手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中分离到的2株埃可病毒11型(echovirus 11,E11)进行分子生物学鉴定并对它们的VP1区基因特征进行分析。方法对2022年云南省手足口病实验室监测网络收集到的手足口病病例粪便标本进行病毒分离,对阳性标本先进行VP4/VP2结合区逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)和基因测序定型,再对VP4/VP2结合区初步定型的标本进行VP1区RT-PCR和测序,用MEGA 7.0软件构建病毒VP1区基因进化树,进行基因特征分析。结果2022年从云南省手足口病病例粪便标本中检测到2株E11病毒,VP1区基因序列同源性分析结果表明,2株病毒最接近3株在欧洲葡萄膜炎(uveitis)病例中分离的病毒。本研究分离的2株病毒与欧洲3株病毒之间核苷酸相似性(nucleotide,nt)和氨基酸(amino acid,aa)同源性分别为84.37%(差异率15.63%)和95.21%(差异率4.79%)。云南2株和E11原始株(Silva)之间的核苷酸相似性为80.03%(差异率为19.97%),氨基酸同源性为93.50%(差异率6.50%),与原型株(Gregory)的核苷酸相似性为76.95%(差异率23.05%),氨基酸同源性为88.02%(差异率11.98%)。本次云南分离的2株E11为D5亚型。结论2022年云南省手足口病实验室检测到的2株E11为D5亚型,是目前云南和整个中国最为流行的基因亚型。应进一步加强对非脊灰肠道病毒(non-polio enteroviruses,NPEVs)和非EV-A71、非CVA16等手足口病中“其他肠道病毒”(other enteroviruses)尤其是E11病毒的分子生物学检测。

2023年云南省首例猴痘确诊病例的流行病学调查与处置

目的 描述2023年云南省首例猴痘确诊病例的发病过程、流行病学特征和疫情处置过程,为猴痘疫情防控提供参考依据。方法 对疑似病例及相关人员开展现场流行病学调查。采集病例咽拭子、丘疹表面擦拭子、疱疹液等样本,应用实时荧光定量聚合酶链式反应对标本进行猴痘病毒核酸检测、基因测序等。结果 病例于2023年6月16日在云南省外发生多次高风险暴露行为,6月22日出现生殖器部位瘙痒伴皮疹,乏力、肌痛。其咽拭子、肛拭子、尿道口分泌物、疱疹液均检出猴痘病毒核酸阳性,基因测序结果显示,病例感染的猴痘病毒属西非系B.1.3分支。病例的6名密切接触者中,1人检出猴痘病毒核酸阳性,为有同性性行为者。采集患者床单、被套,卫生间毛巾等6份环境标本,其中1份卧室床单标本为阳性。结论 综合流行病学调查和实验室结果,该猴痘确诊病例系国内本土感染引起,需密切关注猴痘疫情的发展趋势,加强健康教育,同时加强监测和预警系统的建设,做好猴痘疫情监测和防控准备工作。

云南省2022年手足口病病例中柯萨奇病毒B5型VP1区基因特征分析

目的对云南省2022年从手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中分离到的7株CVB5病毒进行分子生物学鉴定并对它们的VP1区基因特征进行分析。方法对2022年云南省手足口病实验室监测网络收集到的病例粪便标本进行病毒分离,对阳性标本先进行VP4/VP2结合区逆转录聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)和基因测序分型,再对VP1区进行RT-PCR和测序,用MEGA 7.0软件构建病毒VP1区基因进化树,进行基因特征分析。结果2022年云南省共从HFMD病例粪便标本中检测到7株CVB5病毒,基于VP1区基因序列同源性分析表明,该7株病毒最接近2010年分离于河南省1株CVB5病毒COXB5-Henan-2010,7株病毒之间的核苷酸相似性为98.00%~99.65%,氨基酸同源性为99.30%~100%;7株病毒与河南株的核苷酸相似性为87.36%~88.68%,氨基酸同源性为82.96%~84.85%。基因进化分析表明,CVB5可分为4个基因型(基因型A~D),云南分离株属于基因型C并单独成为一个进化分支。4个基因型之间的核苷酸差异率为18.90~22.30%,大于75%,符合肠道病毒基因分型惯例。结论云南省手足口病实验室检测网络2022年共检测到7株CVB5,虽然数量不多,但证明该病毒是HFMD的病原体之一并在云南省HFMD病例中存在,且单独为一个进化分支。应进一步加强对非EV-A71和非CVA16等其他肠道病毒尤其是CVB5的检测和分子流行病学分析。