2021—2022年度云南省流感监测系统运转情况及质量评价

目的对2021—2022年度云南省流感监测系统运转情况进行分析并开展质量评价,发现各哨点医院及网络实验室在流感监测工作中存在的问题并及时整改,提升全省流感监测工作质量。方法从“中国流感监测信息系统”下载2021—2022年度全省所有国家级网络实验室和哨点医院流感样病例(ILI)监测数据,利用描述流行病学方法,对流感样病例报告情况、核酸检测及病毒分离鉴定结果,暴发疫情信息等进行分析。参照《全国流感监测工作质量评估方案(2017版)》,对全省流感监测工作质量进行评估。结果全省哨点医院流感样病例占门急诊病例总数比例(ILI%)平均值为1.49%,与前2个监测年度基本持平。ILI核酸阳性率9.74%,流行优势株为BV系,占89.63%。全省共报告49起流感暴发疫情,主要集中在12月份,疫情以中小学为主。94.74%的哨点医院能完整上报ILI数据,78.95%的哨点医院标本采集数量能达到方案要求,70.59%的网络实验室能将90%以上的标本及时进行检测,69.09%的流感毒株能在30d内及时送检。100%的网络实验室具备流感核酸检测能力并保证结果的准确性。结论全省流感监测工作持续推进,但部分哨点医院存在数据缺报、漏报、报告不及时、标本采集数不够等问题,部分网络实验室标本检测及时率不高,送检毒株数未达到国家要求,鸡胚分离流感病毒能力有待进一步提升。部分州(市)对暴发疫情的处置工作未严格按照国家要求开展。各地应针对存在的问题采集有效措施,进一步提升全省流感监测工作质量,力争各项监测指标达到或超过监测方案要求。

2016年至2018年云南省住院严重急性呼吸道感染病例监测结果分析

目的探讨云南省住院严重急性呼吸道感染(SARI)病例流行病学、临床和流感病原学变化特征。方法对2016年1月至2018年12月云南省哨点医院监测到的SARI病例进行流行病学和临床特征调查,并采集咽拭子标本开展流感等呼吸道病毒检测。结果2016年1月至2018年12月,云南省哨点医院SARI病例占同期住院病例的1.20%(717/59917)。检出流感核酸阳性率为4.60%(33/717)。随机抽取的流感阴性SARI病例中,检出其他呼吸道病毒感染阳性率为23.81%(30/126),主要包括呼吸道合胞病毒、副流感病毒和偏肺病毒等。SARI病例主要来源于呼吸内科和儿内科,以青壮年和婴幼儿为主。流感确诊病例以青壮年儿童和老年人为主。并发症主要包括肺炎、呼吸衰竭和急性呼吸窘迫综合征等。SARI病例和确诊流感病例均主要集中于冬春季。SARI%和ILI%变化趋势相似。结论SARI监测作为流感样病例(ILI)监测的有效补充,建议加强呼吸道传染病防控知识的健康宣教,对重点人群推广接种流感疫苗,开展呼吸道多病原检测。

云南省2017年—2018年流感监测结果分析

目的了解云南省2017年—2018年流行性感冒的流行特征,为防控流感提供科学依据。方法收集2017年—2018年流感监测的流感样病例监测资料、病原学监测资料和暴发疫情信息进行统计分析。结果云南省2017年—2018年流感监测哨点医院流感样病例(ILI)就诊百分比(ILI%)为1.45%,14岁以下人群占65.09%,期间共检测22489份ILI的咽拭标本,流感病毒核酸阳性率16.68%(3751/22489);分离到流感病毒1670株,甲型H1N1型703株(42.10%),季H3型351株(21.02%),BV型305株(18.26%),BY型305株(18.26%),待定型6株(0.36%)。ILI%和流感病毒核酸检测阳性率为正相关,相关系数为0.905(P<0.01),两组数据变化趋势相同。2017年—2018年共报告暴发疫情31起,29起发生在学校和幼托机构。结论2017年—2018年云南流感发病呈现秋冬季峰型,2017年冬季云南省流感活动水平总体较2016年同期略有升高但低于全国同期的平均水平,病例的增加可能由多年未成为优势毒株的BY型成为优势毒株,人群缺乏免疫屏障所致。流行病学监测和疫情监测提示青少年儿童是流感防控的重点人群,学校、托幼机构等集体单位为流感防控的重点场所。病原学监测结果显示,2017年—2018年云南流感病毒分离主要呈现秋冬季峰型,分离出来的病原呈现逐渐交替循环的规律。ILI%和核酸阳性率变化趋势是相同的,ILI%监测作为一种非特异性监测,实时性强,其明显波动可作为流感流行的重要提示。

云南省1株基孔肯雅毒株全基因组序列测定及特征分析

目的对1例缅甸输入基孔肯雅热病例血清标本进行病毒分离及全基因组测序,分析其基因特征。方法采用real-time RT-PCR方法对标本进行检测,分离培养后获得毒株,对病毒核酸扩增后的产物进行全基因组测序,使用DNAStar 7.1软件对测序结果进行拼接,Mega5.0软件对序列进行比对和系统发生树构建。结果病例血清标本核酸检测显示CHIKV阳性,经分离培养获得CHIKV毒株(YN0627株),全基因组测序得到其序列,YN0627全长为11586 nt,其基因结构符合CHIKV的基因特征。系统进化分析显示,YN0627与东中南非洲遗传谱系(East,Central and South African Lineage,ECSA)的其他流行株聚集在一起,属于ECSA谱系。YN0627的编码区与参考序列相比,核苷酸同源性为85.24%~99.96%,氨基酸同源性为95.34%~99.97%,结构蛋白编码区域有28个氨基酸变异位点。结论云南省输入性CHIKV-YN0627属于ECSA谱系,且观察到多个氨基酸位点突变,提示云南省应当加强对CHIKV的监测和研究。

传统工艺之兴,取之于人

终身之计,莫如树人。可见,人才是关键。2020年11月,"2020第五届传统工艺青年论坛"在江苏省苏州市隆重举办。论坛以"自然·人文·可持续发展"为主题,通过主题演讲、分组研讨、圆桌论坛、交流座谈等形式,聚焦非遗可持续发展及传统工艺振兴事业,鼓励优秀青年非遗传承人、传统工艺批评与策划青年人才、传统工艺设计与创新青年人才等3类传统工艺青年人才的成长、交流与合作。

云南省2019年首次发现的G基因型腮腺炎病毒全基因组序列特征

目的分析云南省首次发现的G基因型腮腺炎病毒(Mumps virus,MuV)分离株全基因组序列特征。方法对云南省2019年1起流行性腮腺炎(流腮)暴发疫情中流腮病例采集咽拭子标本进行MuV核酸检测、分离培养和全基因组序列测定,构建全基因组和SH基因序列系统进化树,分析分离株核苷酸同源性和氨基酸差异。结果共获得4株MuV分离株全基因组序列,均为G基因型,SH基因序列完全一致,与中国其他省份G基因型分离株的同源性为91.47%-98.04%。4株分离株基因组全长为15358-15384个核苷酸,在蛋白编码区域无氨基酸差异;与中国S79疫苗株相比,核苷酸同源性为94.58%-94.59%,在7个编码蛋白上存在3个(M蛋白)至34个(HN蛋白)氨基酸差异,在HN和N蛋白已知抗原相关位点上分别有12个位点和8个位点出现氨基酸变异。结论云南省2019年首次发现的G基因型MuV与疫苗株相比全基因组序列存在一定差异;需持续开展MuV分子流行病学监测。

云南省2022年3株H5N6禽流感病毒的分离鉴定及其血凝素和神经氨酸酶基因特征分析

目的对活禽市场环境中检出的3份H5N6亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)标本进行测序鉴定和基因特征分析,为预防人感染H5N6亚型AIV提供依据。方法通过实时荧光定量PCR确定病毒型别,采用二代测序方法对病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因序列进行测序。使用NCBI中BLAST模块进行比对,用Mega7.0软件构建进化树并进行基因特征分析。结果3份H5亚型阳性标本经测序鉴定为H5N6亚型AIV,属于Clade2.3.4.4支系。病毒的HA蛋白存在6个连续碱性氨基酸(LRERRRKRGL,其中R,K为碱性氨基酸);病毒HA蛋白的受体结合位点238~240位氨基酸是QRG(氨基酸排序以H3-HA为准),受体特征为禽源;NA蛋白第69~73位点氨基酸未出现茎缺失。结论环境中3份H5亚型AIV核酸阳性病毒鉴定为新型H5N6亚型AIV,属于高致病AIV,但具有不容易感染人的受体结合特征。活禽市场中持续存在H5N6病毒,对人类健康和公共卫生存在威胁,需要继续加强监测。

云南省2016-2018年流行性感冒监测分析

目的分析2016-2018年云南省流行性感冒(流感)监测结果,探讨云南省流感流行特征,为云南省流感防控提供科学依据。方法利用描述流行病学方法,对2016-2018年云南省19个哨点医院监测到的流感样病例(influenza like illness, ILI)的流行病学特征、病毒分离鉴定结果、暴发疫情信息进行分析。结果 2016-2018年云南省哨点医院ILI占门急诊病例总数的百分比(ILI%)分别为1.38%(60 292/4 381 852)、 1.45%(71 734/4 945 164)和1.31%(66 729/5 078 609),年平均ILI%为1.38%(198 755/14 405 625),3个监测年度ILI%走势基本一致,不同州市、科室ILI报告情况有较大差异。2016-2017年优势株为B型流感病毒Victoria系(BV),占36.15%(355/982),2017-2018年、2018-2019年优势株均为甲型H1N1,分别占42.67%(632/1 481)、70.32%(732/1 041)。2016-2017、2017-2018、2018-2019监测年度毒株分离率分别为4.54%、6.55%、4.87%,差异有统计学意义(χ^(2)=101.49,P<0.001)。5~<15岁患者的毒株分离率较高(7.38%,1 011/13 706)。暴发疫情主要发生在小学(55.71%,39/70)和初中(30.00%,21/70),德宏州、玉溪市、大理州分别占暴发疫情的40.00%(28/70)、17.14%(12/70)、15.71%(11/70),不同年度各州(市)暴发疫情构成比差异无统计学意义。结论 2016-2018年云南省冬春季是流感高发季,优势株由2016年的BV系转为2017-2018年的甲型H1N1型。暴发疫情主要集中在小学和初中,部分州(市)暴发疫情居高不下,提示学校应在流感流行季加强疫情监测和报告,做好流感疫苗接种宣传工作。疫情高发地应做好暴发疫情的调查和处置,认真落实哨点医院监测、实验室检测等各项工作,控制暴发疫情发生。

云南省一起人感染H7N9禽流感疫情调查分析

目的对2017年6—7月云南省一起人感染H7N9禽流感疫情进行调查分析,为进一步防制人禽流感提供科学依据。方法对患者、密切接触者和活禽市场开展流行病学调查,并采集病例呼吸道标本和外环境标本进行检测分析。结果 2017年6—7月云南省文山壮族苗族自治州文山市共报告人感染H7N9禽流感确诊病例5例,分别为流感样病例监测2例、不明原因肺炎加强监测2例和密切接触者调查1例,其中女性3例、男性2例,中位年龄34(4.5～55)岁,4例病例发病前有活禽市场暴露史;5例病例发病至首诊平均时间为2 d,入院3 d,确诊9 d,抗病毒治疗7 d;对病例采取隔离治疗、密切接触者医学观察、阳性活禽市场休市等综合措施后,疫情得到有效控制。结论医疗机构加强流感样病例监测和不明原因肺炎监测是及时发现人禽流感病例的重要手段。活禽交易市场定期消毒与休市为降低感染率的关键措施。

HSV-1衣被蛋白UL7基因的克隆及其在病毒增殖中的表达分析

目的：原核表达并纯化单纯疱疹病毒1型（HSV-1）UL7蛋白,免疫小鼠制备多克隆抗体,初步分析UL7蛋白在HSV-1增殖过程中的表达特点。方法 PCR方法扩增UL7基因,构建原核表达质粒pGEX-5X-1-UL7,转化到E. coli BL21（DE3）中,经IPTG诱导表达,获得并纯化GST-UL7重组蛋白,将其作为抗原免疫ICR小鼠制备抗UL7多克隆抗体。间接法ELISA检测抗体效价,Western blot检测抗体的特异性,使用该多克隆抗体对HSV-1病毒感染Vero细胞后不同时间点的UL7蛋白表达量进行检测。结果 GST-UL7重组蛋白在E. coli BL21（ DE3）中高效表达,间接法ELISA检测抗UL7抗体效价可达1∶105以上。 Western blot试验证明抗UL7多克隆抗体可以特异性识别UL7蛋白。在HSV-1病毒感染Vero细胞后的不同时间点均检测到了UL7蛋白的表达。结论成功获得GST-UL7融合蛋白,且制备了抗UL7蛋白的多克隆抗体,利用该抗体初步确定了UL7蛋白在HSV-1增殖过程中的不同时间点均有表达。

2018—2019年昆明地区严重急性呼吸道感染病例病原学分析

目的通过分析昆明市住院严重急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection,SARI)病例病毒病原谱构成及其流行病学特征,为SARI临床诊治及预防控制提供病原学依据。方法实时荧光定量PCR的方法检测多种呼吸道病毒,结果采用软件SPSS20.0进行统计分析。结果2018年1月至2019年3月共检测了291份SARI病例咽拭子标本,检测出86份阳性标本,阳性率达29.55%。检出率最高的单病原分别为人甲型流感病毒(11.34%)、人偏肺病毒(3.44%)及人呼吸道合胞病毒(3.09%),有6份标本出现了两种病毒的混合感染,混合感染率为2.06%。男性病例病毒检出率高于女性病毒检出率(χ^2=6.183,P=0.013),2~5岁年龄组病例病毒检出阳性率最高,呼吸道病毒检出阳性高峰在第4季度和第1季度,病毒阳性组和病毒阴性组的比较,除咳痰(χ^2=5.107,P=0.024)及流涕(χ^2=4.683,P=0.030)两个症状外,其余临床症状及体征、并发症和基础疾病在两组间差异均不具有统计学意义。结论2018—2019年流感病毒为昆明市SARI病例最主要的感染病原体,检出的病原体在不同年龄段、季节有一定的流行规律。

云南省境外输入新冠病毒感染者中呼吸道病原体混合检出情况分析

目的了解云南省境外输入新冠病毒感染者中新型冠状病毒与常见呼吸道病原体的混合检出情况,为新冠疫情中多重感染的治疗和应对提供科学依据。方法随机选取采样日期从2021年4月18日至2022年4月24日的云南省境外输入新冠病毒感染者标本74份,使用呼吸道病原体微流体芯片技术(TaqMan array cards,TAC)对41种常见的呼吸道病原体进行筛查。结果56份检出一种或多种呼吸道病原体,其中流感嗜血杆菌检出率最高,不同病原体间的阳性率差异具有统计学意义(χ^(2)=235.790,P<0.05)。EB病毒(χ^(2)=6.358,P=0.038)和人疱疹病毒6型(χ^(2)=5.044,P=0.049)在不同的疾病严重程度分组中检出率差异有统计学意义。肠道病毒(χ^(2)=7.843,P=0.041)在不同的年龄分组中检出率差异有统计学意义。结论在本研究中,75.68%(56/74)的新冠病毒感染者检测到一种或多种呼吸道病原体,较高的检出率可能归因于年龄组、疾病严重程度、检测方法以及时空差异。

2016-2017年云南省禽类相关外环境禽流感病毒监测结果分析

目的对2016—2017年度云南省5类场所禽流感病毒监测结果进行分析,了解禽流感病毒分布情况,同时评估人感染禽流感病毒的风险,为云南省禽流感防控工作提供依据。方法选取全省16个市(州)共139个监测点,采集6类环境标本827份,采用荧光定量PCR方法对标本进行甲型及H5、H7、H9亚型流感病毒检测,χ2检验用于结果分析,同时对甲型流感阳性标本进行病毒分离及亚型鉴定工作。结果 827份外坏境标本中,共检出甲型流感阳性样本221份,阳性率26.27%,H5亚型阳性5份,阳性率0.60%,H9亚型阳性182份,阳性率22.00%,H5、H9亚型混合阳性7份,阳性率0.85%,甲型未分型27份,阳性率3.26%。不同地区之间甲型流感病毒阳性率差异有统计学意义(χ2=122.043,P<0.001),位居前3的依次为文山州(70.00%)、保山市(58.49%)和怒江州(47.83%);鸡胚分离到禽流感病毒亚型有H5N1、H5N2、H9N2等,其中H9N2毒株107株,占95.53%,H5N2毒株2株,H5N6毒株2株,各占1.79%,H5N1毒株1株占0.89%;不同监测场所之间甲型流感病毒阳性率差异有统计学意义(χ2=127.920,P<0.001),其中以城乡活禽市场环境禽流感病毒阳性率高,活禽批发市场次之;不同标本类型之间甲型流感病毒阳性率差异有统计学意义(χ2=51.689,P<0.001),其中清洗禽类的污水阳性最高,宰杀或摆放禽肉案板表面的擦拭标本次之。结论云南省外环境中禽流感病毒以H9亚型为主,H5亚型少量存在,混合感染多见,应积极采取综合性预防控制措施。

2016年云南省哨点医院标本流感病毒流行病学调查及血凝素基因特征分析

了解2016年度云南省哨点医院标本流感病毒的流行情况及其血凝素基因分子特征。对哨点医院采集的22 514份标本使用real-time RT-PCR方法筛选阳性,MDCK细胞进行病毒分离,SPSS软件进行统计分析。选取其中各亚型流感病毒共43株进行基因测序,使用MEGA5.0软件分析其血凝素基因特征。2016年共检出阳性标本1 310份（阳性率为5.82%）,全年有两个流行高峰。甲型H1N1亚型流感病毒属于6B.2和6B.1分支;H3亚型流感病毒主要为3C.2a分支;Bv型流感病毒为1A和1B支系,By型则均属于Yamagata 3支系。部分毒株发生糖基化位点数量改变。2016年云南省流感病毒主要以Bv亚型为主,By、H3与甲型H1N1共流行的流行特点。各亚型流感病毒HA基因未发生明显变异,疫苗株仍具有保护作用。应继续加强流感监测,控制流感流行风险。

2018—2021年昆明地区呼吸道感染病毒谱变化分析

目的了解2018—2021年昆明市呼吸道感染病毒谱变化。方法采集2018—2021年昆明市2家综合性医院和1家儿童医院流感样病例咽拭子标本,运用实时荧光定量PCR的方法对流感病毒、人腺病毒、人呼吸道合胞病毒、人鼻病毒、人博卡病毒、人偏肺病毒、人副流感病毒、人冠状病毒等14种常见呼吸道病毒检测,并对疫情前和流行期间的检测数据进行比较分析。结果2018—2021年共采集、检测标本12302份,检出阳性标本2600份,总阳性率为21.13%。新冠疫情前阳性检出率为25.91%,显著高于流行期间的阳性检出率16.18%(χ^(2)=174.35,P<0.05),其中Flu和HAdV检出率分别下降75.36%和45.31%,而HRV和229E检出率分别升高72.22%和350%。疫情期间男女病例、50岁以下各年龄段病毒总检出率均低于疫情前。结论新冠病毒的流行和相应防控措施的实施,对昆明地区常见呼吸道病毒的流行趋势产生影响,多种呼吸道病毒的监测具有重要意义。

2018—2019年昆明市发热呼吸道综合征患者人呼吸道腺病毒的初步基因分型及流行特征分析

目的了解2018—2019年云南省昆明市人呼吸道腺病毒(human adenovirus, HAdV)流行病学特征及其基因分型特征,为下一步防控工作提供科学依据。方法对云南省2018年1月1日—2019年12月31日昆明市6家哨点医院收集的650份发热呼吸道综合征监测病例标本进行实时逆转录-聚合酶链反应(real-time reverse transcription polymerase chain reaction, real-time RT-PCR)并筛选腺病毒阳性样本,使用Hep-2细胞对阳性标本进行病毒分离,用SPSS 20.0软件对数据进行统计学分析。对成功分离的腺病毒毒株进行hexon基因片段测序,使用MEGA5.0进行序列分析。结果 650份发热呼吸道综合征病例样本中共检测出50份腺病毒阳性,阳性检出率为7.69%(50/650)。经分离培养成功获得24株腺病毒毒株,分离率为48.00%(24/50)。其中1型占8.33%(2/24),2型占16.67%(4/24),3型占33.33%(8/24),5型占8.33%(2/24),7型占29.17%(7/24),未分型占4.17%(1/24)。男性腺病毒阳性检出率为8.27%(31/375),女性腺病毒阳性检出率为6.91%(19/275),不同性别阳性检出率差异无统计学意义(χ^(2)=0.412,P=0.554);鼻咽拭子腺病毒阳性检出率为7.13%(41/575),支气管肺泡灌洗液、痰液阳性检出率为12.00%(9/75),不同样本类型阳性检出率差异无统计学意义(χ^(2)=2.216,P=0.163);各年龄组阳性检出率差异有统计学意义(χ^(2)=12.347,P=0.006),最高的为<5岁年龄组(10.26%,35/341);9种不同职业间阳性检出率差异有统计学意义(χ^(2)=17.896,P=0.022),最高的职业类型是幼托儿童(13.10%,22/168);不同类型医院阳性检出率差异有统计学意义(χ^(2)=20.467,P<0.01),非综合医院(13.28%,36/271)高于综合医院(3.69%,14/379);不同发病月份阳性检出率差异有统计学意义(χ^(2)=7.872,P=0.049),夏季最高(13.19%,12/91),其次是秋季(9.66%,17/176)。结论 2018—2019年云南省昆明市腺病毒感染人群主要以5岁以下幼托儿童为主,随着年龄的上升,阳性检出率降低,检出高峰在夏季,非综合医院阳性检出率高于综合医院。

云南省陇川县本土新冠疫情溯源和病毒基因组变异解析

2021年7月14日,云南省陇川县报告了新型冠状病毒肺炎(COVID-19)本土疫情。为了阐明本次德宏州陇川县本土疫情的感染来源和SARS-CoV-2变异情况,我们收集疫情期间采集的9例陇川疫情本土病例和2例陇川境外病例标本进行新冠病毒全基因组测序。通过一系列比较基因组学分析,发现9例陇川疫情本土病例和2例陇川境外病例病毒株基因组序列高度同源,均属Delta变异株(B.1.617.2进化分支),在系统发育树上单独成簇,为同一传播链。9例陇川疫情本土病例和2例境外病例病毒株基因组序列共享38个SNP突变位点和13个缺失。9例本土病例中的4例病毒株均额外增加了1个共享的SNP突变位点,其中2例本土病例病毒株新产生9个核苷酸缺失。这些病毒株S蛋白均发现L452R、T478K、P681R等可能影响病毒传播和免疫逃逸能力的关键性变异位点。该研究表明本次陇川疫情的暴发与发病前14天内德宏州陆路口岸输入病例以及瑞丽2021年7月14日疫情本土病例并无关联性,提示病毒传染源可能来自境外人员。因此,应持续加强边境从业人员和抵边村寨边民的病毒核酸检测以及本土/输入病例基因组变异规律的深入挖掘和监测。

2017年云南省外环境禽流感监测结果分析

目的通过分析云南省2017年外环境禽流感监测结果,为禽流感防控工作提供科学依据。方法采用real-timePCR方法对标本进行流感病毒A型、H5、H7、H9亚型检测,数据分析使用SPSS21.0软件。结果2017年云南省共采集外环境标本5692份,流感病毒检出总阳性率为25.07%。活禽批发市场阳性率最高,为38.19%,5类监测场所的禽流感病毒阳性率差异有统计学意义(χ2=732.02,P<0.01)。不同标本类型检测结果显示,清洗禽类污水标本的病毒阳性率最高,达43.33%,不同标本类型的病毒阳性率差异有统计学意义(χ2=319.67,P<0.01)。保山市阳性率最高(48.00%),大理州最低(11.11%),云南省16个州(市)病毒阳性率差异有统计学意义(χ2=336.29,P<0.01)。结论云南省外环境禽流感病毒阳性率较高,型别多样,活禽批发市场和城乡活禽市场应作为重点监测场所,预防禽流感病毒从禽、环境到人的传播。

奥密克戎BA.2引起的12起云南省边境地区本土疫情首例病例新冠病毒基因特征分析

目的了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征, 分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫情首例病例基本信息及标本, 应用全基因组测序技术进行病毒基因序列测定, 通过在线分析平台和软件, 判断病毒型别, 分析病毒突变情况, 结合流调内容, 推测疫情病毒感染来源。结果 12起云南省边境地区本土疫情首例病例职业较多样, 且活动区域均未离开过当地。Pangolin分型结果显示12起疫情SARS-CoV-2基因组均属Omicron (BA.2)变异株, 其中各2起疫情SARS-CoV-2基因组进一步分属BA.2.10和BA.2.3.2进化分支。全基因组核苷酸突变分析表明, 有十起疫情首例病例病毒基因序列存在1个及以上数目的特有核苷酸突变位点, 结合流行病学调查内容, 提示12起疫情可能均存在不同的病毒感染来源。进一步分析氨基酸突变发现, 病例间基因序列除具备进化分支代表性突变位点外, 还具有特有的氨基酸突变位点(如S:E1188D), 其影响同样值得关注。序列系统发育树分析结果与Pangolin分型及突变分析结果相吻合。结论 12起云南本土疫情可能存在各自不同的病毒感染来源, 这提示云南省边境地区疫情极具复杂性和挑战性。加强重点人群范围及核酸筛查频次, 跟踪监测病毒变异规律, 对疫情精准防控具有重要指导意义。

2022年9月云南省镇康县一起新型冠状病毒 感染疫情溯源分析

目的调查2022年9月云南省镇康县新型冠状病毒感染本土疫情的感染来源和病毒变异情况。方法 收集疫情期间采集的9例本土病例和3例境外病例的标本进行新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组测序。通过基因组学分析,结合流行病学调查内容,明确病毒基因组变异情况及感染来源。结果来自9例本土病例的病毒株属Omicron变异株BA.5.2和BA.5.2.20进化分支,形成独立的两条传播链,均与境外病例病毒株基因组序列高度同源。结合流行病学调查,提示可能与直接或间接接触境外病毒感染病例有关。BA.5.2和BA.5.20基因型毒株基因组序列共享53个氨基酸错义突变和11个氨基酸缺失突变,各自具备其代表性氨基酸突变位点。在S蛋白上均发现HV69~70del、L452R、T478K、R493Q回复突变、F486V等可能影响病毒传播力和免疫逃逸能力的关键性变异位点。同时研究发现,S:K147T、S:M1237V、ORF1a:M85del等其他特征性突变位点,其功能作用值得进一步研究。结论本次疫情有2个境外病毒感染源,提示云南省边境地区疫情的复杂性和长期性。因此,边境地区仍要提高监测预警敏感性,不断有方向性地追踪病毒变异动态,以期提高SARS-CoV-2感染防控工作的科学性和精准性。