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基于全基因组重测序研究文昌鸡产蛋性能的影响因素 被引量:2
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作者 任钰为 陈星 +8 位作者 林燕宁 黄潇仙 洪玲玲 王峰 孙瑞萍 张艳 刘海隆 郑心力 晁哲 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期502-514,共13页
旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征,深入理解影响产蛋性能的因素,为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康文昌鸡(35周龄,15公,20母)和30只健康江汉鸡(35周龄,10公,20母)的血液组织各3 mL提取DNA,采用全基因组重测序方法建库... 旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征,深入理解影响产蛋性能的因素,为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康文昌鸡(35周龄,15公,20母)和30只健康江汉鸡(35周龄,10公,20母)的血液组织各3 mL提取DNA,采用全基因组重测序方法建库测序。首先,对于原始测序数据用trimmomatic软件过滤,获得高质量序列比对到鸡的参考基因组,GATK软件提取变异位点SNPs,设置参数质控去除低质量、假阳性变异位点,进一步采用snpEff对过滤的SNPs进行基因结构和功能注释。然后,比较文昌鸡和江汉鸡的群体结构差异,分别设置评估群体差异参数Fst、ROD、Tajima′s D的阈值,筛选受到选择的区域,并对这些区域的基因进行功能富集。结果表明:1)文昌鸡测序获得1.05 Tb clean data,平均每个样本大约29.97 Gb,测序深度大约28×;江汉鸡测序获得1.10 Tb clean data,每个样本大约36.72 Gb,测序深度大约35×;平均比对率>98%。2)两个群体基因结构注释总数均是内含子>基因间区>上下游调控区>编码区;系统进化树和主成分分析显示文昌鸡和江汉鸡亲缘关系较远;文昌鸡的连锁不平衡程度低于江汉鸡。3)与产蛋性能相关基因的功能富集结果主要包括3种必须氨基酸(缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸)代谢途径、钙离子沉积、金属肽酶抗氧化、肾上腺素和催乳素受体活性等功能,而且这些通路的基因都位于受到强烈选择的区域。综上所述,影响文昌鸡产蛋性能的因素主要包括必须氨基酸代谢、矿物质沉积和抗氧化、性腺激素分泌,这3个因素在进化过程中都受到强烈选择,对产蛋性能发挥重要调控作用。从进化分子遗传学角度研究鸡的产蛋机理,不但能够促进理解文昌鸡产蛋性能的进化特征,而且有助于加速高产蛋鸡品种或品系的培育。 展开更多
关键词 文昌鸡 全基因组重测序 遗传选择 产蛋性能 影响因素
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五指山猪MYH基因家族结构变异对背最长肌肌纤维性状的影响
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作者 任钰为 王峰 +6 位作者 孙瑞萍 张艳 刘海隆 林燕宁 洪玲玲 黄潇仙 晁哲 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期4912-4924,共13页
旨在通过探究五指山猪背最长肌MYH基因家族结构变异(SVs)对背最长肌肌纤维性状的影响,为深入理解肌纤维生长规律和分子机制提供基础。研究对象为五指山猪,采用大白猪作为对照组。屠宰前一周将3头五指山猪(4月龄母猪,平均体重14.2 kg)和... 旨在通过探究五指山猪背最长肌MYH基因家族结构变异(SVs)对背最长肌肌纤维性状的影响,为深入理解肌纤维生长规律和分子机制提供基础。研究对象为五指山猪,采用大白猪作为对照组。屠宰前一周将3头五指山猪(4月龄母猪,平均体重14.2 kg)和3头大白猪(4月龄母猪,平均体重58.0 kg)饲养在相同的环境中,饲喂充足的食物和水,所有猪饥饿处理24 h之后屠宰。采集6头猪背最长肌组织,提取完整DNA,PacBio平台建库测序,每个样本测序大约40 Gb,测序数据与参考基因组(Sscrofa 11.1)比对,使用Sniffles和PBSV软件的默认参数检测SVs,过滤条件:50 bp≤SVs≤10 kb;提取每头猪背最长肌总RNA,转录组测序,计算基因表达量;统计五指山猪和大白猪SVs在染色体上分布位置和数目,比较五指山猪相对于大白猪SVs差异,筛选五指山猪特异性SVs,构建五指山猪MYH基因家族系统发育树,预测结构域,分析MYH基因表达量与肌纤维指标相关性。结果表明:1)五指山猪共有7个特异性MYH基因,主要分布在第3、5、6、12、13号染色体,第12号染色体包含3个MYH基因;2)系统进化树显示,五指山猪7个MYH基因分化为2个分支,分别编码非肌肉肌球蛋白和肌肉肌球蛋白,MYH9与MYH11基因、MYH1与MYH4基因同源性最高;7个MYH基因都包含结构域Motor domain,5个MYH基因包含结构域Myosin-N,MYH基因头部结构域(Myosin-N和Motor domain)相对保守,中间和尾部结构域差异较大;其中五指山猪MYH1、MYH4和MYH9基因包含SVs而大白猪没有SVs,皮尔森系数统计表明,MYH基因是否包含SVs可能与基因表达量相关;综合转录组测序和Q-PCR试验,检测这3个MYH基因的表达量与肌纤维指标相关性,MYH1基因表达量与肌纤维密度和数量正相关,MYH4基因表达量与肌纤维密度和数量负相关,MYH9基因表达量与肌纤维密度负相关,与直径正相关。综上所述,五指山猪第12号染色体上特异性MYH基因最多;MYH基因家族主要分化为非肌肉肌球蛋白和肌肉肌球蛋白2个分支;MYH蛋白头部结构域相对保守,中间和尾部结构域差异可能是造成MYH基因家族分化的主要原因;MYH1、MYH4和MYH9基因表达量均与肌纤维密度相关,可能通过调控背最长肌肌纤维密度影响肌肉生长发育。本研究不仅扩展了肌纤维生长发育的分子机制相关内容,也为优化结构变异有关的遗传育种模式提供借鉴。 展开更多
关键词 五指山猪 肌纤维 结构变异 蛋白结构域 相关性
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巴戟天多糖对文昌鸡生长性能、血清免疫和抗氧化指标及免疫器官发育的影响
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作者 吴蔚 孙瑞萍 +9 位作者 刘杰 刘圈炜 刘宇航 张艳 欧阳坤 赵桂苹 张旭丽 王秀萍 魏立民 张浩洁 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期3847-3856,共10页
【目的】本试验通过研究饲粮中添加巴戟天多糖(Morinda officinalis polysaccharide,MOP)对文昌鸡生长性能、血清免疫和抗氧化指标及免疫器官发育的影响,旨在为MOP在肉鸡生产中得到深入应用提供参考依据。【方法】选取6日龄体重相近、... 【目的】本试验通过研究饲粮中添加巴戟天多糖(Morinda officinalis polysaccharide,MOP)对文昌鸡生长性能、血清免疫和抗氧化指标及免疫器官发育的影响,旨在为MOP在肉鸡生产中得到深入应用提供参考依据。【方法】选取6日龄体重相近、健康的雌性文昌鸡600只,随机分为5组,每组8个重复,每个重复15只鸡,对照组鸡饲喂基础饲粮,试验组鸡分别在基础饲粮中添加250、500、1000和2000 mg/kg的MOP,试验期40 d。在试验第1、40天分别称重,试验期间以重复为单位记录采食量和剩料量,计算平均日增重(ADG)、平均日采食量(ADFI)和料重比(F/G);在试验第40天每重复选取1只试验鸡采血,屠宰后采集胸腺、脾脏、法氏囊并称重,测定血清生化指标、抗氧化指标和免疫指标,并测定免疫器官指数。【结果】与对照组相比,①饲粮中添加不同水平的MOP对文昌鸡的终末体重、ADG和ADFI无显著影响(P>0.05),但250 mg/kg MOP组的F/G显著提高(P<0.05),其余试验组F/G无显著变化(P>0.05)。②250 mg/kg MOP组文昌鸡血清免疫球蛋白G(IgG)含量、500 mg/kg MOP组血清IgM含量均显著提高(P<0.05);500和1000 mg/kg MOP组血清丙二醛(MDA)含量显著降低(P<0.05);2000 mg/kg MOP组血清谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活性显著提高(P<0.05)。③500、1000和2000 mg/kg MOP组文昌鸡法氏囊指数均显著提高(P<0.05)。【结论】饲粮中添加250及500 mg/kg MOP可提高文昌鸡血清免疫球蛋白含量,添加500、1000和2000 mg/kg MOP可改善文昌鸡血清抗氧化指标,促进免疫器官法氏囊的生长发育。本试验中,MOP添加量以500 mg/kg为宜。 展开更多
关键词 巴戟天多糖 文昌鸡 生长性能 免疫 抗氧化
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巴戟天多糖对文昌鸡肠道形态、肠道免疫屏障功能和盲肠微生物的影响
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作者 吴蔚 孙瑞萍 +5 位作者 刘圈炜 刘杰 刘宇航 张艳 张浩洁 魏立民 《饲料研究》 CAS 北大核心 2024年第12期27-33,共7页
试验旨在研究饲粮中添加巴戟天多糖(Morinda officinalis polysaccharide,MOP)对文昌鸡肠道形态、肠道免疫屏障功能和盲肠微生物的影响。选取6日龄健康雌性文昌鸡600只,随机分为5组,每组8个重复,每个重复15只鸡。对照组饲喂基础饲粮,各... 试验旨在研究饲粮中添加巴戟天多糖(Morinda officinalis polysaccharide,MOP)对文昌鸡肠道形态、肠道免疫屏障功能和盲肠微生物的影响。选取6日龄健康雌性文昌鸡600只,随机分为5组,每组8个重复,每个重复15只鸡。对照组饲喂基础饲粮,各试验组分别在基础饲粮中添加250、500、1000、2000 mg/kg的MOP。试验期40 d。结果表明:与对照组相比,各试验组十二指肠和空肠绒毛高度/隐窝深度均显著提高(P<0.05),500、1000、2000 mg/kg MOP组回肠绒毛高度/隐窝深度显著提高(P<0.05);250、500、1000 mg/kg MOP组十二指肠紧密连接蛋白Occludin mRNA相对表达量显著提高(P<0.05),1000、2000 mg/kg MOP组十二指肠肿瘤坏死因子-α(TNF-α)mRNA相对表达量显著降低(P<0.05);250、500 mg/kg MOP组盲肠观测物种数和Ace指数显著提高(P<0.05);各试验组Shannon指数均显著上升(P<0.05);2000 mg/kg MOP组的Simpson指数显著提高(P<0.05);250、500、1000 mg/kg MOP组的Chao1指数均显著增加(P<0.05)。各试验组盲肠弯曲杆菌门相对丰度均显著降低(P<0.05),1000、2000 mg/kg MOP组文昌鸡盲肠另枝菌属相对丰度显著降低(P<0.05),有益菌副拟杆菌属相对丰度显著提高(P<0.05);2000 mg/kg MOP组链球菌相对丰度显著降低(P<0.05);250、2000 mg/kg MOP组拟杆菌属相对丰度显著降低(P<0.05),CHKCI001菌属相对丰度显著提高(P<0.05)。研究表明,在文昌鸡的饲粮中添加适量MOP可改善肠道黏膜形态,提高十二指肠紧密连接蛋白Occludin mRNA表达量,降低炎症因子TNF-αmRNA表达量,增加盲肠微生物Alpha多样性和均匀度,增加肠道有益菌含量,促进肠道健康,MOP添加量以500 mg/kg为宜。 展开更多
关键词 巴戟天多糖 文昌鸡 肠道形态 肠道屏障 盲肠微生物
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木薯在家禽饲粮中应用的研究进展
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作者 郭琪琪 魏立民 +5 位作者 刘宇航 吴蔚 欧阳坤 薛琛璐 孙瑞萍 刘圈炜 《饲料研究》 CAS 北大核心 2024年第8期161-164,共4页
随着我国集约化家禽养殖业的迅速发展,家禽饲料原料的需求量迅速增加。但谷物饲料的短缺及持续居高的价格使家禽饲料生产行业亟须探寻更为廉价的能量替代饲料。木薯具有产量高、富含淀粉和纤维、能值较高等特点,在家禽养殖中可替代玉米... 随着我国集约化家禽养殖业的迅速发展,家禽饲料原料的需求量迅速增加。但谷物饲料的短缺及持续居高的价格使家禽饲料生产行业亟须探寻更为廉价的能量替代饲料。木薯具有产量高、富含淀粉和纤维、能值较高等特点,在家禽养殖中可替代玉米或其他能量饲料。木薯产品的有效利用已被证明可降低家禽生产中的饲料成本。但木薯的利用受许多因素的限制,如低蛋白质以及抗营养因子,使用正确的加工及科学的配方可以提高木薯在家禽饲粮中的添加水平。文章综述木薯的营养特性、饲料化利用方式及在家禽饲粮中的应用研究,为木薯在家禽饲粮中的应用提供参考。 展开更多
关键词 木薯 营养特性 家禽 饲粮
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屎肠球菌细胞外囊泡对小鼠生长性能、肠道形态和粪便菌群的影响
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作者 孙军航 罗梅英 +4 位作者 李素倩 冯鑫 张辉华 孙瑞萍 柒启恩 《广东农业科学》 CAS 2024年第5期135-143,共9页
【目的】探究屎肠球菌细胞外囊泡(Enterococcus faecium extracellular vesicles,Efm-EV)对小鼠生长性能、免疫、肠道形态和粪便菌群的影响,为屎肠球菌作为微生物饲料添加剂在动物生产中的推广应用提供理论依据。【方法】将20只雄性C57B... 【目的】探究屎肠球菌细胞外囊泡(Enterococcus faecium extracellular vesicles,Efm-EV)对小鼠生长性能、免疫、肠道形态和粪便菌群的影响,为屎肠球菌作为微生物饲料添加剂在动物生产中的推广应用提供理论依据。【方法】将20只雄性C57BL/6小鼠随机分为对照组和试验组,每组10个重复,每个重复1只小鼠。试验期为5 d,试验组小鼠每隔1 d灌胃含有500 μg的 Efm-EV悬液,每只灌胃150 μL;对照组小鼠灌胃等量PBS溶液。记录小鼠每天的采食量、试验开始和结束时的体重,计算小鼠的平均日增重、平均日采食量、料重比。【结果】与PBS处理相比,Efm-EV处理小鼠的终末体重 、平均日增重、平均日采食量、料重比没有显著变化。Efm-EV处理小鼠的血清IgA和IgG水平与PBS处理小鼠相比显著下降(P<0.05),而小鼠血清IL-10水平显著提升(P<0.05),TNF-α无显著变化。与PBS处理相比,Efm-EV处理小鼠十二指肠绒隐比显著提高(P<0.05),而小鼠十二指肠绒毛高度、隐窝深度,空肠和回肠的绒毛高度、隐窝深度、绒隐比无明显变化。灌胃Efm-EV处理小鼠粪便菌群在门水平上提高了厚壁菌门(Firmicutes)的细菌数量,降低了拟杆菌门(Bacteroidetes)的细菌数量;在科水平上提高了毛螺菌科(Lachnospiraceae)的丰度,降低了Muribaculaceae科的丰度;在属水平上显著提高了小鼠瘤胃球菌科UCG009 (Ruminococcaceae UCG 009)的丰度(P<0.05)。【结论】灌胃Efm-EV能够提高小鼠机体的抗炎水平,改善小鼠十二指肠形态结构,提高瘤胃球菌科UCG009的相对丰度。 展开更多
关键词 屎肠球菌 细胞外囊泡 小鼠 肠道形态 粪便菌群 免疫
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屎肠球菌对五指山断奶仔猪肠道健康及微生物群落的影响
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作者 薛新宇 孙军航 +2 位作者 柒启恩 孙瑞萍 张浩洁 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期2924-2937,共14页
本试验旨在研究屎肠球菌对五指山断奶仔猪肠道健康及微生物群落的影响及对断奶应激的缓解作用。试验选取初始体重为(3.79±0.24) kg的33日龄五指山未断奶仔猪18头,随机分为对照组、断奶组和屎肠球菌组,每组6头(公母各占1/2)。对照... 本试验旨在研究屎肠球菌对五指山断奶仔猪肠道健康及微生物群落的影响及对断奶应激的缓解作用。试验选取初始体重为(3.79±0.24) kg的33日龄五指山未断奶仔猪18头,随机分为对照组、断奶组和屎肠球菌组,每组6头(公母各占1/2)。对照组仔猪不进行断奶处理,在33日龄时灌喂20 mL磷酸盐缓冲液(PBS),并饲喂母乳至38日龄;断奶组仔猪33日龄时灌喂20 mL PBS,35日龄断奶,并饲喂饲粮至38日龄;屎肠球菌组仔猪33日龄时灌喂20 mL屎肠球菌(灌喂量为1×109CFU/kg BW),35日龄断奶,并饲喂饲粮至38日龄。38日龄时,将所有试验猪进行屠宰,并测定其肠道形态、酶活性及微生物群落。结果表明:1)在各组初始体重一致的情况下,断奶组仔猪终末体重出现下降,而对照组和屎肠球菌组仔猪终末体重均有所提高。2)与对照组相比,断奶组仔猪十二指肠、空肠和回肠绒毛高度、绒毛宽度和绒毛表面积均极显著降低(P<0.01),十二指肠隐窝深度显著提高(P<0.05),十二指肠绒毛高度/隐窝深度(V/C)值极显著降低(P<0.01)。与断奶组相比,屎肠球菌组仔猪十二指肠、空肠和回肠绒毛高度、绒毛宽度和绒毛表面积均极显著提高(P<0.01),十二指肠隐窝深度显著降低(P<0.05),十二指肠V/C值极显著提高(P<0.01)。3)与对照组相比,断奶组仔猪十二指肠和回肠β-半乳糖苷酶活性显著降低(P<0.05),屎肠球菌组空肠和回肠α-淀粉酶活性显著或极显著提高(P<0.05或P<0.01)。与断奶组相比,屎肠球菌组仔猪十二指肠β-半乳糖苷酶活性显著提高(P<0.05)。与对照组和断奶组相比,屎肠球菌组仔猪各肠段脂肪酶活性均极显著提高(P<0.01)。4)与断奶组相比,屎肠球菌组仔猪回肠Chao1指数显著提高(P<0.05)。与对照组相比,断奶组仔猪回肠中变形菌门相对丰度明显提高,回肠中厚壁菌门相对丰度明显降低。与断奶组相比,屎肠球菌组仔猪回肠中厚壁菌门和罗姆布茨菌属相对丰度明显提高,结肠中乳杆菌属相对丰度明显提高,结肠中拟杆菌门相对丰度明显降低。综上所述,断奶前灌喂屎肠球菌菌液可通过改善五指山断奶仔猪肠道形态及菌群结构,并通过提高其肠道相关酶活性,缓解断奶对仔猪的负面影响,进而促进断奶仔猪健康生长。 展开更多
关键词 屎肠球菌 断奶应激 肠道健康 肠道菌群
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PRLR基因外显子10多态性与西农萨能奶山羊产奶性能的相关分析 被引量:10
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作者 孙瑞萍 王利心 +4 位作者 朱广琴 王建刚 宋宇轩 梁昭义 曹斌云 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1654-1660,共7页
设计4对引物,采用PCR-SSCP技术检测催乳素受体(PRLR)基因外显子10在西农萨能奶山羊群上的单核苷酸多态性,同时研究该基因对其产奶性能的影响。结果表明:引物P2、P3与P4扩增片段具有多态性,P1的扩增片段不存在多态性。应用P2扩增片段,在... 设计4对引物,采用PCR-SSCP技术检测催乳素受体(PRLR)基因外显子10在西农萨能奶山羊群上的单核苷酸多态性,同时研究该基因对其产奶性能的影响。结果表明:引物P2、P3与P4扩增片段具有多态性,P1的扩增片段不存在多态性。应用P2扩增片段,在西农萨能奶山羊中仅检测到AA和AB基因型,纯化测序表明AA与AB基因型相比有2处突变,C27T的突变没有导致氨基酸变化,第189处的碱基缺失导致氨基酸由组氨酸变为酪氨酸和苏氨酸。AA和AB基因型之间产奶量的最小二乘均值差异显著(P<0.05),AA基因型在各胎次产奶量和平均产奶量等指标上均高于AB基因型,其中第3胎的产奶量达到显著水平(P<0.05);应用P3扩增片段,在西农萨能奶山羊中检测到3种基因型(CC、CD、DD),纯化测序表明CC与DD基因型相比有2处突变(C103A和T106C),分别导致氨基酸由赖氨酸变为苏氨酸、苏氨酸变为异亮氨酸;3种基因型之间产奶量的最小二乘均值差异不显著(P>0.05)。应用P4扩增片段,在西农萨能奶山羊中也只检测到EE和EF基因型,纯化测序表明EE与EF基因型相比有1处突变(A114G),该突变导致氨基酸由蛋氨酸变为缬氨酸;EE和EF基因型之间产奶量差异显著(P<0.05)。EE基因型的个体各胎次产奶量均比EF型高,其中在第3、4胎产奶量和前4胎平均产奶量3项指标上都达到显著水平(P<0.05)。研究结果提示:PRLR基因对奶山羊产奶量有显著影响,因此认为PRLR基因外显子10位点可作为奶山羊高产奶量的标记辅助选择的有效分子标记。 展开更多
关键词 西农萨能奶山羊 PCR—SSCP 催乳素受体基因 产奶性能
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基于RNA–Seq五指山猪背最长肌基因表达差异分析 被引量:4
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作者 孙瑞萍 魏立民 +6 位作者 王峰 晁哲 刘海隆 郑心力 刘圈炜 黄丽丽 邢漫萍 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期193-197,共5页
为完善五指山猪基因结构和发掘新基因,采用转录组测序(RNA–Seq)技术对6、8月龄五指山猪背最长肌组织转录组进行分析。经过质量控制,分别得到65 683 578条(6月龄)和65 464 156条(8月龄)有效序列;与猪基因组比对后发现,转录本序列分别为2... 为完善五指山猪基因结构和发掘新基因,采用转录组测序(RNA–Seq)技术对6、8月龄五指山猪背最长肌组织转录组进行分析。经过质量控制,分别得到65 683 578条(6月龄)和65 464 156条(8月龄)有效序列;与猪基因组比对后发现,转录本序列分别为20 102、25 719个;通过与各数据库进行序列对比,功能基因分别有18 206、18 374个;朋6、8月龄五指山猪样品中预测的新转录本分别有687、737个,长度为180~14 884 bp,新转录本最少的仅含有1个外显子,而最长的包含40个外显子;新预测的可变剪接分别有28 670、32 940个,内含子保留(intron retention,IR)模型在6月龄五指山猪中的数量最多,而在8月龄猪中却以外显子跳跃(skipped exon,SE)剪切模型为主;对6 932个(6月龄)和7 110个(8月龄)基因结构进行优化,分别有2 785、2 950个基因3'端发生了延伸,4 147、4 160个基因5'端发生了延伸;分别筛选出103 250个(6月龄)和110 545个(8月龄)SNP位点,均以转换型SNP位点数量居多。 展开更多
关键词 五指山猪 基因表达 基因结构 可变剪接 新转录本
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GHR基因exon 9和exon 10多态性与西农萨能奶山羊产奶性能的相关分析 被引量:3
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作者 孙瑞萍 王利心 +4 位作者 朱广琴 王建刚 宋宇轩 梁昭义 曹斌云 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期70-74,共5页
针对GHR基因exon 9和exon 10设计了2对引物,采用PCR-SSCP技术检测该基因这2个位点在西农萨能羊群上的单核苷酸多态性,同时研究其对产奶性能的影响。结果表明:exon 9具有多态,exon 10不存在多态性。Exon 9位点在西农萨能山羊中检测到NN型... 针对GHR基因exon 9和exon 10设计了2对引物,采用PCR-SSCP技术检测该基因这2个位点在西农萨能羊群上的单核苷酸多态性,同时研究其对产奶性能的影响。结果表明:exon 9具有多态,exon 10不存在多态性。Exon 9位点在西农萨能山羊中检测到NN型和NT型,纯化测序发现有1个SNP位点,NN型与NT型相比在该片段第241 bp处有1个G→T的突变;NN和NT基因型之间产奶量的最小二乘均值差异显著(P<0.05):NN基因型在各胎次产奶量和平均产奶量等指标上均好于NT基因型,其中在第3胎的产奶量和第4胎产奶量2项指标上都达到显著水平(P<0.05)。研究结果提示:GHR基因exon 9对奶山羊产奶量有显著影响,因此认为GHR基因exon 9位点可作为奶山羊高产奶量的标记辅助选择的有效分子标记。 展开更多
关键词 西农萨能奶山羊 PCR—SSCP GHR基因 产奶性能 EXON
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屯昌猪PDK4基因克隆及其组织表达分析 被引量:4
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作者 孙瑞萍 王峰 +6 位作者 晁哲 刘海隆 邢漫萍 刘圈炜 黄丽丽 郑心力 魏立民 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第6期978-985,共8页
为获得屯昌猪丙酮酸脱氢酶激酶4(pyruvate dehydrogenase kinase 4,PDK4)基因的编码序列(coding sequence,CDS)并分析其分子结构特征,研究屯昌猪、杜洛克猪及其杂交F1代不同组织中的PDK4基因表达水平,本研究以Genbank上公布的猪PDK4基... 为获得屯昌猪丙酮酸脱氢酶激酶4(pyruvate dehydrogenase kinase 4,PDK4)基因的编码序列(coding sequence,CDS)并分析其分子结构特征,研究屯昌猪、杜洛克猪及其杂交F1代不同组织中的PDK4基因表达水平,本研究以Genbank上公布的猪PDK4基因序列(登录号:NM_001159306)为参考设计引物,通过RT-PCR扩增、测序、拼接获得屯昌猪PDK4基因CDS区。结果显示:屯昌猪PDK4基因CDS区长度1224 bp,相对分子质量为46170.24 u,既没有跨膜结构也不存在信号肽,属于非分泌型蛋白,主要在线粒体中发挥作用,预测存在2个潜在的糖基化位点和33个磷酸化位点,α螺旋区域在预测的二级结构中占比最大。实时荧光定量PCR检测结果显示,PDK4基因在屯昌猪背最长肌中表达量最高,且极显著高于杜洛克猪及其杂交F1代猪。 展开更多
关键词 屯昌猪 PDK4基因 克隆 组织表达 杜洛克猪 实时荧光定量PCR
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山羊LHβ基因多态性与产羔数的相关分析 被引量:4
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作者 孙瑞萍 王利心 +3 位作者 王建刚 朱广琴 宋宇轩 曹斌云 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2009年第6期53-57,64,共6页
【目的】研究布尔山羊和西农萨能奶山羊LHβ基因多态性及其与产羔数的相关性。【方法】采集布尔山羊和西农萨能奶山羊的血样,针对LHβ基因5′调控区及3个外显子设计6对引物,利用PCR-SSCP技术检测LHβ基因在6个位点上的多态性,并用最小... 【目的】研究布尔山羊和西农萨能奶山羊LHβ基因多态性及其与产羔数的相关性。【方法】采集布尔山羊和西农萨能奶山羊的血样,针对LHβ基因5′调控区及3个外显子设计6对引物,利用PCR-SSCP技术检测LHβ基因在6个位点上的多态性,并用最小二乘法研究该基因多态性与产羔数的关系。【结果】引物P1与P5扩增片段具有多态性,引物P1扩增产物有PP、PQ和QQ 3种基因型,P5扩增产物有LL和LM 2种基因型,其余4对引物的扩增片段没有多态性。LHβ基因P1引物位点PP与QQ基因型相比,PP型在第153 bp处发生了C→A突变;引物P5位点LL与LM基因型相比,LL型在第64 bp处发生了T→C突变,2处突变均未导致氨基酸变化,为沉默突变。在引物P1位点,布尔山羊PP型个体第3,4胎产羔数均极显著高于PQ型个体(P<0.01),西农萨能奶山羊PP型个体第4,5胎产羔数均显著高于PQ型个体(P<0.05);在引物P5位点,布尔山羊LL型个体第4,5胎产羔数分别极显著(P<0.01)和显著(P<0.05)高于LM型个体,西农萨能奶山羊LL型个体第5胎产羔数极显著高于LM型个体(P<0.01)。【结论】引物P1与P5扩增片段具有多态性,引物P1和P5位点可能对山羊的产羔数有影响。 展开更多
关键词 山羊 PCR-SSCP LHΒ基因 产羔数
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1月龄五指山猪与长白猪骨骼肌miRNA转录组比较 被引量:6
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作者 孙瑞萍 王峰 +6 位作者 晁哲 刘海隆 郑心力 刘圈炜 黄丽丽 邢漫萍 魏立民 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第3期620-625,共6页
为研究microRNA(miRNA)在五指山猪和长白猪肌肉生长发育中的差异和探究差异miRNA对骨骼肌发育转录后调控的影响,以1月龄的五指山猪和长白猪背最长肌为材料,通过转录组测序和生物信息学分析筛选与骨骼肌发育相关的差异miRNA。结果显示,从... 为研究microRNA(miRNA)在五指山猪和长白猪肌肉生长发育中的差异和探究差异miRNA对骨骼肌发育转录后调控的影响,以1月龄的五指山猪和长白猪背最长肌为材料,通过转录组测序和生物信息学分析筛选与骨骼肌发育相关的差异miRNA。结果显示,从2个文库中共鉴定获得318种己知的猪miRNA,五指山猪和长白猪分别鉴定出312个和306个已知miRNA,同时分别发现了83个和88个新的miRNA。获得17个差异显著的miRNA,其中16个miRNA表达上调,1个miRNA表达下调。靶基因预测和生物学功能预测发现17个差异miRNA,共预测到535个靶基因,靶向作用于mTOR信号通路和肌动蛋白细胞骨架调控的ssc-miR-486,ssc-miR-204,ssc-miR-338和ssc-miR-885-3p 4个miRNA可能参与骨骼肌生长发育过程。 展开更多
关键词 五指山猪 骨骼肌 miRNA高通量测序
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日粮营养水平对临高猪H-FABP基因表达量和肉品质的影响 被引量:7
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作者 孙瑞萍 魏立民 +3 位作者 刘圈炜 晁哲 郑心力 王峰 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2015年第10期141-145,共5页
为探讨日粮营养水平对临高猪生产性能、心型脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)表达量和肉品质的影响。挑选48头体质量为(34.54±1.58)kg的阉割临高母猪,随机分为2组,每组设4个重复,每个重复6头猪,分别饲喂高(DE 12.50 MJ/kg、CP 15.50%)、... 为探讨日粮营养水平对临高猪生产性能、心型脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)表达量和肉品质的影响。挑选48头体质量为(34.54±1.58)kg的阉割临高母猪,随机分为2组,每组设4个重复,每个重复6头猪,分别饲喂高(DE 12.50 MJ/kg、CP 15.50%)、低(DE 11.60 MJ/kg、CP13.00%)2种营养水平的日粮,至体质量达到约85 kg时,每重复挑选1头(共8头)体质量接近平均体质量的临高猪进行屠宰,测定临高猪的生产性能、H-FABP基因表达量及肉品质。结果表明:高、低2种营养水平的日粮对临高猪生产性能的影响不显著;与高营养水平日粮相比,低营养水平日粮可显著提高临高猪H-FABP基因表达量及熟肉率,提高临高猪肌内脂肪含量、减少滴水损失、降低肌肉p H值。临高猪H-FABP基因表达量与肌内脂肪含量呈正相关。可见,日粮营养水平对临高猪H-FABP基因表达量和肉品质产生重要影响。 展开更多
关键词 营养水平 临高猪 H—FABP基因表达量 肉品质
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五指山猪与长白猪骨骼肌miRNA转录组比较分析 被引量:4
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作者 孙瑞萍 王峰 +6 位作者 晁哲 刘海隆 邢漫萍 刘圈炜 郑心力 黄丽丽 魏立民 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期40-48,共9页
为研究microRNA(miRNA)在五指山猪和长白猪肌肉发育过程中的差异及其对骨骼肌发育转录后调控的影响,以8月龄的五指山猪和长白猪背最长肌为材料,通过Solexa测序技术结合生物信息学筛选与骨骼肌发育相关的差异miRNAs。结果从2个文库中共... 为研究microRNA(miRNA)在五指山猪和长白猪肌肉发育过程中的差异及其对骨骼肌发育转录后调控的影响,以8月龄的五指山猪和长白猪背最长肌为材料,通过Solexa测序技术结合生物信息学筛选与骨骼肌发育相关的差异miRNAs。结果从2个文库中共鉴定获得311种己知的猪miRNAs,五指山猪和长白猪分别鉴定出300和293个已知miRNAs,同时分别发现了96和79新的miRNAs。筛选到的17个差异的miRNAs中有15个miRNAs在五指山猪背肌中表达量显著下调,2个miRNAs表达量显著上调。这些差异miRNAs靶基因预测共靶向574个基因,富集到30个差异显著生物学通路(P<0.05),其中富集到胰岛素信号通路的miRNAs有5个(ssc-miR-362,ssc-miR-455-3p,ssc-miR-497,ssc-miR-499-5p和ssc-miR-874)。本研究从miRNA层面揭示了8月龄五指山猪和长白猪骨骼肌生长发育的差异,为进一步研究骨骼肌生长发育的分子机理提供基础数据。 展开更多
关键词 五指山猪 骨骼肌 MIRNAS Solexa测序
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五指山猪和长白猪背最长肌蛋白组学研究 被引量:2
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作者 孙瑞萍 陈婷 +7 位作者 王峰 晁哲 刘海隆 刘圈炜 黄丽丽 邢漫萍 郑心力 魏立民 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期562-570,共9页
为比较五指山猪和长白猪生长后期肌肉生长发育的差异,以6、8月龄五指山猪和长白猪为试验对象,采用同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)对其背最长肌总蛋白进行鉴定,结合生物信息学技术筛选品种间和品种内差异蛋白,并对其进行KEGG通路... 为比较五指山猪和长白猪生长后期肌肉生长发育的差异,以6、8月龄五指山猪和长白猪为试验对象,采用同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)对其背最长肌总蛋白进行鉴定,结合生物信息学技术筛选品种间和品种内差异蛋白,并对其进行KEGG通路富集分析。结果表明:4组样品中共鉴定到1713个蛋白;五指山猪和长白猪品种间比较,6、8月龄猪中分别有460、337个差异的蛋白;品种内2个生长阶段比较,五指山猪和长白猪中分别有421、275个差异蛋白;2种比较均为上调的差异蛋白数多于下调差异蛋白数;KEGG通路分析发现,在五指山猪和长白猪品种间,6、8月龄在2个品种间的差异蛋白富集到差异显著(P<0.05)的条目分别为34、33个,在品种内,五指山猪和长白猪在2个生长阶段间的差异蛋白富集到差异显著(P<0.05)的条目分别为24、14个;在品种内发现了调控骨骼肌分化过程中发挥着重要作用的PI3K/AKT信号通路和影响脂肪沉积的PPAR信号通路,在品种间除了这2种外,还发现有肌纤维类型发育相关的糖酵解/糖异生信号通路;品种内2个比较组在PPAR和PI3K/AKT信号通路分别有10、9个共同表达的基因,品种间2个比较组在糖酵解/糖异生、PI3K/AKT和PPAR信号通路分别有10、13、9个共同表达的基因,对这些信号通路中共同表达的基因进行分析后筛选到一些与肌肉生长发育和脂肪代谢相关的关键基因。 展开更多
关键词 五指山猪 长白猪 背最长肌 蛋白组学 同位素标记相对和绝对定量技术 信号通路 脂肪沉积
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饲粮能量差异对海南猪IGFBP6基因mRNA表达的影响 被引量:2
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作者 孙瑞萍 晁哲 +4 位作者 郑心力 王峰 黄丽丽 刘圈伟 魏立民 《江苏农业科学》 北大核心 2015年第7期35-37,共3页
将36头质量为(61.70±1.00)kg的海南猪随机分为2个处理组,分别饲喂高、低能量水平的2种日粮,以研究不同能量水平对IGFBP6基因表达量及生产性能的影响。相比之下,高能量水平饲粮可显著提高海南猪平均日增质量(P<0.05),并显著降低... 将36头质量为(61.70±1.00)kg的海南猪随机分为2个处理组,分别饲喂高、低能量水平的2种日粮,以研究不同能量水平对IGFBP6基因表达量及生产性能的影响。相比之下,高能量水平饲粮可显著提高海南猪平均日增质量(P<0.05),并显著降低料肉比(P<0.05)。RT-PCR结果表明,低能量水平饲粮可促进IGFBP6基因表达量。海南猪IGFBP6基因表达量与平均日增质量、平均日采食量均呈不显著正相关(P>0.05);与料肉比呈显著负相关(P<0.05)。饲粮能量水平可影响海南猪的生产性能,但对海南猪IGFBP6基因表达量的影响不显著。 展开更多
关键词 海南猪 能量水平 IGFBP6基因 基因表达
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以职业技能为导向 探索SYB培训模式 被引量:3
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作者 孙瑞萍 蔡臻 +1 位作者 毛剑芳 韩漠 《中国成人教育》 北大核心 2012年第7期88-90,共3页
SYB是国际劳工组织开发的"创办和改善你的企业"(Startand Im prove YourBusiness.简称SIYB)系列培训项目的一部分,自2004年起在全国推广。据培训人员跟踪服务调查资料显示,SIYB系列培训取得了较好的社会效益。但项目在实施的... SYB是国际劳工组织开发的"创办和改善你的企业"(Startand Im prove YourBusiness.简称SIYB)系列培训项目的一部分,自2004年起在全国推广。据培训人员跟踪服务调查资料显示,SIYB系列培训取得了较好的社会效益。但项目在实施的过程中,也存在着师资队伍实践操作能力不强及培训对象、教学条件局限性等问题。本文就师资、受训者、教学条件及培训后等方面的问题,通过跟踪调查、回访等方式进行探索性的研究。 展开更多
关键词 SYB 创业模式 创业理念
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封闭群五指山小型猪33个微卫星位点的遗传分析 被引量:2
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作者 孙瑞萍 魏立民 +6 位作者 晁哲 刘海隆 郑心力 刘圈炜 黄丽丽 邢漫萍 王峰 《江苏农业科学》 2018年第21期164-169,共6页
依据北京市地方标准DB11/T828. 3—2011《实验用小型猪第3部分:遗传质量控制》,在DNA水平上对封闭群五指山小型猪进行种群遗传分析。通过利用多重PCR和基因扫描技术对封闭群五指山猪33微卫星位点进行遗传检测,统计各个基因座的杂合度及... 依据北京市地方标准DB11/T828. 3—2011《实验用小型猪第3部分:遗传质量控制》,在DNA水平上对封闭群五指山小型猪进行种群遗传分析。通过利用多重PCR和基因扫描技术对封闭群五指山猪33微卫星位点进行遗传检测,统计各个基因座的杂合度及期望杂合度、有效等位基因数、多态信息含量、固定指数和Shannon信息熵。结果表明,33个微卫星位点在WZSP封闭群中平均等位基因数为6. 42,平均杂合度为0. 66,期望杂合度平均值为0. 69。此外,总群体在33个位点多态信息含量的平均值为0. 65,平均固定指数为0. 05。说明封闭群五指山小型猪群体具有一定的遗传稳定性,符合封闭群动物的遗传结构特征,所选微卫星位点可用于五指山小型猪遗传多样性评估。 展开更多
关键词 微卫星 五指山小型猪 封闭群 多态性 遗传检测 杂合度
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海南地方猪POU1F1基因多态性与体质量的相关性 被引量:1
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作者 孙瑞萍 魏立民 +4 位作者 郑心力 刘圈伟 黄丽丽 晁哲 王峰 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期187-191,共5页
采用PCR-SSCP、PCR-RFLP技术,对海南五指山猪封闭群及其近交系、海南黑猪2个品系(临高猪、屯昌猪)的POU1F1基因外显子4、外显子5、外显子6、内含子3的多态性进行研究。结果表明:猪POU1F1基因外显子5、外显子6不存在多态性,内含子3、外显... 采用PCR-SSCP、PCR-RFLP技术,对海南五指山猪封闭群及其近交系、海南黑猪2个品系(临高猪、屯昌猪)的POU1F1基因外显子4、外显子5、外显子6、内含子3的多态性进行研究。结果表明:猪POU1F1基因外显子5、外显子6不存在多态性,内含子3、外显子4存在2个等位基因和3种基因型;在外显子4基因座上,五指山猪、临高猪、屯昌猪呈Hardy-Weinberg平衡状态,五指山猪近交系呈不平衡状态,4个猪种群的遗传多态性均处于中度多态(0.25<PIC<0.5);在内含子3位点,4个猪种群均呈Hardy-Weinberg平衡状态,五指山猪和五指山猪近交系群体的遗传多态性均处于中度多态(0.25<PIC<0.5),临高猪、屯昌猪2个猪种群处于高度多态(PIC>0.5);利用SPSS软件分析五指山猪POUIF1基因内含子3和外显子4基因的多态性与其3个生长阶段体质量的相关性,发现引物P1与P4不同基因型个体体质量的差异均不显著。 展开更多
关键词 五指山猪 POU1F1基因 限制性片段长度多态性聚合酶链反应 单链构象多态
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