肝癌细胞株-乙型肝炎病毒DNA整合事件的高通量靶向捕获测序分析

目的 采用探针捕获和高通量测序技术研究HepG2.2.15与HepAD38 2个乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)肝癌细胞系中病毒DNA在宿主基因组中的整合位点特征。方法 提取HepG2.2.15与HepAD38细胞基因组DNA,采用探针捕获和高通量测序策略对2个肝癌细胞株中整合的HBV DNA进行捕获测序,使用Trimmomatic、BBAP、BWA(Burrows-Wheeler Aligner)等生物信息学软件进行数据分析;最后通过聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)及克隆测序对病毒DNA整合特征进行验证。结果 利用探针捕获和高通量测序技术分别在HepG2.2.15与HepAD38细胞系中检测出12、7个HBV DNA整合事件,随机分布在chr1、chr2、chr7、chr9、chr16、chr17、chr19、chrX染色体上,整合位点上下游基因出现频率较高的有DPP7、TRIM56、GPC3等。结论 成功建立基于探针捕获和高通量测序技术检测HBV DNA在宿主基因组上的整合片段的方法,HepG2.2.15与HepAD38细胞系中HBV整合事件在染色体上随机发生,大部分整合位点发生在HBV基因组上的X基因区域。

儿童与成人慢性乙型肝炎患者乙型肝炎病毒Core基因区准种特征及正选择压力差异分析

儿童与成人慢性乙型肝炎患者的临床特征差异明显。乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)病毒准种特征与其致病特性紧密相连,HBV病毒Core基因区富含免疫表位,该区域的准种特征直接反映病毒变异与病毒应对宿主免疫压力间的动态过程。文章通过扩增170名儿童慢性乙型肝炎患者及121名成人慢性乙型肝炎患者病毒Core基因区,按照病毒基因型以及病毒e抗原(Hepatitis B virus e antigen,HBe Ag)状态进行分组,使用序列复杂度、多样性、非同义突变率(Non-synonymous substitution ratio,d N)、同义突变率(Synonymous substitution ratios,d S)等指标衡量不同组别之间的病毒准种特征;使用不同模型计算不同组别中受到正选择压力的位点,进一步结合HBV Core基因区免疫表位信息,进行正选择位点的定位分析。结果发现,儿童乙型肝炎病毒患者体内病毒Core基因区序列复杂性和多样性低于成人患者,且前者Core基因区正选择位点个数显著低于后者,这说明儿童慢性乙型肝炎患者体内病毒受到的选择压力低于成人患者。在儿童及成人慢性感染病人组中,HBe Ag阳性病人体内病毒受到的选择压力低于HBe Ag阴性病人。儿童及成人慢性感染患者体内病毒存在13个正选择位点,大多数正选择位点位于已知的抗原表位上。本研究从分子进化角度揭示了儿童与成人慢性乙型肝炎病例体内病毒Core基因区序列准种差异,为两类病人显著不同的临床表征提供了群体遗传学的解释。

重庆地区乙肝疫苗免疫无效儿童病毒基因组表面抗原区变异研究

目的 :探讨重庆地区乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)疫苗免疫失败儿童患者体内病毒表面抗原(surface gene)基因主要亲水区(major hydrophilic region,MHR)及a决定簇变异情况。方法:收集乙型肝炎病毒疫苗免疫保护失败患儿及未接种疫苗的乙型肝炎病毒感染患儿血清样本,通过扩增HBV S基因并测序,与相应基因型的标准序列进行比对分析。结果:243例免疫保护失败患儿体内病毒a决定簇突变检出率明显高于20例未经疫苗免疫组患儿(31.7%vs.10.0%,P=0.044);免疫失败组儿童体内病毒MHR突变率数值也高于未接种组儿童,在统计学上差异不显著(49.8%vs.30.0%,P=0.106)。在疫苗免疫失败儿童病例中,MHR和a决定簇突变发生与病毒低水平复制相关:突变组患儿DNA滴度均明显低于无突变组患儿(log106.9±1.8vs.log107.7±1.8,P=0.000;log107.1±1.6 vs.log107.6±1.9,P=0.000)。免疫失败儿童病例中,MHR突变组儿童谷丙转氨酶(alanine aminotransferase,ALT)数值也明显高于未突变组(67.1±58.8 vs.56.5±51.8,P=0.018)。在243例疫苗免疫保护失败儿童体内病毒MHR区域中共检出145个变异氨基酸,热点变异类型主要包括I110L(6例)、K122R(15例)、T126A(18例)、I126T(14例)、M133L(7例)、G145R(6例)及Y161F(12例)等。进一步分析各类型突变与临床表型间差异,发现含G145R及Y161F突变病例体内血清病毒DNA水平明显低于无突变组(log106.8±1.1 vs.log107.5±1.8,P=0.048;log105.0±2.6 vs.log107.3±1.8,P=0.000)。结论:疫苗免疫保护失败儿童病例体内病毒a决定簇及MHR具有较高的突变率,且该区段的突变与病毒较低的复制水平及及较高的ALT相关。

低温氧等离子体处理对单层石墨烯微观结构影响的研究

运用低温氧等离子体对化学气相沉积法生长的单层石墨烯进行处理,通过拉曼光谱仪和X射线光电子能谱仪来表征处理前后的变化,重点探讨了低温氧等离子体处理对单层石墨烯微观结构的影响。在拉曼光谱中,处理后的石墨烯出现了明显的D峰和D′峰,同时G峰和2D峰也出现了明显的退化,而G峰峰位右移,2D峰峰位左移。通过X射线光电子能谱表征,表明处理后向石墨烯中引入了较多的官能团。利用原子力显微镜研究了处理前后SiO_2/Si基底上石墨烯的表面形貌,发现低温氧等离子体处理后石墨烯表面高度明显增加,同时褶皱减少。

甲型H1N1流感重症患者病毒血凝素和神经氨酸酶基因特性分析

目的通过分析2009-11—02～12—04期间北京市6例甲型H1N1流感重症患者咽拭子中病毒的血凝素、神经氨酸酶基因特性，了解其基因进化特点，以期对下一步甲型H1N1流感的防控和重症的治疗提供理论依据。方法使用实时荧光PCR方法，检测重症患者样本为甲型H1N1流感病毒阳性样本，利用测序引物扩增血凝素、神经氨酸酶基因，测定核苷酸序列，利用生物信息软件拼接序列；分析重要基因位点，对其进行基因进化、耐药性分析。结果6件测定样本血凝素、神经氨酸酶基因与疫苗株A／California／07／2009（H1N1）核苷酸、氨基酸的同源性分别为99．2％及99．5％，有8个血凝素基因的氨基酸发生替换，为65、100、145、185、216、220、338及391位，其中145位位于抗原决定簇A区，220位位于抗原决定簇D区，同时是受体结合位点的后壁；有5个神经氨酸酶基因的氨基酸发生了替换，为59、106、232、248及365位，其中106、232、248位位于酶活性区域；未发生神经氨酸酶基因275位H→Y的替换。结论北京市甲型H1N1流感重症患者病毒血凝素和神经氨酸酶基因与疫苗株A／California／07／2009（H1N1）高度同源，部分血凝素基因、神经氨酸酶基因有氨基酸替换，但其作用不清。所有测定样本未发生对达菲类药物的耐药性突变。

麻疹病毒CC47疫苗测序分析及与其他A基因型病毒株比较

对长春-47(CC47)麻疹病毒减毒活疫苗即CC47疫苗进行测序分析,并与其他A基因型病毒株进行了比较。通过RT-PCR法扩增了6个编码基因,用双脱氧链终止法对产物进行自动测序。对结果进行比较分析发现,CC47疫苗有13个特有的氨基酸改变分别位于N,P和L蛋白,可以看做是该疫苗株的"疫苗标签"。通过构建系统发生树,分析了11株麻疹病毒的亲缘关系。本研究完善了CC47疫苗基因组信息,提供了对麻疹流行进行监测和对病毒减毒基因学基础进行进一步研究的潜在目标。

老年2型糖尿病患者颈动脉粥样硬化与血尿酸水平的相关性研究

目的探讨老年2型糖尿病患者颈动脉内膜-中层厚度(IMT)和血尿酸水平的相关性。方法测定178例老年2型糖尿病患者颈动脉IMT、血尿酸和血压、空腹血糖、甘油三酯(TG),按颈动脉IMT将患者分为内膜正常组、内膜增厚组、斑块形成组及管腔狭窄组,比较各组间血尿酸水平。对颈动脉内膜异常患者,采用多元回归分析,统计颈动脉IMT与血压、血尿酸、空腹血糖、TG之间的关系。结果内膜正常组、内膜增厚组、斑块形成组、管腔狭窄组患者血尿酸水平比较差异有统计学意义(P均<0.01)。颈动脉IMT与血尿酸、TG呈现正相关(P均<0.01)。结论老年2型糖尿病患者颈动脉IMT与血尿酸呈正相关,提示老年2型糖尿病患者血尿酸水平可协助诊断冠心病。

气相色谱法测定沉积物中石油烃(C_(10)-C_(40))的方法验证

根据《土壤和沉积物石油烃(C_(10)~C_(40))的测定气相色谱法》(HJ 1021—2019),本研究对沉积物中的石油烃(C_(10)~C_(40))开展了实验室内部方法验证。结果表明,石油烃(C_(10)~C_(40))在0~9 300 mg/L内的线性结果良好,相关系数不小于0.999。实验室测定的沉积物石油烃(C_(10)~C_(40))检出限为2.1 mg/kg,相对标准偏差为2.94%~4.01%,加标回收率为91.4%~95.1%,符合标准要求。测定结果表明,实验室具备检测沉积物石油烃(C_(10)~C_(40))的能力。

CRISPR-Cas9系统抑制乙型肝炎病毒复制相关研究

目的:探讨成簇的、规律间隔的短回文重复序列-相关核酸酶9(clustered regularly interspaced short palindromic repeats associated protein-9 nuclease,CRISPR-Cas9)技术的抗乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)作用。方法:通过生物信息学筛选,获得12条靶向HBV基因组不同区域的sg RNA(single-guide RNA,sg RNA)并分别构建psp Cas9-sg RNA质粒,与HBV1.3倍体复制质粒共转染至Hep G2细胞,通过荧光定量PCR筛选能够有效抑制HBV复制的sg RNA,并使用Southern blot验证获得的sg RNA功能;使用最新报道的重组共价闭合环状DNA(recombinant covalently closed circular DNA,rccc DNA)模型评估CRISPRCas9对HBV共价闭合环状DNA(covalently closed circular DNA,ccc DNA)的抑制水平,并通过克隆测序检测rccc DNA的突变状况;对C57小鼠进行尾静脉高压水动力注射(hydrodynamic injection,HDI)rccc DNA质粒与psp Cas9-sg RNA,检测不同时间点外周血中乙型肝炎病毒s抗原(hepatitis B virus surface antigen,HBs Ag)及e抗原(hepatitis B virus e antigen,HBe Ag)水平,通过免疫组化技术观察CRISPR-Cas9处理后肝脏中乙型肝炎病毒核心抗原(hepatitis B virus core antigen,HBc Ag)水平,在动物水平评估CRISPR-Cas9对HBV复制的抑制作用。结果:所筛选的靶向乙型肝炎病毒基因组聚合酶编码区以及衣壳蛋白编码区的sg RNA5及sg RNA9能有效抑制细胞中HBV复制,分别使细胞复制模型中rc DNA降低至对照组的(43.64±4.66)%(P=0.000)和(44.86±2.25)%(P=0.000);在r CCCDNA细胞模型中证实2组sg RNA分别使ccc DNA降低至对照组的(29.39±3.18)%(P=0.000)及(26.83±1.76)%(P=0.000);CRISPR-Cas9系统主要使rccc DNA的靶点区域发生以短片段缺失为主的突变,突变率位50%~60%。CRISPR-Cas9系统能够有效降低HBV水动力小鼠模型血清HBs Ag(sg RNA5:P=0.000;sg RNA9:P=0.001)及HBe Ag浓度(sg RNA5:P=0.000;sg RNA9:P=0.000);小鼠血清HBV DNA水平与对照组相比降低约1个lg值(sg RNA5:P=0.000;sg RNA9:P=0.001),肝脏免疫组化结果显示CRISPR-Cas9系统能够降低组织HBc Ag表达。结论:CRISPR-Cas9系统作为一种基因编辑技术,能够在细胞水平及动物模型中发挥抗HBV作用,可以作为一种新型的抗病毒策略并为HBV感染的治疗提供了一个新的方向。

创新创业学分认定及数据可视化系统的设计与实现

创新创业学分认定是创新教育的一项重要工作。由于审核数量众多,申请材料流转复杂,评分标准不一等原因,导致学分认定效率低。为了解决这些问题,从减少教师工作量、提高学生创新意识和满足学校实际工作需求出发,采用B/S模式搭建一个操作简便的学分审核系统。利用Websocket和Java mail技术实现智能推送及预警功能,采用Echarts库实现监控性强、实用性高的数据可视化功能。经测试表明该系统操作简单、稳定强、安全性高,可以提高学校学分认定效率。

高职青少年个案工作实务信息化教学设计

本文以青少年个案工作实务的项目教学为例,阐述了如何依托信息化教学手段,促使学生掌握和巩固青少年个案工作基本流程和具体实务操作的教学重点,以及逐步击破在专业价值观指导下,灵活运用专业理论和技巧应对青少年个案的不同情况的教学难点。本教学设计是对高职青少年社会工作基础与实务课程教学的创新设计,以期能为高职青少年工作与管理专业教学改革提供参考和借鉴。