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早/晚抽薹性大白菜自交系中光敏色素B及光周期关键基因的动态研究
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作者 刘栓桃 王树彬 +4 位作者 王荣花 王立华 李巧云 张志刚 赵智中 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期11-18,共8页
光周期是影响植物抽薹开花最重要的环境因子之一,光周期信号通过植物的光敏色素蛋白调控植物的抽薹开花,其中PHYB介导的信号网络对植物抽薹开花有重要的抑制作用。前期研究发现,大白菜耐抽薹材料06-247与易抽薹材料He102的PHYB基因启动... 光周期是影响植物抽薹开花最重要的环境因子之一,光周期信号通过植物的光敏色素蛋白调控植物的抽薹开花,其中PHYB介导的信号网络对植物抽薹开花有重要的抑制作用。前期研究发现,大白菜耐抽薹材料06-247与易抽薹材料He102的PHYB基因启动子存在大片段插入/缺失差异,为了进一步研究启动子突变对PHYB及其下游途径关键基因的影响,以耐抽臺材料06-247与极易抽臺材料He102为试验材料,采用生物信息法分析了大白菜基因组中光敏色素基因的冗余特点,发现大白菜基因组包含6个光敏色素基因,其中PHYA有2个拷贝,PHYB、PHYC、PHYD和PHYE都仅有1个拷贝。进一步通过氨基酸序列比对筛选出了PHYB的特异序列、设计了抗原决定簇并制备了抗大白菜PHYB的特异抗体,采用荧光定量RT-PCR技术和Western Blot技术研究了06-247与He102中PHYB的相对含量,同时比较了PHYB下游光周期通路关键调控基因CCA1、FLC、CO和FT的动态变化。结果表明:启动子突变造成PHYB在06-247中表达水平显著升高并进而造成PHYB蛋白水平显著升高,同时下游调控基因CCA1、FLC、CO和FT均在06-247中高水平表达,这对06-247的耐抽薹特性有重要影响。 展开更多
关键词 大白菜 PHYB 光周期 抽薹 蛋白质印迹
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基于线粒体Cyt b基因序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析
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作者 刘士力 陈大伟 +7 位作者 朱鹏灿 郑建波 夏冯博 程顺 蒋文枰 迟美丽 杭小英 李飞 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期342-347,共6页
黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结... 黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结果显示,在编码Cyt b的1 140 bp序列中,检测到157个变异位点,界定了21种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为10个、11个、7个和2个,单倍型多样性介于0.226~0.794,核苷酸多样性介于0.006 14~0.023 86。除醴陵群体遗传多样性较低外,其余3个养殖群体的遗传多样性具有高单倍型数和高核苷酸多样性的特点。4个黄尾鲴养殖群体间的遗传距离为0.018 74~0.092 74,遗传分化指数为0.808 63(P<0.01),其中长兴和八里店群体的分化程度较低,双浦和醴陵群体的分化程度较高,且遗传变异主要发生在群体间。本研究结果可从分子水平为黄尾鲴的资源保护和人工增殖放流提供参考依据。 展开更多
关键词 黄尾鲴 养殖群体 Cyt b基因 遗传多样性
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LncRNA HCG18通过靶向miR-140-3p/PD-L1通路对鼻咽癌细胞生物学行为的影响
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作者 高妍 王忠巧 《生物医学工程与临床》 CAS 2024年第1期103-113,共11页
目的 探讨长非编码(lncRNA)HCG18通过微小RNA-140-3p(miR-140-3p)/程序性死亡受体配体1(PD-L1)对鼻咽癌细胞增殖、迁移与侵袭的影响。方法 选择人鼻咽癌CNE2细胞、人正常鼻黏膜上皮细胞HNEpC细胞,将CNE2细胞分为HCG18组、pcDNA3.1组、sh... 目的 探讨长非编码(lncRNA)HCG18通过微小RNA-140-3p(miR-140-3p)/程序性死亡受体配体1(PD-L1)对鼻咽癌细胞增殖、迁移与侵袭的影响。方法 选择人鼻咽癌CNE2细胞、人正常鼻黏膜上皮细胞HNEpC细胞,将CNE2细胞分为HCG18组、pcDNA3.1组、sh-HCG18组、sh-NC组、miR-140-3p组、miR-NC组、miR-140-3p inhibitor组、Scramble组、HCG18+miR-NC组、HCG18+miR-140-3p组、miR-140-3p inhibitor+sh-NC组及miR-140-3p inhibitor+sh-PD-L1组。用CCK-8检测细胞增殖能力,Transwell实验检测细胞侵袭及迁移能力,Western blot检测PD-L1蛋白表达,实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测lncRNA HCG18、miR-140-3p及PD-L1 mRNA水平,生物信息学、双荧光素酶报告实验分析lncRNA HCG18、miR-140-3p及PD-L1的靶向关系。结果 CNE2细胞lncRNA HCG18、PD-L1蛋白及其mRNA表达水平高于HNEpC细胞,miR-140-3p表达水平低于HNEpC细胞(P <0.05)。上调lncRNA HCG18或下调miR-140-3p后CNE2细胞增殖、细胞迁移与侵袭能力增强,PD-L1蛋白、PD-L1 mRNA水平升高(P <0.05);下调lncRNA HCG18或上调miR-140-3p后CNE2细胞增殖、细胞迁移与侵袭能力降低,PD-L1蛋白、PD-L1 mRNA水平降低(P <0.05)。miR-140-3p与lncRNA HCG18、PD-L1均有靶向关系。上调miR-140-3p表达可逆转上调lncRNA HCG18对CNE2细胞增殖、迁移与侵袭的促进作用;沉默PD-L1可逆转下调miR-140-3p对CNE2细胞增殖、迁移与侵袭的促进作用。结论 过表达lncRNA HCG18可通过海绵化miR-140-3p,上调PD-L1表达,促进CNE2细胞增殖、迁移与侵袭。 展开更多
关键词 lncRNA HCG18 miR-140-3p PD-L1 鼻咽癌
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川藏香茶菜庚素的体外抗炎作用与分子机制研究 被引量:1
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作者 杨东娟 查广才 +2 位作者 邹湘辉 吴丹彤 伍清婷 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期39-43,共5页
为探究川藏香茶菜庚素(Pseurata H)对巨噬细胞炎症模型的抗炎作用及分子机制,利用LPS刺激RAW264.7细胞建立体外炎症模型,并分别以浓度为10、20和40μmol/L的Pseurata H干预该细胞模型。利用CCK-8法检测Pseurata H对细胞增殖活性的影响;G... 为探究川藏香茶菜庚素(Pseurata H)对巨噬细胞炎症模型的抗炎作用及分子机制,利用LPS刺激RAW264.7细胞建立体外炎症模型,并分别以浓度为10、20和40μmol/L的Pseurata H干预该细胞模型。利用CCK-8法检测Pseurata H对细胞增殖活性的影响;Griess法和ELISA试剂盒分别检测细胞上清液中NO、IL-6和TNF-α的含量;Western Blot检测COX-2、iNOS蛋白、p-NF-κB和p-ERK蛋白的表达变化;以RT-qPCR法检测药物干预前后细胞中iNOS、TNF-α、IL-6和IL-1β的mRNA基因表达变化。结果表明:浓度为10、20和40μmol/L的Pseurata H对细胞没有毒性,不同浓度的Pseurata H对LPS诱导RAW264.7细胞炎症模型中NO、IL-6和TNF-α分泌具有很好的下调作用,对iNOS、COX-2、NF-κB、p-NF-κB、ERK和p-ERK蛋白的表达具有良好的抑制作用,且具有浓度效应。Pseurata H具有明显的抗炎作用,其作用机制可能是通过抑制NF-κB/MAPK信号通路而发挥抗炎作用。 展开更多
关键词 川藏香茶菜庚素 RAW264.7细胞 脂多糖 炎症 NF-κB/MAPK通路
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基于转录组测序对GULP1下游靶基因筛选及分析 被引量:1
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作者 温馨 梅锦 +5 位作者 钱美玉 蒋一丹 王娟 许士博 王翠喆 张君 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期860-870,共11页
GULP1是一种含磷酸化酪氨酸结合(phosphotyrosine-binding,PTB)结构域的吞噬衔接蛋白,已有的研究表明它可促进脂肪细胞3T3-L1的糖摄取。为进一步挖掘GULP1下游关键的代谢相关差异基因,本研究对过表达GULP1的脂肪细胞和骨骼肌细胞进行转... GULP1是一种含磷酸化酪氨酸结合(phosphotyrosine-binding,PTB)结构域的吞噬衔接蛋白,已有的研究表明它可促进脂肪细胞3T3-L1的糖摄取。为进一步挖掘GULP1下游关键的代谢相关差异基因,本研究对过表达GULP1的脂肪细胞和骨骼肌细胞进行转录组分析,然后对表达异常基因进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR(real-time fluorescent quantitative PCR,qRT-PCR)与转录组测序进行相互验证。结果表明:以P<0.05和|Log_(2)Foldchange|≥1为阈值筛选差异表达基因,发现与对照细胞相比,过表达GULP1的脂肪细胞中有278个上调基因和263个下调基因,与代谢相关的GO(Gene Ontology)条目包括胆固醇生物合成过程、胆固醇代谢过程、对脂多糖的反应、脂质代谢过程等,有52个代谢相关差异表达基因富集到10条KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路,其中脂质代谢被高度富集;过表达GULP1的骨骼肌细胞有280个上调基因和302个下调基因,与代谢相关的GO条目包括激素代谢过程、对脂多糖的反应、单碳代谢过程等,有86个代谢相关差异表达基因富集到10条KEGG通路,其中氨基酸代谢、脂质代谢、碳水化合物代谢被高度富集。GULP1的生物学功能涉及广泛,包括脂代谢、肿瘤等方面。本研究通过转录组学以及生物信息学分析,筛选出GULP1下游关键的代谢相关差异基因,获得了过表达GULP1后的代谢相关差异基因及信号通路,为今后GULP1下游靶基因的研究提供了重要的理论依据。 展开更多
关键词 GULP1 转录组 差异表达基因 代谢 生物信息学
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玉米非自主性转座子rDt的体细胞转座序列特征 被引量:1
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作者 赵官涛 谭景胜 +1 位作者 朱莉 李玉斌 《生物技术进展》 2024年第2期248-256,共9页
Dotted/rDt是玉米遗传学中最早发现的双元转座子系统之一。为了揭示玉米中非自主性转座子rDt在其自主性转座子Dt调控下的转座遗传特性,选取了a1-rDt;Dt和a1-m1::rDt;Dt2个rDt转座子插入突变等位基因,检测玉米籽粒紫色斑点表型差异的遗... Dotted/rDt是玉米遗传学中最早发现的双元转座子系统之一。为了揭示玉米中非自主性转座子rDt在其自主性转座子Dt调控下的转座遗传特性,选取了a1-rDt;Dt和a1-m1::rDt;Dt2个rDt转座子插入突变等位基因,检测玉米籽粒紫色斑点表型差异的遗传基础,利用巢式PCR与特异性酶切相结合的方法检测并鉴定了这2种材料叶片组织中rDt体细胞转座的印迹序列类型。通过构建遗传杂交群体,统计分析各群体的后代籽粒表型以及A1野生型基因的回复突变频率。结果显示,在籽粒糊粉层紫色斑点大小均一但数目极低的a1-rDt;Dt材料中,仅检测到2种体细胞转座的印迹序列类型,其中1种是没有转座子插入前A1野生型。而在籽粒糊粉层紫色斑点大小不一、排列密集的a1-m1::rDt;Dt材料中可以检测到5种体细胞转座的印迹序列类型,其中3种类型均保持A1'回复突变基因的开放阅读框;同时,a1-m1::rDt;Dt材料中A1'的回复突变频率是a1-rDt;Dt材料的大约2.6倍。研究表明,rDt在a1插入位点体细胞转座后的修复产物序列组成相对简单,与Ac/Ds等hAT超家族转座子相似,且rDt体细胞转座产生的印迹序列类型及丰富度是两个a1基因插入突变体中A1'回复突变频率高低及玉米籽粒糊粉层表型差异的遗传基础。 展开更多
关键词 转座子 玉米 转座印迹 rDt
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龙须菜细胞周期检查点相关基因的分离鉴定及在不同品系四分孢子体中的表达分析
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作者 王璐 吴琼 +1 位作者 银静茹 隋正红 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期65-82,共18页
为了探究细胞周期检查点的调控对龙须菜(Gracilariopsis lemaneiformis)四分孢子体发育的影响,本研究中对龙须菜细胞周期检查点部分基因进行分离鉴定及基因表达分析。从不同品系不同发育阶段的数字表达谱数据中,筛选得到与细胞周期检查... 为了探究细胞周期检查点的调控对龙须菜(Gracilariopsis lemaneiformis)四分孢子体发育的影响,本研究中对龙须菜细胞周期检查点部分基因进行分离鉴定及基因表达分析。从不同品系不同发育阶段的数字表达谱数据中,筛选得到与细胞周期检查点通路相关的差异表达基因ATR、ATM、RAD17和RAD9。通过基因克隆、序列比对和结构域预测,确认了其存在于龙须菜中,对4个基因上游2000 bp进行启动子预测发现,4个基因均含有与光照和植物激素相关的启动子元件;通过荧光定量PCR检测4个基因在良种981、WLP-1品系和野生型龙须菜的四分孢子体发育Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期的表达水平变化趋势发现,在WLP-1品系的Ⅰ期,4个基因表达呈现上升趋势;在该品系Ⅱ期,ATR、ATM和RAD9表达呈上升趋势,WLP-1在四分孢子体发育的Ⅰ期,细胞周期检查点相关基因表达相对活跃,表明此时其DNA复制和细胞分裂旺盛,这可能是WLP-1品系高育的原因。良种981在Ⅰ期ATR、ATM和RAD17相对表达量与野生型相比无显著变化,而RAD9有显著降低的趋势。进入Ⅱ和Ⅲ期后,与野生型相比,ATR、ATM和RAD17的相对表达量呈现显著上升的趋势,结合对其形成四分孢子性状的观察,推测在良种981四分孢子体放散的Ⅱ期,DNA损伤可能没有完全修复,因而最终导致低育。 展开更多
关键词 龙须菜 细胞周期检查点 荧光定量PCR 育性 四分孢子体
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苜蓿基因组密码子偏好性分析
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作者 李琳 徐明志 +1 位作者 刘燕蓉 张万军 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期2695-2706,共12页
物种基因的密码子使用具有偏好性,能避免氨基酸的错误掺入。苜蓿(Medicago)密码子的偏好性尚未见报道。为揭示苜蓿属基因组密码子偏好性特点,我们利用软件分析四种苜蓿基因编码区密码子组成、相对同义密码子使用频率(RSCU)等参数探讨密... 物种基因的密码子使用具有偏好性,能避免氨基酸的错误掺入。苜蓿(Medicago)密码子的偏好性尚未见报道。为揭示苜蓿属基因组密码子偏好性特点,我们利用软件分析四种苜蓿基因编码区密码子组成、相对同义密码子使用频率(RSCU)等参数探讨密码子偏好性特点,同时用多种方法分析造成苜蓿密码子偏好性的影响因素,计算确定苜蓿的最优密码子,最后通过聚类分析研究物种间密码子使用偏好性进化关系。结果表明:四种苜蓿的密码子偏好性相对较弱,其中‘中苜1号’最弱,苜蓿密码子第三位偏爱使用A/T;四种苜蓿密码子偏好性受自然选择压力的影响大,最优密码子多以A/T结尾;四种苜蓿的偏好性相似,且与烟草(Nicatiana tabacum L.)、番茄(Solanum lycopersicum L.)偏好性接近。本研究为苜蓿密码子优化应用提供了理论基础,特别是通过优化可以提高Cas9蛋白表达量促进基因编辑。 展开更多
关键词 苜蓿 密码子偏好性 最优密码子 基因编辑 自然选择
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乌苏里貉MC3R基因密码子偏好性分析
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作者 李鑫 李伟 +7 位作者 刘洁 程静然 刘进军 王朋然 韩学良 任二军 邓露芳 宗文丽 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1349-1361,共13页
【目的】明确乌苏里貉黑素皮质素受体3(melanocortin 3 receptor,MC3R)基因密码子使用偏好特征和影响因素,了解不同物种间遗传进化和密码子偏好性的关系,为开展MC 3 R基因异源高效表达研究提供理论依据。【方法】以乌苏里貉和其他15个... 【目的】明确乌苏里貉黑素皮质素受体3(melanocortin 3 receptor,MC3R)基因密码子使用偏好特征和影响因素,了解不同物种间遗传进化和密码子偏好性的关系,为开展MC 3 R基因异源高效表达研究提供理论依据。【方法】以乌苏里貉和其他15个物种的MC 3 R基因CDS序列为材料,应用Codon W、EMBOSS等软件分析MC 3 R基因密码子偏好性的6个参数指标;通过Neutrality-plot、ENc-plot及PR2-plot分析探究密码子偏好性形成的影响因素;基于各物种MC 3 R基因CDS序列信息构建系统发育树,基于同义密码子相对使用度(RSCU)构建不同物种的密码子使用偏好性热图。【结果】乌苏里貉MC 3 R基因密码子GC和GC3s均>0.5,密码子偏好使用以G/C结尾;偏好使用的密码子有25个(RSCU值>1),其中16个以C结尾,9个以G结尾。经Neutrality-plot、ENc-plot及PR2-plot分析得出,自然选择是MC 3 R基因密码子使用偏好形成的主要影响因素。基于基因序列和RSCU值的聚类分析显示,在系统进化上乌苏里貉与犬属同一分支,后与赤狐、北极狐聚为一支;但在密码子使用上乌苏里貉与人、黑猩猩及家马聚为一类。【结论】MC 3 R基因偏好使用以G/C结尾的密码子;自然选择是导致偏好性产生的主要影响因素;密码子使用虽具有种属特异性,但受其他因素影响亲缘关系相近的物种间密码子使用模式也会有差异。 展开更多
关键词 乌苏里貉 MC3R基因 密码子偏好性 自然选择
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基于全基因组关联分析挖掘小麦耐草甘膦相关QTL
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作者 赵杰 牟丽明 +6 位作者 胡梦芸 孙丽静 李倩影 王培楠 李辉 刘小民 张颖君 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期1-7,共7页
草甘膦是目前使用最广泛的广谱灭生性除草剂,培育耐草甘膦作物将有助于改善农田杂草化学防控效果、减少用药量和简化防控措施。为充分挖掘小麦耐草甘膦基因位点,利用来自黄淮麦区的484份种质资源进行草甘膦耐药性鉴定,根据小麦15K SNP... 草甘膦是目前使用最广泛的广谱灭生性除草剂,培育耐草甘膦作物将有助于改善农田杂草化学防控效果、减少用药量和简化防控措施。为充分挖掘小麦耐草甘膦基因位点,利用来自黄淮麦区的484份种质资源进行草甘膦耐药性鉴定,根据小麦15K SNP芯片数据,采用全基因组关联分析的方法,挖掘与小麦草甘膦耐药性相关QTL。结果显示,不同年代培育的小麦品种草甘膦耐药性的变化趋势缓慢,草甘膦耐受性未显著提升;根据表型鉴定结果,筛选出黄淮麦区耐草甘膦小麦种质材料3份,即河农130、冀麦782和泰山23号;利用全基因组关联分析方法,检测到与小麦草甘膦耐药等级显著相关的QTL 7个,包含19个显著性SNPs,分布于小麦1A(0.00~30.48 Mb)、1B(6.57~30.57 Mb)、1D(0.00~22.98 Mb)、4A(656.09~680.09 Mb)、5A(508.19~532.19 Mb)、6A(54.56~85.09 Mb)和6D(12.02~36.02 Mb)染色体上;位于小麦1A和6A染色体上的2个QTL qGlyT-1A和qGlyT-6A是小麦耐草甘膦的主效位点,共包含16个可能与小麦耐草甘膦相关的基因。 展开更多
关键词 小麦 黄淮麦区 草甘膦耐受性 全基因组关联分析
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再生障碍性贫血患者外周血全外显子组高通量基因测序分析
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作者 王金鑫 李昌年 +5 位作者 王腾 魏文健 史镜铂 王琰 徐瑞荣 崔思远 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期729-734,共6页
目的:对再生障碍性贫血(再障)患者进行外周血全外显子测序,观察基因突变的类型及突变率以探讨再障的发病机制。方法:采集19例再障患者的外周血并提取单个核细胞进行全外显子测序,对所得基因进行GO和KEGG富集分析。数据采用SPSS 22.0进... 目的:对再生障碍性贫血(再障)患者进行外周血全外显子测序,观察基因突变的类型及突变率以探讨再障的发病机制。方法:采集19例再障患者的外周血并提取单个核细胞进行全外显子测序,对所得基因进行GO和KEGG富集分析。数据采用SPSS 22.0进行统计分析,以P<0.05为存在显著差异。结果:测得19例再障患者共有2006个基因突变,参照GeneCards及OMIM数据库及患者测序结果筛选出49个基因,绘制患者基因突变图谱,发现MUC5B基因可能与再障发病相关,其突变率达100%,其余基因如ERCC6、SYNE1和WFS1等突变率均超过40%,亦可能参与再障的形成。在GO分析中其主要与细胞运动、细胞骨架及组成、蛋白结合等功能相关。KEGG通路分析中,主要是在Hippo通路、ECM-受体相互作用通路等地方富集。结论:MUC5B基因可能是造成T细胞比例失调,进而导致再障的关键基因。此外,Hippo通路可能通过调节T细胞比例、端粒酶活性等参与再障的发病机制。 展开更多
关键词 再生障碍性贫血 外显子测序 基因突变 Hippo信号通路
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珍稀濒危植物石山苏铁的SSR引物设计和遗传多样性分析
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作者 唐健民 陈泰国 +3 位作者 邹蓉 盘波 韦霄 韦发南 《广西科学》 CAS 北大核心 2024年第1期139-148,共10页
揭示珍稀濒危植物石山苏铁(Cycas sexseminifera)种群的遗传多样性水平和遗传分化大小,确定优先保护种群,对石山苏铁的有效保护和管理策略的制定具有重要意义。本研究基于简化基因组序列分析设计Simple Sequence Repeats(SSR)引物,并利... 揭示珍稀濒危植物石山苏铁(Cycas sexseminifera)种群的遗传多样性水平和遗传分化大小,确定优先保护种群,对石山苏铁的有效保护和管理策略的制定具有重要意义。本研究基于简化基因组序列分析设计Simple Sequence Repeats(SSR)引物,并利用SSR引物进行遗传多样性检测。实验共获得6对SSR引物,6对引物共检测出37个观测等位基因(N a),其中最小观测等位基因数目为3,最大观测等位基因数目为12,平均每个位点等位基因数目为6.167。位点GZST002、GZST055、GZST065、GZST088是高度多态性位点(PIC>0.5)。石山苏铁各种群期望杂合度(H e)为0.330-0.533,平均值为0.444,表明石山苏铁遗传多样性处于中等水平;7个种群的H e值大小顺序为广西植物研究所引种(ZWS)>崇左广河(GH)>崇左排汝(PR)>隆安陇怀(LH)>崇左中干(ZG)>百色作登(ZD)>隆安新会(XH)。固定系数(F)为-0.161-0.480,平均值为0.074,其中LH、PR、XH 3个野生种群为负值,GH、ZD、ZG 3个野生种群的固定系数则大于0;7个种群的F值大小顺序为百色作登(ZD)>广西植物研究所引种(ZWS)>崇左中干(ZG)>崇左广河(GH)>隆安陇怀(LH)>隆安新会(XH)>崇左排汝(PR)。因此,综合各个遗传指标,石山苏铁需要重点保护和引种的野生种群是遗传多样性相对较高的崇左广河(GH)种群。同时建议开发更多的SSR引物和采集更广范围的石山苏铁野生种群,精准筛选遗传多样性高的优良种群,以利于更全面和准确地评估石山苏铁的遗传多样性水平和濒危机制。 展开更多
关键词 石山苏铁 SSR分子标记 遗传多样性 遗传结构 保护策略
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基于新型高保真Taq酶的多重等位基因特异性PCR方法的建立与应用
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作者 沈泽嘉 徐逸梦 +3 位作者 时景景 周宇荀 李凯 肖君华 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期103-109,115,共8页
在8号染色体存在部分替换片段的小鼠上挑选3个SNP位点进行初步方案检验,包括高保真Taq酶的特异性测试以及引物浓度对分型结果的影响,并评价该方法的灵敏度;之后应用该技术检测野生1号染色体替换系小鼠上的9个SNP的不同样本。对Taq酶的... 在8号染色体存在部分替换片段的小鼠上挑选3个SNP位点进行初步方案检验,包括高保真Taq酶的特异性测试以及引物浓度对分型结果的影响,并评价该方法的灵敏度;之后应用该技术检测野生1号染色体替换系小鼠上的9个SNP的不同样本。对Taq酶的特异性研究表明:引物在未引入突变的前提下检测结果与测序结果保持一致;引物稀释实验说明浓度最低为0.003~0.006μmol/L,灵敏度的检测结果表示最低浓度检测限可达0.07 ng/μL以下。最后检测得到5种标准样本的基因型,其代表9个SNP的组合。成功验证并建立该新型高特异性Taq酶应用于多重等位基因特异性PCR实验的总体流程。提供一套具备高特异性、能够针对多个SNP位点进行检测的低成本方案,对多重等位基因特异性PCR技术的开发同样具有参考价值。 展开更多
关键词 等位基因特异性PCR 多重PCR 高保真Taq酶 基因分型 染色体替换系小鼠
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柳树DNA条形码的筛选与鉴定研究
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作者 郑纪伟 何旭东 +1 位作者 隋德宗 王保松 《江苏林业科技》 2024年第4期14-19,共6页
柳树具观赏、生物修复、生物能源等多种功能,对其开展DNA条形码评估在种质资源保护和利用方面具有非常重要的应用价值。通过对柳树样品进行ITS、ITS2、matK、rbcL和rpoC1片段扩增和测序,结合GenBank数据,共获得柳树22个种,63份样品共计... 柳树具观赏、生物修复、生物能源等多种功能,对其开展DNA条形码评估在种质资源保护和利用方面具有非常重要的应用价值。通过对柳树样品进行ITS、ITS2、matK、rbcL和rpoC1片段扩增和测序,结合GenBank数据,共获得柳树22个种,63份样品共计396条序列。比较了5个DNA片段的通用性、序列特征、种内和种间变异,并基于Best Match(BM)、Best Close Match(BCM)、BLAST及Neighbor Joining(NJ)4种方法评估DNA条形码在柳树中的鉴定能力。结果表明,5个DNA条形码中,ITS在柳树种扩增效率和测序成功率高,种内和种间遗传变异明显,鉴定效率最高,建议作为首选的单位点DNA条形码;3个条形码组合中,ITS+ITS2+rbcL鉴定成功率最高,为78.16%,4个DNA条形码组合中,ITS+ITS2+matK+rbcL物种鉴别成功率最高,为88.28%,建议ITS+ITS2+matK+rbcL作为柳树分子鉴定最优条形码组合。 展开更多
关键词 柳树 DNA条形码 筛选 ITS 分子鉴定
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一株拟南芥宽叶形突变体atscamp的分离鉴定
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作者 郝雪峰 贾晓宇 +2 位作者 曹海艳 亢春霞 裴雁曦 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期232-238,共7页
叶片是主要的光合作用器官,选育利于光合作用的叶片形态已成为重要的育种目标。atscamp是从拟南芥(Arabidopsis thaliana)突变体库(约6000株系)中筛选获得的1株叶片宽大突变体。Tail-PCR分析该突变体为AT1G11180位点的插入,该基因位点编... 叶片是主要的光合作用器官,选育利于光合作用的叶片形态已成为重要的育种目标。atscamp是从拟南芥(Arabidopsis thaliana)突变体库(约6000株系)中筛选获得的1株叶片宽大突变体。Tail-PCR分析该突变体为AT1G11180位点的插入,该基因位点编码1个分泌载体膜蛋白(SCAMP)。RT-PCR检测显示,该基因转录表达水平基本为零。进一步研究发现,该突变体叶片的宽度和叶面积极显著大于野生型植株(P<0.01),但是冠幅基本保持不变;同时atscamp突变体叶绿素含量增加,叶绿素最大荧光、PSⅡ潜在光化学效率显著增加(P<0.05);相应地,突变体植株蒸腾系数(Tr)、净光合速率(Pn)和叶片水分利用效率(WUE)显著增加(P<0.05)。拟南芥AT1G11180基因的时空特异性表达分析显示,该基因仅在叶片中高表达,在其他器官中表达量很低;且随着植物发育成熟,该基因表达量逐渐增加。研究结果表明AtSCAMP基因在叶形发育中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 拟南芥 AtSCAMP基因 叶形 突变体
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根癌农杆菌介导的紫花苜蓿遗传转化体系的优化
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作者 王之杰 李明序 张万军 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1665-1671,共7页
为进一步提高根癌农杆菌介导的紫花苜蓿遗传转化效率,本试验以紫花苜蓿(Medicago sativa L.)品种‘中苜1号’为试验材料,通过筛选高效再生的植株,以筛选出的植株叶片为外植体,并通过调节培养基激素配比,在农杆菌侵染过程中添加谷氨酰胺... 为进一步提高根癌农杆菌介导的紫花苜蓿遗传转化效率,本试验以紫花苜蓿(Medicago sativa L.)品种‘中苜1号’为试验材料,通过筛选高效再生的植株,以筛选出的植株叶片为外植体,并通过调节培养基激素配比,在农杆菌侵染过程中添加谷氨酰胺、进行冷处理等措施优化苜蓿由农杆菌介导的遗传转化体系。试验结果表明:转化过程中以嫩叶作为外植体,菌液和重悬液中添加150μmol·L^(-1)乙酰丁香酮,侵染过程中使用300μmol·L^(-1)的谷氨酰胺将瞬时转化效率从32%提高至92%,转化效率提高到31%。研究紫花苜蓿的遗传转化体系可为紫花苜蓿高效遗传改良及基因功能研究提供了技术支持。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 根癌农杆菌 遗传转化 体系优化
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CRISPR/Cas9基因编辑技术在畜禽育种中的研究进展
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作者 贾名扬 王磊 +4 位作者 陈俊峰 张家庆 闫祥洲 邢宝松 王璟 《生物技术进展》 2024年第4期529-536,共8页
CRISPR/Cas9是一种高效、精准的基因编辑技术,在畜禽基因编辑领域已取得了广泛应用。简述了CRISPR/Cas9技术在猪、牛、羊及禽类遗传育种方面的研究进展和应用情况,总结了该技术在育种应用方面所面临的问题,并对其未来发展趋势进行了展望... CRISPR/Cas9是一种高效、精准的基因编辑技术,在畜禽基因编辑领域已取得了广泛应用。简述了CRISPR/Cas9技术在猪、牛、羊及禽类遗传育种方面的研究进展和应用情况,总结了该技术在育种应用方面所面临的问题,并对其未来发展趋势进行了展望,以期为未来该技术在畜禽育种领域的应用提供参考。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9系统 基因编辑 畜禽育种
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RNome计划:又一个人类基因组计划
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作者 岑萧萍 周润 +1 位作者 王元梅 杨焕明 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期357-359,共3页
2023年4月,生命科学界同时庆祝了两大里程碑事件的完成--DNA双螺旋结构发现70周年、人类基因组计划完成20周年,这标志着人类在解析生命科学的奥秘的显著成就。同时,也诞生了一个新的问题,下一个生命科学的里程碑会是什么?
关键词 人类基因组计划 DNA双螺旋结构 生命科学 里程碑事件 新的问题
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过表达GATA2对鸡前脂肪细胞转录表达的调控作用及机制
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作者 王英军 张停停 +3 位作者 王小沛 周心北 陈月婵 张志威 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2024年第7期1157-1165,共9页
目的阐明过表达GATA2对鸡前脂肪细胞转录表达的影响。方法培养鸡前脂肪细胞ICP1,转染pCMV-myc-GATA2或pCMV-myc质粒,Western blot验证细胞中GATA2过表达情况,RNA-seq研究过表达GATA2对细胞转录组表达变化,ChIP-seq研究GATA2在基因组的... 目的阐明过表达GATA2对鸡前脂肪细胞转录表达的影响。方法培养鸡前脂肪细胞ICP1,转染pCMV-myc-GATA2或pCMV-myc质粒,Western blot验证细胞中GATA2过表达情况,RNA-seq研究过表达GATA2对细胞转录组表达变化,ChIP-seq研究GATA2在基因组的结合情况,Real-time PCR验证部分差异表达基因、ChIP-PCR验证GATA2对TAF3基因的集合情况。结果转染pCMV-myc-GATA2可以在ICP1细胞过表达GATA2蛋白,过表达GATA2后,ICP1细胞中942个基因表达上调,840个基因表达下调(P<0.05),富集分析显示差异表达基因与核糖体和线粒体的结构和功能相关(P<0.01);GESA分析显示,过表达GATA2的ICP1细胞中RNA聚合酶Ⅱ转录起始复合物、核糖体生物生成、丙酸代谢和氧化磷酸化相关基因集表达上调;组蛋白赖氨酸N甲基转移酶、核转录抑制复合体形成、脂肪因子和钙离子等信号通路相关基因集表达下调。ICP1细胞中ChIP-seq鉴定出2833个GATA2结合的基因组峰,涉及2018个基因。Motif分析显示GATA2结合(T/A)GATA模序;富集分析显示这些基因参与胚胎发育、信号传导、细胞代谢和细胞间相互作用。差异表达基因和GATA2结合基因取交集获得105个基因,富集分析显示这些基因与转录、转录后调控、细胞间相互作用、信号传导和细胞周期相关(P<0.001)。结论GATA2可以与鸡前脂肪细胞的基因组结合调节其转录组表达模式。 展开更多
关键词 前脂肪细胞 GATA2 RNA-SEQ CHIP-SEQ 富集分析 GESA分析
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核糖体蛋白L5在Diamond-Blackfan贫血伴发唇腭裂中作用机制的研究进展
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作者 张婉琼 郑谦 贾仲林 《国际口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期749-755,共7页
核糖体蛋白L5(RPL5)是核糖体大亚基的一部分,携带RPL5基因突变的Diamond-Blackfan贫血患者会伴发多种畸形,包括唇腭裂等颅面畸形以及心脏缺陷等躯体畸形。但是在RPL5突变导致核糖体生物发生缺陷的情况下,唇腭裂发生的机制仍然知之甚少... 核糖体蛋白L5(RPL5)是核糖体大亚基的一部分,携带RPL5基因突变的Diamond-Blackfan贫血患者会伴发多种畸形,包括唇腭裂等颅面畸形以及心脏缺陷等躯体畸形。但是在RPL5突变导致核糖体生物发生缺陷的情况下,唇腭裂发生的机制仍然知之甚少。本文综述了近年对于RPL5的研究,并讨论了突变的RPL5核糖体蛋白与唇腭裂发生的可能机制。 展开更多
关键词 核糖体蛋白L5 Diamond-Blackfan贫血 唇腭裂 P53 核糖体蛋白
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