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对92个茶树菇菌株的遗传多样性分析和农艺性状的评价 被引量:1
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作者 王洪秀 章炉军 +4 位作者 孙鹏 胡佳 安颖 陈绪涛 魏云辉 《微生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期19-32,共14页
为了解茶树菇(Agrocybe aegerita)种质资源的遗传多样性和筛选优良的茶树菇新品种,采用菌株拮抗试验方法观察了92株茶树菇菌株间拮抗反应及其类型,ISSR-PCR(inter-simple sequence repeat-PCR)分子标记方法对92株茶树菇菌株的遗传多样... 为了解茶树菇(Agrocybe aegerita)种质资源的遗传多样性和筛选优良的茶树菇新品种,采用菌株拮抗试验方法观察了92株茶树菇菌株间拮抗反应及其类型,ISSR-PCR(inter-simple sequence repeat-PCR)分子标记方法对92株茶树菇菌株的遗传多样性进行了综合分析。拮抗试验将92株茶树菇菌株分为27组;筛选出的20条ISSR引物共扩增出317条清晰条带,多态性条带平均比率为82.60%;在遗传相似系数为0.742时,ISSR分子标记分析可将92株茶树菇划分为6大类群,拮抗试验和ISSR分子标记分析的结果基本一致。通过对比农艺性状分析,初步筛选出滇农5、滇农14、茶5-800、白茶、闽农5及滇农8作为工厂化生产茶树菇菌种。结果表明茶树菇的遗传多样性丰富,结合栽培出菇试验可为茶树菇品种选育和杂交育种的亲本选择提供参考。 展开更多
关键词 茶树菇 拮抗反应 简单序列重复区间 遗传多样性 农艺性状
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应用拮抗和ISSR标记鉴定64个金针菇菌株的亲缘关系 被引量:1
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作者 陈珣 肇莹 +3 位作者 龚娜 刘国丽 马晓颖 肖军 《中南农业科技》 2024年第1期16-20,共5页
以16个野生金针菇(Flammulina velutipes)菌株和48个栽培金针菇菌株为材料,评价不同菌株间体细胞不亲和性,并利用ISSR分子标记检测,从细胞学水平和分子水平对金针菇种质资源进行鉴定和遗传多样性分析,明确其亲缘关系。结果表明,64个金... 以16个野生金针菇(Flammulina velutipes)菌株和48个栽培金针菇菌株为材料,评价不同菌株间体细胞不亲和性,并利用ISSR分子标记检测,从细胞学水平和分子水平对金针菇种质资源进行鉴定和遗传多样性分析,明确其亲缘关系。结果表明,64个金针菇菌株基于拮抗试验划分为7个类群,基于ISSR聚类分析划分为5个类群;栽培金针菇菌株之间亲缘关系普遍较近,野生金针菇菌株与栽培金针菇菌株大多具有较远的亲缘性;32号栽培菌株和49号野生菌株可以优先选作金针菇杂交育种亲本。 展开更多
关键词 金针菇(Flammulina velutipes) 体细胞不亲和性 ISSR分子标记 拮抗试验 聚类分析 亲缘关系
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嗜酸乳杆菌表达载体的构建及其甘露聚糖酶的表达
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作者 顾斌涛 郭建军 +4 位作者 曾静 聂俊辉 王通 熊大维 袁林 《中国酿造》 CAS 北大核心 2024年第1期136-140,共5页
为获得产甘露聚糖酶的嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)菌株,该研究构建甘露聚糖酶表达载体并转化嗜酸乳杆菌,分析重组嗜酸乳杆菌产甘露聚糖酶的酶学性质,并测定重组嗜酸乳杆菌的耐酸性及甘露聚糖酶的抗蛋白酶活性。结果表明,重... 为获得产甘露聚糖酶的嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)菌株,该研究构建甘露聚糖酶表达载体并转化嗜酸乳杆菌,分析重组嗜酸乳杆菌产甘露聚糖酶的酶学性质,并测定重组嗜酸乳杆菌的耐酸性及甘露聚糖酶的抗蛋白酶活性。结果表明,重组嗜酸乳杆菌发酵24 h,其所产甘露聚糖酶活性为353 U/m L。甘露聚糖酶的最适催化pH值为5.5,最适催化温度为55℃。重组嗜酸乳杆菌在pH 2.0~4.5有一定的耐酸性,在pH 2.0条件下2 h的存活率为77.3%。甘露聚糖酶液用胃蛋白酶、胰蛋白酶处理160 min后,甘露聚糖酶的相对酶活分别为65%、28%。表明该甘露聚糖酶具有一定的抗胃蛋白酶和部分抗胰蛋白酶降解能力。 展开更多
关键词 甘露聚糖酶 嗜酸乳杆菌 质粒构建 酶学性质
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禾本科植物内生真菌研究22:Epichloe festucae E2368基因组中非核糖体肽合成酶编码基因的挖掘与分析
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作者 纪燕玲 韩魁 +2 位作者 茅冬梅 陈永敢 王志伟 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1097-1104,共8页
[目的]Epichloe内生真菌能够产生抵御牲畜和害虫啃食的生物碱,其中部分生物碱由非核糖体肽合成酶(non-ribosomal peptide synthetase,NRPS)合成。本研究旨在分析E.festucae基因组内的NRPS编码基因,并预测其功能。[方法]以E.festucae E2... [目的]Epichloe内生真菌能够产生抵御牲畜和害虫啃食的生物碱,其中部分生物碱由非核糖体肽合成酶(non-ribosomal peptide synthetase,NRPS)合成。本研究旨在分析E.festucae基因组内的NRPS编码基因,并预测其功能。[方法]以E.festucae E2368菌株基因组数据为对象,综合运用HMMER和全局比对等分析方法以及ClustScan、PKS/NRPS Analysis和NCBI等数据库进行信息比对。[结果]E2368基因组中含有至少19个候选NRPS基因,其中11个未在Epichloe内生真菌中报道。序列比对结果表明候选基因均为子囊菌中已报道的序列,但其中8个基因的功能未知;E2368基因组中存在环孢菌素合成酶基因扩增现象。构建候选NRPS基因所有A结构域氨基酸序列发育树,发现不同NRPS基因的A结构域会聚到同一分枝,而相同NRPS基因的A结构域则分散于不同分枝,说明采用简并引物扩增NRPS基因存在一定的局限性。[结论]对E2368基因组中NRPS基因的挖掘,将有助于解析NRPS基因的多样性,促进对新的天然产物的发现和生物合成途径的认识。 展开更多
关键词 NRPS数据库 基因挖掘 生物碱 类似度分析 禾本科植物内生真菌
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细菌转录翻译偶联机制研究
5
作者 张晶 王程远 《自然杂志》 CAS 2024年第2期95-104,共10页
中心法则描述了遗传信息从DNA到RNA再到蛋白质的传递过程。转录过程是RNA聚合酶以DNA为模板合成信使RNA的过程,翻译过程是核糖体利用信使RNA合成蛋白质的过程。与真核生物不同,细菌和古菌没有细胞核膜的分隔,其转录过程和翻译过程在相... 中心法则描述了遗传信息从DNA到RNA再到蛋白质的传递过程。转录过程是RNA聚合酶以DNA为模板合成信使RNA的过程,翻译过程是核糖体利用信使RNA合成蛋白质的过程。与真核生物不同,细菌和古菌没有细胞核膜的分隔,其转录过程和翻译过程在相同时间、相同位置上进行。其中,RNA聚合酶与核糖体相互协同,同步完成转录和翻译的现象被称为转录翻译偶联。转录翻译偶联是细菌和古菌的一种重要基因调控机制,能同时有效地调控转录过程和翻译过程,是细菌适应复杂环境的重要生物学基础。数十年来,大量的研究逐步揭示了细菌转录翻译偶联机制在细菌基因表达调控中的作用,一系列参与转录翻译偶联过程的调控因子也被鉴定发现。近期,基于不同偶联状态的转录翻译偶联复合体结构的突破性研究,首次系统地展示了在不同信使RNA间距下,转录翻译偶联过程的动态变化,为后续研究转录翻译偶联基因调控机制提供了理论基础。 展开更多
关键词 转录调控 转录翻译偶联 RNA聚合酶 核糖体
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硫酸二乙酯诱变选育乳酸菌菌株的研究 被引量:8
6
作者 罗红霞 陈志刚 +3 位作者 孙玉清 马长路 句荣辉 赵磊 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2009年第10期20-23,共4页
为改进酸奶的储藏质量,延长货架期,从酸奶发酵剂入手研究了硫酸二乙酯(DES)诱变乳酸菌的参数,以期选育出抗酸奶后酸化的菌株,从而延长酸奶的保质期。在前期预试验的基础上采用均匀设计试验方案,确定DES浓度、诱变时间、诱变温度的最佳... 为改进酸奶的储藏质量,延长货架期,从酸奶发酵剂入手研究了硫酸二乙酯(DES)诱变乳酸菌的参数,以期选育出抗酸奶后酸化的菌株,从而延长酸奶的保质期。在前期预试验的基础上采用均匀设计试验方案,确定DES浓度、诱变时间、诱变温度的最佳工艺参数。结果表明:影响致死率的因素大小顺序:DES浓度>诱变温度>诱变时间;DES诱变的最佳条件:DES质量分数为0.7%,诱变时间为30min,诱变温度为37℃。筛选得到的突变菌株N01#,在37℃贮藏时产乳酸量与出发菌株一样,而在10℃贮藏时,产乳酸量明显减少;贮藏期与对照相比延长了3d。物性指标(硬度、弹性、黏附性)测定显示良好。 展开更多
关键词 酸奶 乳酸菌 后酸化 DES诱变
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低能N^(+)注入诱导大肠杆菌的16S rRNA遗传进化
7
作者 唐朝 王婷 +2 位作者 王雪瑞 陈明晖 蔡长龙 《辐射研究与辐射工艺学报》 CAS CSCD 2024年第1期52-61,共10页
为了探究低能N^(+)注入对大肠杆菌16S rRNA遗传进化与耐药表征的作用,本研究利用低能N^(+)注入诱变筛选耐药大肠杆菌,通过基因组de novo测序获得其16S rRNA基因序列,通过K-B法检测诱变菌株的耐药特征。结果共诱变获得了25株耐药菌株,其... 为了探究低能N^(+)注入对大肠杆菌16S rRNA遗传进化与耐药表征的作用,本研究利用低能N^(+)注入诱变筛选耐药大肠杆菌,通过基因组de novo测序获得其16S rRNA基因序列,通过K-B法检测诱变菌株的耐药特征。结果共诱变获得了25株耐药菌株,其中5株诱变菌16S rRNA基因分别出现片段缺失,点突变(A257C),GC%含量增高,二级结构变异,并获得多药耐药特性。结果提示:低能N^(+)注入可以驱动大肠杆菌16S rRNA基因的随机突变和进化,进而调节耐药基因从头合成或变异,使大肠杆菌耐药性改变。 展开更多
关键词 低能N^(+)注入 大肠杆菌 16S rRNA 耐药性
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不同施肥量对仙草产量和土壤微生物多样性的影响
8
作者 黄媛 朱艳霞 +2 位作者 韦范 林杨 汤丹峰 《中国农学通报》 2024年第20期65-72,共8页
本研究以仙草为对象,探讨了不同施肥量对其产量及根际土壤微生物多样性的影响。通过大田栽培试验,设置多个氮磷钾复合肥施肥量处理,测定仙草产量,采用Pacbio三代测序平台构建采收期仙草根际土壤细菌16S rRNA基因文库,对其进行高通量测... 本研究以仙草为对象,探讨了不同施肥量对其产量及根际土壤微生物多样性的影响。通过大田栽培试验,设置多个氮磷钾复合肥施肥量处理,测定仙草产量,采用Pacbio三代测序平台构建采收期仙草根际土壤细菌16S rRNA基因文库,对其进行高通量测序和生物信息学分析。结果表明:仙草产量随施肥量的增加呈先增后降的趋势;土壤微生物多样性随施肥量的增加呈先降后增的趋势;与对照相比,300、450、600 kg/hm^(2)复合肥处理的土壤中在门水平上优势种群及其含量变化较少,在目水平上拟杆菌目和黄单胞菌目的相对丰度均有所增加,在属水平上未分类酸杆菌属显著降低,在种水平上表皮葡萄球菌丰度显著降低;NMDS分析显示,不施肥和施300 kg/hm^(2)复合肥土壤细菌多样性显著不同于其他处理,施450~600 kg/hm^(2)复合肥细菌群落多样性差异不显著。施用300~450 kg/hm^(2)化肥可显著提高仙草产量,显著降低土壤细菌微生物多样性,类杆菌门、厚壁菌门和拟杆菌目的富集受施肥影响较大。综合考量,300 kg/hm^(2)为仙草最佳施肥量。 展开更多
关键词 仙草 氮磷钾复合肥 根际土壤 细菌多样性 产量 土壤微生物多样性
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Comprehensive analysis of the gut microbiome and posttranslational modifications elucidates the route involved in microbiota-host interactions 被引量:1
9
作者 Hai-Yang Wang Lan-Xiang Liu +8 位作者 Xue-Yi Chen Yang-Dong Zhang Wen-Xia Li Wen-Wen Li Lian Wang Xiao-Long Mo Hong Wei Ping Ji Peng Xie 《Zoological Research》 SCIE CSCD 2024年第1期95-107,共13页
The gut microbiome interacts with the host to maintain body homeostasis,with gut microbial dysbiosis implicated in many diseases.However,the underlying mechanisms of gut microbe regulation of host behavior and brain f... The gut microbiome interacts with the host to maintain body homeostasis,with gut microbial dysbiosis implicated in many diseases.However,the underlying mechanisms of gut microbe regulation of host behavior and brain functions remain unclear.This study aimed to elucidate the influence of gut microbiota on brain functions via post-translational modification mechanisms in the presence or absence of bacteria without any stimulation.We conducted succinylome analysis of hippocampal proteins in germ-free(GF)and specific pathogen-free(SPF)mice and metagenomic analysis of feces from SPF mice.These results were integrated with previously reported hippocampal acetylome and phosphorylome data from the same batch of mice.Subsequent bioinformatics analyses revealed 584 succinylation sites on 455 proteins,including 54 up-regulated succinylation sites on 91 proteins and 99 down-regulated sites on 51 proteins in the GF mice compared to the SPF mice.We constructed a panoramic map of gut microbiota-regulated succinylation,acetylation,and phosphorylation,and identified cross-talk and relative independence between the different types of post-translational modifications in modulating complicated intracellular pathways.Pearson correlation analysis indicated that 13 taxa,predominantly belonging to the Bacteroidetes phylum,were correlated with the biological functions of post-translational modifications.Positive correlations between these taxa and succinylation and negative correlations between these taxa and acetylation were identified in the modulation of intracellular pathways.This study highlights the hippocampal physiological changes induced by the absence of gut microbiota,and proteomic quantification of succinylation,phosphorylation,and acetylation,contributing to our understanding of the role of the gut microbiome in brain function and behavioral phenotypes. 展开更多
关键词 Gut microbiota Hippocampal protein Post-translational modifications SUCCINYLATION ACETYLATION PHOSPHORYLATION
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假小链双歧杆菌比较基因组学分析
10
作者 路镜达 杨瑞 +5 位作者 钟罡 弓艳春 周钧鸿 张艺馨 徐维那 钟智 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第14期142-150,I0004,I0005,共11页
该研究对分离自中国、日本和美国的104株假小链双歧杆菌进行比较基因组学分析。结果表明,在基因组特征上,日本分离株的编码序列数量显著高于中国和美国分离株(P<0.01)。基于核心基因构建的系统发育树和平均核苷酸一致性聚类热图发现... 该研究对分离自中国、日本和美国的104株假小链双歧杆菌进行比较基因组学分析。结果表明,在基因组特征上,日本分离株的编码序列数量显著高于中国和美国分离株(P<0.01)。基于核心基因构建的系统发育树和平均核苷酸一致性聚类热图发现分离自相同国家的菌株更相似。功能基因注释结果进一步表明分离地会影响菌株的功能基因分布,碳水化合物活性酶注释结果显示15个碳水化合物活性酶存在地域性差异;经耐药基因和毒力因子数据库注释发现中国分离株携带的耐药基因和黏附型毒力因子的数量显著高于日本分离株;中国和日本分离株携带复制、重组和修复及噬菌体相关可移动遗传元件数量均与美国分离株存在差异。该研究发现分离地会影响假小链双歧杆菌的功能基因,不同分离地假小链双歧杆菌存在差异功能基因。研究结果可为解析假小链双歧杆菌的功能差异提供理论依据。 展开更多
关键词 假小链双歧杆菌 比较基因组学 碳水化合物活性酶 耐药基因 毒力因子
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屋尘螨过敏原Der p 1在毕赤酵母中的重组表达与纯化
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作者 于飞祥 刘海峰 +1 位作者 任燕娜 蔡孟浩 《华东理工大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期543-549,共7页
基于巴斯德毕赤酵母表达系统探讨了屋尘螨过敏原Der p 1的重组表达与纯化。首先,采用毕赤酵母GS115表达密码子优化的全长编码基因PreProDer p 1,其产量可达100 mg/L,进一步共表达分子伴侣实现产量提高到140 mg/L,并实现3 L反应器发酵产... 基于巴斯德毕赤酵母表达系统探讨了屋尘螨过敏原Der p 1的重组表达与纯化。首先,采用毕赤酵母GS115表达密码子优化的全长编码基因PreProDer p 1,其产量可达100 mg/L,进一步共表达分子伴侣实现产量提高到140 mg/L,并实现3 L反应器发酵产量提高到1 g/L。其次,对上述重组蛋白发酵液分别使用阳离子交换层析及亲和层析进行了纯化工艺优化,目的蛋白得率达到60.7%。本研究为后续PreProDre p 1诊断试剂盆的开发提供了参考。 展开更多
关键词 尘螨过敏原 毕赤酵母 重组表达 蛋白纯化 基因拷贝
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酿酒功能菌的基因组测序及基因功能注释
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作者 麻静静 李惠源 +2 位作者 高文静 韩英 贾丽艳 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第5期214-222,共9页
为挖掘库德毕赤酵母FJZ在清香型白酒酿造过程中的代谢机制,基于Illumina Novaseq和PacBio测序平台对菌株FJZ进行基因组测序,将测序数据在碳水化合物活性酶(CAZy)数据库进行比对,并通过GO、KOG和KEGG数据库进行基因功能注释。CAZy分析表... 为挖掘库德毕赤酵母FJZ在清香型白酒酿造过程中的代谢机制,基于Illumina Novaseq和PacBio测序平台对菌株FJZ进行基因组测序,将测序数据在碳水化合物活性酶(CAZy)数据库进行比对,并通过GO、KOG和KEGG数据库进行基因功能注释。CAZy分析表明:菌株FJZ具有催化酚类化合物转化合成芳香化合物的香草醇氧化酶(VAO)活性,具有羧酸酯酶催化合成和分解乙酸乙酯、乳酸乙酯的能力,具有甘露糖转移酶催化甘露糖转移到底物生成多萜寡糖的前体的能力等。在GO数据库共注释分子功能类别的基因6320个,具有转移烷基或芳基、糖基、酰基等与酯合成相关的转移酶活性。在KEGG的7类功能数据库中共注释基因7815个,其中代谢相关的基因有1406个,萜类和聚酮类物质代谢相关的基因30个。在KOG共注释到基因3704个,辅酶运输和代谢相关的基因83个等。本研究为清香型白酒酿造过程中酶系的研究,以及白酒风味物质形成机理和酒醅功能菌结构探索提供参考依据。 展开更多
关键词 库德毕赤酵母 CAZy分析 功能注释 酶活性
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北京欧文氏菌4个糖基转移酶活性测定及蛋白相互作用分析
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作者 常晓宁 郭金英 +2 位作者 荣成博 谷彤彤 刘宇 《中国农业科技导报》 CSCD 北大核心 2024年第1期125-132,共8页
北京欧文氏菌(Erwinia beijingensis)可引起刺芹侧耳细菌性软腐病,为明确该病原菌中糖基转移酶的功能,以糖基转移酶基因为研究对象,构建重组表达载体进行表达纯化;并测定蛋白活性,分析蛋白间相互作用。结果表明,成功构建了原核表达载体... 北京欧文氏菌(Erwinia beijingensis)可引起刺芹侧耳细菌性软腐病,为明确该病原菌中糖基转移酶的功能,以糖基转移酶基因为研究对象,构建重组表达载体进行表达纯化;并测定蛋白活性,分析蛋白间相互作用。结果表明,成功构建了原核表达载体,获得4个可溶性蛋白。经亲和层析柱纯化获得MshA、WbnH2、EpsH及TuaG蛋白,活性测定显示4个蛋白均可以利用UDP-糖,并优先利用UDP-半乳糖。GST pull down证实WbnH2及TuaG蛋白分别与MshA及EpsH蛋白在体外具有相互作用。以上研究结果为进一步研究北京欧文氏菌糖基转移酶基因功能奠定了基础。 展开更多
关键词 北京欧文氏菌 软腐病 糖基转移酶 原核表达
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冷冻干燥对益生菌传代稳定性的影响
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作者 徐凡 张臣臣 +4 位作者 黄玉军 康文丽 潘丽娜 汪家琦 李威 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2024年第5期5-10,共6页
益生菌随着传代的进行,菌株的产酸能力、耐胆盐能力、耐酸能力和抗氧化能力产生变化。冷冻干燥是菌株常用的保藏方法,对菌体转录水平影响较大,能够临时改变菌株的多种特性。文章以植物乳杆菌M547、M621、M748、戊糖乳杆菌M750为研究对象... 益生菌随着传代的进行,菌株的产酸能力、耐胆盐能力、耐酸能力和抗氧化能力产生变化。冷冻干燥是菌株常用的保藏方法,对菌体转录水平影响较大,能够临时改变菌株的多种特性。文章以植物乳杆菌M547、M621、M748、戊糖乳杆菌M750为研究对象,探究冷冻干燥对菌株传代稳定性的影响。结果表明,冷冻干燥影响菌株的耐胆盐稳定性,对产酸能力、耐酸能力、抗氧化能力无显著影响。 展开更多
关键词 益生菌 稳定性 冷冻干燥 耐胆盐能力 耐酸能力
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汉氏葡糖醋杆菌Komagataeibacter hansenii HDM1-3不同发酵时间的转录组测序分析
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作者 邱永杰 李元敬 +2 位作者 郭丹 雷虹 李文辉 《黑龙江大学自然科学学报》 CAS 2024年第3期321-331,共11页
为了探究汉氏葡糖醋杆菌HDM1-3(Komagataeibacter hansenii HDM1-3)在不同发酵时间的差异基因表达水平,挖掘差异表达基因在细菌纤维素(Bacterial cellulose,BC)生物合成代谢相关基因中的功能,利用Illumina HiSeq平台对发酵前期(18 h)和... 为了探究汉氏葡糖醋杆菌HDM1-3(Komagataeibacter hansenii HDM1-3)在不同发酵时间的差异基因表达水平,挖掘差异表达基因在细菌纤维素(Bacterial cellulose,BC)生物合成代谢相关基因中的功能,利用Illumina HiSeq平台对发酵前期(18 h)和发酵后期(36 h)的Komagataeibacter hansenii HDM1-3菌株进行转录组测序分析,通过荧光定量PCR验证转录组测序结果的准确性,通过GO富集和KEGG富集分析差异表达基因。转录组测序共获得3154个CDS序列,其中57个未被注释,注释率达98.22%。差异表达基因分析表明,菌株HDM1-3发酵36 h相比于发酵18 h,共有684个显著性差异表达基因,其中上调基因369个(53.9%),下调基因315个(46.1%)。GO功能富集分析结果表明,发酵后期碳水化合物代谢相关功能基因下调,而细胞膜相关功能基因上调。KEGG富集分析结果表明,主要的能量代谢途径,包括糖酵解途径、磷酸戊糖途径和柠檬酸循环都显著下调,两个BC合成酶基因显著上调。这些结果为进一步分析HDM1-3菌株BC合成相关基因、提高BC产量的研究提供理论参考。 展开更多
关键词 汉氏葡糖醋杆菌HDM1-3 差异表达基因 荧光定量PCR 细菌纤维素
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药用昆虫桂花蝉共生放线菌的分离培养及抗菌活性研究
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作者 苏雅琳 廖婧阳 +1 位作者 欧健鹏 刘文彬 《广东药科大学学报》 CAS 2024年第2期7-15,共9页
目的探讨药用昆虫桂花蝉肠道共生放线菌的多样性,为抗菌药物开发提供新的微生物资源。方法采用平板稀释法对桂花蝉共生放线菌进行分离和纯化;采用牛津杯法测定菌株抗菌活性;通过外观观察、扫描电镜和16S rDNA序列分析进行分类鉴定;对具... 目的探讨药用昆虫桂花蝉肠道共生放线菌的多样性,为抗菌药物开发提供新的微生物资源。方法采用平板稀释法对桂花蝉共生放线菌进行分离和纯化;采用牛津杯法测定菌株抗菌活性;通过外观观察、扫描电镜和16S rDNA序列分析进行分类鉴定;对具有良好抗菌活性的菌株进行Nanopore第3代测序;利用Antismash、Prism、Circos、Rodigal、eggNOG、GO和KEGG等工具对基因组数据进行注释分析。结果采用6种培养基从桂花蝉肠道共分离获得34株不同放线菌,其中链霉菌属(Streptomyces)32株、戈登氏菌属(Gordonia)1株和冢村氏菌属(Tsukamurella)1株,菌株GHC 11可能为1株新的链霉菌种,73.5%的菌株对至少1种病原菌具有拮抗作用。菌株GHC 54具有显著的抗S.aureus和MRSA活性,通过形态学和分子生物学方法鉴定为Gordonia terrae。菌株GHC 54基因组大小为5346952 bp,包含1个5210251 bp环状染色体和1个136601 bp质粒,共编码4828个基因,GC含量为67.91%,其中含有50个tRNA基因、9个rRNA基因。编码基因分别进行eggNOG、GO、KEGG、Nr、Pfam、Swiss-prot和TrEMBL功能注释,共注释到4776个蛋白。菌株GHC 54中含有14个生物合成基因簇,包含6个NRPS、2个Terpene、1个Ectoine、1个Arylpolyene、1个Redox-cofactor、1个NAPAA、1个Ripp-like和1个PKS基因簇,85.7%的基因簇同源性小于20%,具有较高的新颖性。结论桂花蝉共生放线菌具有良好的抗菌活性,菌株GHC 54具有合成新颖抗菌化合物的潜力。本研究将为抗菌药物的开发提供新的微生物资源。 展开更多
关键词 桂花蝉 共生放线菌 戈登氏菌 全基因组测序
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基于宏基因组学的江西桃红岭梅花鹿潜在病原初步调查
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作者 陈璐瑶 黄晓凤 +4 位作者 张壹萱 詹建文 刘武华 刘小洪 张阳 《野生动物学报》 北大核心 2024年第3期504-512,共9页
近些年,江西桃红岭梅花鹿国家级自然保护区植被正向演替明显,大量梅花鹿(Cervus nippon)开始向保护区外围扩散和聚集,调查桃红岭梅花鹿潜在病原携带情况,有利于掌握其种群健康状况,进而制定精确的保护管理对策,因此在该保护区不同区域(... 近些年,江西桃红岭梅花鹿国家级自然保护区植被正向演替明显,大量梅花鹿(Cervus nippon)开始向保护区外围扩散和聚集,调查桃红岭梅花鹿潜在病原携带情况,有利于掌握其种群健康状况,进而制定精确的保护管理对策,因此在该保护区不同区域(核心区、缓冲区和实验区)采集梅花鹿新鲜粪便样品,并基于宏基因组测序技术分析其病原携带情况。结果表明:桃红岭梅花鹿携带病原微生物包括细菌、真菌、放线菌、支原体、衣原体和螺旋体,共34属63种,其中包含大量人兽共患病病原;病原丰度最高的5个属分别是拟梭菌属(Clostridioides)、李斯特菌属(Listeria)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、志贺氏菌属(Shigella)和沙门氏菌属(Salmonella),丰度最高的5个种分别是艰难拟梭菌(Clostridioides difficile)、单核增生李斯特氏菌(Listeria mono⁃cytogenes)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、肠炎沙门氏菌(Salmonella enter⁃itidis)和福氏志贺氏菌(Shigella flexneri);不同研究区域中,核心区梅花鹿携带病原数量显著低于缓冲区和实验区。以上结果表明,桃红岭梅花鹿携带有多种病原,存在一定疫病发生风险。建议在保护区核心区积极开展栖息地矮化工作,同时开展高危病原的持续性监测及预警,并加强对保护区外围扩散梅花鹿种群的保护管理。 展开更多
关键词 梅花鹿 江西桃红岭梅花鹿国家级自然保护区 宏基因组测序 病原微生物
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利用组蛋白H3K9模拟乙酰化提高酿酒酵母对乙酸的耐受性能
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作者 徐慧灵 张雪瑞 +1 位作者 徐丽丽 何德云 《齐鲁工业大学学报》 CAS 2024年第4期42-48,共7页
随着能源问题日益严峻,将自然界中丰富的可再生资源木质纤维素转化为二代燃料乙醇的设计思路为解决当前的能源危机、粮食危机和环境危机提供了一条出路。然而,微生物在发酵生产二代乙醇的过程中也面临多项技术难题。其中,木质纤维素降... 随着能源问题日益严峻,将自然界中丰富的可再生资源木质纤维素转化为二代燃料乙醇的设计思路为解决当前的能源危机、粮食危机和环境危机提供了一条出路。然而,微生物在发酵生产二代乙醇的过程中也面临多项技术难题。其中,木质纤维素降解产生的多种小分子化学物质不仅会抑制微生物生长繁殖,同时也会降低微生物的发酵效率。乙酸是多种木质纤维素原料降解物中常见的一种主要抑制剂。为提高微生物的木质纤维素乙醇发酵效率,选取工业生产领域最有潜力的乙醇发酵菌株酿酒酵母为模式生物,通过将组蛋白H3第九位的赖氨酸(K)突变成谷氨酰胺(Q)来模拟组蛋白H3K9的乙酰化状态,以此探究组蛋白H3K9Q点突变体对木质纤维素水解抑制物乙酸的耐受性。点滴平板结果显示,H3K9Q点突变可显著提高酿酒酵母在乙酸条件下的生长性能。生长曲线实验进一步表明,H3K9Q点突变可使菌株在3.5 g/L乙酸胁迫条件下快速进入指数期,由点突变前的36 h缩短为24 h。并且,在添加乙酸的液体培养基中生长48 h后,H3K9Q点突变体的OD _(600)约为对照菌株的1.9倍,说明H3K9Q点突变显著提高了酿酒酵母的乙酸耐受性。本研究为纤维素乙醇工业生产中的菌种优化提供了有益借鉴参考。 展开更多
关键词 木质纤维素 酿酒酵母 乙酸耐受性 组蛋白 乙醇
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德氏乳杆菌与嗜热链球菌ISL3家族转座子的比较与分析
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作者 段景秀 宋磊 《上海师范大学学报(自然科学版中英文)》 2024年第3期409-426,共18页
对存在于德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii)和嗜热链球菌(Lactobacillus delbrueckii)中的3类ISL3家族转座子进行了筛选和定位,确定了各自的反向重复序列(IRs)和其外部的正向重复序列(DRs).观察到3类转座子的IRs有部分相同(5’-GGC... 对存在于德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii)和嗜热链球菌(Lactobacillus delbrueckii)中的3类ISL3家族转座子进行了筛选和定位,确定了各自的反向重复序列(IRs)和其外部的正向重复序列(DRs).观察到3类转座子的IRs有部分相同(5’-GGCTCTATAATTT-3’//5’-TTGACAAAGAGCC-3’),碱基A和T丰富的8 bp的DRs中保守碱基均为第5位T.3类转座子中,转座酶之间约30%的相同性,与IRs的部分相同性以及对最保守碱基的识别有关.分析结果为后续进行相关的分子实验与研究或建立简单转座子的数据库打下基础. 展开更多
关键词 德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii) 嗜热链球菌(Lactobacillus delbrueckii) ISL3家族转座子 反向重复序列(IRs) 正向重复序列(DRs)保守碱基
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爬岩红提取物对化学性肝损伤小鼠的保护作用
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作者 谭烨敏 李嘉嘉 +3 位作者 余雯琦 王雪 魏雨萱 陈彤 《龙岩学院学报》 2024年第2期44-52,共9页
分别用体积分数0.5%CCl_(4)、50%乙醇溶液建立小鼠急性肝损伤模型,研究爬岩红水提物、醇提物对CCl_(4)和酒精所致的肝损伤小鼠的保护作用。结果显示,爬岩红水提物、醇提物均能降低CCl_(4)肝损伤小鼠血清ALT活性、肝组织MDA水平,升高肝组... 分别用体积分数0.5%CCl_(4)、50%乙醇溶液建立小鼠急性肝损伤模型,研究爬岩红水提物、醇提物对CCl_(4)和酒精所致的肝损伤小鼠的保护作用。结果显示,爬岩红水提物、醇提物均能降低CCl_(4)肝损伤小鼠血清ALT活性、肝组织MDA水平,升高肝组织GSH-PX、T-SOD、CAT、白蛋白水平,减轻CCl4肝损伤小鼠肝组织的病理变化程度,且二者的保肝作用无显著差异(P>0.05);爬岩红水提物、醇提物均能降低酒精性肝损伤小鼠血清ALT活性、肝组织MDA和TG水平,升高肝组织GSH、T-SOD水平,减轻酒精性肝损伤小鼠肝组织的病理变化程度,且水提物的效果更为显著(P<0.05)。爬岩红水提取物、醇提取物对CCl_(4)和酒精所致的肝损伤小鼠均有保护作用,水提物对酒精性肝损伤的保护作用更好。 展开更多
关键词 爬岩红 提取物 小鼠 肝损伤 保护作用
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