目的探讨2017年分子病理学会/美国临床肿瘤学会/美国病理学会发表的《癌症序列变异解读报告的标准与指南》,简称“2017指南”在分子病理基因变异解读临床应用中的一致性。方法选取11个癌种、26个基因的60个变异,由4家具有院内NGS检测能...目的探讨2017年分子病理学会/美国临床肿瘤学会/美国病理学会发表的《癌症序列变异解读报告的标准与指南》,简称“2017指南”在分子病理基因变异解读临床应用中的一致性。方法选取11个癌种、26个基因的60个变异,由4家具有院内NGS检测能力实验室的5位专职人员分别对治疗、诊断和预后进行判读。第一阶段每个研究者按自己对2017指南的理解进行评级,第二阶段对指南评价原则的细节进行讨论,取得共识后再次判读。结果总结出11条参与者均认可的原则作为解读补充。Fleiss一致性分析显示,第二阶段对治疗和预后意义解读的一致性比第一阶段高(治疗:κ值为0.166 vs 0.276;预后:κ值为0.014 vs 0.185);第二阶段对诊断意义解读的一致性比第一阶段低(κ值为0.454 vs 0.035)。结论肿瘤基因变异临床解读在不同实验室之间存在不一致,实验室间建立共同认可的解读系统,有利于肿瘤基因变异的临床诊断、治疗和预后。展开更多
目的BRCA1/2基因胚系变异按照风险等级分为5类,其中3类意义未明位点(variants of the uncertain significance,VUS)需要定期复核。探索变异证据的更新对变异分类的影响并指导携带有害VUS位点的患者进行临床诊疗。方法收集971例进行了BRC...目的BRCA1/2基因胚系变异按照风险等级分为5类,其中3类意义未明位点(variants of the uncertain significance,VUS)需要定期复核。探索变异证据的更新对变异分类的影响并指导携带有害VUS位点的患者进行临床诊疗。方法收集971例进行了BRCA1/2基因胚系检测的患者(乳腺或卵巢癌),筛选出VUS位点128个。整合人群频率数据库、疾病数据库、计算机软件预测、共分离证据、等位基因证据及人群队列研究等证据,重新分析这些VUS位点,明确变异分类是否发生改变。结果142例肿瘤患者携带BRCA1/2基因VUS位点,占14.6%(142/971),变异位点数为128个,其中错义突变、同义突变、框内非移码突变和非编码区突变的比例分别为70.3%、4.7%、3.1%、21.9%。重新复核分析发现11.7%(15/128)的VUS位点可降级为2类,疑似良性。结论随着胚系变异相关证据的不断更新,VUS位点经再次复核后变异分类可能会有所改变。展开更多
目的探讨干扰素诱导基因IFIT1与卵巢癌免疫浸润及预后的相关性。方法通过GEO数据库筛选肿瘤免疫相关基因,Kaplan-Meier与Prognoscan预后数据库筛选与卵巢癌预后显著相关的差异基因。GEPIA、Human Protein Atlas与Timer数据库分析IFIT1...目的探讨干扰素诱导基因IFIT1与卵巢癌免疫浸润及预后的相关性。方法通过GEO数据库筛选肿瘤免疫相关基因,Kaplan-Meier与Prognoscan预后数据库筛选与卵巢癌预后显著相关的差异基因。GEPIA、Human Protein Atlas与Timer数据库分析IFIT1在卵巢癌组织与正常组织中的表达差异。UALCAN数据库分析IFIT1在不同分级和分期的卵巢癌组织中的表达情况。David数据库对String和Genemania数据库筛选的相互作用基因与蛋白进行GO富集分析。Timer和Tisidb数据库相互验证IFIT1与免疫细胞的相关性。IFIT1干扰质粒成功构建后,利用IFIT1干扰稳转株构建裸鼠移植瘤模型,观察IFIT1敲降后肿瘤生长情况,免疫组化检测中性粒细胞浸润。结果GEO数据库、Kaplan-Meier与Prognoscan预后数据库筛选出IFIT1是与卵巢癌预后显著负相关的肿瘤免疫基因。GEPIA、Human Protein Atlas、Timer数据库以及UALCAN数据库表明IFIT1在卵巢癌组织中表达显著高于正常卵巢组织(P<0.05),但与肿瘤的分期、分级并不存在显著相关性。String、Genemania、David数据库分析发现IFIT1的互作基因与蛋白富集于2’-5’寡聚腺苷酸合成酶的活化、病毒防御、先天性免疫等过程。Timer数据库表明IFIT1与卵巢癌中CD8+T细胞、B细胞、树突状细胞、中性粒细胞和巨噬细胞浸润呈正相关,其中与中性粒细胞相关性最为明显(P<0.001)。Tisidb与GSCA均验证了IFIT1与卵巢癌组织的中性粒细胞浸润呈高度正相关(P<0.05)。RT-qPCR和Western blot证明卵巢癌细胞中IFIT1被成功敲降后,IFIT1干扰细胞的移植瘤生长显著减缓(P<0.05),肿瘤中性粒细胞浸润减少。结论IFIT1可能促进中性粒细胞浸润影响卵巢癌的恶性进程。展开更多
文摘目的探讨2017年分子病理学会/美国临床肿瘤学会/美国病理学会发表的《癌症序列变异解读报告的标准与指南》,简称“2017指南”在分子病理基因变异解读临床应用中的一致性。方法选取11个癌种、26个基因的60个变异,由4家具有院内NGS检测能力实验室的5位专职人员分别对治疗、诊断和预后进行判读。第一阶段每个研究者按自己对2017指南的理解进行评级,第二阶段对指南评价原则的细节进行讨论,取得共识后再次判读。结果总结出11条参与者均认可的原则作为解读补充。Fleiss一致性分析显示,第二阶段对治疗和预后意义解读的一致性比第一阶段高(治疗:κ值为0.166 vs 0.276;预后:κ值为0.014 vs 0.185);第二阶段对诊断意义解读的一致性比第一阶段低(κ值为0.454 vs 0.035)。结论肿瘤基因变异临床解读在不同实验室之间存在不一致,实验室间建立共同认可的解读系统,有利于肿瘤基因变异的临床诊断、治疗和预后。
文摘目的BRCA1/2基因胚系变异按照风险等级分为5类,其中3类意义未明位点(variants of the uncertain significance,VUS)需要定期复核。探索变异证据的更新对变异分类的影响并指导携带有害VUS位点的患者进行临床诊疗。方法收集971例进行了BRCA1/2基因胚系检测的患者(乳腺或卵巢癌),筛选出VUS位点128个。整合人群频率数据库、疾病数据库、计算机软件预测、共分离证据、等位基因证据及人群队列研究等证据,重新分析这些VUS位点,明确变异分类是否发生改变。结果142例肿瘤患者携带BRCA1/2基因VUS位点,占14.6%(142/971),变异位点数为128个,其中错义突变、同义突变、框内非移码突变和非编码区突变的比例分别为70.3%、4.7%、3.1%、21.9%。重新复核分析发现11.7%(15/128)的VUS位点可降级为2类,疑似良性。结论随着胚系变异相关证据的不断更新,VUS位点经再次复核后变异分类可能会有所改变。
文摘目的探讨干扰素诱导基因IFIT1与卵巢癌免疫浸润及预后的相关性。方法通过GEO数据库筛选肿瘤免疫相关基因,Kaplan-Meier与Prognoscan预后数据库筛选与卵巢癌预后显著相关的差异基因。GEPIA、Human Protein Atlas与Timer数据库分析IFIT1在卵巢癌组织与正常组织中的表达差异。UALCAN数据库分析IFIT1在不同分级和分期的卵巢癌组织中的表达情况。David数据库对String和Genemania数据库筛选的相互作用基因与蛋白进行GO富集分析。Timer和Tisidb数据库相互验证IFIT1与免疫细胞的相关性。IFIT1干扰质粒成功构建后,利用IFIT1干扰稳转株构建裸鼠移植瘤模型,观察IFIT1敲降后肿瘤生长情况,免疫组化检测中性粒细胞浸润。结果GEO数据库、Kaplan-Meier与Prognoscan预后数据库筛选出IFIT1是与卵巢癌预后显著负相关的肿瘤免疫基因。GEPIA、Human Protein Atlas、Timer数据库以及UALCAN数据库表明IFIT1在卵巢癌组织中表达显著高于正常卵巢组织(P<0.05),但与肿瘤的分期、分级并不存在显著相关性。String、Genemania、David数据库分析发现IFIT1的互作基因与蛋白富集于2’-5’寡聚腺苷酸合成酶的活化、病毒防御、先天性免疫等过程。Timer数据库表明IFIT1与卵巢癌中CD8+T细胞、B细胞、树突状细胞、中性粒细胞和巨噬细胞浸润呈正相关,其中与中性粒细胞相关性最为明显(P<0.001)。Tisidb与GSCA均验证了IFIT1与卵巢癌组织的中性粒细胞浸润呈高度正相关(P<0.05)。RT-qPCR和Western blot证明卵巢癌细胞中IFIT1被成功敲降后,IFIT1干扰细胞的移植瘤生长显著减缓(P<0.05),肿瘤中性粒细胞浸润减少。结论IFIT1可能促进中性粒细胞浸润影响卵巢癌的恶性进程。
