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基于转录组数据挖掘牦牛皱胃发育代谢的关键候选基因 被引量:1
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作者 刘益丽 唐娇 +5 位作者 闵奇 杨露 王泽宁 胡莲 赵迪 江明锋 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期153-168,共16页
旨在比较不同年龄段牦牛皱胃指数测定、转录组表达谱的变化,挖掘影响牦牛皱胃发育代谢的信号通路和关键基因,为进一步探讨牦牛皱胃发育机制提供理论基础。本研究对1日龄、20日龄、60日龄、15月龄与3岁的牦牛皱胃组织进行转录组测序,对... 旨在比较不同年龄段牦牛皱胃指数测定、转录组表达谱的变化,挖掘影响牦牛皱胃发育代谢的信号通路和关键基因,为进一步探讨牦牛皱胃发育机制提供理论基础。本研究对1日龄、20日龄、60日龄、15月龄与3岁的牦牛皱胃组织进行转录组测序,对转录组数据进行质控、比对、差异表达基因筛选,并对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG富集分析。为进一步验证测序数据的可靠性,随机选取5个差异表达基因进行qRT-PCR验证。结果显示,在发育过程中,瘤胃重的增长最快,其次是瓣胃、网胃和皱胃。转录组结果显示,以1日龄组为对照,在20日龄、60日龄、15月龄和3岁组中分别鉴定到1310、1715、1931和2199个差异表达基因,4个组共有基因565个;以前一个时间点为对照,20日龄、60日龄、15月龄和3岁组分别鉴定到1310、861、569和597个差异表达基因,4个对比组共有基因9个。GO功能注释发现,以1日龄组为对照,20日龄、60日龄、15月龄和3岁组分别富集到1191、2578、1117和2835条显著条目,不同年龄组的前10条显著性GO条目中有共有的,也有各年龄阶段特有的条目。KEGG富集分析结果显示,20日龄、60日龄、15月龄和3岁4个年龄段的前30条显著通路中特有信号通路分别为4、1、3和4条,包括ECM受体相互作用、细胞色素P450对外源性物质的代谢和药物代谢-细胞色素P450等与皱胃发育相关的通路。qRT-PCR结果与测序结果基本一致,表明测序结果可靠。通过对牦牛不同发育阶段皱胃组织的转录组测序及生物信息学分析,筛选到与皱胃发育相关的差异表达候选基因,这些基因主要参与胃粘膜上皮细胞增殖分化、细胞分化和免疫调控等过程,其中GKN1、CXCL17、SCNN 1B、SCNN 1G、CCL 5和IGF 2BP3等基因可能在牦牛皱胃发育过程中起着重要作用;进一步筛选到参与皱胃葡萄糖代谢、葡萄糖转运、脂肪酸转运、肽转运等过程相关的信号通路和候选基因,其中GANAB、GBA2、SLC 2A1、SLC 2A3、SLC 2A4、CPT 1B、SLC 15A1等是与牦牛皱胃组织营养代谢和吸收相关的重要候选基因。 展开更多
关键词 不同年龄段 牦牛 皱胃 转录组 发育 代谢
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LPA对牦牛卵丘细胞扩张因子HAS2、PTGS2和PTX3表达的影响
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作者 刘斌 王萌 +2 位作者 潘阳阳 王靖雷 徐庚全 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期552-561,共10页
本研究以溶血磷脂酸(lysophosphatidic acid,LPA)在卵丘细胞扩张中的作用为切入点,旨在探讨不同浓度LPA对牦牛卵丘细胞(yak cumulus cells,YCCs)中卵丘扩张因子(透明质酸合成酶2(hyaluronate synthase 2,HAS2)、前列腺素内过氧化物合酶2... 本研究以溶血磷脂酸(lysophosphatidic acid,LPA)在卵丘细胞扩张中的作用为切入点,旨在探讨不同浓度LPA对牦牛卵丘细胞(yak cumulus cells,YCCs)中卵丘扩张因子(透明质酸合成酶2(hyaluronate synthase 2,HAS2)、前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)和正五聚蛋白3(pentraxin 3,PTX3))表达的影响。本研究以健康成年(3~4岁)雌牦牛的YCCs为研究对象,取对数生长期的YCCs,将不同浓度的LPA(空白对照、阴性对照、5、15、30和50μmol·L^(-1))作用于体外培养的YCCs,分别培养12、24、36、48 h后,CCK-8检测YCCs的细胞活性,采用RT-qPCR和Western-blot法检测YCCs中HAS2、PTGS2和PTX3 mRNA和蛋白相对表达量,细胞免疫荧光染色法检测卵丘扩张因子HAS2、PTGS2和PTX3在YCCs中的分布。试验中每个处理组3个重复。结果显示,LPA孵育12、24、36和48 h,对YCCs的活性有着明显的促进作用。当孵育时间为24 h时,LPA对YCCs活性的促进作用最明显。相比较于对照组而言,当LPA浓度为15μmol·L^(-1)时,不同孵育时间中YCCs的活性提升最为显著(P<0.05)。当LPA浓度为15μmol·L^(-1)时,与空白对照组相比,HAS2、PTGS2和PTX3的mRNA和蛋白相对表达量最高(P<0.05),且YCCs中HAS2、PTGS2和PTX3的荧光强度明显增强。当LPA浓度大于15μmol·L^(-1)时,HAS2、PTGS2和PTX3的mRNA和蛋白相对表达量逐渐下降。本研究表明,LPA对YCCs活性具有促进作用。当孵育时间为24 h,并且LPA浓度为15μmol·L^(-1)时,活性提升最为显著(P<0.05)。LPA可以增强YCCs中卵丘扩张因子HAS2、PTGS2、PTX3的表达,且其作用浓度具有剂量依赖性,最佳浓度为15μmol·L^(-1)。研究结果为阐明LPA促进牦牛卵丘细胞扩张的分子机制提供了理论依据,为进一步提高牦牛卵母细胞的质量和体外受精(in vitro fertilization,IVF)成功率提供理论基础。 展开更多
关键词 牦牛 溶血磷脂酸 卵丘细胞 卵丘扩张因子
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PLZF的克隆及其对犏牛未分化精原细胞的增殖作用
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作者 张鹏 王明秀 +4 位作者 敬科民 李雨谦 田园 钟金城 蔡欣 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期390-402,共13页
【目的】犏牛作为牦牛与黄牛的种间杂交产物,具有优良的生产性能,但其杂种优势的进一步应用却受限于犏牛雄性不育。通过克隆犏牛PLZF,明确其在犏牛和牦牛睾丸组织和未分化精原细胞中的差异表达,并进一步揭示过表达该基因对犏牛未分化精... 【目的】犏牛作为牦牛与黄牛的种间杂交产物,具有优良的生产性能,但其杂种优势的进一步应用却受限于犏牛雄性不育。通过克隆犏牛PLZF,明确其在犏牛和牦牛睾丸组织和未分化精原细胞中的差异表达,并进一步揭示过表达该基因对犏牛未分化精原细胞活性的影响。为阐明犏牛生精停滞的作用机制提供理论基础。【方法】以24月龄公麦洼牦牛和F1代公犏牛为实验动物,通过RT-PCR法克隆得到了犏牛PLZF的CDS序列,并进行了生物信息学分析;通过RT-qPCR法分析PLZF在犏牛和牦牛睾丸组织中的差异表达;采用同源重组的方法构建了PLZF的表达载体,并利用RT-qPCR检测了PLZF过表达效率及其下游靶基因的表达;通过PDT、CCK-8、EdU和免疫荧光检测了过表达PLZF对犏牛未分化精原细胞增殖活性的影响。【结果】克隆获得了犏牛PLZF的CDS区,并通过生物信息学分析发现该基因编码的蛋白序列不包含跨膜结构域和信号肽序列,其三级结构以α螺旋和无规卷曲为主。系统进化树分析表明犏牛PLZF与黄牛PLZF的亲缘关系更近。三级结构预测发现,虽然犏牛、牦牛和黄牛的PLZF蛋白三级结构高度相似,但牦牛PLZF蛋白在531—540位氨基酸处与犏牛和黄牛有较大差异。RT-qPCR发现,PLZF在犏牛睾丸组织和未分化精原细胞中的表达均显著低于牦牛(P<0.05),而在犏牛未分化精原细胞中过表达PLZF后,该基因的表达上调了13.8倍(P<0.01),且能显著增加犏牛未分化精原细胞的增殖活性(P<0.05),表明PLZF表达下调影响了犏牛未分化精原细胞增殖活性。此外,过表达PLZF后,犏牛未分化精原细胞中与增殖相关的基因(Etv5、Bcl6b、Pcna和c-fos)全部显著上调(P<0.05),与分化相关的基因(Stra8、Kit、Dmrt1和Sohlh2)全部显著下调(P<0.05),表明PLZF通过上调增殖相关基因、下调分化相关基因的表达促进犏牛未分化精原细胞增殖。【结论】PLZF在犏牛未分化精原细胞中表达异常降低了犏牛未分化精原细胞增殖活性,导致其数量减少,影响了犏牛的精子发生。本试验为进一步阐明犏牛生精停滞的作用机制提供了理论基础,并为解决犏牛雄性不育问题提供了新的思路。 展开更多
关键词 犏牛 PLZF 未分化精原细胞 增殖
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帕米尔牦牛屠宰性能及肉品质分析
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作者 包鹏甲 丁自强 +11 位作者 马晓明 喇永福 郭涛 郑新宝 马吉尔丁 道敏 周超 左二伟 孔思远 梁春年 郭宪 阎萍 《中国草食动物科学》 CAS 北大核心 2024年第3期83-87,共5页
为揭示帕米尔牦牛种质资源特性,选取成年公母牛各5头进行屠宰性能及肉品质测定,并与文献报道的查吾拉牦牛、环湖牦牛、大通牦牛、肃南牦牛、金川牦牛、九龙牦牛数据进行比较分析。结果显示,帕米尔牦牛公牛的活重(317.00 kg)、胴体重(164... 为揭示帕米尔牦牛种质资源特性,选取成年公母牛各5头进行屠宰性能及肉品质测定,并与文献报道的查吾拉牦牛、环湖牦牛、大通牦牛、肃南牦牛、金川牦牛、九龙牦牛数据进行比较分析。结果显示,帕米尔牦牛公牛的活重(317.00 kg)、胴体重(164.16 kg)、眼肌面积(45.85 cm^(2))、屠宰率(51.32%)和净肉率(39.56%)比母牛分别高25.79%、29.60%、11.45%、2.23%和0.18%,母牛的肉骨比(4.48)比公牛高12.10%。与其他牦牛品种相比,帕米尔牦牛公牛的活重和胴体重比大通牦牛分别高3.31%和43.01%,比环湖牦牛分别高39.04%和61.10%;屠宰率比大通牦牛、环湖牦牛和查乌拉牦牛分别高13.49%、14.89%和6.01%;净肉率比大通牦牛和环湖牦牛分别高31.38%和15.13%,肉骨比比环湖牦牛高7.53%。帕米尔牦牛公牛肉的熟肉率(62.38%)、pH0值(5.86)、pH24值(5.46)和嫩度(10.04 kgf)比母牦牛分别高1.33%、1.21%、3.80%和9.61%,但母牛肉色的亮度(9.97)、红度(37.14)和黄度(10.73)比公牛分别高23.24%、4.44%和2.68%。帕米尔牦牛公牛肉的氨基酸总量(21.09 g/100 g)比大通牦牛和金川牦牛分别高13.39%和2.08%。帕米尔牦牛公、母牛肉的EAA/TAA均大于38.5%,EAA/NEAA分别为63.87%和63.19%。说明帕米尔牦牛肉不仅氨基酸总量丰富,而且必需氨基酸和非必需氨基酸比例适宜。可见,帕米尔牦牛具有良好的屠宰性能及优良的肉品质和营养价值,在今后的品种选育和育肥过程中应该更加重视优质肉块的产量、肉品质及营养价值的整体提升。 展开更多
关键词 帕米尔牦牛 屠宰性能 肉品质
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β_(3)-肾上腺素受体在犊牦牛肾周脂肪组织中的表达分布
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作者 陈付菊 全七十六 +5 位作者 范伟峰 徐伟亮 李颖帮 赵宇田 童依然 陈杏娣 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期652-657,共6页
【目的】探究β_(3)-肾上腺素受体(β_(3)-AR, ADRB3)在犊牦牛寒冷适应中的调控作用。【方法】选取不同日龄(1、7和30日龄)的健康雄性犊牦牛,采用免疫组织化学染色(IHC)、实时荧光定量PCR(qRT-PCR)以及Western blot(WB)对犊牦牛棕色/白... 【目的】探究β_(3)-肾上腺素受体(β_(3)-AR, ADRB3)在犊牦牛寒冷适应中的调控作用。【方法】选取不同日龄(1、7和30日龄)的健康雄性犊牦牛,采用免疫组织化学染色(IHC)、实时荧光定量PCR(qRT-PCR)以及Western blot(WB)对犊牦牛棕色/白色脂肪组织中ADRB3 mRNA及β_(3)-AR蛋白的表达、分布及激素敏感性脂肪酶(HSL)基因mRNA表达进行分析。【结果】IHC结果显示,β_(3)-AR在犊牦牛肾周棕色和白色脂肪细胞中均有分布,且从1~30日龄,β_(3)-AR阳性表达强度显著增加(P<0.05)。qRT-PCR结果显示,从1~30日龄,ADRB3和HSL mRNA表达水平显著增加(P<0.05)。WB结果显示,从1~30日龄,β_(3)-AR蛋白表达水平显著增加(P<0.05)。【结论】ADRB3 mRNA和β_(3)-AR蛋白在犊牦牛肾周棕色和白色脂肪组织中均有表达,且其表达量在白色脂肪组织中高于棕色脂肪组织,说明β_(3)-AR在犊牦牛肾周脂肪组织产热和脂解中均发挥重要的调节作用。 展开更多
关键词 犊牦牛 肾周脂肪组织 棕色脂肪组织 白色脂肪组织 β_(3)-肾上腺素受体
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甘南牦牛棘球蚴病免疫试验
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作者 邓延平 崔王芳 +11 位作者 后双喜 仇桂红 杜海科 张福亨 杨非 惠阿林 陈文景 仁青卓玛 中拉毛草 李小玲 孙瑞明 拉忠草 《甘肃畜牧兽医》 2024年第3期86-90,95,共6页
本试验旨在进一步加强甘南州牦牛棘球蚴病综合防治工作,为完善甘南州牦牛棘球蚴病防治技术提供参考数据,围绕“切断病原循环链”的防控思路,运用羊棘球蚴(包虫)病基因工程亚单位疫苗制品对甘南藏族自治州本地牦牛开展免疫保护试验和安... 本试验旨在进一步加强甘南州牦牛棘球蚴病综合防治工作,为完善甘南州牦牛棘球蚴病防治技术提供参考数据,围绕“切断病原循环链”的防控思路,运用羊棘球蚴(包虫)病基因工程亚单位疫苗制品对甘南藏族自治州本地牦牛开展免疫保护试验和安全性试验,并按照免疫后不同时段对试验动物进行抗体效价检测,分析免疫抗体消长规律及保护效果。结果表明:羊棘球蚴(包虫)病基因工程亚单位疫苗对甘南牦牛有一定的保护效果,免疫组在注射疫苗后,不仅对棘球蚴病有一定的抑制和抵抗作用,而且缩短了生长周期、促进了体重增长。 展开更多
关键词 棘球蚴病 免疫 安全性 保护效果
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青海省地方标准《有机牦牛生产技术规范》解析
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作者 孙璐 崔占鸿 +1 位作者 王迅 刘书杰 《青海畜牧兽医杂志》 2024年第4期70-72,共3页
本文对青海省地方标准《有机牦牛生产技术规范》中的术语和定义、产地环境、饲草料、引入与转换期、繁殖、饲养管理、平行生产、疾病防治、运输、屠宰及分割、档案管理及溯源等内容进行解析,为该标准的推广实施提供参考。
关键词 有机牦牛 标准 技术解析
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基于TMT技术的牦牛妊娠期血清蛋白质组学分析 被引量:1
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作者 姚颖 周应聪 +7 位作者 杜培岩 李一娟 钱文洁 李柳杨 余志鹏 崔燕 余四九 樊江峰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期192-206,共15页
为了探究妊娠期内牦牛血清的蛋白质组特征,筛选并分析差异表达蛋白质(DEPs)在牦牛妊娠维持中的作用。本研究选择9头4岁半至6岁龄健康状况良好且当年未产犊的自然发情母牦牛进行人工授精(AI)。在AI后第30、60及90天采集其血清样品,并对... 为了探究妊娠期内牦牛血清的蛋白质组特征,筛选并分析差异表达蛋白质(DEPs)在牦牛妊娠维持中的作用。本研究选择9头4岁半至6岁龄健康状况良好且当年未产犊的自然发情母牦牛进行人工授精(AI)。在AI后第30、60及90天采集其血清样品,并对授配母牦牛进行妊娠诊断。依据诊断结果将采集的样品进行回顾性分组,即妊娠第1、2、3月组及未妊娠组(未妊娠组样品来自AI后90天经妊娠诊断确诊为未孕的牦牛个体),每组样品3个生物学重复。利用串联质谱标签(TMT)技术对牦牛血清样品的蛋白表达情况进行定量分析,筛选差异表达蛋白,并对其进行GO功能富集和KEGG通路等生物信息学分析,进一步筛选与牦牛妊娠维持相关的潜在蛋白。结果显示,在4组牦牛血清蛋白样品中共获得497个蛋白,以差异倍数≥1.2或≤0.83,且P<0.05为条件筛选,共筛选到68个差异蛋白。GO功能富集和KEGG通路分析显示,这些DEPs在代谢、免疫系统、粘附、生物调节等生物学过程以及补体与凝血级联、金黄色葡萄球菌感染等与炎症和免疫途径相关的通路有明显富集。值得注意的是,妊娠期各组间差异蛋白富集通路中均包含有PI3K-Akt、Rap1、MAPK等与生殖相关的信号通路。DEPs中IGFBP2、FGG、B2M、PDIA4、AZGP1的表达具有随妊娠时间的延长而连续上调的趋势,且这些蛋白在妊娠第3月表达量显著高于未妊娠状态。研究结果表明,牦牛妊娠早期存在明显的血清蛋白组的变化。这些DEPs分别在促进细胞粘附与增殖、母胎血管生成、维持母体代谢与免疫平衡等过程中起到重要作用。尤其是IGFBP2、FGG、B2M、PDIA4、AZGP1可能通过参与调节胎盘生长发育、免疫应答和脂质代谢等过程,在牦牛妊娠维持中发挥着重要作用。研究结果为进一步探明牦牛维持妊娠过程的调控机制提供了基础资料。 展开更多
关键词 TMT 蛋白质组学 牦牛 血清 差异表达蛋白 妊娠维持
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牦牛基因组拷贝数变异研究进展 被引量:2
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作者 徐东辉 徐宇辉 +2 位作者 李瑞哲 成海建 马志杰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期933-943,共11页
拷贝数变异(copy number variation, CNV)是基因组结构变异(structural variation, SV)的重要组成部分。与SNP(single nucleotide polymorphism)相比,CNV显示出更丰富的复杂遗传变异,在家畜重要经济性状遗传机理、疾病诱因和物种进化等... 拷贝数变异(copy number variation, CNV)是基因组结构变异(structural variation, SV)的重要组成部分。与SNP(single nucleotide polymorphism)相比,CNV显示出更丰富的复杂遗传变异,在家畜重要经济性状遗传机理、疾病诱因和物种进化等研究方面具有重要意义。牦牛作为青藏高原的重要牛种,近年来随着高通量测序技术的快速发展和参考基因组的不断升级,其全基因组水平上CNV的研究获得重要进展。本文在阐述基因组CNV的形成原理、作用机制和检测方法基础上,综述了近10年来牦牛基因组CNV的研究现状,分析探究了存在的一些问题与不足,并对其未来的发展和应用趋势进行了展望,以期为深入开展牦牛基因组研究和加速牦牛遗传资源的分子育种进程提供参考。 展开更多
关键词 牦牛 基因组 拷贝数变异(CNV)
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青海高原型牦牛GHR基因多态性与生长发育的关联性 被引量:1
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作者 丁维芹 祁增源 +3 位作者 刘亚倩 韩银仓 李文浩 孙永刚 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第1期9-15,35,共8页
【目的】探索青海高原型牦牛(Bos grunniens)生长激素受体(growth hormone receptor)基因GHR多态性及其与生长性状的关联性。【方法】以440头同等放牧条件下的30~36月龄健康牦牛为试验群体,PCR扩增其GHR基因,测序后用DNASTAR 7.1软件分... 【目的】探索青海高原型牦牛(Bos grunniens)生长激素受体(growth hormone receptor)基因GHR多态性及其与生长性状的关联性。【方法】以440头同等放牧条件下的30~36月龄健康牦牛为试验群体,PCR扩增其GHR基因,测序后用DNASTAR 7.1软件分析单核苷酸多态性(SNP)位点,研究不同基因型及其合并基因型与生长发育指标(体质量、体高、体斜长、胸围和管围)的关联性。【结果】青海高原型牦牛GHR基因上存在g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A 3个SNP位点,其中g.732195A>G上存在2种基因型(AA,AG),g.732091C>G和g.732373G>A上各存在3种基因型(分别为CC、CG、GG和GA、AA、GG);卡方检验表明,g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A均处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态,且g.732195A>G为低度多态(PIC<0.25),g.732091C>G和g.732373G>A为中度多态(0.25<PIC<0.50)。与生长性状的关联性分析发现,g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A能够显著或极显著影响高原型牦牛的体质量和胸围,优势基因型分别为g.732091C>G和g.732373G>A的GG以及g.732195A>G的AA。对合并基因型分析发现,合并基因型GG-AA-GG个体的生长发育尤其是体斜长表现最佳。【结论】青海高原型牦牛GHR基因有3个SNP位点,因其与青海高原型牦牛的部分生长性状相关,可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因。 展开更多
关键词 高原型牦牛 GHR基因 SNP位点 基因多态性 合并基因型
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牦牛源肠道芽孢杆菌的分离、鉴定及生物学特性研究 被引量:1
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作者 周海欧 李兆龙 +3 位作者 李翠婷 闫露 胡鹏程 马燕梅 《中国草食动物科学》 CAS 北大核心 2024年第2期32-38,共7页
为分离鉴定牦牛肠道有益菌的菌种资源,采集了西藏牦牛的肠道内容物,从中分离、纯化优势菌种,经16S rDNA序列比对和生化试验鉴定种属,通过革兰染色观察其形态,并进行抗逆性能、黏附能力、溶血活性、体外抑菌能力和药敏特性等生理生化试... 为分离鉴定牦牛肠道有益菌的菌种资源,采集了西藏牦牛的肠道内容物,从中分离、纯化优势菌种,经16S rDNA序列比对和生化试验鉴定种属,通过革兰染色观察其形态,并进行抗逆性能、黏附能力、溶血活性、体外抑菌能力和药敏特性等生理生化试验鉴定了其菌种特性。结果从牦牛肠道内容物中成功分离纯化获得4株菌株,分别鉴定为枯草芽孢杆菌(XZMN-1)、短小芽孢杆菌(XZMN-2)、贝莱斯芽孢杆菌(XZMN-3)和蜡样芽孢杆菌(XZMN-4)。4株分离菌株均为γ-溶血、不具有生物膜,耐胆盐性、耐酸性强,能在pH值为3.0的培养基中存活;XZMN-3和XZMN-4具有耐高温性,其菌液在80℃下孵育30 min仍能检测到活性。4株菌对大多数抗生素敏感,在不同溶剂中的疏水性相差较大(1.91%~93.15%),自凝集性在13.29%~60.63%之间;4株菌均对沙门氏菌有抑制作用,XZMN-1和XZMN-2对金黄色葡萄球菌有抑制作用。综上说明,分离纯化的4株芽孢杆菌抗逆性高,黏附性能强,其中XZMN-1对大多数抗生素敏感,可作为开发高活性益生菌饲料添加剂的候选株。 展开更多
关键词 牦牛 肠道 芽孢杆菌 有益菌
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牦牛FABP3基因克隆及组织表达谱分析 被引量:1
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作者 戴荣凤 黄纯 +3 位作者 扎老 路建卫 唐月琴 梁春年 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第1期1-8,共8页
【目的】分析牦牛心肌脂肪酸结合蛋白3(FABP3)基因的结构和功能,并检测其在成年牦牛和胎牛中的表达水平,为探究该基因在牦牛育种中的生物学功能提供理论参考。【方法】以美仁牦牛的心脏组织为试验材料,PCR扩增FABP3基因,对得到的编码区... 【目的】分析牦牛心肌脂肪酸结合蛋白3(FABP3)基因的结构和功能,并检测其在成年牦牛和胎牛中的表达水平,为探究该基因在牦牛育种中的生物学功能提供理论参考。【方法】以美仁牦牛的心脏组织为试验材料,PCR扩增FABP3基因,对得到的编码区序列(CDS)进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR),检测FABP3基因在成年牦牛和胎牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏及肌肉组织的表达水平。【结果】牦牛FABP3基因编码区序列长度为402 bp,编码133个氨基酸;蛋白质的高级结构主要是β-转角和延伸链;牦牛FABP3蛋白不存在跨膜区域和信号肽,属于具有一定亲水性的稳定蛋白;牦牛FABP3基因CDS区核苷酸及其编码氨基酸序列的同源性分析显示,FABP3基因在牛属动物中具有一定的保守性;系统进化树分析表明,牦牛与野牦牛和瘤牛的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远。RT-qPCR结果显示,FABP3基因在成年牦牛和胎牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏及肌肉组织中均有表达,但在胎牛肝脏、脾脏、肾脏和肌肉中的表达水平显著或极显著高于成年牦牛,在成年牦牛肺脏中的表达水平极显著高于胎牛。【结论】克隆了牦牛FABP3基因,探究了FABP3基因在牦牛中的组织表达规律,为进一步研究该基因在牦牛脂肪沉积中的作用提供了基础数据。 展开更多
关键词 美仁牦牛 FABP3 基因克隆 生物信息学 组织表达谱
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牦牛MYL3基因的克隆及组织表达分析 被引量:1
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作者 张梦帆 路建卫 +2 位作者 扎老 赵雪 梁春年 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第4期1-9,共9页
【目的】研究牦牛MYL3基因的结构和表达特征,探究其生物学功能及影响牦牛肌肉生长发育的机制。【方法】以美仁牦牛cDNA为模板,PCR扩增MYL3基因编码区序列(CDS),利用MEGA11软件构建系统进化树,利用生物信息学软件对其编码蛋白进行分析。... 【目的】研究牦牛MYL3基因的结构和表达特征,探究其生物学功能及影响牦牛肌肉生长发育的机制。【方法】以美仁牦牛cDNA为模板,PCR扩增MYL3基因编码区序列(CDS),利用MEGA11软件构建系统进化树,利用生物信息学软件对其编码蛋白进行分析。通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测MYL3基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏(参照)、睾丸、肌肉和脂肪组织中的相对表达量。【结果】牦牛MYL3基因CDS区长600 bp,共编码199个氨基酸,存在1个碱基突变位点,位于第165位(A>T)。系统进化分析结果显示,牦牛与普通牛的亲缘关系最近,与单峰驼的亲缘关系最远。生物信息学分析结果显示,牦牛MYL3蛋白为不稳定的亲水性蛋白,无信号肽,不存在跨膜结构,主要存在于细胞质内,有8个磷酸化位点和2个N-糖基化位点,蛋白的二级结构以α-螺旋为主,主要与调控肌肉生长发育的相关蛋白相互作用。RT-qPCR结果表明,MYL3基因在心脏中的表达量最高,极显著高于其他组织;肌肉中次之,与除心脏外的其他组织存在极显著差异。【结论】MYL3基因可能与牦牛心脏发育有关,对肌肉的生长发育和肉质有一定影响。 展开更多
关键词 牦牛 MYL3基因 肌肉生长发育 肌肉品质
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基于转录组学的牦牛不同部位嫩度差异研究
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作者 林青 吴海玥 +2 位作者 胡蓉 闫忠心 刘云娜 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第11期172-179,共8页
为比较牦牛肉不同部位嫩度的差异,以及研究嫩度涉及的基因和途径的运输与合成之间的平衡,以牦牛外脊肉(WJR)、肩肉(JR)、黄瓜条(HGT)3个部位为模型,利用Illumina Hiseq 4000高通量转录组测序技术,分析3个部位中的共同高表达基因及显著... 为比较牦牛肉不同部位嫩度的差异,以及研究嫩度涉及的基因和途径的运输与合成之间的平衡,以牦牛外脊肉(WJR)、肩肉(JR)、黄瓜条(HGT)3个部位为模型,利用Illumina Hiseq 4000高通量转录组测序技术,分析3个部位中的共同高表达基因及显著差异基因。结果显示,JR/HGT/WJR中共同高表达基因为131个,JR/HGT、WJR/HGT和WJR/JR等3组中差异表达基因分别为607、713、295个。通过对3个部位的共同高表达基因聚类分析,初步筛选出11种与嫩度相关候选的基因:肌球蛋白轻链(MYL1、MYL2),肌凝蛋白家族(TPM1、TPM2),编码横纹肌凝蛋白轻链亚基(MYLPF),肌球蛋白重链(MYH1、MYH2、MYH7),肌球蛋白结合蛋白(MYBPC2)、肌结蛋白(MYOT),Cal-sarcin-2基因(MYOZ1)。通过对3个部位差异基因的生物信息学分析,发现6种与嫩度相关的基因:肌凝蛋白β基因(TPM2)、肌凝蛋白γ基因(TPM3),肌球蛋白轻链2(MYL2),肌球蛋白轻链激酶(MYLK3、MYLK4),肌球蛋白重链(MYH6)。最终从3个不同部位中共挖掘出15种影响嫩度的候选基因,这些基因主要通过氧化磷酸化、MAPK信号通路和氮代谢等途径调控嫩度。 展开更多
关键词 青海牦牛 转录组学 不同部位 嫩度品质 生物信息学分析
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天祝白牦牛全线粒体基因组母系遗传多样性 被引量:2
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作者 曹萍 徐宇辉 +4 位作者 刘瑞林 陈生梅 李瑞哲 薛斌 马志杰 《青海大学学报》 2024年第2期28-34,共7页
为从基因组水平上揭示天祝白牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构和母系遗传背景,本研究利用基因组重测序技术,测定42头天祝白牦牛的全基因组序列,获取其线粒体基因组全序列,并从GenBank中下载1条已公布的天祝白牦牛线粒体基因组全序列... 为从基因组水平上揭示天祝白牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构和母系遗传背景,本研究利用基因组重测序技术,测定42头天祝白牦牛的全基因组序列,获取其线粒体基因组全序列,并从GenBank中下载1条已公布的天祝白牦牛线粒体基因组全序列,对共计43条天祝白牦牛线粒体基因组全序列进行综合分析。结果表明:从43条天祝白牦牛线粒体基因组全序列中共识别出971个变异位点,包括25个单一多态位点和946个简约信息位点;通过序列间核苷酸变异确定了20种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.907和0.013,表明天祝白牦牛拥有较为丰富的母系遗传多样性。与野牦牛及环湖、雪多、玉树、青海高原、帕米尔等牦牛品种相比,天祝白牦牛母系遗传多样性相对较低。利用美洲野牛作为参考外群进行系统发育分析,20种单倍型分布于5种单倍型组(A、B、C、E和G)中,归属于3个母系遗传支系(Mt-Ⅰ、Mt-Ⅱ和Mt-Ⅲ),以Mt-Ⅰ支系为主,推测其有3个母系起源。 展开更多
关键词 天祝白牦牛 线粒体基因组 遗传多样性 群体结构 系统发育
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美仁牦牛MYL 9基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究
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作者 马荣 喇永福 +6 位作者 包鹏甲 郭宪 路建卫 扎老 赵雪 梁春年 成述儒 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1410-1419,共10页
【目的】克隆美仁牦牛肌球蛋白轻链9(myosin light chain 9,MYL9)基因CDS区并对其进行生物信息学分析,检测MYL 9基因的组织表达特征,为探究该基因功能提供一定理论依据。【方法】以美仁牦牛肌肉组织cDNA为模板,利用PCR扩增并克隆美仁牦... 【目的】克隆美仁牦牛肌球蛋白轻链9(myosin light chain 9,MYL9)基因CDS区并对其进行生物信息学分析,检测MYL 9基因的组织表达特征,为探究该基因功能提供一定理论依据。【方法】以美仁牦牛肌肉组织cDNA为模板,利用PCR扩增并克隆美仁牦牛CDS区序列,与其他物种进行相似性比对及系统进化树构建;通过在线软件对MYL9蛋白进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR检测MYL 9基因在美仁牦牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中表达情况。【结果】美仁牦牛MYL 9基因CDS区长516 bp,共编码171个氨基酸。系统进化树结果显示,美仁牦牛与野牦牛、普通牛亲缘关系最近,与高山倭蛙亲缘关系最远。MYL9蛋白分子式为C 858 H 1324 N 234 O 274 S 12,原子数为2702,理论等电点为4.85,不稳定系数和总平均亲水性分别为37.22和―0.772,属于稳定亲水性蛋白。MYL9蛋白无信号肽和跨膜螺旋结构,属于非分泌性蛋白;主要定位于线粒体、细胞核、细胞质中,具有17个特异性磷酸化位点。MYL9蛋白二级结构主要由α-螺旋、无规则卷曲、β-折叠和延伸链构成,三级结构预测结果与二级结构一致。实时荧光定量PCR结果显示,MYL 9基因在美仁牦牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中均表达,且肝脏和肌肉组织中表达量显著高于其他组织(P<0.05)。【结论】本研究成功克隆美仁牦牛MYL 9基因CDS区,探究了MYL 9基因的生物学功能及组织表达特征,研究结果为进一步探究牦牛MYL 9基因功能特征提供了参考。 展开更多
关键词 美仁牦牛 MYL 9基因 克隆 生物信息学 组织表达
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不同嫩度牦牛背最长肌中SERPINE1基因克隆、生物信息学及表达分析
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作者 敬科民 张鹏 +6 位作者 李雨谦 田园 董文静 柴志欣 王吉坤 钟金城 蔡欣 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期2308-2318,共11页
【目的】克隆牦牛丝氨酸蛋白酶抑制剂家族E成员1(serpin family E member 1,SERPINE1)基因序列,同时探究不同嫩度牦牛背最长肌组织中SERPINE1基因核苷酸序列差异,为进一步研究其对牦牛肉嫩度的影响提供试验数据。【方法】根据GenBank中... 【目的】克隆牦牛丝氨酸蛋白酶抑制剂家族E成员1(serpin family E member 1,SERPINE1)基因序列,同时探究不同嫩度牦牛背最长肌组织中SERPINE1基因核苷酸序列差异,为进一步研究其对牦牛肉嫩度的影响提供试验数据。【方法】根据GenBank中牦牛SERPINE1基因序列设计特异性引物,通过PCR扩增克隆获得高、低嫩度牦牛背最长肌中的SERPINE1基因序列全长,并对其结构及编码蛋白进行生物信息学分析,通过实时荧光定量PCR检测不同嫩度牦牛背最长肌中SERPINE1基因表达量。【结果】高、低嫩度牦牛背最长肌组织中SERPINE1基因全长分别为8 315和8 318 bp,均编码402个氨基酸且氨基酸序列完全相同。高、低嫩度背最长肌组织中SERPINE1基因非编码序列中存在3个碱基缺失及22个碱基突变(4个碱基颠换、18个碱基转换)。牦牛SERPINE1基因核苷酸序列与普通牛、瘤牛、美洲野牛、绵羊、山羊、家猪、人、小鼠的相似性分别为99.26%、99.26%、99.59%、96.94%、97.02%、90.49%、86.52%和80.10%。SERPINE1蛋白是一个含有23个氨基酸信号肽的亲水性稳定膜外蛋白,位于细胞外,具有34个潜在磷酸化位点,包含1个反应中心环(reactive center loop, RCL)。SERPINE1蛋白二级结构主要由α-螺旋(44.78%)和无规则卷曲(35.32%)构成。实时荧光定量PCR结果显示,SERPINE1基因在高嫩度牦牛背最长肌中表达量极显著高于低嫩度牦牛背最长肌(P<0.01)。【结论】本研究成功从高、低嫩度牦牛背最长肌组织中克隆SERPINE1基因全长并进行了生物信息学特征分析,为后续研究SERPINE1基因参与调控牦牛肉嫩度机制提供理论参考。 展开更多
关键词 牦牛 SERPINE1基因 嫩度 生物信息学 表达
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牦牛TBC1D7基因克隆、生物信息学及表达分析
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作者 张娟香 欧杰次仁 +6 位作者 喇永富 马晓明 吴晓云 郭宪 褚敏 阎萍 梁春年 《中国草食动物科学》 CAS 北大核心 2024年第2期10-17,共8页
为探究西藏牦牛Tre2-Bub2-CDC16结构域家族成员7(TBC1D7)基因的特征及结构,利用RT-PCR克隆了TBC1D7基因的CDS区序列,并对其进行了生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR(qPCR)检测了TBC1D7基因在牦牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉... 为探究西藏牦牛Tre2-Bub2-CDC16结构域家族成员7(TBC1D7)基因的特征及结构,利用RT-PCR克隆了TBC1D7基因的CDS区序列,并对其进行了生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR(qPCR)检测了TBC1D7基因在牦牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉及脂肪组织的表达水平。结果表明,牦牛TBC1D7基因的CDS区全长为882 bp,共编码293个氨基酸;系统进化树分析结果表明,西藏牦牛与野牦牛的亲缘关系最近,与兔的最远;生物信息学分析结果表明,牦牛TBC1D7蛋白不存在信号肽和跨膜结构,属于亲水性蛋白,主要存在细胞核中,且该蛋白具有24个潜在的磷酸化位点,蛋白的高级结构由α-螺旋(65.53%)、延伸连(3.75%)、β-转角(3.75%)和无规则卷曲(29.96%)构成。qPCR检测结果显示,TBC1D7基因在西藏牦牛脾脏组织中的表达最高,极显著高于其他组织(P<0.01)。 展开更多
关键词 西藏牦牛 TBC1D7基因 克隆 生物学分析 组织表达
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牦牛HMGN1多克隆抗体制备及应用
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作者 李玉平 王立斌 +5 位作者 潘阳阳 王萌 张晖 张瑞 贾利毅 余四九 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2106-2115,共10页
为了克隆牦牛高迁移率族核小体结合蛋白1(HMGN1)基因并制备牦牛HMGN1多克隆抗体,探究HMGN1在牦牛生殖生理研究过程中的作用,本研究通过基因克隆获得牦牛HMGN1基因序列并对其进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测HMGN1... 为了克隆牦牛高迁移率族核小体结合蛋白1(HMGN1)基因并制备牦牛HMGN1多克隆抗体,探究HMGN1在牦牛生殖生理研究过程中的作用,本研究通过基因克隆获得牦牛HMGN1基因序列并对其进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测HMGN1在牦牛子宫、卵巢、输卵管中的相对表达量。利用原核表达、亲和层析法纯化牦牛HMGN1重组蛋白,免疫10月龄新西兰大白兔,亲和层析法纯化所制备的牦牛HMGN1多克隆抗体;分别利用蛋白免疫印迹(WB)、免疫组织化学技术(IHC)检测HMGN1在牦牛生殖器官中的表达和定位;利用免疫荧光技术(IF)检测HMGN1蛋白在颗粒细胞中的表达。本试验成功克隆了牦牛HMGN1基因并制备了牦牛HMGN1多克隆抗体。WB结果显示,HMGN1蛋白在黄体期和卵泡期牦牛子宫的表达量高,妊娠期的表达量最低(P<0.05);卵巢组织中,妊娠期的表达量最高,卵泡期的表达量最低(P<0.05);输卵管中妊娠期的表达量最高,黄体期和卵泡期的表达量较低(P<0.05)。IHC结果显示,HMGN1主要分布在子宫内膜和子宫腺、卵泡膜和卵泡颗粒层、输卵管黏膜上皮等部位。IF结果显示,HMGN1主要表达在卵巢颗粒细胞的细胞质中。综上,HMGN1在牦牛发情周期和妊娠过程中均参与调节。本研究结果为进一步研究HMGN1蛋白在调节牦牛生殖生理机制提供了基础资料。 展开更多
关键词 牦牛 HMGN1 原核表达 多克隆抗体
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缺氧诱导基因1C在牦牛隐睾中的表达及其调控机制研究
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作者 马密兰 王琪 +3 位作者 颜秋 李天安 赵兴绪 张勇 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期2983-2994,共12页
旨在探究缺氧诱导基因1C(HIG1 hypoxia inducible domain family member 1C,HIGD1C)对牦牛睾丸支持细胞凋亡的影响。本研究分别选择3头3~6岁龄健康状况良好的公牦牛和隐睾症公牦牛,以其睾丸组织作为研究材料。通过HE染色、牦牛睾丸支持... 旨在探究缺氧诱导基因1C(HIG1 hypoxia inducible domain family member 1C,HIGD1C)对牦牛睾丸支持细胞凋亡的影响。本研究分别选择3头3~6岁龄健康状况良好的公牦牛和隐睾症公牦牛,以其睾丸组织作为研究材料。通过HE染色、牦牛睾丸支持细胞分离培养、间接免疫荧光、RT-qPCR、Western blot、HIGD1C过表达与干扰载体构建及体外细胞转染等技术,探究HIGD1C对牦牛睾丸支持细胞凋亡的调控机制。结果显示:正常睾丸基底膜及间质组织完整,曲细精管、管周肌细胞及支持细胞等排列紧密,隐睾中曲细精管断裂萎缩且HIGD1C在牦牛隐睾组织中转录及蛋白的表达水平极显著于高于正常睾丸组织(P<0.01);HIGD1C蛋白主要分布在睾丸间质细胞和支持细胞;成功分离培养出牦牛睾丸支持细胞且HIGD1C蛋白定位于原代睾丸支持细胞胞核;HIGD1C过表达支持细胞后,Bcl-2 mRNA表达水平显著上调(P<0.05),蛋白表达水平极显著上调(P<0.01),Bax和Caspase-3 mRNA和蛋白表达水平均极显著上调(P<0.01),流式细胞术结果显示过表达HIGD1C组支持细胞凋亡率极显著上升(P<0.01);反之,HIGD1C敲除后,Bax、Bcl-2和Caspase-3 mRNA和蛋白表达水平均极显著下调(P<0.01),流式细胞术结果显示HIGD1C敲除组支持细胞凋亡率极显著下调(P<0.01)。本研究结果表明:正常睾丸组织结构完整,隐睾间质疏松,且HIGD1C在牦牛隐睾组织中高表达。体外细胞试验表明上调HIGD1C,可以激活促凋亡蛋白,促进牦牛支持细胞凋亡;反之,下调HIGD1C表达水平会抑制支持细胞凋亡。提示HIGD1C参与调控牦牛睾丸支持细胞的凋亡,为揭示牦牛隐睾的发生机制提供了参考。 展开更多
关键词 HIGD1C 隐睾症 支持细胞 凋亡 牦牛
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