杭州市规模化养殖场湖羊芽囊原虫的PCR检测与基因亚型鉴定

[目的]掌握杭州市规模化养殖场中湖羊芽囊原虫的感染情况和基因亚型分布。[方法]从杭州市4个规模化养殖场采集167份湖羊的新鲜粪便样本,提取粪便全基因组DNA;基于小亚基核糖体RNA(SSU rRNA)基因,对粪便DNA样本进行PCR扩增,对阳性产物进行测序;经序列比对鉴定芽囊原虫基因亚型,构建系统进化树解析其遗传进化关系。[结果]167份样本中,检测出芽囊原虫阳性样本18份,感染率为10.78%(18/167);3个养殖场呈芽囊原虫阳性,感染率依次为21.43%(3/14)、21.21%(14/66)和2.13%(1/47),1个养殖场未检测出芽囊原虫;不同养殖场之间湖羊芽囊原虫的感染率存在极显著(P<0.01)差异。鉴定出7个芽囊原虫基因亚型,分别为ST7(n=1)、ST10(n=9)、ST21(n=3)、ST23(n=1)、ST24(n=2)、ST26(n=1)、ST30(n=1),以ST10亚型为优势感染亚型(9/18,50.00%);基于芽囊原虫SSU rRNA基因的系统进化树分析发现,6种基因亚型序列聚类形成1个大群,其中ST10和ST23聚类形成亚群,ST21、ST26和ST30聚类形成亚群,ST24聚类形成亚群;而ST7聚类形成另外1个群。[结论]杭州市湖羊芽囊原虫感染较常见,其基因亚型存在遗传多样性。研究结果为我国绵羊芽囊原虫的感染情况调查提供了基础数据。

陕西奶牛源微小隐孢子虫的基因亚型鉴定及其遗传进化分析

隐孢子虫是一种寄生于人和多种动物消化道的人兽共患寄生性原虫,可通过污染食物、水源等感染宿主,常引起宿主水样腹泻,甚至死亡。微小隐孢子虫(Cryptosporidium parvum)是隐孢子虫属中致病力较高的种类之一,有研究表明,C.parvum的致病力与其gp60基因亚型有强相关性。因此,本研究基于gp60基因位点并应用分子生物学方法对分离自陕西奶牛源微小隐孢子虫进行基因亚型鉴定和遗传进化分析。结果表明,该研究中奶牛源C.parvum分离株(SX-1)属于Ⅱd亚型家族,基因亚型为ⅡdA19G1,与GenBank中MH049734、MN304768、MT156342和AY738194等参考分离株同归于一个大支,均属于Ⅱd亚型家族。该研究所获得的结果表明C.parvum在陕西省奶牛中分布广泛且具有遗传多样性,对做好犊牛腹泻疾病的精准防控具有重要意义,可为陕西奶牛源C.parvum有效防控策略的制定提供理论基础和数据支撑。

广州市花都区某医院妇科门诊HPV感染基因亚型情况分析

目的分析某院受检女性人乳头状瘤病毒(HPV)感染的基因分型类型及其感染特征。方法采用PCR+反向点杂交技术检测28种HPV基因亚型。结果HPV感染率24.15%,HR和LR占比前五为:HPV52、16、53、58、39,和HPV61、81、54、42、44。单一感染占比68.97%、2重感染占比20.72%,多重感染型别组合无明显差异。各年龄组HPV总体感染率最高为≤25岁组,其次是≥66岁、56~65岁组,各年龄组HPV总体、单一及多重感染率整体呈现近似“U”形变化曲线。结论某院妇科门诊就诊人群HPV感染以单一感染为主,多为青中年群体。HPV基因亚型具有种群或地区分布的特点。HPV感染率为24.15%,最常见HPV 52、16及53,均属高危型,HPV感染三个高峰年龄段为≤25岁、56~65岁和≥66岁。

巢式PCR-RFLP法对湖南省乙型肝炎病毒Bj和Ba基因亚型的初步鉴定

目的:检测湖南省乙型肝炎病毒(HBV)基因亚型(Bj或Ba)的分布情况,了解基因亚型与HBV致病性的关系,希望以此诠释相同基因型HBV导致不同病情的机制. 方法:随机选取经多对型特异性引物巢式PCR法鉴定为B 基因型HBV的血清标本50例,包括慢性HBV携带者和慢性重型乙型肝炎患者各25例,采用巢式PCR-RFLP法鉴定其基因亚型(Bj或Ba). 结果:50例B基因型HBV均为Ba亚型,没有发现Bj亚型结论:湖南省B基因型HBV可能主要为Ba亚型.相同基因型HBV导致不同病情的机制可能还与其他因素(如HBV准种)有关.

我国汉坦病毒基因型和基因亚型的分布研究

为了搞清全国汉坦病毒的基因型和亚型的分布情况 ,广泛收集了全国各地汉坦病毒毒株、阳性病人血清和阳性鼠肺 ,并应用RT -PCR的方法 ,应用汉坦病毒型特异性引物 ,对这些不同来源的阳性标本中汉坦病毒型特异性M和S片段进行扩增和测序 ,并与其它已知病毒序列进行比较 ,以明确其型别和亚型及其在全国的分布情况。结果表明 :我国HFRS各疫区仍然为HTNV和SEOV两型病毒 ,但亚型分布差异较大 ,其中HTNV可分为 9个亚型 ,SEOV则有 4～ 6个亚型。Q32株的部分M和S片段分属于H9和H2亚型 ,是一个基因重排病毒 ,而Nc16 7株在系统发生上与其它HTNV明显不同 ,比较核苷酸序列发现 ,其M片段与其它HTNV的同源性在 71 3%～ 76 7%之间 ,S片段与其它HTNV的同源性只有 5 2 3%～ 5 7 8% 。

应用异源双链泳动分析法快速确定(HIV-1)基因亚型

应用异源双链泳动分析法（Ｈｅｔｅｒｏｕｄｕｐｌｅｘ ｍｏｂｉｌｉｔｙ ａｓｓａｙ，ＨＭＡ） ，对来自我国云南、四川、新疆、浙江、广东、福建、天津７ 省市７３ 份ＨＩＶ 感染者样品，进行了ＨＩＶ－ １ 膜蛋白（ｅｎｖ） 基因片段亚型分析。通过ＨＭＡ 能确定亚型的有７０ 份，占样品总数的９５－８９ ％ （７０／７３） 。其中Ａ 亚型２－８６ ％ （２／７０） ，Ｆ亚型２ ．８６ ％ （２／７０） ，泰国Ｂ 亚型１８ ．５８ ％ （１３／７０） ，欧美Ｂ 亚型８ ．５６ ％ （６／７０） ，Ｃ亚型３８ ．５７ ％ （２７／７０） ，Ｅ亚型２８－５７ ％ （２０／７０） 。为了检验结果的准确性和探讨３ 份样品不能用ＨＭＡ分型的原因，进一步对样品进行序列测定和系统树分析，并将两者结果的相互比较，两者对ＨＩＶ－ １ 分型显示出高度的一致性，其亚型一致率达９５－８９ ％ （７０／７３） 。而３ 份样品不能确定亚型的原因主要是，其ｅｎｖ 基因区段与相应的参考亚型质粒毒株相比变异太大。这提示，为了提高ＨＭＡ分型的敏感性，应不断地选择代表性好的毒株构建参考亚型质粒。

人乳头瘤病毒基因亚型分布及与宫颈病变关系分析

目的:探讨女性HPV感染率和基因亚型分布,分析其与宫颈病变的关系。方法:收集四川大学华西第二医院2011年9月至2012年8月妇科就诊29832例女性患者的宫颈脱落细胞进行HPV基因分型检测。对2398例同时具有宫颈活检组织病理诊断结果的患者进行分组,包括慢性宫颈炎症组599例;CINⅠ组437例;CINⅡ/Ⅲ组906例(CINⅡ338例,CINⅢ568例);宫颈癌组456例。结果:HPV感染率为25.20%(7518/29832),其中高危型HPV、低危型HPV、HPV多重感染率分别为21.03%(6275/29832)、4.17%(1243/29832)、5.94%(1772/29832)。常见的高危型HPV为HPV16、58、33、52、18。随着年龄增加,HPV感染率呈现增高趋势。随着宫颈病变的严重程度增加,HPV感染率增高。所有宫颈病变中,常见的高危型HPV由高至低依次为HPV16、58、33、18、52;在宫颈癌组中为HPV16、18、58、33、52;在CINⅡ/Ⅲ组为16、58、33、52、18。在HPV阳性的不同程度宫颈病变中均以单一感染为主,除慢性宫颈炎组外,单一感染的比例随宫颈病变程度增加而增加。结论:本研究最常见的高危型HPV为16、58、33、52、18,与其他地区相比存在一定的地区差异。HPV感染率随年龄增加呈现增高趋势。在不同宫颈病变中,HPV的型别分布有所不同,单一感染可能更易导致宫颈癌的发生。

华北地区HBV基因亚型特点及其与核苷(酸)类抗HBV药物耐药突变的关系

目的研究乙型肝炎病毒(HBV)基因亚型在中国华北地区的分布情况及其对核苷(酸)类药物基因型耐药突变发生率的影响。方法提取2377例慢性乙肝(1942例)和乙肝相关肝硬化(435例)患者血清HBVDNA,采用巢式PCR扩增反转录酶(RT)基因区,对PCR产物直接测序,根据所测RT/S基因序列构建系统进化树确定HBV基因亚型,检测RT区耐药突变,将数据录入HBVdb数据库进行分析。结果感染HBV各基因亚型的例数为B1型10例(0.4%),B2型344例(14.5%),B3型6例(0.3%),B4型8例(0.3%),C1型28例(1.2%),C2型1937例(81.4%),C3型21例(0.9%),C4型6例(0.3%),D型17例(0.7%)。B2和C2亚型患者之间在性别、HBVDNA载量、总胆红素、丙氨酸氨基转移酶/天冬氨酸氨基转移酶(ALT/AST)水平、胆碱酯酶、凝血酶原活动度方面差异无统计学意义(P>0.05);慢性乙肝患者中,C2亚型病毒感染的拉米夫定耐药突变V173L、L180M、M204I和阿德福韦酯耐药突变A181V检出率显著高于B2亚型病毒感染(P<0.05);乙肝相关肝硬化患者中,B2亚型病毒感染的阿德福韦酯耐药突变N236T检出率显著高于C2亚型病毒感染(P=0.014)。结论我国华北地区流行的HBV以C型和B型为主,其中C2和B2为主要亚型,HBV基因亚型可能会影响临床核苷(酸)类药物的耐药突变发生率。

云南红河和文山地区女性宫颈人乳头瘤病毒感染基因亚型分布状况研究

目的探讨云南省红河和文山两个多民族地区女性人乳头瘤病毒(HPV)感染基因亚型分布及年龄特点。方法对2009年3—9月在我院就诊的来自云南省红河和文山两个多民族地区的2 887名女性进行生殖道21种HPV感染基因亚型筛查,分析常见感染亚型及分布特点。结果 2 887名女性HPV总感染率为14.1%,21种基因亚型均被检出,常见的5种高危亚型依次为HPV 68、16、52、58、18型,常见的2种低危型为HPV 6、43。高危亚型感染率82.8%,单纯低危亚型感染率12.6%,单一感染率81.3%,多重感染率18.7%,其中以二重感染最多见。HPV感染集中于≤45岁,各年龄段HPV感染检出率及类型比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论云南省红河和文山地区女性HPV感染常见基因亚型总体符合亚洲人群分布规律,又有独特的区域性,HPV感染主要分布在≤45岁人群。

400例健康体检妇女宫颈感染人乳头瘤状病毒基因亚型的检测及分析

目的了解健康体检妇女宫颈人乳头瘤状病毒(human papillomavirus,HPV)感染状况和亚型分布,为宫颈癌的防治提供理论依据。方法对体检女性宫颈脱落细胞应用基因芯片技术进行HPV亚型检测并分析其感染率及年龄分布。结果400例女性中共检出HPV阳性68例,占总检测人数17.0%。68例中高危型HPV感染者42例,占61.8%;低危型HPV感染者15例,占22.1%;高低危混合HPV感染者11例,占16.1%。阳性患者中高危型以16型为主,占23.5%;其次为66型,占8.8%;低危型以43和11型为主,分别占13.2%和8.8%。在各年龄组中,20～34岁妇女HPV感染率最高,为18.2%,≤19岁、≥35岁患者的HPV感染率依次为15.4%和12.7%,受检者各年龄组之间HPV感染率差异无统计学意义。结论健康体检女性中有相当的比例感染HPV,尤其是高危型。对体检女性进行HPVDNA检测及分型有重要意义。

2015年我国部分地区2.1d新基因亚型猪瘟病毒的分子流行病学分析

为了解猪瘟病毒（CSFV）在我国的流行情况，本研究对2015上半年来自4个省疑似猪瘟（csF）病料样品采用RT．PCR方法进行检测，28份样品中14份为CSFV阳性，并对这些阳性样品进行CSFVE2基因遗传进化分析。结果表明，14个病毒株中11个属于2．1d新基因亚型，它们与CSFV代表株Shimen、HCLV和2．1b基因亚型病毒株的核苷酸同源性分别为82．8％～84．1％、81．1％～82．4％和92．6％～97．1％，氨基酸同源性分别为89．8％～91．2％、88．2％～89．8％和94．1％～98．9％，其余3个病毒株属于2．1b亚型。这些2．1d亚型新分离株在E2基因的4个氨基酸（R31、S34、K303和A331）上具有相同的分子特征。本研究结果与我们2014年CSFV流行病学研究结果一致，表明2．1d亚型病毒株已成为我国现阶段CSFV的主要流行株。

云南省丙型肝炎病毒基因型和基因亚型的分布与流行特点

丙型肝炎病毒（HCV）根据其基因变异和流行特点的不同，可分为若干基因型和基因亚型，目前已发现的HCV基因型有6种，基因亚型则超过80多种。由于地域关系和卫生医疗条件的限制，HCV在云南境内的流行情况十分严重，其基因型和基因亚型复杂多样，是国内HCV传播具有独特性和代表性的地区之一。

人乳头瘤病毒基因亚型与宫颈病变的关系

目的研究不同程度的子宫颈癌前病变者感染HPV的基因亚型,以探讨不同基因型HPV感染的致癌性。方法研究对象系356例宫颈HPV感染的患者。以第二代杂交捕获(HCⅡ)试验检测13种HPV-H,同时采用核酸分子快速杂交基因分型技术进行21种HPV-DNA亚型分析;所有研究对象均行宫颈薄层液基细胞学检测(LCT)及阴道镜下宫颈多点活检。根据细胞与病理学诊断有无宫颈病变及其病变程度分组。①宫颈癌与高度鳞状上皮内瘤变(HSIL)组:包括宫颈浸润癌9例、CINⅢ57例、CINⅡ53例;②低度鳞状上皮内瘤变(LSIL)组:包括CINⅠ112例、HPV感染52例;③正常或炎症组:宫颈细胞与组织学正常或炎症者73例。通过HPV-DNA亚型分布,分析HPV感染基因型与宫颈病变程度的关系。结果HPV-H与宫颈癌变密切相关,本组高度病变以上患者中HPV-H阳性率达98·4%;随着宫颈病变程度加重,HPV-H双重与多重感染有增加趋势,在正常与炎症组、LSIL组与HSIL组中两种以上HPV-H基因型感染者分别占13·7%、17·7%和36·6%,HSIL组明显高于其他两组,差异有显著性(P<0·01);本组HPV亚型感染频度由高到低依次为HPV-16(32·9%)、58(18·8%)、52(16·9%)、18(9·0%)、33(8·2%)、68(7·3%)、11(低危型,6·5%)、31(6·2%)、53(5·6%)、39(5·3%)、CP8304(5·1%)、66(3·9%)、6(2·5%)和51、56、45、35、59、43、44、82等少见型;HPV-16、58、33、52与18型在高度鳞状上皮内瘤样病变(HSIL)中感染率分别为56·4%、19·3%、16·0%、12·6%和8·4%,说明这些亚型致癌性更强;两种HPV-DNA检测技术所获结果,具有很高的一致性。结论本组宫颈病变患者感染HPV型别以16、58、52、18、33较为多见,HPV-16、58、33、52与18型致癌性较强;HPV-DNA分型检测在临床诊断与判断预后上具有重要意义。

HIV-1与HIV-2交叉反应毒株的基因亚型分析

目的分析HIV-1+2蛋白印迹试验中HIV-1确证阳性同时出现HIV-2带型样本的基因亚型。方法将HIV-1+2确证试验中同时出现HIV-2带型的样本,通过基因诊断确认是否为HIV-2共感染;同时扩增HIV-1 gag,env基因段,通过测序和系统进化树的构建,分析具有HIV-2带型的HIV-1毒株的基因亚型。结果在34份出现HIV-2带型的标本中,基因诊断发现均为交叉反应,并非HIV-1和HIV-2共感染。出现交叉反应的毒株中以AE亚型为主,占73.5%(25/34),BC重组和B亚型分别占17.7%(6/34)和8.8%(3/34)。结论HIV-1+2蛋白确证试验中HIV-1确证阳性,同时出现HIV-2带型的阳性样本,并非HIV-1和HIV-2共感染,而是交叉反应。出现交叉反应的HIV-1毒株以AE亚型为主。

广州地区儿童感染幽门螺杆菌iceA基因亚型与胃炎的相关性研究

目的探讨广州地区儿童感染幽门螺杆菌(H.pylori)的iceA基因亚型与胃炎的关系。方法105例胃、十二指肠疾病患儿的胃窦处取3块胃黏膜,分别进行快速尿素酶反应、病理检查和聚合酶链反应(PCR)。抽提胃黏膜基因组DNA,用3对引物检测H.pyloriureA和iceA基因,分析H.pylori iceA基因亚型与胃炎的关系。结果105例样本中,快速尿素酶反应、病理检测和聚合酶链反应(PCR)三者均阳性的标本52例,H.pylori iceA1亚型菌株单独检出率78.84%(41/52),H.pylori iceA2亚型菌株单独检出率1.92%(1/52),H.pylori iceA1和iceA2亚型均阳性的检出率3.84%(2/52),iceA1和iceA2亚型均阴性的比率15.38%(8/52),H.pylori iceA1亚型阳性率与其它基因亚型相比较,差异有显著性;感染H.pylori iceA1亚型菌株的患儿中轻度慢性胃炎3例,中度慢性胃炎15例,重度慢性胃炎25例;未感染H.pylori iceA1亚型菌株的患儿中轻度慢性胃炎2例,中度慢性胃炎4例,重度慢性胃炎3例,感染H.pylori iceA1亚型菌株患儿与未感染H.pylori iceA1亚型菌株患儿的胃黏膜病变程度差异有显著性(P<0.05)。结论H.pylori iceA1亚型是广州地区儿童感染H.pylori的优势基因亚型,H.pylori iceA1菌株容易引起较严重慢性胃炎。

系统发生分析发现牛病毒性腹泻病病毒新基因亚型

本研究对我国首次分离获得的牛源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)毒株Changchun 184(CC-184)和猪源牛病毒 性腹泻病毒ZM-95进行了遗传衍化关系研究。选择主要抗原E2基因为研究对象,首先应用RT-PCR及套式PCR 克隆得到CC-184和ZM-95的E2片段,通过序列测定发现CC-184和ZM-95 E2基因长度分别为1,122bp和1, 125bp,各自编码374和375个氨基酸残基。核酸序列同源性比较和系统发生分析表明2株病毒均属于BVDV-1, CC-184与Osloss亲缘关系最近,都属于已有的b基因亚型,其E2基因同源性达91．8％。而ZM-95的E2基因有 一个特征性的变异区,包含一个密码子序列插入,这一变异区编码了一段有别于其他瘟病毒的五肽氨基酸序列 HYKKK。结果还表明ZM-95与BVDV-1现有的5个基因亚型的亲缘关系均较远,E2基因同源性最高(与Oregon c24v)只有72．4％。而BVDV-1亚型内毒株间的同源性大于85％,亚型间的同源性在69％～75％之间,充分说明 ZM-95是BVDV-1中一个新发现的基因亚型。通常认为猪源BVDV来源于牛,应该与牛源BVDV有十分近的遗 传关系,但是本研究发现ZM-95与其他已知牛源BVDV较低的基因同源性说明猪源BVDV还具有独立的遗传衍 化与传播来源的可能性。

a-1,3-N-乙酰半乳糖胺转移酶基因EXON 7突变形成A311血型基因亚型

本研究对1例产生抗A抗体的血清学正反定型不符的A血型标本进行血型血清学分析及基因分析,以了解其分子基础。采用试管法进行血型血清学的检测,采用PCR-SSP对A基因进行扩增分析,采用Sanger测序法对A血型糖基转移酶基因进行测序分析。结果表明:血清学正反定型不符,初定为A亚型;PCR-SSP扩增检测结果有O、A血型基因的存在;对ABO基因第6外显子测序发现存在c.261delG,显示有O基因;对A、O基因第7外显子进行特异性扩增测序分析显示,在A单倍型基因第7外显子出现c.467 C>T、c.626 G>A的突变,在O单倍型基因第7外显子出现c.646T>A、681G>A、771C>T、829G>A等突变。结论:该献血者在A基因第7外显子的c.626G>A是新的等位基因突变,c.467 C>T是SNP;新突变的GenBank序列号是KC690281,被BGMUT命名为1个新的A等位基因亚型A311。

泉州地区慢性乙型肝炎患者HBV基因型、基因亚型及血清型分布调查

目的调查泉州地区慢性乙型肝炎患者HBV基因型、基因亚型及血清型的分布。方法采用巢式PCR法对48例样本S基因扩增后进行测序,应用Neighbor-Joining构建系统进化树并分析其基因型和基因亚型,应用Magnius和Norder法进行血清型分析。结果 48例慢性乙型肝炎患者中,检测出B基因型35例(68.8%),C型13例(31.2%);B基因型中Ba亚型占97.0%,adw2血清型占93.9%;C基因型中C2亚型占93.3%,adrq+血清型占80.0%。结论泉州地区慢性乙型肝炎患者以B基因型为主,其次是C基因型;B基因型样本中,以Ba亚型和adw2血清型为主,C基因型样本中,以C2亚型和adrq+血清型为主。

幽门螺杆菌不同基因型和基因亚型与甲硝唑耐药性的研究

目的研究Helicobacter pylori菌株本身的毒力差异是否与H.pylori菌株对甲硝唑的敏感性有关。方法 用E-test方法检测109株H.pylori菌株对甲硝唑的敏感性;PCR检测H.pylori菌株不同的vacA基因亚型、cagA、iceA和babA2基因型。结果 云南地区甲硝唑耐药率为67.89％;vacA、cagA、iceAl、babA2基因的各种基因亚型和基因型在H.pylori菌株甲硝唑耐药率上无显著性差异。结论 H.pylori菌株本身的毒力差异与H.pylori菌株对甲硝唑的敏感性无关。