三江源地区鼠疫耶尔森菌CRISPR基因分型及流行特征研究

目的了解三江源地区鼠疫菌株分布情况,进行规律间隔成簇短回文重复序列(Clustered regularly in-terspaced short palindromic repeats)基因分型研究,为该地区鼠疫疫源地菌株鉴定溯源、科学防控提供理论依据。方法选取三江源地区310株鼠疫菌提取DNA,分别PCR扩增、测序3个CRISPR的位点YPa、YPb和YPc,所测得CRISPR序列与CRISPR Dictionary数据库最新数据进行比对,鉴定CRISPR spacer阵列并对三江源地区鼠疫菌进行基因分型。对310株鼠疫菌结合CRISPR基因型和分离宿主信息进行统计分析。结果310株鼠疫菌共发现26种spacer,分别为YPa15种、YPb8种、YPc3种;310株鼠疫菌被分成16个不同CRISPR基因型,G22型和G22-a1′型分布于整个三江源地区包括称多县、治多县、玉树市、曲麻莱县、囊谦县、杂多县、玛多县、玛沁县、同仁县、泽库县、共和县、同德县、贵德县;G24型分布于泽库县、玛多县、囊谦县、称多县;G26-a1′型主要分布于共和县、兴海县、贵德县、玛多县、称多县、杂多县,16个基因型归类为7个CRISPR类群:Cb4、Cb4′、Ca7、Ca7′、Ca8、Ca35′、Cc3′。结论三江源地区鼠疫菌CRISPR基因型具有多样性,不同疫源地基因型分布特征显著,且不同菌株基因型存在差异。

血清学检测和基因分型在ABO疑难血型鉴定中的性能评价

目的分析血清学检测和基因分型在ABO疑难血型鉴定中的应用。方法对106例ABO疑难血型实施血清学检测(吸收放散试验)等,同时对其实施基因分型检测(荧光定量PCR试验),以基因测序结果为金标准,评估血清学检测和基因分型所得结果与基因测序一致性,比较两种检查方式灵敏度、特异度。结果以基因测序为金标准,血清学检测所得结果一致性为中度,基因分型检测所得结果一致性很好。通过比较血清学检测和基因分型灵敏度、特异度可知,两种检查方式所得特异度、灵敏度差异有统计学意义,基因分型灵敏度、特异度更高(P<0.05)。结论基因分型检测和血清学检测有各自的优缺点,但总体上来说,基因分型检测具有更高的准确性和可靠性,更快速、高效。

新疆地区249例RhD变异型基因分型研究

目的研究分析新疆地区RhD变异型标本的RHD基因分型特征。方法收集2006年1月—2023年6月常规RhD阴性确认工作中RhD抗原盐水法阴性或弱阳性、间接抗人球蛋白试验(IAT)阳性的RhD变异型标本249例,并做RhCE抗原分型,提取血液基因组DNA,采用PCR-SSP或qPCR方法对RHD基因进行分型,必要时用基因测序验证。结果249例RhD变异型标本中,检出弱D15型(RHD*15)155例(62.25%)、DⅥtype 3型(RHD*06.03.01)30例(12.05%),弱D1型(RHD*01W.1)7例(2.81%)、弱D17型(RHD*01W.17)2例(0.80%)、DⅥtype 4型(RHD*06.04)3例(1.20%)、DⅤtype 2型(RHD*05.02)9例(3.61%)、DⅢa型(RHD*03.01)1例(0.40%),以及DEL1227A(RHD*01EL.01)6例(2.41%),未能确定RHD等位基因型别,有待进一步基因测序分析的标本有36例。RHD*15的常见Rh表型为ccEe。结论新疆地区RhD变异型的RHD基因以RHD*15为最常见,并存在丰富的遗传多态性。

宫颈病变患者HPV基因分型检测及其临床意义分析

目的:分析宫颈病变患者人乳头瘤病毒(HPV)基因分型检测及临床意义。方法:回顾性分析2021年5月—2023年5月泰兴市人民医院收治的125例宫颈病变患者的临床资料,均进行HPV基因分型检测。统计125例宫颈病变患者HPV感染阳性率、HPV基因分型情况(多重感染重复计算)。比较不同程度宫颈病变患者中HPV感染阳性率、高危型HPV感染阳性率。以病理检查为“金标准”,分析并比较液基薄层细胞学检查(TCT)单独诊断、TCT联合HPV基因分型诊断子宫颈癌的准确度、敏感度、特异度。结果:125例宫颈病变患者中,HPV感染阳性率为51.20%(64/125),HPV感染阳性患者中HPV基因型总数为92株,其中高危型HPV为63.04%(58/92),低危型HPV为36.96%(34/92)。高危型HPV感染阳性率最高的前5位基因型分别为HPV16(16.30%)、HPV18(11.96%)、HPV58(8.70%)、HPV53(6.52%)、HPV51(4.35%);低危型HPV感染阳性率最高的前3位基因型分别为HPV6(8.70%)、HPV11(7.61%)、HPV40(4.35%)。不同级别宫颈病变患者HPV感染阳性率、高危型HPV感染阳性率比较,差异有统计学意义(P<0.05)。TCT单独诊断子宫颈癌的准确度为78.40%(98/125),敏感度为66.67%(18/27),特异度为81.63%(80/98),阳性预测值为50.00%(18/36),阴性预测值为89.89%(80/89),Kappa值为0.431;TCT联合HPV基因分型诊断子宫颈癌的准确度为88.00%(110/125),敏感度为59.26%(16/27),特异度为95.92%(94/98),阳性预测值为80.00%(16/20),阴性预测值为89.52%(94/105),Kappa值为0.609;TCT联合HPV基因分型诊断子宫颈癌的准确度、特异度均显著高于TCT单独诊断,差异有统计学意义(P<0.05);TCT联合HPV基因分型诊断子宫颈癌的敏感度低于TCT单独诊断,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论:宫颈病变类型与HPV基因分型密切相关,且不同宫颈病变恶性程度患者HPV感染阳性率、高危型HPV感染阳性率存在显著差异,因此HPV基因分型用于辅助子子宫颈癌筛查具有重要意义。

西藏4个绵羊品种SNP基因分型及群体结构分析

藏系绵羊分布范围广泛,品种资源丰富,目前主要分为三大类群,但藏系绵羊群体结构不清。为分析藏系绵羊SNP位点及群体结构,实验利用Illumina Ovine SNP 600K商业化芯片对西藏阿旺绵羊、岗巴绵羊、多玛绵羊和霍尔巴绵羊等150只藏系绵羊进行了SNP基因分型,并通过PCA和NJ-tree等方法分析了藏系绵羊群体结构。SNP质控结果表明,共有147个个体符合质控条件,共获得456 418个SNP位点。群体结构分析表明,西藏地区的岗巴绵羊、多玛绵羊和霍尔巴绵羊分别聚为一类,而其他地区的藏系绵羊混乱聚集在一起。本实验研究结果为今后西藏当地绵羊遗传资源的鉴定和保护开发利用提供了理论基础和参考依据。

血小板HPA-3,HPA-15基因分型微滴式数字PCR检测体系的构建

目的建立血小板HPA-3,HPA-15基因分型的微滴式数字PCR(ddPCR)高灵敏检测方法,并初步探索应用于孕妇外周血胎儿游离DNA HPA抗原相容性检测的可行性。方法针对HPA-3,HPA-15的SNP突变位点,设计特异性引物及MGB探针,优化ddPCR退火温度及引物浓度等扩增条件,建立最佳反应体系,明确检验程序。对该检测方法进行方法学性能评估包括特异性、灵敏度、重复性和稳定性。利用ddPCR技术对2022年6月至2023年6月67例临床血液标本进行检测,将等位基因分型结果与基因测序结果比较,并对52例母体外周血胎儿游离DNA HPA抗原进行检测。结果检测血小板HPA-3,HPA-15的ddPCR方法,引物及探针特异性良好,HPA-3,HPA-15的最佳退火温度分别为:61.6℃,60.2℃;体系最佳引物浓度分别为:900 nM,700 nM;探针终浓度均为250 nM。拷贝数定量检测范围为:2~20000 copies,检测下限为0.1 copies/μL且线性良好。在低拷贝数标本中,HPA-3及HPA-15实际检测值的批内及批间变异系数(CV)均<5%。对67份人血液标本DNA的HPA-3,HPA-15基因型检测,结果与基因测序结果完全一致。应用于胎母血小板HPA-3,HPA-15基因型检测结果符合预期。结论本研究构建的HPA-3,HPA-15 ddPCR检测体系准确性高,重复性及稳定性较好,灵敏度高,可应用于临床血小板HPA-3,HPA-15基因型供者库的建立、基因配型及胎母血小板相容性检测等。

猪流行性腹泻病毒分子特征、基因分型及流行现状

猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)是引起仔猪严重肠道疾病的病原之一,新生仔猪感染后常引起致死性水样腹泻、呕吐、出血性肠炎,死亡率高达100%,给全球养猪业带来了巨大的经济损失。2010年,高致病性PEDV变异毒株的出现与流行造成猪流行性腹泻(PED)在全球的再次暴发,以经典毒株为抗原的流行性腹泻疫苗无法有效控制高致病性变异毒株的流行。文章综述了PEDV基因组结构与蛋白功能、基因分型与流行现状,以期为PEDV新型疫苗的研究提供参考。

联合应用基因分型和DH3检测406例女性子宫颈HPV感染分析与临床意义

HPV属于球形无包膜的双链DNA病毒,能特异性引起人体皮肤黏膜的鳞状上皮增殖,可导致多种良恶性病变。HPV高危型持续感染是导致子宫颈癌发生的主要原因,其检测方法多种、多样,各有优缺点。本科室联合应用基因分型和第三代杂交捕获技术定量分型(daltonbio hybrid capture 3,DH3),可以准确检测子宫颈中HPV型别和病毒载量的高低,对子宫颈癌的筛查进行精准分流,现作简要介绍。1材料与方法1.1材料收集2021~2022年我院妇产科门诊和健康管理中心406例女性子宫颈标本,患者年龄18~76岁,中位年龄34岁。

广州地区259例丙型肝炎病毒患者HCV基因分型研究

目的 了解广州地区丙型肝炎病毒患者的HCV基因型分布情况,为该地区丙型肝炎病毒的预防和诊疗提供依据。方法 选择自2019年9月至2023年4月共259例丙型肝炎病毒患者的HCV基因分型的结果,分析比较不同年龄、性别和年度各基因型感染率的差异。结果 共纳入259例患者,最常见的基因型为6a型和1b型,占42.47%和42.08%,与其他亚型差异有统计学意义(P<0.05)。其余依次为3a型占6.18%,2a型占4.63%,3b型占4.25%,2b型占0.39%,未发现亚型混合感染。1b型,青年人群(41.86%)、中年人群(31.447%)分别低于老年人群的71.93%;6a型,青年人群(44.186%)、中年人群(51.572%)分别高于老年人群的15.789%,差异有统计学意义(P<0.05)。女性1b型63.077%、2a型10.769%分别高于男性的35.052%和2.577%,女性6a型18.462%低于男性的50.516%,差异有统计学意义(P<0.05)。不同年度各基因型感染率差异无统计学意义。结论 广州地区丙型肝炎病毒患者HCV基因分型以6a型、1b型为主。1b型多见于60岁以上的老年人群和女性,6a型多见于中青年人群及男性。

人类白细胞抗原基因分型方法分辨水平的专家共识

人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因分型已广泛应用于造血干细胞捐献者资料库建立、供受者组织配型、血小板基因数据库建立以及疾病关联诊断、遗传学和其他科学研究。随着HLA等位基因数量的增加和分型技术发展,对于HLA基因分型分辨水平界定、供受者HLA位点结果描述和配合判定等存在一定差异,为提高对HLA基因分型分辨水平的界定和解读的规范性,HLA基因检测实验室和临床移植领域的多名专家,依据国内外相关文献和临床实践制定此专家共识,对国内HLA基因分型分辨水平的定义、分型方法、供受者结果描述和相合判定等进行了概述并达成共识,以期进一步规范实验室HLA基因分型,保障检测结果的准确性。

基于连接酶链式反应的EML4-ALK融合基因分型检测

针对棘皮动物微管相关蛋白样4-间变性淋巴瘤激酶(EML4-ALK)融合基因变异体V1、V2、V3a、V3b设计引物、探针,优化连接探针长度及其浓度,建立基于连接酶链式反应的qPCR法检测方案,并对该方案的特异性、检出限、抗干扰性进行验证。结果表明:基于连接酶链式反应的qPCR法能对EML4-ALK融合基因进行有效分型;连接探针长度在30 nt(nucleotide)时检测灵敏度、特异性最高;连接探针终浓度在0.1~1.0 nmol/L较为合适;设计的引物、探针特异性好,只扩增靶RNA,对其他RNA无扩增;对EML4-ALK融合基因变异体V1、V2的检出限为10 copies/μL,变异体V3a、V3b的检出限为100 copies/μL;在EML4-ALK融合基因RNA标准品检测过程中加入100 ng的肺癌样本RNA作为干扰,检测结果未受到明显干扰。

基于Nanopore平台的测序试剂QzTGS HLA MX9在HLA基因分型中的评价研究

目的 探讨基于Nanopore平台的测序试剂QzTGS HLA MX9(TGS测序)在人类白细胞抗原(human leukocyte antigen, HLA)基因分型中应用的性能。方法 选取北京市红十字血液中心实验室常规HLA分型检测样本48份,采用PCR-SBT和TGS两种测序法分别对全部样本进行HLA基因分型,比较两种方法的基因分型结果及性能。结果 TGS法和PCR-SBT法对48份样本的HLA-A、-B、-C、-DRB1和-DQB1的基因检测结果,在高分辨水平上完全一致,TGS法可以对全部样本进行直接指定新基因及单一组合分型结果。TGS法在耗时、新基因判定、读长、机器维护、模棱两可结果和实时数据等性能方面优势更明显。结论 与PCR-SBT测序技术相比,基于Nanopore平台的测序试剂QzTGS HLA MX9在指定HLA基因结果方面准确性更高、耗时更短。

贵阳地区新生儿地中海贫血筛查结果及基因分型特点分析

目的探讨贵阳地区新生儿地中海贫血筛查结果及基因分型特点。方法选取2020年3月—2023年3月贵阳地区送检至贵州市妇幼保健院的21882份新生儿样本作为研究对象,均开展地中海贫血筛查,并对阳性样本进行基因分型检测,统计地中海贫血筛查结果、基因分型特点、α型基因分布情况、β型基因分布情况、α复合β型分布情况。结果21882份新生儿样本共筛查出可疑阳性1471份,经召回基因检测542份,召回率为36.85%(542/1471);最终确诊地中海贫血435份;435份阳性样本中,α型332份(76.32%)、β型97份(22.30%)、α复合β型6份(1.38%);332份α型基因样本中,-α^(3.7)/αα占比最高,共126份(37.95%),其他依次为--^(SEA)/αα(34.34%)、α^(CS)α/αα(16.87%)、-α^(4.2)/αα(6.33%)、α^(WS)α/αα(1.81%)、αQSα/αα(1.20%)、α^(3.7)/-α^(3.7)(0.90%)、-α^(3.7)/α^(CS)α(0.60%);97份β型基因样本中,β^(CD17)/β^(N)占比最高,共43份(44.33%),其他依次为β^(CD41-42)/β^(N)(27.84%)、β^(IVS-2-654)/β^(N)(16.49%)、βCD43/β^(N)(4.12%)、β^(E)/β^(N)(3.10%)、β^(CD71-72)/β^(N)(1.03%)、β^(-29)/β^(N)(1.03%)、β^(IVS1-1)/β^(N)(1.03%)、β^(CD41-41)/β^(CD41-41)(1.03%);6份α复合β型样本分别为(-α^(3.7)/αα)(β^(CD41-42)/β^(N))(33.33%)、(--^(SEA)/αα)(β^(CD41-42)/β^(N))(33.33%)、(-α^(4.2)/αα)(β^(CD17)/β^(N))(16.67%)、(-α^(3.7)/αα)(β^(CD17)/β^(N))(16.67%)。结论贵阳地区新生儿地中海贫血阳性以α型(以-α^(3.7)/αα型最为常见)和β型为主,临床表型多为静止型、标准型,还存在少量α复合β型基因。需根据此特点开展长期随访及后续治疗,保障新生儿健康成长。

基于直接TaqMan-PCR的无创检测脂质代谢相关SNP基因分型技术

目的建立一种基于直接TaqMan-PCR的无创多重单核苷酸多态性分型技术用于高通量检测与脂质代谢相关的rs688和rs964184位点,以满足风险人群快速筛查的需求。方法采用提取的DNA对设计的TaqMan探针进行PCR退火延伸温度和扩增程序的优化;将口腔拭子放入样品处理液后进行短暂震荡和离心,取少量上清进行直接qPCR扩增分析;探索探针冻融稳定性和样品保存时间对分型结果的影响。结果本方法仅需对口腔拭子样本简单处理后即可进行qPCR分析,并且可在室温情况下保存4 d。优化后的方法能够较好地区分rs688和rs964184位点的野生纯合子、突变纯合子及杂合子。结论建立了一种快速便捷、高通量、低成本的SNP分型新技术,为大规模筛查携带易感基因的风险人群提供了高效且准确的新方法。

CYP2D6基因分型影响因素研究进展

细胞色素P450家族2亚科D成员6(CYP2D6)是细胞色素P450酶家族中的重要药物代谢酶,是抗抑郁药物、抗精神病药物和阿片类镇痛药物等主要的代谢酶。CYP2D6基因位点的复杂性和诸多等位基因突变体造成了CYP2D6表型的多态性,目前已报道170余种等位基因突变体。CYP2D6酶活性变化很大,从无活性到超快代谢均存在,根据酶活性可将不同表型携带者分为超快代谢者、正常代谢者、中间代谢者和弱代谢者。随着个体化医疗的发展,CYP2D6基因分型试验可以辅助药物遗传学和基因分型技术的研究和临床应用。然而,由于CYP2D6基因存在复杂的突变,包括单核苷酸突变、插入、缺失、基因拷贝数变异和基因重组。CYP2D6基因不仅存在个体化差异,且在不同种族之间等位基因的频率也明显不同。另外,人体内同时存在与CYP2D6同源性很高的非功能性基因CYP2D7,通过基因检测分析CYP2D6表型是一项非常具有挑战性的工作。文章总结了CYP2D6基因的多态性和基因分型的复杂性,并分析了部分不同的基因型突变对CYP2D6基因分型的影响,以帮助临床通过基因分型方法对CYP2D6酶活性进行预测。

安顺地区结核分枝杆菌基因分型及耐药性分析

目的研究贵州省安顺地区结核分枝杆菌(MTB)主要基因分型及耐药性。方法采用RD105基因缺失法和双重PCR法对安顺地区152株MTB临床分离株进行基因分型、药物敏感试验分析耐药性,采用基因测序技术对北京型MTB利福平耐药基因RNA聚合酶β亚基(rpoB)进行测序。结果152株MTB中,122株(80.26%)为北京型、30株(19.74%)为非北京型;108株MTB对抗结核药物敏感,44株对16种抗结核药物耐药,总耐药率为28.95%;44株MTB耐药菌株中31例对利福平耐药,占70.45%,北京型MTB对利福平耐药率显著高于非北京型(χ^(2)=6.896,P=0.009),非利福平耐药结核菌株共13株、占耐药结核菌株的29.55%;北京型MTB利福平耐药rpoB基因测序结果表明,相关位点突变共15株,其中最显著的突变位点是rpoB450、为Ser450Leu,共7株(7/15,46.67%)。结论贵州省安顺地区MTB主要为北京型,主要对利福平耐药,耐药基因rpoB的突变位点为Ser450Leu。

HPV拓展基因分型检测在宫颈癌预防中的临床价值

人乳头瘤病毒(HPV)感染是导致宫颈病变的主要原因,以HPV检测为初筛是宫颈癌筛查的进步。HPV检测特异性低,基于HPV的筛查可能面临很多挑战。HPV拓展基因分型检测通过检测HPV基因型可更早预测持续性宫颈病变的风险,有助于提前采取预防和治疗干预措施,以减少相关疾病的发生,还可有效地区分低风险与高风险患者,以最大限度地优化医疗资源分配。早期进行HPV拓展基因分型检测是宫颈病变未来风险预测和分层的关键,其在宫颈癌预防中具有重要价值。

基于DNA提取方法优化转基因小鼠基因分型研究

目的:探讨DNA提取方法优化后对转基因小鼠基因分型结果的影响,并比较分析与业内常用试剂盒基因型鉴定结果的差异。方法:在团队前期专利基础上,改进了DNA裂解液的配方和实验流程,并以新型转录因子Musculin和增强型绿色荧光蛋白(enhanced green fluorescent protein,EGFP)转基因小鼠为例,对基因分型结果进行了比较研究和验证。结果:DNA提取时现配裂解液配方为100μL 0.025 N NaOH工作液、160μL 0.5 M EDTA工作液和40 mL超纯水;每个样本加入180μL裂解液,100℃30 min。与相关领域常用的基因分型试剂盒相比,该DNA提取优化方案能够在确保鉴定准确的前提下有效缩短基因分型时间,而且裂解液配置方法简单,反应次数多,步骤更简便,可大幅降低试剂成本和工作量。结论:本研究提供1种适用于转基因小鼠基因分型的经济、简单、可靠的DNA提取技术,具有较好的应用和推广价值。

北京地区初筛RhD阴性人群血清学和RHD基因分型特征研究

目的研究北京地区初筛RhD阴性人群RHD基因分型,分析不同基因型的血清学特征及Rh表型分布规律。方法收集本院2022年8月—2024年1月通过微板法或微柱凝集法初筛RhD阴性标本204例,使用盐水试管法进行Rh抗原表型鉴定,微柱凝集-间接抗人球蛋白技术进行RhD阴性确认试验,PCR-SSP法和测序技术进行RHD基因分型检测,计算各表型频率和基因频率。结果204例初筛RhD阴性标本Rh血清学表型分布为ccee 112例(54.90%)>Ccee 73例(35.78%)>CCee 9例(4.41%)>ccEe 6例(2.94%)>CcEe 4例(1.96%)。本研究共检出7种RHD基因型,检出数量由高至低依次为129例(63.24%)RHD^(*)01N.01、44例(21.57%)RHD^(*)01EL.01、26例(12.75%)RHD^(*)01N.03、2例(0.98%)RHD^(*)01N.16、1例(0.49%)RHD^(*)06.03.01、1例(0.49%)weak RHD^(*)15,1例(0.49%)RHD^(*)13.01/RHD^(*)01N.01。Rh血型抗原基因频率及表型分布,符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。结论北京市初筛RhD阴性人群RHD基因具有多态性,最常见的RhD阴性基因型为RHD^(*)01N.01,RHD变异型为RHD^(*)01EL.01。该研究可为临床实施基因型匹配输血提供数据支持。

阴道微生态与HPV感染基因分型在子宫颈高危型HPV感染中的检测价值

目的探讨阴道微生态与人乳头瘤病毒(HPV)感染基因分型在子宫颈高危型HPV感染中的检测价值。方法选取2021年5月至2023年5月中国人民解放军海军第九七一医院和青岛市市立医院东院区收治的276例子宫颈高危型HPV感染阳性患者作为观察组。选取同期进行体检且宫颈癌筛查及宫颈HPV筛查阴性的224例健康女性作为对照组。采集阴道分泌物进行阴道微生态检测,采用液态芯片技术分析HPV基因分型,比较HPV基因分型占比及阴道微生态分布情况。结果观察组HPV基因分型占比前5位分别为HPV52(22.10%)、HPV16(15.22%)、HPV18(14.13%)、HPV33(9.06%)、HPV56(9.06%)。与对照组比较,观察组细菌性阴道病(BV)阳性率、乳酸杆菌减少率更高,差异具有统计学意义(P<0.05)。与对照组比较,观察组pH及白细胞酯酶、唾液酸酶、脯氨酸氨基肽酶、凝固酶阳性率更高,差异具有统计学意义(P<0.05);两组清洁度、过氧化氢酶、葡萄糖苷酶、乙酰氨基葡萄糖苷酶阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论宫颈高危型HPV感染分型以HPV52、HPV16、HPV18、HPV33、HPV56为主,宫颈高危型HPV感染阳性患者的pH及BV阳性、白细胞酯酶、唾液酸酶、脯氨酸氨基肽酶、凝固酶阳性率更高。