基于宏基因测序的导盲犬与淘汰犬肠道菌群差异分析

目的采用宏基因测序技术进行导盲犬和淘汰犬肠道菌群功能差异性分析。方法对15只犬进行测序(导盲犬9只,淘汰犬6只),应用基因数目、肠道菌群多样性等方法进行分析。结果导盲犬组特有25630个基因,淘汰犬组特有10527个基因。具有显著差异的上调基因2266个,下调基因1043个(P<0.05)。导盲犬组中,梭状芽孢杆菌目的丰度高于淘汰犬组;此外,两组犬样本中瘤胃球菌的丰度也存在差异。结论导盲犬和淘汰犬的肠道菌群多样性均存在差异性,对犬的行为有一定的影响。

基于第三代基因测序对地中海贫血基因检测的研究进展

地中海贫血是世界上分布最广泛的单基因常染色体隐性遗传病,其临床表现从无症状到需要持续输血来维系生命的严重贫血,这对社会及家庭造成了严重的经济负担,因此,在产前进行相应的筛查与诊断很有必要。常规的检测方法大多只能检测出常见的地中海贫血基因型,对于罕见的基因变异容易造成误诊或漏诊,这对于临床遗传咨询造成一定困难。第三代基因测序(Third-generation sequencing,TGS)目前已应用于地中海贫血基因的检测,相较于常规检测方法,其更加准确、可靠,更具有优越性。本文就第三代基因测序技术在地中海贫血基因检测方面的最新研究进展作一综述。

双波段LED照明的基因测序荧光显微系统设计

荧光显微成像系统是基因测序仪的关键模块之一,为了确保基因测序的准确性,荧光成像系统要能够实现高分辨率,高质量成像。为满足对基因测序仪小型化,低成本,高分辨率的需求,本文设计了一种基于窄带LED照明的双波段基因测序荧光显微成像系统。首先,根据荧光显微成像的基本原理,利用临界照明原理设计基于LED的照明系统,通过仿真分析优化照明均匀性,并利用分束镜完成高分辨率、高成像质量的成像系统设计。通过设计方案完成了样机研制,并验证了成像性能。根据测试结果显示,所设计的显微系统XY方向分辨率为0.8μm,照明均匀性优于80%,满足高分辨率成像要求。相较其他系统而言,该系统整机具有小型化,低成本的特点,满足基因测序需求,在发展小型化基因测序仪领域具有重要应用前景。

二代基因测序在重症肺炎早期致病菌诊断中的价值研究

目的探讨二代基因测序(mNGS)在重症肺炎(SP)早期致病菌诊断中的价值。方法选取32例SP患者,收集患者一般临床资料、实验室检查相关资料、胸部影像学资料、28 d病死率和ICU住院时间。结果A组检测结果回报需要(23.65±3.20)h,B组检测结果回报需要(117.46±16.32)h。A组耗时显著短于B组(P<0.05);A组的敏感性高于B组(P<0.05),而其特异性低于B组(P<0.05)。A组的阳性预测值为88.97%、阴性预测值为58.97%,B组的阳性预测值为98.72%、阴性预测值为76.09%;有26例患者根据早期mNGS结果,结合患者体温、炎性指标在经验性抗感染治疗基础上调整了抗生素治疗策略,改变用药方案后,其中有21例患者病情好转,有5例患者死亡。纳入的32例患者中死亡7例,28 d病死率为21.9%。结论mNGS对于SP早期致病菌的诊断具有一定的临床价值,可提高SP的诊断准确性和诊断速度。

基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS代谢组学和16S rRNA基因测序探讨骨疏丹补肾机制

目的 整合代谢组学和肠道微生物组学的研究策略探讨骨疏丹(Gushudan, GSD)预防氢化可的松诱导的肾阳虚证(kidney-yang deficiency syndrome, KYDS)大鼠的补肾作用机制。方法 分别采用超高效液相色谱-四级杆/静电场轨道阱高分辨质谱(UPLC-Q-Orbitrap HRMS)的非靶向代谢组学和16S rRNA基因测序分析的肠道微生物组学方法,分析正常对照组、肾阳虚证模型组、骨疏丹给药组和阳性对照组大鼠粪便代谢物谱与肠道菌群组成,采用Pearson相关分析探讨内源性差异代谢物与差异菌群之间的相关性。结果 基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS的代谢组学方法在正负离子模式下共发现骨疏丹参与调控肾阳虚症的22种差异代谢物,如色氨酸、鹅去氧胆酸、肌酐和油酸酰胺等,主要涉及氨基酸代谢、胆汁酸代谢、能量代谢和脂质代谢。基于16S rRNA测序分析发现骨疏丹在属水平显著上调普雷沃氏菌(Prevotellaceae)的相对丰度(P<0.05),显著下调颤杆菌(Oscillibacter)的相对丰度(P<0.05)。相关性分析结果表明甘胆酸和鹅去氧胆酸与在属水平显著改变的普雷沃氏菌(Prevotellaceae)显著正相关(P<0.05),而与考拉杆菌(Phascolarctobacterium)显著负相关(P<0.05)。二十二碳六烯酸与毛螺菌(Lachnospiraceae)显著负相关(P<0.05)。结论 骨疏丹通过良性调节内源性代谢和肠道菌群结构发挥补肾作用,为中药通过肠-肾轴治疗疾病提供新的思路和方法。

基于16S rRNA基因测序技术分析急性肝内胆汁淤积大鼠的肠道菌群

目的 探讨ANIT诱导的大鼠急性肝内胆汁淤积(acute intrahepatic cholestasis,AIC)与肠道菌群的关系。方法 以SPF级的SD大鼠为实验对象,随机分为正常对照组、模型组,每组24只,依据取材时间不同又将各组随机分为24 h、48 h、72 h 3个亚组,每组8只。模型组通过一次性予2%ANIT按100 mg·kg^(-1)·d^(-1)灌胃造模诱发AIC模型,正常对照组予等容积色拉油灌胃。通过高通量测序法对肠道粪便细菌16S rRNA的V_(3)~V_(4)区进行基因测序及生物信息学分析。结果 AIC造模后,随着时间增加,α多样性指数逐步升高,造模72 h组相比造模24 h组,Shannon指数有显著性差异;β多样性发现,利用基于加权Unifrac距离PcoA分析或NMDS分析均显示:正常对照组、造模24 h组和造模48 h组的肠道菌群显示比较明显的聚集效应;在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)丰度在造模48 h后显著下降,变形菌门(Proteobacteria)的丰度显著上升,拟杆菌门(Bacteroidetes)的丰度显著上升;LEfSe对组间差异显著的物种分析结果显示,LDA值大于4的微生物类群有35个。结论 模型组干预后大鼠肠道菌群结构和多样性均发生显著变化。

基于16SrRNA基因测序对腹膜透析患者肠道微生态环境特征分析研究

目的探讨基于16SrRNA基因测序对腹膜透析患者肠道微生态环境的特征分析。方法选取2019年2—9月赣州市人民医院收治的60例接受规律性腹膜透析的患者作为观察组,另选取2019年5月于本院进行常规体检的60名受试者作为对照组。对所有受试者进行粪便提取和检测。比较两组炎症指标水平[C反应蛋白CRP)、超敏C反应蛋白(hs-CRP)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)],分析观察组16SrRNA基因测序结果和肠道微生态检测结果。结果观察组CRP、hs-CRP、IL-6水平均高于对照组,TNF-α水平低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。60例患者中,腹膜透析透出液培养检出革兰阳性菌41例,阳性率为68.3%;观察组革兰阴性菌22例(其中大肠埃希菌14例),革兰阳性菌38例(其中表皮葡萄球菌13例,头状葡萄球菌、唾液链球菌均5例)。结论16SrRNA基因测序可准确评估腹膜透析患者的肠道情况,健康人群肠道微生物的群落较复杂,但基本稳定,为肠道菌群结构和功能研究提供了参考依据。

猪轮状病毒G9P[7]型云南株的分离鉴定及VP4和VP7基因测序分析

为确定云南省某猪场仔猪腹泻的病原,对送检腹泻病仔猪小肠组织样品进行猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪丁型冠状病毒(PDCoV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)RT-PCR检测,将PoRV检测阳性样品处理后接种至MA-104细胞进行PoRV分离;对分离毒株进行间接免疫荧光、电镜观察、胶体金检测和VP4、VP6、VP7基因测序及遗传进化分析。结果显示,仔猪肠道组织样品经终浓度20μg/mL的胰酶在37℃孵育2 h,能在MA-104细胞上增殖传代,第3代出现稳定的细胞病变,盲传20代,每隔5代进行PoRV的检测;间接免疫荧光试验可见特异性荧光,胶体金和RT-PCR检测均为PoRV阳性,电镜观察可见病毒粒子直径约为65 nm,呈车轮状,符合PoRV粒子典型形态特征,将该分离株命名为PoRV YN-A株。基因同源性比较和遗传进化树分析显示,YN-A株的VP6基因序列与国内A群GD株的同源性为99.93%,VP7与中国G9型NJ2012株的同源性为99.12%,VP4与美国P[7]型OSU株的同源性为98.91%,确定该分离株为猪A群轮状病毒G9P[7]型。YN-A株VP7序列在9个氨基酸位点存在点突变,即aa9(I→V)、aa16(V/T→I)、aa44(A→V)、aa100(D/E→N)、aa212(T/A→K)、aa221(N→S)、aa225(V→A)、aa271(I→V)、aa267(D→E)。首次从云南地区的腹泻仔猪小肠组织中成功分离到1株G9P[7]型的新基因型PoRV毒株,为PoRV的致病性、分子生物学特性研究及PoRV G9优势基因型新疫苗研发奠定了基础。

二代基因测序技术联合半乳甘露聚糖检测对重症肺炎合并真菌感染的诊断价值

目的 探究二代基因测序技术(NGS)联合半乳甘露聚糖(GM)检测对重症肺炎合并真菌感染的诊断价值。方法 选取2020年3月—2023年3月大庆龙南医院急诊重症监护室收治的重症肺炎患者148例。收集支气管肺泡灌洗液行病原微生物培养及肺泡灌洗液NGS检测,同期行血清GM检测。以病原微生物培养为金标准,分析血清GM及肺泡灌洗液NGS诊断重症肺炎合并真菌感染的敏感性、特异性,评估血清GM检测、肺泡灌洗液NGS检测单独及联合诊断重症肺炎合并真菌感染结果与病原微生物培养结果的一致性。结果 148例重症肺炎中合并真菌感染30例,其中肺孢子菌10例、白色念珠菌8例、曲霉菌7例、根霉菌1例、肺孢子菌感染合并白色念珠菌3例、肺孢子菌感染合并鲍曼不动杆菌1例。血清GM检测结果显示,阳性28例,阴性120例,与病原学培养诊断真菌感染的Kappa值为0.700。肺泡灌洗液NGS诊断结果显示,阳性34例,阴性114例,与病原学培养诊断真菌感染的Kappa值为0.841。血清GM联合肺泡灌洗液NGS诊断结果显示,阳性30例,阴性118例,病原学培养诊断真菌感染的Kappa值为0.916。血清GM、肺泡灌洗液NGS单独及联合诊断重症肺炎合并真菌感染的敏感性分别为73.3%(95%CI:0.538,0.870)、93.3%(95%CI:0.765,0.988)、93.3%(95%CI:0.765,0.988),特异性分别为94.9%(95%CI:0.888,0.979)、94.9%(95%CI:0.889,0.979)、98.3%(95%CI:0.934,0.997),曲线下面积分别为0.841、0.941和0.958。结论 血清GM联合肺泡灌洗液NGS诊断重症肺炎合并真菌感染,在肺孢子菌、白色念珠菌及曲霉菌等常见菌种中的诊断效能良好。

基于16S rRNA基因测序技术分析原发性胆汁性胆管炎伴抑郁小鼠粪便样本中肠道菌群的变化

背景:肠道菌群失调或紊乱与脑和肝脏疾病之间存在联系,肠道菌群可能通过肠⁃肝⁃脑轴影响原发性胆汁性胆管炎(PBC)和抑郁的发生和发展。目的:应用16S rRNA基因测序技术分析PBC伴抑郁小鼠的肠道菌群情况。方法:将12只雌性小鼠随机分为对照组、胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组。对照组小鼠给予正常饲料和水喂养;胆汁淤积组小鼠采用含0.1%DDC的饲料连续喂养2周构建胆汁淤积模型;胆汁淤积+抑郁组小鼠先采用慢性温和不可预期应激方式刺激2周,再以含0.1%DDC的饲料喂养2周构建胆汁淤积+抑郁模型;治疗组小鼠在构建胆汁淤积+抑郁模型的基础上,腹腔注射盐酸氯米帕明(7.5 mg·kg^(-1)·d^(-1))2周。造模期间观察小鼠的行为学变化。造模结束后各组小鼠称重,行负重游泳试验、强迫游泳试验、悬尾试验和肝组织HE染色;采集新鲜粪便,基于16S rRNA基因测序技术分析小鼠肠道菌群的变化。结果:与对照组相比,胆汁淤积组和胆汁淤积+抑郁组小鼠体质量明显减轻(P<0.05),抑郁样行为明显加重(P<0.05);与胆汁淤积+抑郁组相比,治疗组小鼠体质量明显升高(P<0.05),抑郁样行为明显减轻(P<0.05)。胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组小鼠肝组织出现不同程度的胆汁淤积性损伤;与胆汁淤积+抑郁组相比,治疗组肝脏病理损伤明显减轻。小鼠粪便样本经测序抽平处理后获得个5491个操作分类单元(OTU),4组共有的OTU为162个。对照组与胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组小鼠粪便中微生物多样性和群落组成存在较大差异。在门水平上,胆汁淤积组厚壁菌门(Firmicutes)丰度明显升高;胆汁淤积+抑郁组变形菌门(Proteobacteria)丰度明显升高;治疗组厚壁菌门和变形菌门丰度均明显升高,拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度明显下降。对组间差异显著的物种行LEfSe分析发现,LDA值>4的微生物类群有38个。结论:PBC伴抑郁小鼠的肠道菌群结构和多样性均发生显著变化,抗抑郁治疗能改善肠道菌群的丰度和多样性,通过调节肠道菌群治疗PBC伴抑郁有可能成为一种新的治疗策略。

基于基因测序分析的肿瘤筛查专利现状

现代精准医疗主要包括治疗和诊断两个大方向,“精准”检测的核心是以基因测序作为基础工具,从人体样本的特定基因检测出发,实现疾病的个性化准确诊疗。基因测序是指使用测序设备对检测样本中DNA的碱基排序进行测定,将个体携带的基因数据与基因大数据进行比对,并结合大数据的存储和运算功能进行疾病相关性的比较确认,最终实现疾病的“精准”诊断和治疗。

全基因测序技术在宫颈癌诊断中的应用效果

目的探讨全基因测序技术在宫颈癌诊断中的应用效果。方法将200例宫颈病变患者分为模型组62例和验证组138例。所有患者均接受宫颈细胞的全基因组序列分析,基于染色体拷贝数变异的分析结果构建C-Score模型,使用验证组的数据对构建的C-Score模型进行验证,评估其在实际应用中的有效性和准确性。结果宫颈癌患者宫颈脱落细胞及肿瘤组织的染色体测序结果显示,染色体拷贝数不断变化,且肿瘤细胞与宫颈脱落细胞染色体拷贝数的变异表现出一致性。通过对模型组宫颈鳞状细胞癌样本的检测发现,第3条、第5条、第11条染色体上存在最多的拷贝数变异,根据该拷贝数变异,可以成功建立C-Score模型。验证组构建的C-Score模型诊断宫颈癌的灵敏度为94.1%,特异度为96.8%,曲线下面积为0.94。所有患者构建的C-Score模型诊断宫颈癌的灵敏度提高到了97.2%,特异度提高到了97.4%,曲线下面积提高到了0.98。结论基于全基因测序技术的宫颈癌诊断方法具有较高的准确性和可行性,可以为临床提供更有效的诊断手段。

支气管肺泡灌洗液二代宏基因测序在肺部感染病原学诊断中的应用

目的探讨支气管肺泡灌洗液二代宏基因测序在肺部感染病原学诊断中的应用。方法选取淄博市第一医院2020年1月至2022年1月收治的80例肺部感染患者作为研究对象,通过病历号数字表抽签法将患者分为观察组(n=40)和对照组(n=40)。患者均接受支气管肺泡灌洗液检查,观察组在此基础上给予肺泡灌洗液二代宏基因测序检查。比较两组患者的支气管肺泡灌洗液病原菌分布情况、病原菌检出率以及治疗后的临床指标。结果本次80例肺部感染患者的肺泡灌洗液中共分离并获得96株病原菌。其中革兰氏阳性菌总共20株,占20.83%,其中以肺炎链球菌和金色葡萄球菌为主;革兰阴性菌总共72株,占75.00%,主要以鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌和流感嗜血杆菌为主;真菌总共3株,占3.12%,以白色念珠菌为主;对照组40例患者,通过常规病原菌检测结果检出阳性28例,占70.00%;观察组40例患者,通过二代宏基因测序结果检出阳性37例,占92.50%,相较于对照组,观察组检出率显著更高(P<0.05);相较于对照组,观察组患者30 d内和90 d内病死率均显著更低(P<0.05)。结论支气管肺泡灌洗液二代宏基因测序在肺部感染病原学诊断中的运用价值高,可有效提高检出率,可帮助临床上给予对应治疗。

基因测序联合网络药理学探讨补肾通蚀丸治疗酒精性股骨头坏死的作用机制

目的:通过网络药理学联合基因测序技术探讨补肾通蚀丸治疗酒精性股骨头坏死的潜在分子作用机制。方法:从中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)与BATMAN数据库中寻找补肾通蚀丸组成中药的活性有效成分和作用靶点。提取3名酒精性股骨头坏死患者和3名健康志愿者外周血进行基因测序,利用R语言软件中的“DESeq2”包筛选具有差异表达的信使核糖核酸(Msessenger RNA,mRNA)。通过perl软件将基因测序获得的差异基因与药物靶基因取交集,剔除重复有效成分,获得本研究的关键基因及其对应的有效成分。将关键基因及其对应的有效成分导入Cytoscape3.8.0软件中构建成分-靶点网络。利用STRING在线数据库和R语言软件筛选出度(Degree)值得分前10的关键基因。对获得的关键基因进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。Degree值前2的目标基因与其对应的有效成分进行分子对接验证。结果:基因测序共获得921个差异表达基因。补肾通蚀丸共获得483个药物靶基因,74个不重复有效成分,两者交集共获得27个关键基因。半胱氨酸蛋白酶(Caspase,CASP)9和胰岛素样生长因子结合蛋白3(Insulin Like Growth Factor Binding Protein 3,IGFBP3)是本次实验获得的目标基因,β-谷甾醇、槲皮素、β-胡萝卜素、木犀草素和川陈皮素是其对应的有效成分。GO结果表明关键基因生物学过程涉及白细胞凋亡过程、血小板活化和对皮质类固醇的反应;KEGG结果表明关键基因富集在卵巢类固醇生成信号通路。分子对接显示CASP9和IGFBP3与其对应的有效成分结合良好。结论:补肾通蚀丸是通过β-谷甾醇、槲皮素、木犀草素和川陈皮素等有效成分,抑制CASP9和IGFBP3靶点蛋白的表达,调控卵巢类固醇生成通路,参与骨代谢,调节骨稳态,促进血管生成和抑制炎症因子表达,发挥治疗酒精性股骨头坏死的作用。

基于基因测序技术分析乳腺癌中微生物菌群的研究进展

乳腺癌中存在独特的细菌群落,与正常乳腺组织、乳腺良性疾病以及癌旁组织在数量和多样性上均存在显著差异。乳腺癌不同分子分型、病理分级和分期之间的菌群结构也不同,这表明微生物菌群可能在乳腺癌的发生、发展及治疗中发挥重要的作用。然而,受种族和地域差异、样本量、测序深度等方面的影响,目前的研究结果存在差异,且缺乏系统性的综述。因此,文章通过总结乳腺癌微生物菌群测序的最新研究进展,系统分析了乳腺癌组织与非癌组织、乳腺癌不同分子分型、病理分级和分期之间微生物的组成差异,并对微生物菌群在乳腺癌诊断及治疗中的作用进行展望和讨论,以期为基于微生物菌群的乳腺癌诊断及治疗提供全新视角。

靶向二代基因测序协助诊治军团菌肺炎1例

报道来自天津医科大学朱宪彝纪念医院重症医学科的1例老年男性患者,既往有慢性阻塞性肺疾病(简称慢阻肺)、冠状动脉粥样硬化性心脏病(简称冠心病)、陈旧性心肌梗死及心功能不全病史,本次主因“咳嗽喘憋2 d”于2023年8月26日入院。入院初步诊断考虑重症肺炎等,入院伊始予以经验性抗感染治疗,但效果欠佳,患者病情恶化,需气管插管和机械通气。完善常规相关微生物化验,无明显阳性结果,因此笔者及时进行肺泡灌洗液的靶向二代测序(targeted next-generation gene sequencing,tNGS),并在第一时间确诊为嗜肺军团菌肺炎,随后采用莫西沙星进行抗军团菌针对性治疗,患者最终痊愈。目前军团菌的分离培养阳性结果仍是诊断军团菌感染的金标准,但军团菌的生长条件苛刻,且培养步骤烦琐、周期长,往往难以获得阳性结果。在本例中,常规病原学检测未能提供关键线索,笔者依据经验性判断,并及时运用tNGS技术,最终得以明确诊断,使患者得到及时、准确、有效的诊治,最终病情转危为安。tNGS技术是临床医生诊断治疗感染性疾病的又一有效利器。

基于16S rRNA基因测序探究参地消银颗粒对血热湿滞毒蕴型银屑病患者肠道菌群的影响

目的:基于16S rRNA基因测序技术研究参地消银颗粒对血热湿滞毒蕴型银屑病患者肠道菌群的影响,进一步阐明血热湿滞毒蕴型银屑病患者肠道菌群与健康人群之间的差异。方法:选取符合纳入标准的血热湿滞毒蕴型银屑病患者24例,随机分为患病组、参地消银颗粒治疗组、复方青黛胶囊对照组,同时纳入12名健康志愿者为正常对照组。收集患者入院前及入院8周后的粪便样本以及健康志愿者体检当日的粪便样本,进行16S rRNA V3V4区段的基因测序分析不同菌属的相对丰度;利用QIIME2软件进行操作扩增子序列变异(ASV)的划分,对物种注释及丰度分析;通过α多样性(alpha diversity)和β多样性分析(beta diversity),揭示样本中物种组成和样本间群落结构的差异,通过功能预测分析在KEGG Pathway层面了解群落样本行使的生物学功能;对数据进行独立样本t检验和Mann-Whitney U检验以进行统计分析。结果:与正常对照组比较,患病组的肠道菌群在门水平上拟杆菌门丰度下降,而厚壁菌门丰度则富集;特别是考拉杆菌属的丰度在患病组中降低最明显。给予参地消银颗粒治疗后,显著改善患者的肠道菌群结构,特别是在厚壁菌门和拟杆菌门的比例上显示出较好的调节效果;此外,通过alpha和beta多样性分析,进一步揭示了治疗前后肠道菌群的多样性和群落结构的差异。功能预测分析显示,患病组的肠道菌群功能在核糖体、嘌呤代谢、嘧啶代谢以及氨基糖和核苷酸糖的代谢等生物学通路上与正常对照组存在一定程度差异。结论:参地消银颗粒通过调节肠道菌群的组成,尤其是在提高考拉杆菌属的丰度方面显示出显著效果,有助于恢复血热湿滞毒蕴型银屑病患者的肠道微生态平衡,从而可能影响疾病的进程和治疗效果。

基因测序技术与聚合酶链反应(PCR)技术在医学检验中的应用分析

比较基因测序技术与聚合酶链反应(PCR)在结核病诊断中的效能,为结核病的规范化诊断提供循证依据。方法 前瞻性随机对照研究。纳入2022年6月-2023年6月住院的100例疑似结核病患者,随机分为PCR组和测序组,每组50例。分别采用PCR和基因测序技术对痰液等临床标本进行检测,判断结核分枝杆菌阳性。比较两组的诊断敏感性、特异性、准确性及检测时间。结果 测序组诊断结核病的敏感性、特异性、准确性分别为96.00%、98.00%、97.00%,均高于PCR组的84.00%、90.00%、87.00%,差异均有统计学意义(P<0.05)。测序组的检测时间为(4.5±1.2)h,短于PCR组的(6.8±1.6)h(P<0.05)。结论 基因测序技术在结核病诊断中的敏感性、特异性、准确性及检测速度方面均优于PCR方法,有望成为结核病诊断的"新贵"。将基因测序技术规范化应用于结核病的常规诊断,有助于结核病的早期发现和精准治疗,对控制结核病流行,降低疾病负担,保障人民健康具有重要意义。

纳米孔基因测序技术在HLA基因分型中的应用

人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)基因是人类基因组中最复杂的基因区域,主要参与机体免疫反应,HLA的基因分型在器官移植以及疾病诊疗等领域有着广泛的临床应用。现有的HLA分型方法在临床实践中发挥了重要作用,但也存在一些技术限制和局限性。纳米孔基因测序技术的出现为快速鉴定HLA基因分型提供了全新视角。该技术以其快速、实时测序和长读长等特点,为复杂的HLA区域提供了更为快速精确的识别能力。该技术不仅能更快速地解析HLA基因型,还对前沿高通量基因测序新技术开发HLA分型方法的研究具有潜在的借鉴意义。本文主要对纳米孔基因测序技术在HLA分型领域中的研究方法和临床应用进行综述。

基因测序技术在中药质量研究中的应用(Ⅰ)——山东郓城猴头半夏基原的DNA测序鉴别

目的:分析半夏Pinellia ternata（Thunb.）Breit.及其伪品虎掌南星Pinellia pedatisecta Schott的核基因组序列,为半夏正品基原鉴别提供分子依据。方法:采用PCR直接测序技术测定半夏及其伪品的18S rRNA基因核苷酸序列并作序列变异和选择性内切酶谱（PCR-SR）分析。结果:半夏和伪品的18SrRNA序列;天度均为 1805bp,根据排序比较,半夏原植物与商品药材间的序列完全相同,虎掌南星亦如此。而半夏与其伪品虎掌南星间则存在序列差异（有4个变异位点）。在半夏18S rRNA序列中有一个限制性内切酶Ase识别位点,通过PCR-SR图谱显示800bp和900bp2个酶切片断,而虎掌南星则无此位点,PCR-SR图谱显示1个未消化的1800bp片断;;结论:通过核基因组序列和PCR-SR图谱差异,DNA测序技术可成为半夏正品某原鉴别准确而有效的分子方法。