水稻黑条矮缩病毒基因组片段6编码一种非结构蛋白

水稻黑条矮缩病毒（Rice black-streaked dwarf virus，RBSDV）是引起我国水稻黑条矮缩病和玉米粗缩病的病原。引起玉米粗缩病的RBSDV湖北分离物10条基因组dsRNA全序列已被确定，其中基因组片段6（S6）全长序列为2645bp，只含有一个阅码框（82—2460nt），编码一个分子量约为89．6kDa的蛋白（P6）。为进一步研究该蛋白的生物学功能，在大肠杆菌中表达了RBSDV基因组片段6编码的P6蛋白并制备了相应的抗血清。Western blotting分析显示，P6抗血清不与纯化的RBSDV粒子蛋白发生反应，而在被RBSDV感染的玉米叶片和带毒的传播介体——灰飞虱中可检测到P6。此结果表明，RBSDV—S6编码的蛋白是一种非结构蛋白。

水稻黑条矮缩病毒基因组片段S7的cDNA克隆及全序列分析

应用RT PCR技术克隆了 2个水稻黑条矮缩病毒 (riceblack streakeddwarfvirus,RBS DV)中国分离物 ,即浙江分离物和河北分离物的基因组片段S7,并测定了他们的全序列。结果表明 :RBSDV浙江分离物 (RBSDV Zj)基因组片段S7全长 2 1 93nts(EMBL登录号为AJ2 9742 7) ,RBSDV河北分离物基因组片段S7全长 2 1 90nts(EMBL登录号为AJ2 9742 8) ,二者均含有两个开放阅读框 (openreadingframe,ORF) ,分别编码约 41kD和 3 6kD多肽 ,2个中国分离物核苷酸同源性高达 99% ,相应的ORF编码的多肽同源性分别为 1 0 0 %和 94 4% ,与日本RBSDV基因组片段S7核苷酸同源性为 93 4%和 93 8% ,相应ORF编码的多肽同源性分别为98 1 % (ORF1 )、96 5 %和 97 8% (ORF2 ) ,与意大利MRDVS6核苷酸同源性为 85 1 %和85 3 % ,相应多肽同源性分别为 92 3 % (ORF1 )、85 5 %和 86 8% (ORF2 )。

单引物法同时克隆RDV基因组片段S11、S12及其序列分析

水稻矮缩病毒(Rice dwarf wrus,RDV)6个地方分离物基因组的lO%SDS-PAGE电泳图谱显示:松溪分离物基因片段S11、S12相对迁移速率明显不同。运用单引物法同时克隆该分离物的基因组片段S11、s12,并测定它们的全序列,结果表明s11、S12全长分别是1036bp、l066bp,基因结构和报道的RDV福州分离物基本一致,但分别突变了34、24个碱基,同源性分别为97.01%、97.86%。同时单引物法也为dsRNA病毒基因组的克隆提供了一种方法。

胡杨基因组片段转化拟南芥表型研究

[目的]本研究旨在探索与挖掘胡杨基因组大片段的潜在功能,发掘具有潜在育种价值的胡杨基因簇。[方法]利用已构建的胡杨基因组BIBAC文库,采用花序浸染法,将胡杨基因组大片段78A2D10导入模式植物拟南芥基因组中。采用抗性筛选、分子检测及表型观察等方法鉴定、分析转化型植株。[结果]共获得15株特异表型的转化植株。与野生型相比,转化型植株主侧茎生长受到抑制,莲座叶面积增大近3倍,叶片数量增多,叶边缘皱缩,抽薹推迟约13周,株高增加近32.0 cm,侧茎发育成次生莲座,植株寿命延长约7周。[结论]胡杨基因组片段78A2D10可延长植株营养生长期及植株寿命,据此推测该基因片段可能与营养生长有关。

家蚕质型多角体病毒基因组片段1中的假定重叠基因检测

生物信息学分析结果显示家蚕质型多角体病毒（BmCPV）基因组s1片段中含有-个假定的重叠基因ORFX。为了检测该重叠基因ORFX是否在RNA和蛋白质水平有相应的表达产物，用大肠杆菌表达的重组ORFX蛋白制备多克隆抗体，对感染BmCPV的家蚕中肠后部组织进行Westernblotting和免疫组化检测，结果在感染BmCPV第1～7天的家蚕中肠组织中没有检测到假定的ORFX蛋白。进一步基于假定重叠基因ORFX区域及其下游序列设计定量检测ORFX基因和s1片段转录本RNA总水平的引物RECPV-1／RECPV-2，以及定量检测S1片段转录本RNA水平的引物RECPV．3／RECPV-4，用引物Oligo（dT）／RECPV-2和Oligo（dT）／RECPV-4的反转录产物作为模板，对感染BmCPV的家蚕中肠组织中的S1片段转录本和假定的ORFX转录本进行定量PCR检测，结果在感染BmCPV第5～7天的中肠组织中均没有检测到假定的ORFX转录本。由此表明，BmCPV基因组S1片段中可能不存在假定的ORFX重叠基因。

鸡痘病毒282E_4株基因组3.6kbBamHI片段序列测定与分析

本实验将我国FPV282E4 株基因组3 .6kb BamHID片段利用DNA测序仪进行了序列测定。经DNASISV3.0 分析,该片段A+ T含量为60.77 % ,内含有8 个主要的ORFS。用Goldkey V3.0 软件比较了VVP7.5 早期启动子,FPV4b 晚期启动子、L2R早/晚期启动子和一个早/ 晚期双向启动子与各个ORF上游100bp 区域的同源性,没有发现有意义的同源序列;该片段的核苷酸序列和每个ORF所编码的氨基酸序列在EMBL核酸序列库和蛋白质序列库(Swiss_PROT) 中没有找到有意义的同源序列。

鸡痘病毒282E_4株基因组2.9kbBamHI片段的序列测定与分析

对我国鸡痘病毒 ( FPV) 2 82 E4株基因组 2 .9kb Bam HI片段进行了序列测定与分析。结果表明 ,该片段全长 2 92 3 bp,A+T含量为 72 .0 8%,含 6个完整的开放读码框架 ( ORF)和 2个不完整的 ORF,最大的ORF所编码多肽的相对分子质量为 2 4 60 0。在 2个 ORF的上游存在痘苗病毒晚期启动子的保守序列TAAAT,在 6个 ORF的下游和 2个 ORF的编码区内存在痘苗病毒早期转录终止信号 T5NT。把该片段的核苷酸序列和每个 ORF所编码的氨基酸序列分别对 EMBL核酸序列库和 SWISS-PROT蛋白质序列库进行了同源性搜索 。

水稻瘤矮病毒基因组S9片段的基因结构特征

应用RT-PCR技术克隆了水稻瘤矮病毒(RGDV)中国广东信宜分离物(RGDV-C)的基因组S9片段,测定了全序列并进行了生物信息学分析。结果表明,RGDV-C S9片段全长共有1202bp(登录号AY556483),含有一个长的开放阅读框,这一开放阅读框编码一个由323个氨基酸残基组成的多肽,推测分子量约35.6kDa,与泰国分离物(RGDV-T)的全序列相比,它们的核苷酸长度相等,核苷酸同源性为98.1%,氨基酸同源性为98.5%。RGDV S9片段编码的Pns9蛋白在植物呼肠孤病毒属内未发现同源蛋白,其功能尚待确定。利用NCBI的BLAST查找与比较,发现Pns9与伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)ATP依赖的Clp蛋白水解酶组分[ATP-dependent Clp prote-ase proteolytic component(clpP-1)]有21.8%的氨基酸序列同源性。

鸡传染性法氏囊病病毒基因组A片段cDNA序列分析

用鸡胚成纤维细胞繁殖鸡传染性法氏囊病病毒 (IBDV)天水毒株。用提纯的病毒颗粒提取基因组RNA。根据已报道的英国 5 2 /70株的序列设计引物 ,用反转录 聚合酶链式反应 (RT PCR)进行cDNA扩增 ,获得 15 5 8bp和 15 90bp两个部分重叠的片段。结果表明 ,所克隆片段为 30 99的IBDV大开放读框。经与已报道的多个毒株相应序列比较后发现 ,核苷酸同源性介于 97 4%～ 99 8%之间 ,推导的氨基酸同源性介于 98 1%～ 99 5 %。

水稻瘤矮病毒基因组第6片段(S6)序列测定与分析

【目的】了解水稻瘤矮病毒(RGDV)基因组结构与功能。【方法】根据已报道的RGDV基因组各片段末端序列及其反向重复特性,采用4轮RT-PCR的方法扩增RGDV基因组第6片段(S6),用生物学软件进行序列分析。【结果】得到了该病毒S6的全序列。S6全长1651bp,G+C含量39.13%,包含一个长的ORF,起始于第25位,终止于第1497位,编码490个氨基酸,分子量为53.3kD。【结论】该蛋白与伤瘤病毒(WTV)的P7的相似性为30.0%,与水稻矮缩病毒(RDV)的P7的相似性为31.7%。这是RGDVS6全序列的首次报道。

片段化全基因组体外诱变选育转谷氨酰胺酶高产菌株的研究

茂原链霉菌产生的转谷氨酰胺酶由于具有使蛋白质交联的特性而备受关注,但是其较低的产量阻碍了工业化的发展。本文采用一株分离到的茂原链霉菌作为出发菌株,通过片段化全基因组体外诱变育种的方法,最终得到一株转谷氨酰胺酶酶活为0.223U/mL的优良菌株,比出发菌株(0.0685U/mL)酶活提高近2.23倍。

菖蒲芋螺不同大小基因组DNA片段的分离制备

使用常规酚/氯仿抽提法(CTAB法)、离心柱法和磁珠吸附法,分别从菖蒲芋螺毒腺、肌肉及肝胰脏中提取基因组DNA,利用普通琼脂糖凝胶电泳与脉冲场电泳(PFGE)对基因组DNA片段进行分离,并检测提取DNA的大小和分布范围,同时,对脉冲场电泳条件进行了优化。结果表明,3种方法均可提取基因组DNA,其中CTAB法和离心柱法提取的毒腺DNA纯度高,产率大,可用于后续实验,而磁珠法产率适中且纯度不高,但离心柱法的DNA片段较小,大多在9 kb以下,而CTAB法提取的DNA片段较大,获得的20 kb以上的大片段量较多,更适合于大片段基因组文库的构建。3种芋螺组织中,肝胰脏产率最高但片段弥散有降解,毒腺DNA片段较大且集中,产率也较高,而肌肉的DNA片段产率最低且片段较小。因此,用CTAB法提取菖蒲芋螺毒腺的DNA更适合构建大片段基因组DNA文库。筛选高质量的菖蒲芋螺的DNA,利用优化的脉冲场电泳条件进行分离回收,获得了不同大小片段的DNA,为后续菖蒲芋螺不同载体系统的基因组文库构建奠定了基础。

斜纹夜蛾核多角体病毒(SpltNPV)基因组EcoRI-G片段的序列分析

斜纹夜蛾核多角体病毒 (SpltNPV)基因组EcoRI G片段全长 745 0bp ,包括 7个开放读码框 :vp39、lef 4、cg30、p91、vp33、tlp2 0、AcMNPVORF81同源基因和一个同源区 (hr)。基因组排列比较分析发现 ,这些基因在基因组中的排列 。

构建丝状真菌大片段基因组文库载体DNA的制备

载体DNA的制备是构建大片段基因组文库的关键步骤之一。高质量载体DNA受到酶切、脱磷等因素的影响。以载体pBHYG为材料 ,优化了限制性内切酶HindIII酶切和小牛肠碱性磷酸酶 (CIAP)脱磷的作用条件 ,并在T4连接酶作用下自连 ,通过胶回收纯化制备了可用于进一步构建大片段基因组文库的线性载体DNA。

抑制差减杂交克隆E1 Tor霍乱弧菌流行株与非流行株基因组差异片段及其分析

为了克隆与分析霍乱弧菌O1E1Tor流行株与非流行株两类菌株基因组差异片段 ,采用抑制差减杂交技术 (suppressionsubtractivehybridization ,SSH)分别以国内保留的流行株Wujiang 2及非流行株Js 32一株作为被检菌 ,另一株作为参考菌进行基因组差异研究 .在进行的差减杂交实验中 ,流行株Wujiang 2共检出 34个特异差异片段 ,经同源检索共代表 35个基因片段 ,其中包括许多重要的霍乱弧菌毒力相关基因如CTX遗传单元、TLC因子及可移动外来成分如霍乱弧菌整合子RVC序列及Tn10转位酶 .非流行株Js 32共检出 14个特异差异片段 ,经同源检索未能检出同源片段 ,可能代表新基因序列 .研究表明 ,霍乱弧菌流行株与非流行株基因组存在较多差异基因 ,表现在毒力、毒力相关基因。

中国棉铃虫核多角体病毒基因组XbaI-I片段的序列分析

报道了棉铃虫单核衣壳核多角体病毒 (HaSNPV)XbaI I片段的序列结构。该片段在基因组上定位于 18.4～2 2 .8m .u .,包括 8个完整的开放阅读框架和 p47的 5′端部分序列 :其中ubiquitin ,39K/pp31,lef - 11,p47,Ac34 ,Ac38和Lsel2 5homologue 7个基因是杆状病毒的同源基因 ,另外两个orf5 0 7和orf10 80是HaSNPV的特有基因 ,且具有典型的早期表达基因启动子的特征 ,经软件分析发现这两个基因推导的产物具有典型的跨膜压结构。序列比较分析表明 ,ubiquitin基因与其它杆状病毒的同源基因有相同的保守区 。

Candida glycerinogenes基因组大片段缺失菌的构建及表征

通过基因组精简可获得代谢背景降低、更适用于工业生物技术的底盘细胞。产甘油假丝酵母(Candida glycerinogenes)是具有优良抗逆性能的工业菌株,对其基因组进行精简以获得更优的底盘化细胞。以CRISPR/Cas9为工具进行C.glycerinogenes基因组非必需DNA大片段删除,实现了25、50 kb片段的敲除,并研究了缺失菌的耐受性和发酵特性。结果显示,片段删除菌株的胁迫耐受能力无明显改变,30℃下Δ7.8 kb菌生物量降低20%,42℃下Δ7.8 kb、Δ25 kb菌的生物量下降20%。而在发酵过程中各缺失菌均表现出生物量降低20%,其中Δ7.8 kb菌株表现出了发酵初生物量提高了14%、单位菌体甘油产量提高了22%,还原力相关基因G6PD、6PGDH分别上调10倍和29倍,NADPH/NADP+值提高了100%。结果表明,上述非必需DNA大片段删除对C.glycerinogenes耐受特性无明显影响,而会导致生物量降低和单位菌体甘油产量提高,缺失菌株可能因基因表达水平的差异而与野生菌株在性状上产生区别。该研究是对CRISPR/Cas9系统在C.glycerinogenes中的潜力挖掘,有助于推进该非模式工业菌株底盘化进程和应用。

从云南蚕区分离BmCPV病毒株的全基因组克隆与系统发育分析

家蚕质型多角体病毒（BmCPV）是家蚕中肠型脓病的病原物。从云南蚕区的病蚕样品中分离到一株BmCPV病毒分离株,提取纯化该病毒粒子的总RNA并合成cDNA,克隆病毒全基因组序列,研究该病毒分离株的基因组结构与系统进化。克隆得到该病毒10条dsRNA序列（S1~S10）并提交至NCBI数据库中。序列分析表明该病毒基因组序列全长24810bp,S1~S10片段序列都具有完整的ORF。BLAST比对发现克隆的该病毒基因组各片段编码区序列与已报道的1型BmCPV片段的相似度达88%以上,氨基酸序列相似度达90%以上;10条dsRNA基因组片段末端均有保守帽子结构5＇-AGUAA……GUUAGCC-3＇。基于S2片段RdRp基因的系统进化分析发现,该病毒与其他3个1型BmCPV分离株BmCPV1-Suzhou、BmCPV1-China、BmCPV1-Ⅰ聚为一支,基于S10片段polh基因的系统进化分析也表明该病毒为1型BmCPV新的分离株系。根据上述研究结果将该病毒定名为BmCPV1-Yunnan。

一种实用的双链RNA病毒基因组克隆方法

以克隆水稻矮缩病毒(Rice dwarf virus.RDV)基因组片段 S11、S12为例.报道一种克隆植物dsRNA 病毒基因组的方法。具体过程为:利用 T4 RNA 连接酶将5′-磷酸、3′-氨基修饰的引物 Primer 1连接到 RDV 病毒基因组第11、12片段 dsRNA 的3′-OH 端,经逆转录、退火、补齐形成全长双链 cD-NA,使用单一的互补引物 Primer 2进行 PCR 扩增,扩增产物克隆在 pMD 18-T 载体上.对重组子进行两次限制性内切酶分析,结合序列测定分离鉴定 S11、S12。结果表明,这种方法能同时克隆 RDV 基因片段S11、S12,是一种有效实用的 dsRNA 病毒基因组克隆方法。

莴苣花叶病毒北京分离物基因组3'末端序列分析

笔者通过RT-PCR方法对LMV北京分离物(LMV-BJ)基因组3'端1620nt的核苷酸片段进行了克隆和序列分析(GenBank登录号为EF423619)。所获片段含有NIb基因3'端的574nt,编码NIb C-端190个氨基酸;完整的CP基因,全长为834nt,编码一个由277个氨基酸组成的分子量约为30kDa的结构蛋白;3'非编码区含有209nt。通过序列分析软件将LMV-BJ与已经报道的法国分离物O(X97704)、法国分离物E(X97705),美国分离物(X65652),巴西分离物(AJ278854)和余杭分离物(AJ306288)基因组3'末端和CP基因的核苷酸序列与氨基酸序列分别进行了比较。