ABO血型基因外显子1上新变异的鉴定

目的:应用血清学和分子生物学方法鉴定1例ABO正反定型不一致患者的血型,并探讨其遗传学特点。方法:采用试管法鉴定该患者的ABO表型,荧光PCR法测定患者及其父母的ABO血型基因型,并对ABO基因7个外显子进行直接测序分析。结果:本例患者血清学初步鉴定为Bel亚型;基因分型检测患者及其父亲的基因型为B/O1,其母亲的基因型为O1/O1;测序发现在患者及其父亲ABO基因外显子1上有新的c.16_17delins TGTTGCA杂合变异。结论:外显子1上新的变异导致该患者ABO血型出现Bel亚型,并具有遗传性。

儿童急性淋巴细胞白血病的代谢组学及外显子组学研究

目的:探究儿童儿童急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)的基因改变及代谢产物的变化。方法:选取2021年9月—2022年5月首次在南京医科大学第一附属医院儿科就诊的初发且未经治疗的儿童ALL患儿4例为实验组,选取同期在本院进行体检的正常儿童4例为对照组。留取临床资料,收集血清样本,利用液相色谱⁃质谱技术分析其血清代谢物水平,利用外显子测序技术分析基因变化。结果:代谢组学揭示了61种代谢物有差异变化,ALL中37种表达上升,表达量上升最显著的差异代谢物是对甲酚和脱氧胆酸等,24种表达下降,表达量下降最显著的差异代谢物是1⁃吡咯啉⁃5⁃羧酸和5⁃羟色胺等,外显子组学揭示了蛋白互作数量排名前10的基因有MUC17等。结论:ALL患儿与对照组血清的代谢物存在明显差异,涉及多种代谢通路改变,鉴定出的差异代谢物对ALL的诊断和治疗具有重要意义,外显子测序提示MUC17等基因可能对ALL的发生产生一定作用,可为研究ALL及临床用药提供新的思路和方法。

全外显子测序联合基因组拷贝数变异测序在儿科遗传病诊断中的应用

目的探讨全外显子测序(whole exome sequencing,WES)联合基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNVseq)在儿科遗传病诊断中的应用价值。方法选取2019年8月至2023年7月郑州市妇幼保健院新生儿科及儿科收治的怀疑患有遗传性疾病或临床诊断不明确的患儿为研究对象,采集患儿及其父母外周血进行WES及CNVseq检测,对检出的变异进行分类及评级,并进行一代测序或qPCR验证。结果共纳入患儿33例,其中男性18例,女性15例,年龄范围为1 d~8岁。WES的阳性检出率为36.4%(12/33),CNVseq阳性检出率为9.1%(3/33),两者联合阳性检出率为45.5%(15/33)。结论WES联合CNVseq是儿童遗传性疾病分子诊断的有力工具,可作为一线检测手段在临床大力推广。

扁桃体鳞状细胞癌临床病理分析及全外显子测序分析

目的探讨扁桃体鳞状细胞癌(tonsil squamous cell carcinoma,TSCC)的临床病理学特征、全外显子突变和肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB)。方法回顾性分析10例TSCC临床病理特征,采用EnVision两步法检测CK(AE1/AE3)、CK5/6、p63、p40、p16和Ki67等蛋白的表达,并对其中3例TSCC病例行全外显子组测序及TMB分析。结果10例患者中,男性6例,女性4例,年龄43~76岁,光镜下癌细胞呈巢状和不规则条索状浸润至隐窝上皮下,伴有粉刺样坏死,见细胞间桥及多少不一的角化,异型性明显,核分裂象易见。随访6~45个月,9例存活。免疫表型:CK(AE1/AE3)、CK5/6、p63和p40均阳性,3例p16弥漫强阳性,Ki67增殖指数40%~90%。3例TSCC的全外显子组测序结果显示ARID1B、LRP6等为常见的癌症易感基因,WDFY4、ZFHX4基因表现出较高的突变比例,均为3/3。TMB分析结果显示3例突变中1例TMB值>9 mut/Mb。结论TSCC早期症状不明显,容易漏诊误诊。全外显子组测序结果显示WDFY4、ZFHX4基因存在较高的突变率。TMB结果提示TSCC部分患者可在免疫治疗中获益。

全外显子组测序诊断Rothmund-Thomson综合征的临床研究

目的 探讨1例Rothmund-Thomson综合征(RTS)患儿的临床表现及诊断,并进行文献复习,以提高对该病的认识。方法 分析2019年5月河南省儿童医院小婴儿病房收治的1例RTS患儿的临床资料,抽取患儿及其父母外周静脉血各2 mL,利用高通量测序进行一家三口全外显子组测序检测。以Rothmund-Thomson综合征、RECQL4基因、Rothmund-Thomson syndrome、RECQL4为检索词,分别在中国知网、万方数据库、PubMed数据库进行中英文文献检索(检索时间从建库至2023年8月)。结果 患儿出生后即出现反复腹泻,生长发育落后,3个月后出现颜面部、臀部皮肤色素脱失。测序结果提示RECQL4基因存在复合杂合突变:c.3237-2A>T和c.1593_1594delTC。2个突变均为数据库和文献未见报道的新突变位点,分别来自患儿父母。文献检索结果:符合检索条件的中文文献10篇、英文文献131篇。结合病例分析和文献复习,该文主要从临床症状及致病基因突变角度出发,重点叙述Rothmund-Thomson综合征的临床特点、成因、诊断及高肿瘤风险。结论 RTS是罕见的常染色体隐性遗传病,以皮肤异色症、白内障、骨骼发育异常或缺如等为主要临床表现,并涉及多个系统受累。RECQL4基因突变检测有助于确诊。该研究发现的2个新突变丰富了RECQL4基因突变谱。

全外显子组测序对性发育异常患者的分子遗传学病因分析

目的通过全外显子组测序(WES)技术分析性发育异常(DSD)患者的分子遗传学病因,以加深对DSD致病机制的认识。方法收集2008年3月-2021年8月于云南省第一人民医院就诊的60例DSD患者的临床资料进行回顾性分析,并对其中1个先证者进行家系研究。提取所有患者的外周血基因组DNA进行WES测序分析,WES结果利用SAMtools软件、单核苷酸多态性(SNP)数据库、InDel数据库进行SNP和InDel检测;采用ExomeDepth进行外显子水平的拷贝数变异(CNV)检测;应用PolyPhen-2、Mutation taster、PyMol软件进行突变的有害性预测,并采用Sanger进行测序验证。结果60例DSD患者中,22例为46,XX DSD,38例为46,XY DSD。22例46,XX DSD患者中14例存在SRY基因;在另外8例患者和其中1个先证者家系中,2例患者的NR5A1、PROKR2和ANOS1基因发生单核苷酸变异(SNV),4例患者中的CYP21A2基因发生CNV,其中CYP21A2 EX1 Dup已有该变异的相关致病性报道,其余3个CNV为意义未明的变异,2例未检出与DSD相关的基因突变位点。38例46,XY DSD患者WES分析结果中,14例中检出了10个致病或疑似致病变异位点,包括SRY、AR、SRD5A2、CYP17A1、NR5A1等5个基因;5例中检出CYP21A2、AKR1C2、CBX2、NR5A1基因的5个疑似致病的CNV,其中3个微缺失,2个微重复。WES结果中NR5A1(c.722G>T、c.48C>G)、ANOS1 c.564A>T变异为首次报道的位点,在检出的CNV中,CYP21A2 EX1 Dup在相关数据库中有致病性的报道,其余未见报道。结论WES技术的应用提高了对DSD的诊断能力,拓展了现有的DSD相关致病基因突变谱数据,丰富了对DSD致病机制的认识,可为开展遗传咨询提供帮助。

再生障碍性贫血患者外周血全外显子组高通量基因测序分析

目的:对再生障碍性贫血(再障)患者进行外周血全外显子测序,观察基因突变的类型及突变率以探讨再障的发病机制。方法:采集19例再障患者的外周血并提取单个核细胞进行全外显子测序,对所得基因进行GO和KEGG富集分析。数据采用SPSS 22.0进行统计分析,以P<0.05为存在显著差异。结果:测得19例再障患者共有2006个基因突变,参照GeneCards及OMIM数据库及患者测序结果筛选出49个基因,绘制患者基因突变图谱,发现MUC5B基因可能与再障发病相关,其突变率达100%,其余基因如ERCC6、SYNE1和WFS1等突变率均超过40%,亦可能参与再障的形成。在GO分析中其主要与细胞运动、细胞骨架及组成、蛋白结合等功能相关。KEGG通路分析中,主要是在Hippo通路、ECM-受体相互作用通路等地方富集。结论:MUC5B基因可能是造成T细胞比例失调,进而导致再障的关键基因。此外,Hippo通路可能通过调节T细胞比例、端粒酶活性等参与再障的发病机制。

免疫联合化疗逆转MET D1228E合并EGFR L858R介导的MET 14外显子跳跃突变肺腺癌耐药

1例间质-上皮细胞转化因子(MET)14外显子跳跃突变的Ⅳ期肺腺癌患者服用MET酪氨酸激酶抑制剂(TKI)赛沃替尼8.5个月后疾病进展(PD),耐药基因检测提示出现新的MET 19外显子D1228E及表皮生长因子受体(EGFR)21外显子L858R错义突变。遂将治疗方案改为EGFR-TKI奥希替尼联合克唑替尼治疗,23天后临床症状加重,复查CT提示PD。经多学科诊疗(MDT)讨论,将三线治疗方案改为以铂类为基础的化疗联合免疫治疗,期间最佳疗效评价为部分缓解(PR),无进展生存期为6.4个月。目前,对于MET-TKIs耐药后新发二次突变合并EGFR突变的患者尚无标准治疗方案,本案例为此类患者提供了一种可供参考的后续治疗方案。

EGFR外显子20插入突变:研究现状与治疗新策略

作为非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中重要的致癌驱动基因,表皮生长因子受体外显子20插入突变(epidermal growth factor receptor exon 20 insertion,EGFR ex20ins)具有独特蛋白构象,并且对传统EGFR酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-tyrosine kinase inhibitors,EGFR-TKIs)原发耐药。近年来,靶向EGFR ex20ins的药物探索从未停止。莫博赛替尼与埃万妥单抗率先被美国食品药品监督管理局(Food and Drug Administration,FDA)获批用于EGFR ex20ins突变NSCLC患者,随后舒沃替尼等药物取得突破,联合治疗方案的探索也有所收获。多管齐下有望克服EGFR ex20ins耐药。因此,深入了解EGFR ex20ins的分子机制并评估新型药物的有效性与差异性至关重要。本文将对相关最新研究成果进行全面总结,以期为EGFR ex20ins突变患者精准治疗提供有价值的参考。

大白猪RFRP基因外显子2多态性及其与母猪繁殖性状的关联

本研究旨在揭示大白猪RFRP基因外显子2多态性及其对母猪繁殖性状的影响。通过PCR产物直接测序法检测了403头大白母猪RFRP基因外显子2区域的SNP位点,结合403窝初产母猪繁殖性能记录,利用最小二乘模型分析了RFRP基因各SNP位点不同基因型及其单倍型组合与大白母猪6个繁殖性状的关联。结果显示:RFRP基因外显子2区域存在2个错义突变位点(C294T和C357T)和3个同义突变位点(G289A、G331A和T349G),且均处于Hardy-Weinberg平衡状态;在5个位点中,除G331A和T349G位点呈低度多态(PIC为0.1740)且遗传多样性较低(H为0.1926)外,G289A、C357T和C294T位点均呈中度多态(PIC在0.2911~0.3730之间),遗传多样性也较为丰富(H在0.3537~0.4960之间);关联分析结果表明,G289A、C294T和C357T位点突变杂合型(GA、CT和CT)个体以及G331A和T349G位点突变纯合型(AA和GG)个体的繁殖性能较好;5个位点不同单倍型组合对大白猪的妊娠期、产活仔数、初生窝重、21日龄窝重和断奶窝重均有影响(P<0.05或P<0.01),且携带有GCGTC单倍型个体的大部分繁殖性能处于较高水平。上述研究结果表明,RFRP基因多态性与大白初产母猪的妊娠期、产活仔数、初生窝重、21日龄窝重和断奶窝重显著相关,RFRP基因可作为大白猪分子育种的候选基因。

伏美替尼治疗EGFR外显子20插入突变的晚期肺腺癌2例

随着下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术的广泛应用,包括外显子20插入突变(exon20 insertion,ex20ins)在内的罕见表皮生长因子受体(epidermal growth factorreceptor,EGFR)基因突变的发生率不断增加。EGFR ex20ins突变约占所有非小细胞肺癌(NSCLC)的0.1%~4%,其中最常见的EGFR ex20ins突变是A767_V769dup^([1-3])。

全外显子组测序在高度近视病因学中的研究进展

高度近视的发病与遗传因素密切相关。近年来,随着全外显子组测序技术广泛应用于高度近视的遗传学研究,基础免疫球蛋白、低密度脂蛋白受体相关蛋白1、脯氨酰4-羟化酶α多肽Ⅱ等高度近视易感基因陆续被鉴定出来,分别涉及巩膜重塑、能量代谢、细胞凋亡等生物学途径,进一步揭示了高度近视的发病机制。本文就近年来通过全外显子组测序技术鉴定高度近视研究较多的15个遗传易感基因及其变异的相关信号通路研究进展进行综述。

难治性晚期KIT外显子9突变胃肠间质瘤患者的治疗探索:靶向联合治疗加肿瘤减灭术

KIT外显子9突变是胃肠间质瘤第二常见的基因突变类型,较其他类型呈现恶性度更高的生物学行为。大多数KIT外显子9突变胃肠间质瘤经标准序贯治疗后并不能获得满意的无进展生存期。本文报道了1例44岁晚期KIT外显子9突变女性患者,在标准二线治疗进展后予阿伐替尼联合舒尼替尼治疗,1个月后肿瘤退缩达15.7%,获得手术机会。患者术后继续靶向联合治疗,截至2023年7月,共有6个月未见肿瘤复发。

全外显子测序揭示原发中枢神经系统淋巴瘤的基因突变特征

目的:对18例原发中枢神经系统淋巴瘤(PCNSL)患者肿瘤组织进行全外显子测序,探索PCNSL的基因突变特点。方法:收集2018年9月至2020年12月在兰州大学第二医院病理科确诊的18例免疫功能正常(无HIV及服用免疫抑制剂病史)、病理类型为弥漫大B细胞淋巴瘤的PCNSL患者肿瘤组织,进行基于高通量测序的全外显子测序,平均测序深度>100×。测序结果经数据处理及生物信息学分析,得到患者的基因突变全景及突变特征。结果:18例患者均检测到明显的体细胞突变,中位体细胞突变数目为321,以错义突变为主(约占90%),突变类型以C>T为主(占50.2%),反映了与年龄相关的突变模式;前15位高频突变基因中,PSD3、DUSP5、MAGEB16、TELO2、FMO2、TRMT13、AOC1、PIGZ、SVEP1、IP6K3、TIAM1为驱动基因。驱动基因通路富集结果显示,RTK-RAS、Wnt、NOTCH、Hippo、Cell-Cycle通路明显富集。各样本的肿瘤突变负荷在3.558 48/Mb-8.780 89/Mb之间,平均突变负荷4.953 32/Mb,与TCGA数据库中其他肿瘤的研究队列相比明显增高。结论:PCNSL频繁发生体细胞的错义突变,以点突变为主,突变类型主要为C>T。驱动基因主要参与RTK-RAS、Wnt、NOTCH、Hippo通路信号传导,表明以上通路可能与PCNSL发病机制相关。PCNSL有显著的高肿瘤突变负荷,这或许是PD-1抑制剂治疗PCNSL有效的原因之一。

剪切DR3第10外显子促进乳腺癌MDA-MB-231细胞株增殖

目的探讨死亡受体3(DR3)第10外显子在乳腺癌中的表达与作用。方法利用基因表达谱交互分析数据库(GEPIA)分析DR3在乳腺癌中的表达和预后价值,运用log-rank检验进行生存差异比较。通过CRISPR/Cas9技术构建剪切DR3第10外显子的质粒载体,对三阴性乳腺癌细胞株(MDA-MB-231)DR3第10外显子进行剪切。分析DR3第10外显子剪切对MDA-MB-231细胞增殖和相关剪接变异体表达的影响。结果生物信息分析结果表明,DR3在乳腺癌患者中呈低表达,这种低表达预示总体生存期较短。剪切DR3第10外显子增强了DR3剪接变异体2、3、7的表达,并且这种改变伴随MDA-MB-231细胞增殖能力增强。结论DR3在乳腺癌患者中呈现低表达且预示患者总体生存期较短,DR3第10外显子与乳腺癌密切相关。

基于全外显子组测序探寻孕妇静脉血栓栓塞症的发病机制

目的探讨全外显子组测序(WES)探寻孕妇静脉血栓栓塞症(VTE)致病基因的意义。方法2019年1月至2022年1月,招募在十堰市人民医院进行第一次产前检查(在16~24孕周内)的孕妇,并随访至分娩后42 d。共有12名患有VTE的孕妇(VTE组)和12名对照(对照组)纳入研究。采集血样,并通过全外显子组测序进行测序。在已知血栓形成倾向基因中发现的破坏性变异以及可能与妊娠期VTE相关的罕见破坏性变异。结果WES在VTE组中总共检测到360827处改变。在使用“识别罕见致病变异”标准进行过滤后,候选变异列表减少到8452个,其中6756个VUS变异、14个可能的致病变异。样本包含29种已知的血栓形成倾向变体,包括8个错义、3个终止密码子获、2个接合部位缺失、1个蛋白质改变插入和(或)缺失、5个移码突变、7个同义突变和3个内含子突变。突变频率最高的前5个基因是凝血因子V(F5,12.24%),其次是凝血因子2(F2,10.20%)、PROS1(10.20%)、PROC(8.16%)和SERPINA10(6.12%)。通过外显子组关联研究显示3个外显子变异达到了暗示意义,分别为TAS2R43(rs200893955,P=3.68×10^(-5))、NRCAM(rs1269621,P=5.04×10^(-5),FDR=0.0478)和ZFP41(rs6558339,P=8.85×10^(-5))。结论妊娠期VTE可能主要与包括F5、F2在内的已知致病变异以及14个可能的罕见致病变异的存在相关。

全外显子测序在高原地区静脉血栓患者中筛查致病突变的应用

目的利用全外显子测序技术筛查高原静脉血栓栓塞人群中的基因突变情况。方法选取2022年12月至2023年12月在阿坝藏族羌族自治州人民医院就诊的静脉血栓栓塞症患者35例。采集研究对象的外周血,提取全基因组DNA进行全外显子测序,应用生物信息学方法筛选共有突变基因、候选基因,并进行致病性判断。结果35例患者中,筛选出共有突变基因2312个,优先级分类H*中筛选出50个基因变异。优先级分类H+中筛选出20个基因变异,与疾病直接相关候选基因26个,与候选基因相关的基因1757个,致病基因7个,可能致病基因21个,致病性不明确基因1605个,发现东亚人群新发变异基因25个。结论本研究中筛选的易感基因突变与深静脉血栓发病密切,在东亚人群中普遍存在,但在地理分布上存在一定差异,相关基因未来可作为潜在生物标记和治疗靶点。

EGFR 20外显子插入突变非小细胞肺癌的诊疗现状及进展

表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因突变是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中最常见的突变类型,该类突变可因变异位点的不同而产生结构和功能的异质性。其中,EGFR 20外显子插入突变(exon 20 insertion,ex20ins)发生率约占所有EGFR突变NSCLC患者中的4%~12%,是仅次于EGFR 19外显子缺失突变及EGFR 21外显子L858R突变的类型。EGFR ex20ins突变由于插入位点的不同,也存在异质性,对现有针对EGFR的靶向药物敏感度不同,且大多数并不敏感,因此其治疗仍以化疗为主。随着对此类突变的深入研究,多种药物已进入临床阶段。该文对EGFR ex20ins突变的结构和功能、治疗进展等方面进行综述,以期为临床治疗提供新的思路。

全外显子组测序技术在产前胎儿超声异常中的应用进展

胎儿先天性结构异常作为出生缺陷的重要组成部分,是引起新生儿残疾甚至死亡的重要原因之一。产前诊断是预防出生缺陷的重要举措。通过染色体核型分析、拷贝数变异检测技术等产前诊断技术,部分超声异常胎儿能得到明确诊断,但仍有60%以上病因尚未明确。全外显子组测序技术能在上述检测未见异常时,进一步识别出部分致病基因变异,目前已逐步应用于胎儿多系统异常、骨骼发育异常、中枢神经系统畸形、先天性心脏发育畸形及先天性泌尿系统发育异常等的遗传学病因检测。本文对WES在产前胎儿超声异常中的应用进展作一综述。

EGFR20外显子插入突变非小细胞肺癌规范化诊疗中国专家共识(2024版)

表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)20外显子插入(exon 20 insertion,ex20ins)突变非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的规范化诊疗在《EGFR 20外显子插入突变非小细胞肺癌规范化诊疗中国专家共识(2023版)》中进行了阐述,提高了临床医生对该罕见靶点的关注。随着疾病领域探索的深入及新型靶向药物的获批,EGFR ex20ins NSCLC的诊疗策略也随之更新。本共识在2023版中国专家共识的基础上进行更新,专家组通过参考国内外文献及临床数据并结合专家自身临床经验,分别从疾病认知、疾病检测、疾病治疗和新型靶向药物研发现状等方面更新共识性建议,以期更好地为临床医师提供用药参考。