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闽楠群体遗传结构分析与核心种质库构建 被引量:1
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作者 张俊红 王洋 +5 位作者 周生财 吴小林 吴仁超 杨琪 张毓婷 童再康 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期68-79,共12页
【目的】基于SSR分子标记技术研究珍稀濒危保护树种闽楠群体的遗传结构,构建核心种质资源库,为种质资源的科学管理、有效保护和高效利用提供理论依据。【方法】利用33对多态性SSR引物,分析来自福建、江西、湖南、浙江、广西5省(区)27个... 【目的】基于SSR分子标记技术研究珍稀濒危保护树种闽楠群体的遗传结构,构建核心种质资源库,为种质资源的科学管理、有效保护和高效利用提供理论依据。【方法】利用33对多态性SSR引物,分析来自福建、江西、湖南、浙江、广西5省(区)27个种源地218个闽楠家系425份种质资源群体的遗传多样性和遗传结构。应用DateTrans1.0联合Popgene32软件计算观测等位基因数(N_(a))、有效等位基因数(N_(e))、观测杂合度(H_(o))、期望杂合度(H_(e))、Shannon信息指数(I)和Nei’s基因多样性指数(H);运用STRUCTURE 2.3.4软件对9个闽楠群体进行遗传类群划分。采用最小距离逐步取样法构建核心种质库,通过对相关遗传参数的t检验验证核心种质库的有效性。【结果】依据种质来源地的地理分布,218个家系可分成9个群体;种质资源群体的平均有效等位基因数(N_(e))、观测杂合度(H_(o))、期望杂合度(H_(e))均值、Shannon信息指数(I)分别为2.159、0.224、0.477和0.841,表明闽楠种质资源群体具较高遗传多样性;群体遗传结构分析表明,9个群体可划分为3个亚群;425份原始种质经最小距离逐步聚类取样得到85份核心种质和340份保留种质,核心种质占原始种质的20%,其N_(a)、N_(e)、H_(o)、H_(e)、I和H保留率分别为92.318%、103.803%、116.652%、105.052%、103.341%和104.664%。t检验表明核心种质和原始种质的遗传多样性参数无显著差异,能充分代表原始种质的遗传多样性。【结论】构建的核心种质库在保留原始种质库遗传多样性的基础上,去除遗传冗余,有利于闽楠种质资源的有效保护和科学利用,为进一步育种工作奠定基础。 展开更多
关键词 闽楠 群体结构 SSR分子标记 遗传多样性 核心种质
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杉木育种群体遗传多样性评价及核心种质构建
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作者 张勰 伍汉斌 +5 位作者 程勇 张春艳 王欣 蒋宏春 张森强 段爱国 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期118-126,共9页
【目的】评价湖南省杉木不同世代育种群体遗传多样性及其变化动态,构建核心种质,旨在为湖南省杉木下一轮遗传改良及种质利用提供理论依据和材料支撑。【方法】利用21对能获得多态性SSR引物对3个不同世代杉木育种群体中的137份样本进行PC... 【目的】评价湖南省杉木不同世代育种群体遗传多样性及其变化动态,构建核心种质,旨在为湖南省杉木下一轮遗传改良及种质利用提供理论依据和材料支撑。【方法】利用21对能获得多态性SSR引物对3个不同世代杉木育种群体中的137份样本进行PCR扩增,采用Gene Marker软件进行基因分型,利用GenAlex软件估算群体遗传参数、检测Hardy-Weinberg平衡并进行分子方差分析,利用GENEPOP软件估算无效等位基因频率,利用FSTAT软件评估成对育种群体间的遗传距离,利用STRUCTURE软件分析群体遗传结构,利用Darwin软件构建邻接系统发育树,利用Core-hunter软件构建核心种质,采用t检验和主坐标分析法验证核心种质的有效性和代表性。【结果】湖南省杉木整个育种群体(HO=0.541,HE=0.630)遗传多样性丰富,3个不同世代的育种群体均表现为杂合体缺失,显著或极显著偏离Hardy-Weinberg平衡;整个育种群体中的种质可聚为2大类群,种质间普遍存在亲缘关系;不同世代育种群体间遗传分化较小(FST为0.010~0.014);以40%的抽样比例构建核心种质,同源性为14.55%,等位基因覆盖度为100%,群体遗传参数与整个育种群体差异不显著,核心种质在所有种质的主坐标中均匀分布。【结论】湖南省杉木多世代遗传改良策略科学合理,各世代育种群体遗传多样性较高,育种群体遗传多样性并没有因遗传改良进程而下降。构建的55份核心种质保留了整个育种群体全部等位基因,有效地限制了同源性,符合生物核心种质的构建要求,可为湖南省杉木种质创新、资源高效利用及高世代种子园建设提供优异的种质材料。 展开更多
关键词 杉木 育种群体 SSR标记 遗传多样性 核心种质
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抗松材线虫病马尾松种质资源遗传多样性分析及核心种质构建 被引量:2
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作者 邓莉丽 刘青华 +2 位作者 周志春 高凯 骆定会 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期67-78,共12页
【目的】对来自安徽省林业科学研究院和异地保存在浙江省临海市林业技术推广和场圃旅游服务总站的114份抗松材线虫Bursaphelenchus xylophilus病马尾松Pinus massoniana种质进行遗传多样性与群体结构分析,构建抗性马尾松核心种质库。【... 【目的】对来自安徽省林业科学研究院和异地保存在浙江省临海市林业技术推广和场圃旅游服务总站的114份抗松材线虫Bursaphelenchus xylophilus病马尾松Pinus massoniana种质进行遗传多样性与群体结构分析,构建抗性马尾松核心种质库。【方法】对114份抗性马尾松种质进行检测,使用分子生物学软件计算遗传多样性参数,并进行主坐标(PCoA)和群体结构分析。利用M策略和随机取样策略分别构建核心种质,分析不同核心种质的的遗传多样性参数,确定最适合的构建方法。【结果】114份抗性马尾松种质共检测到115个等位基因,平均有效等位基因数(N_(e))为5.54,平均Shannon’s多样性指数(I)为1.51,平均多态信息含量(P_(IC))为0.90,结果表明其具有较高的遗传多样性水平。群体结构分析将114份抗性马尾松种质分为4个亚群,主坐标分析结果与上述基本一致。根据遗传多样性参数和抽样数量综合考虑,M策略构建的核心种质能以最小的种质数保留原有种质最大的遗传多样性,为最佳的取样策略。利用该策略得到了72份核心种质,其保留了原有种质100%的等位基因数,N_(e)、I、期望杂合度(H_(e))、PIC等遗传参数的保留率分别为95.67%、94.96%、98.12%和100.00%,将构建的核心种质与原有种质进行t检验、PCoA分析和UPGMA聚类分析,结果表明两者间的遗传多样性无显著差异。【结论】114份抗性马尾松种质遗传多样性水平较高,构建的72份抗性马尾松核心种质,去除了遗传冗余,有利于抗性马尾松种质资源的有效保护和科学利用,可为优异基因发掘和新品种选育提供参考。 展开更多
关键词 马尾松 抗松材线虫病 SSR 遗传多样性 核心种质
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基于表型性状构建禾初级核心种质 被引量:1
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作者 毛名义 杨文荟 +3 位作者 管艳伟 潘宗东 周丽洁 余显权 《中国稻米》 北大核心 2024年第1期18-25,共8页
“禾”是适应贵州黔东南山区峡谷森林中遮荫、泥沼、寒冷、积水等特殊自然生境生长的地方水稻品种。以402份禾种质资源为材料,依据禾颖尖颜色差异将原始种质划分为5组,基于26个表型性状,采用逐步聚类法以6种总体取样规模、4种组内取样... “禾”是适应贵州黔东南山区峡谷森林中遮荫、泥沼、寒冷、积水等特殊自然生境生长的地方水稻品种。以402份禾种质资源为材料,依据禾颖尖颜色差异将原始种质划分为5组,基于26个表型性状,采用逐步聚类法以6种总体取样规模、4种组内取样比例和2种组内取样方法筛选最佳取样策略,构建禾初级核心种质,并对其进行综合评价。结果表明,10%为最适总体取样规模,组内取样比例法以对数比例法最优,聚类取样法是组内最佳取样方法。在最佳取样策略下,共获得47份禾初级核心种质,占比11.69%,表型保留比例为95.77%。核心种质评价结果表明,构建的核心种质作为原始种质的浓缩能够代表禾原始种质的遗传多样性。 展开更多
关键词 水稻 表型性状 初级核心种质 取样策略
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海南普通野生稻遗传多样性分析及核心种质构建
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作者 翟李楠 唐清杰 +7 位作者 周帮纪 周世圳 王惠艰 云勇 韩义胜 王晴瑜 严小微 邢福能 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1624-1636,共13页
为摸清海南省众多普通野生稻材料之间的亲缘关系,发掘具有代表性的样本,本研究利用32个SSR标记,对来自海南省11个不同市县的2038份海南普通野生稻资源进行遗传多样性分析及核心种质构建。结果显示,平均有效等位基因(Ne,Number of effect... 为摸清海南省众多普通野生稻材料之间的亲缘关系,发掘具有代表性的样本,本研究利用32个SSR标记,对来自海南省11个不同市县的2038份海南普通野生稻资源进行遗传多样性分析及核心种质构建。结果显示,平均有效等位基因(Ne,Number of effective alleles)为2.479,丰富度Shannon指数(I,Shannon entropy index)为0.975,Nei′s基因多样性(h,Nei′s genetic diversity)为0.570,多态性位点百分比为96.27%,表明海南普通野生稻的遗传多样性十分丰富。不同地方来源的海南普通野生稻遗传多样性存在差异,来自临高的海南普通野生稻丰富度最高,琼海的普通野生稻遗传丰富度最低,其变异主要集中在群体内部。群体结构分析显示当K=2时,Delta K值最高,将2038份海南普通野生稻资源分成2个类群,第Ⅰ类群有1145份资源,分别来源于海口、澄迈、儋州、三亚、万宁、琼海、临高、陵水、乐东、东方,第Ⅱ类群有893份资源,分别来源于海口、文昌和澄迈。利用居群优先及多次聚类的方法构建海南普通野生稻核心种质192份,占总资源(2038份)的9.42%,核心种质的Shannon指数(I)保留了102.46%,Nei′s基因多样性(h)保留了104.39%,有效降低了原始种质的遗传冗余度和遗传差异上的重复。海南普通野生稻核心种质代表了原种质的遗传多样性和特异性,为海南普通野生稻资源的有效利用提供材料。 展开更多
关键词 海南普通野生稻 SSR标记 遗传多样性 核心种质
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基于表型性状分析构建冀北地区马铃薯核心种质
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作者 赵欣蕊 陈啸天 +5 位作者 薛薇 汪磊 蔡心汝 林柏松 刘晓静 崔江慧 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期805-812,I0001-I0006,共14页
为合理利用和更好保存马铃薯种质资源,本研究以冀北地区保存的502份马铃薯种质资源为材料,调查了26个表型性状,以不同块茎肉色进行分组,设置简单比例、对数比例、平方根比例和多样性比例4种取样方法,5%、10%、15%、20%、25%和30%共6种... 为合理利用和更好保存马铃薯种质资源,本研究以冀北地区保存的502份马铃薯种质资源为材料,调查了26个表型性状,以不同块茎肉色进行分组,设置简单比例、对数比例、平方根比例和多样性比例4种取样方法,5%、10%、15%、20%、25%和30%共6种取样比例,利用2种遗传距离(欧氏距离和马氏距离)和4种聚类方法(类平均法、最长距离法、最短距离法、离差平方和法),探讨最佳取样策略,抽选核心种质。利用遗传多样性特征值、t检验、评价参数和系统聚类等方法对核心种质的表型性状进行评价,以及利用主成分分析对核心种质进行确认。结果表明,平方根比例法能够使核心种质更具代表性,20%为最佳取样比例,欧氏距离优于马氏距离,最优聚类方法为最短距离法,最终抽提出100份马铃薯核心种质,占全部种质的19.92%;核心种质的评价和主成份分析结果表明100份核心种质消除了大部分遗传冗余,保留了所有样本的遗传多样性,具有良好的代表性。本研究为马铃薯种质资源的有效利用和种质创新提供了重要的理论依据和实践基础。 展开更多
关键词 马铃薯 种质资源 表型性状 取样策略 核心种质
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基于表型性状和品质性状的苦荞核心种质构建
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作者 马名川 赵少迪 +3 位作者 胡传伟 刘璋 张丽君 刘龙龙 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1637-1647,共11页
利用708份国内外苦荞资源的22个表型性状和3个品质性状数据,进行苦荞核心种质构建。通过比较遗传距离、取样方法、取样比例和聚类方法4个层面的不同组合策略优劣,确定了苦荞核心种质的最佳取样策略为“欧氏距离+多次聚类偏离度取样法+20... 利用708份国内外苦荞资源的22个表型性状和3个品质性状数据,进行苦荞核心种质构建。通过比较遗传距离、取样方法、取样比例和聚类方法4个层面的不同组合策略优劣,确定了苦荞核心种质的最佳取样策略为“欧氏距离+多次聚类偏离度取样法+20%取样比例+最长距离法”,构建了包含141份苦荞资源的核心种质。核心种质和原始种质的均值差异百分率、方差差异百分率、极差符合率和变异系数变化率分别为0、84.00%、97.60%和115.42%。比较核心种质与原始种质各性状的均值、方差、极值、变异系数、多样性指数和主成分对核心种质进行验证和评价。核心种质与原始种质在25个性状上的均值无显著差异;核心种质在所有性状上的方差均大于或等于原始种质,其中22个性状的方差差异达到显著或极显著水平,表明核心种质有更强的异质性;多样性指数t检验表明,核心种质与原始种质多样性指数在所有性状上差异均不显著;主成分检验表明,核心种质与原始种质均有8个主成分,累计贡献率分别为77.525%和76.191%。本研究所构建的核心种质能较好地代表原始种质,可作为苦荞种质资源收集保存和有效利用的依据。 展开更多
关键词 苦荞 表型性状 品质性状 核心种质
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基于SRAP分子标记构建云南旱冬瓜核心种质
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作者 邹广权 王晓丽 +3 位作者 曹现富 李艳 张新洛 曹子林 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期49-55,共7页
【目的】通过对比不同抽样比例构建的旱冬瓜种质子集的有效性和代表性,筛选出旱冬瓜核心种质适宜的构建策略。【方法】以旱冬瓜优树同胞子代为试材,设10%、15%、25%、35%、45%和55%共6个抽样比例,采用Nei’s遗传距离和改进的最小距离逐... 【目的】通过对比不同抽样比例构建的旱冬瓜种质子集的有效性和代表性,筛选出旱冬瓜核心种质适宜的构建策略。【方法】以旱冬瓜优树同胞子代为试材,设10%、15%、25%、35%、45%和55%共6个抽样比例,采用Nei’s遗传距离和改进的最小距离逐步取样法取样,采用4个遗传多样性指数分析种质子集对原种质的代表性,通过均值t检验和方差F检验分析种质子集与原种质集变异是否同质,利用相关系数分析种质子集与原种质集的相关性,通过遗传距离比较和聚类分析确认核心种质。【结果】25%抽样比例构建的种质子集的多态位点数、多态位点百分率、观测等位基因数和等位基因保留率与原种质集一致,其余4个评价指数皆显著大于原种质集,均值和方差与原种质的相关系数均接近或者等于1,平均遗传距离较原种质提高16.82%,因此认为在25%抽样比例构建的种质子集能很好地代表原种质。【结论】综合考虑核心种质的有效性、实用性、费用和工作量等,认为25%抽样比例构建的旱冬瓜核心种质能充分代表原种质的遗传多样性。 展开更多
关键词 旱冬瓜 SRAP标记数据 核心种质
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基于表型探讨76份沙芦草核心种质构建策略
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作者 张婷 闫伟红 +3 位作者 李志勇 田青松 张冬梅 王永刚 《中国种业》 2024年第2期93-102,共10页
为了调查收集珍稀濒危沙芦草种质资源,提高保护利用效率,以76份沙芦草种质为材料,测定26个表型性状数据,采用2种遗传距离、3种取样方法、8种系统聚类方法和7种取样比例构建了55组候选沙芦草核心种质,利用筛选得到的最佳构建方案构建初... 为了调查收集珍稀濒危沙芦草种质资源,提高保护利用效率,以76份沙芦草种质为材料,测定26个表型性状数据,采用2种遗传距离、3种取样方法、8种系统聚类方法和7种取样比例构建了55组候选沙芦草核心种质,利用筛选得到的最佳构建方案构建初级核心种质;应用均值差异百分率(MD)、方差差异百分率(VD)、极差符合率(CR)和变异系数变化率(VR)4个参数检验各取样策略的优劣。同时,以t检验对核心种质的变异程度及代表性进行评价,并用主成分分析法对核心种质进行确认。结果表明:“多次聚类偏离度取样法+欧式距离+可变类平均法+25%的取样比例”是构建沙芦草初级核心种质取样最佳策略;核心种质的主成分累计贡献率高于原种质,表明核心种质均匀分布在原始种质范围内,无重叠现象,有效地避免了核心种质的冗余;构建的19份沙芦草种质资源初级核心种质有效且质量较高,能够在保证冗余较少的情况下充分代表原种质遗传差异。 展开更多
关键词 沙芦草 种质资源 表型性状 初级核心种质
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基于材用云南松表型性状构建核心种质策略研究
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作者 李华 付朴艳 +2 位作者 闫熙 曹子林 王晓丽 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期288-299,共12页
【目的】研究旨在构建可靠的材用云南松核心种质,加强其种质资源选育、开发利用,解决其种质资源分布广、保存成本高、保存难度大等问题,促进云南松种质资源有效利用。【方法】以云南松26个天然居群的780株样株为原种质,以18个表型性状... 【目的】研究旨在构建可靠的材用云南松核心种质,加强其种质资源选育、开发利用,解决其种质资源分布广、保存成本高、保存难度大等问题,促进云南松种质资源有效利用。【方法】以云南松26个天然居群的780株样株为原种质,以18个表型性状为原数据,利用2种不同构建策略(利用地理角度与改进的最小距离逐步取样法),探讨不同构建策略所构建的核心种质对原种质的代表性。【结果】(1)地理角度构建出的包含219株样株的种质子集,其遗传多样性指数显著低于改进的最小距离逐步取样法构建的4个种质子集,略高于原种质;该种质子集与原种质的MD值为3.921%,VD值为83.333%,CR值为82.207%,VR值为99.482%;通过对原种质与该种质子集18个性状做主成分分析,累计贡献率分别为79.376%和82.163%,其种质子集样株分布相对集中。(2)改进的最小距离逐步取样法构建的4个抽样比例分别为10%、20%、30%和40%的种质子集中,其中20%抽样比例的种质子集效果最好,该种质子集的多样性指数极显著大于原种质;20%抽样比例种质子集与原种质的MD值为6.363%,VD值为83.333%,CR值为91.099%,VR值为124.448%;对20%抽样比例的种质子集进行主成分分析,累计贡献率为83.539%,且高于原种质,该种质子集样株分布范围覆盖了整个取样范围。【结论】不同方法构建的核心种质均获得原种质不同程度遗传多样性,这2种构建结果均可代表材用云南松种质资源核心种质;而地理角度构建的种质子集在种质资源采集、保存和更新方面更具有优势,可为材用云南松种质资源保存和优良种质选育提供科学方法,同时为其他种质资源的构建提供一种新的参考方法。 展开更多
关键词 云南松 核心种质 地理角度 ARCGIS 表型性状
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东北春播区糜子核心种质及其DNA分子身份证构建
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作者 丁艺冰 辛旭霞 +5 位作者 冯智尊 曹越 郭娟 Dipak K SANTRA 王瑞云 陈喜明 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1181-1192,共12页
本研究以500份东北春播区糜子资源为材料,利用169个SSR标记,采用UPGMA聚类分组,进行分层抽样,构建核心种质,同时应用ID Analysis 4.0软件构建分子身份证。利用等位基因数(Na)等遗传多样性衡量指标评估核心种质的遗传差异,并利用PCOA分... 本研究以500份东北春播区糜子资源为材料,利用169个SSR标记,采用UPGMA聚类分组,进行分层抽样,构建核心种质,同时应用ID Analysis 4.0软件构建分子身份证。利用等位基因数(Na)等遗传多样性衡量指标评估核心种质的遗传差异,并利用PCOA分析核心种质。结果表明,对169对SSR引物进行筛选,发现30对多态性好,利用30对SSR引物构建的糜子核心种质包含190份材料,占全部种质的38%,全部种质与核心种质的均检测出91个等位变异,保留了100%等位基因;有效等位基因数为2.2977~2.9975和2.2872~3.0173,平均值分别为2.8198和2.8297;Shannon多样性指数为0.9532~1.0990和0.9535~1.1162,平均值为1.0645和1.0667;观测杂合度为0.3434~0.8037和0.3162~0.7849,平均值为0.5399和0.5359;期望杂合度为0.5654~0.6672和0.5645~0.6707,平均值为0.6448和0.6473;Nei’s基因多样性指数为0.5648~0.6664和0.5628~0.6686,平均值为0.6441和0.6452;多态性信息含量为0.6657~0.8356和0.6493~0.8340,平均值为0.7974和0.7944。全部种质与核心种质的分子标记的相关指标进行t检验,结果无显著性差异,且PCOA分析表明核心种质与全部种质具有相似的遗传多样性和群体结构,同时发现8个SSR标记(RYW5、RYW8、RYW16、RYW28、RYW40、RYW53、RYW62和RYW67)可区分190份核心种质,构建了东北糜子核心种质的分子身份证。 展开更多
关键词 糜子 东北春播区 SSR 核心种质 DNA分子身份证
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基于表型性状的酸枣核心种质构建
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作者 陈建华 曲凯伦 +4 位作者 张云程 孙永强 李彪 康莹 董胜君 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期176-186,共11页
为更好地保存和研究酸枣种质,提高利用效率,以211份酸枣种质为试材,基于表型性状数据,在25%取样比例下,对所有种质进行逐步系统聚类,从遗传距离方法、取样方法、聚类方法和取样比例4个方面探讨酸枣核心种质的最佳取样策略。根据最佳取... 为更好地保存和研究酸枣种质,提高利用效率,以211份酸枣种质为试材,基于表型性状数据,在25%取样比例下,对所有种质进行逐步系统聚类,从遗传距离方法、取样方法、聚类方法和取样比例4个方面探讨酸枣核心种质的最佳取样策略。根据最佳取样策略和3种分组取样方法进行分组取样,并与不分组取样进行比较。结果表明:基于25%取样比例,采用优先取样法、欧氏距离法和可变类平均法构建核心种质效果最佳;在最佳构建策略下筛选总体取样比例,结果表明最佳总体取样比例为25%;不分组取样构建的核心种质Pcore的方差差异百分率(VD)、变异系数变化率(VR)和极差符合率(CR)高于分组取样构建的核心种质Core-L,构建效果更好;定性描述性状保留比例、t检验、符合率检验、主成分分析和样品三维分布图表明构建的核心种质能够消除遗传冗余,能够代表原始种质。基于表型性状筛选出的最佳构建策略为“欧氏距离+可变类平均法+优先取样法+25%取样比例”,经过补充完善,最终得到58份核心种质,具有较高的代表性。本研究成功构建了能够代表原始酸枣种质表型遗传多样性的核心种质,有助于科学、有效地收集和保存酸枣种质资源,为深入挖掘和利用酸枣种质资源提供了科学依据,同时也为选育酸枣良种奠定基础。 展开更多
关键词 酸枣 核心种质 表型性状 取样策略
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山西谷子地方品种微核心种质构建
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作者 侯森 秦慧彬 +2 位作者 李萌 王海岗 穆志新 《山西农业科学》 2024年第1期19-26,共8页
构建山西谷子地方品种微核心种质,旨在为谷子目标性状精准鉴定与相关候选基因挖掘提供种质基础。在598份山西谷子核心种质的基础上,选取抽穗期、株高、节数、颈长、叶长、叶宽、穗长、穗粗、茎粗、单穗质量、穗粒质量、码数、码粒数、... 构建山西谷子地方品种微核心种质,旨在为谷子目标性状精准鉴定与相关候选基因挖掘提供种质基础。在598份山西谷子核心种质的基础上,选取抽穗期、株高、节数、颈长、叶长、叶宽、穗长、穗粗、茎粗、单穗质量、穗粒质量、码数、码粒数、千粒质量和蛋白质含量等15个农艺、品质性状,使用QGAStation软件进行微核心种质构建抽样分析、全基因组重测序技术去除近缘种质,以构建微核心种质。结果表明,山西谷子地方品种微核心种质共包含322份种质资源。微核心种质与原始种质比较结果表明,各性状的均值与方差均没有表现出显著性差异,均值差异百分率与方差差异百分率均为0,极差符合率为98.36%,变异系数变化率为104.19%,遗传多样性指数变化率为94.81%。微核心种质较好地保留了原始种质的遗传变异,具有较高的变异度,同时具备较强的代表性。 展开更多
关键词 谷子 地方品种 核心种质 重测序技术 山西
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广西割手密核心种质构建与关联分析
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作者 张保青 黄玉新 +5 位作者 周珊 段维兴 杨翠芳 张革民 陆衫羽 高轶静 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期75-81,共7页
为发掘甘蔗育种优异野生基因资源,以来自广西的333份割手密为材料,应用12对SSR引物的分子标记数据和28个表型性状资料构建广西割手密核心种质,并进行关联分析。关联分析结果显示,广西割手密茎径、节间长度、曝光前颜色、脱叶性和毛群共... 为发掘甘蔗育种优异野生基因资源,以来自广西的333份割手密为材料,应用12对SSR引物的分子标记数据和28个表型性状资料构建广西割手密核心种质,并进行关联分析。关联分析结果显示,广西割手密茎径、节间长度、曝光前颜色、脱叶性和毛群共5个表型性状与8个位点显著相关;茎径与叶长、叶宽、节间长度、节数和锤度5个性状均表现出极显著相关;株高、茎径、节间长度、节数4个表型性状之间呈现显著或极显著的正相关;锤度与茎径和节间长度均表现为极显著的负相关。核心种质抽样按照总资源比例的0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9进行梯度筛选,当抽样比例达到30%以上时,即可包含100%等位基因覆盖度。遗传多样性评价和主成分分析结果显示,构建割手密核心种质所筛选材料具有丰富的遗传多样性,且基于核心种质绘制的主成分图与原始种质的分布图趋势相吻合。结果表明,根据30%的抽样比例筛选出99个割手密样本构建核心种质,遗传多样性评价和主成分分析所构建的核心种质具有较好的代表性。 展开更多
关键词 甘蔗 割手密 核心种质 关联分析 SSR标记
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基于SNP芯片的贵州香禾糯遗传多样性分析及核心种质构建
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作者 杨世丽 杨胜海 +5 位作者 李涛 管艳伟 杨文荟 潘宗东 周丽洁 赵全志 《种子》 北大核心 2024年第7期9-16,共8页
以317份贵州香禾糯种质资源为试验材料,10份籼稻材料为对照,采用1 K mGPS SNP芯片对供试材料的遗传多样性和遗传结构进行分析,在此基础上构建贵州香禾糯核心种质并进行评价。结果表明,1 K mGPS SNP芯片在317份香禾糯材料中共获得731个... 以317份贵州香禾糯种质资源为试验材料,10份籼稻材料为对照,采用1 K mGPS SNP芯片对供试材料的遗传多样性和遗传结构进行分析,在此基础上构建贵州香禾糯核心种质并进行评价。结果表明,1 K mGPS SNP芯片在317份香禾糯材料中共获得731个良好多态性SNP位点,多态性标记比例为17.89%,最小等位基因频率为0.0505~0.5000,观测杂合度为0~0.6940,期望杂合度为0.0959~0.5000,多态性信息含量为0.0913~0.5736。基于IBS遗传距离的NJ聚类分析将327份水稻材料分为籼、粳两个亚群,其中317份贵州香禾糯划分为粳稻亚群。利用Core Hunter 3对香禾糯原种质设置5%、10%、15%、20%、25%、30%等6种抽样比例,遗传多样性参数的t检验表明,15%的抽样比例即可保持遗传多样性参数的最大化,同时剔除了许多冗余材料,最终确定47份香禾糯资源为构建的核心种质。 展开更多
关键词 香禾糯 SNP 遗传多样性 核心种质
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玉米应用核心种质的构建与应用 被引量:5
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作者 李永祥 李会勇 +5 位作者 扈光辉 刘旭洋 李春辉 张登峰 黎裕 王天宇 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期911-916,共6页
应用核心种质是针对解决育种问题而建立的成套优异种质集合,也是种质资源研究紧密衔接作物育种的体现形式。鉴于玉米核心种质研究现状,明确了玉米应用核心种质的基本范畴和特征,提出在玉米核心种质资源的基础上,进一步融入重要育种性状... 应用核心种质是针对解决育种问题而建立的成套优异种质集合,也是种质资源研究紧密衔接作物育种的体现形式。鉴于玉米核心种质研究现状,明确了玉米应用核心种质的基本范畴和特征,提出在玉米核心种质资源的基础上,进一步融入重要育种性状的优异等位基因,构建分别适应不同生态区、杂种优势类群明确、所含优异等位基因清晰、无明显遗传累赘的应用核心种质,将是今后玉米种质资源研究的工作重点。最后,对玉米应用核心种质构建的关键问题进行了论述,以期推动我国玉米应用核心种质构建相关工作的高效发展,使其能够在较长的一段时间内对我国玉米育种研究提供有效的物质和信息支撑。 展开更多
关键词 玉米 种质资源 核心种质 应用核心种质 育种应用
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榆林市谷子资源核心种质构建
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作者 李振姣 井苗 +5 位作者 李海录 强羽竹 白晶晶 王小英 付治忠 王孟 《大麦与谷类科学》 2024年第5期37-42,共6页
为了更好地利用榆林市谷子种质资源,采用多次聚类随机取样法,从200份原种质资源中抽取10%作为核心种质。结果显示,核心种质与原种质表型性状均值差异为0%,极差符合率为86.77%,方差差异为8.33%,变异系数变化率为109.29%。核心种质与原种... 为了更好地利用榆林市谷子种质资源,采用多次聚类随机取样法,从200份原种质资源中抽取10%作为核心种质。结果显示,核心种质与原种质表型性状均值差异为0%,极差符合率为86.77%,方差差异为8.33%,变异系数变化率为109.29%。核心种质与原种质12个表型性状平均值t检验不显著,2组多样性指数t检验不显著,表明本研究所构建的核心种质具有代表性。 展开更多
关键词 谷子 核心种质 种质
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50份黄瓜核心种质的SSR标记筛选与聚类分析 被引量:2
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作者 金庆敏 林毓娥 +2 位作者 吴廷全 钟玉娟 王瑞 《广东农业科学》 CAS 2023年第9期39-48,共10页
【目的】分析50份来自全国各地的黄瓜核心种质资源的遗传多样性,为黄瓜育种提供依据和参考。【方法】对50份黄瓜核心种质资源的重要外观农艺性状进行统计,并利用全基因组设计66对SSR引物对其进行分子标记筛选及遗传多样性聚类分析。【... 【目的】分析50份来自全国各地的黄瓜核心种质资源的遗传多样性,为黄瓜育种提供依据和参考。【方法】对50份黄瓜核心种质资源的重要外观农艺性状进行统计,并利用全基因组设计66对SSR引物对其进行分子标记筛选及遗传多样性聚类分析。【结果】供试50份黄瓜核心种质材料的瓜皮颜色、刺瘤、瓜皮斑纹具有多样性。66对引物中有32对引物能够在不同黄瓜种质间扩增出清晰而稳定的多态性标记,这32对SSR引物共扩增出280个等位基因片段,其中多态性片段216个、占片段总数的77.1%,表明本研究筛选出的32对SSR引物遗传多态性较高,适用于黄瓜种质材料的遗传多样性分析。聚类结果与所调查的种质资源性状表现结果较为一致。50份黄瓜核心种质遗传相似系数最低为0.62、最高达1.00。在遗传相似系数0.754处,50份黄瓜种质材料聚为7类,即9份华南型材料聚为6类:Ⅰ类、Ⅲ类、Ⅳ类、Ⅴ类、Ⅵ类、Ⅶ类,其中Ⅳ类包含1份中间材料与9号华南型材料;40份华北型黄瓜材料聚为1类:Ⅱ类。表明华北型黄瓜材料和华南型黄瓜材料间相似系数低、亲缘关系远;华北型黄瓜材料间相似系数高、亲缘关系近、遗传背景窄、遗传多样性差;而华南型黄瓜材料间相似系数较低、亲缘关系较远、遗传背景宽、遗传多样性丰富。【结论】筛选出32对SSR引物可有效对50份黄瓜核心种质材料进行聚类分析,遗传相似系数为0.754处50份黄瓜材料聚为7类,其结果与性状调查结果相吻合;华北型黄瓜遗传背景窄、遗传多样性差,华南型黄瓜遗传背景相对较宽,遗传多样性丰富。 展开更多
关键词 黄瓜 核心种质 SSR标记 多态性分析 聚类分析 遗传多样性
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毛白杨微核心种质构建方法的探讨 被引量:2
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作者 毛秀红 闫少波 +5 位作者 葛磊 王丽 张锋 董玉峰 臧真荣 李善文 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期58-67,共10页
【目的】探讨构建微核心种质的方法,旨在为精准选择毛白杨杂交亲本或研究材料提供科学依据,为其他物种构建微核心种质提供参考。【方法】本研究利用荧光SSR分子标记对272份毛白杨样本进行分子基因型检测,计算每个样本对总体遗传多样性... 【目的】探讨构建微核心种质的方法,旨在为精准选择毛白杨杂交亲本或研究材料提供科学依据,为其他物种构建微核心种质提供参考。【方法】本研究利用荧光SSR分子标记对272份毛白杨样本进行分子基因型检测,计算每个样本对总体遗传多样性的贡献值,从大到小全部排序,计算新排序的前25%、20%、15%、10%、5%、2.5%、2%和1.5%共8个取样比例的平均有效等位基因数(Ne)、平均Shannon信息指数(I),平均期望杂合度(He)和平均多态信息指数(PIC)值等,分析微核心种质的代表性,通过与前面的取样比例以及原始种质的相应参数进行比较,确定合适的微核心种质取样比例。利用t检验进行统计学验证。根据所有引物的峰值,构建每份微核心种质的指纹图谱。基于指纹图谱的差异,分析挖掘特异等位基因。【结果】(1)当取样比例由25%逐渐降为2%时,Ne、He和PIC这3个重要的遗传多样性参数分别逐渐达到最大值,而I在取样比例为10%时达到最大值。(2)当取样比例为2%时,Ne、I、He和PIC值分别是3.513、1.254、0.643和0.597,均大于272份原始种质的相应值2.075、0.825、0.432和0.364,表明构建的微核心种质有效去除了遗传冗余,具有丰富的遗传多样性。(3)t检验结果表明:所构建的微核心种质与原始种质的遗传多样性无显著差异,具有可靠的代表性,可以作为微核心种质。(4)不论10%、5%还是2%取样比例,杂交种质所占比例均大于50%。(5)218号样品在11号位点拥有特异等位基因,261号样品在16号位点拥有特异等位基因,263号样品在7号位点拥有特异等位基因。【结论】毛白杨微核心种质最为科学、可信、简约和高效的取样比例为2%~10%,其中最精准的取样比例为2%。如果种质资源数目较大,可以根据遗传多样性适当降低取样比例;如果基数较小,可以适当升高。建议以后构建核心种质或者微核心种质时,不要先人为进行分组,而是先根据每个样品对总体遗传多样性的贡献从大到小排序。本研究从分子水平证明杂交种质在种质资源保存和林木遗传育种中占有重要地位,将为其他物种微核心种质构建提供参考。 展开更多
关键词 毛白杨 SSR分子标记 核心种质 遗传多样性 指纹图谱 特异等位基因
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水稻种质资源核心种质的研究进展 被引量:2
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作者 朱业宝 王金英 江川 《江西农业学报》 CAS 2023年第4期27-32,共6页
从稻种优异性状鉴定与评价、基因发掘与利用、种质创新与新品种培育3个方面综述了稻种资源核心种质利用的研究进展,以期对核心遗传资源进行精准鉴定和评价,挖掘优质基因,构建优质表型的中间材料,加快优异种质材料的利用。
关键词 水稻 种质资源 核心种质 进展
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