猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组遗传变异分析

猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV)是80年代后期新发生的危害世界养猪业的一大疫病 ,该病造成妊娠母猪流产、死产等繁殖障碍和仔猪呼吸道疾病 ,导致死亡率升高 ,生长发育受阻 ,给世界养猪业造成了灾难性的经济损失。虽然国内外学者对 PRRS进行了大量的研究 ,但由于该病致病机理和免疫机理的复杂性 ,至今仍无确实有效的防制措施。由于 PRRSV具有易变异的特性 ,因而对其基因组进行遗传变异分析 ,对于阐明其致病机理及制定相应的防疫战略具有重要的意义。就猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV)基因组包括 5′UTR、ORF1、结构蛋白基因、3′UTR的遗传变异进行了分析 ,有望对剖析 PRRS的发病机理和免疫机理有所启示 。

口蹄疫病毒基因组的遗传变异剖析

【目的】明确口蹄疫病毒基因组的结构特征及其变异与结构、功能的关系以及系统发生关系。【方法】利用DNAstar和Clustalx程序进行184个口蹄疫病毒基因组序列的同源性分析、多重排比。【结果】口蹄疫病毒基因组ORF大小有所差异,范围为6963～7120 nt,编码2320～2339 aa的多聚蛋白。核苷酸和氨基酸序列的同源性,7个不同血清型间>77.6%和>78.3%,本研究发现了可能和生物学功能相关的新的保守和变异区域。【结论】口蹄疫病毒RNA的变异类型丰富和多样性程度较高,自然界存在的毒株可能大于血清学和测序发现的FMDV的毒株数目。

RNA病毒基因组和转录复制多样性的分子基础

自然界中RNA病毒的种类和数量比DNA病毒多得多。根据基因组类型 ,RNA病毒可分为多种类型。许多研究者认为 :存在于古细菌Myxobacteria中、仅仅有一个逆转录酶基因的反转子 (Retron)可能是所有病毒的祖先。进化的模式如下 :反转子→反座子→反转录转座子→反转录病毒→副反转录病毒→DNA病毒。RNA病毒转录 /复制在很多特征上与DNA病毒迥然不同。依赖于RNA的RNA聚合酶是RNA病毒转录 /复制的主要催化剂。RNA病毒基因组转录和复制都从 3′端poly(A)或类tRNA结构或其他结构起始 ,内部终止是转录 ,通读到 5′末端终止是复制。RNA病毒的模板有正链病毒RNA模板、负链病毒RNA模板和全长正负链反基因组RNA模板。RNA模板的选择调控机制非常复杂 ,目前知之甚少。选择模板、RNA聚合酶与转录因子结合形成复制体是两种主要的调控方法。另外 ,5′UTR和

口蹄疫病毒基因组结构及功能最新研究进展

口蹄疫是由口蹄疫病毒（Foot-and-mouth dis-ease virus,FMDV）引起的一种急性、热性、高度接触性人兽共患传染病。口蹄疫的暴发和流行带来严重的经济损失和不良的政治影响,同时对人们身体健康带来严重威胁,被世界动物卫生组织列为必须上报的动物传染病之首。FMDV基因组RNA全长约为8.5kb,由5′非翻译区（5′UTR）,开放阅读框架（ORF）和3′非翻译区（3′UTR）组成,

严重急性呼吸道综合征(SARS)病毒基因组比较分析与进化研究

“严重急性呼吸道综合征”(SARS)由于危害严重,引起人们的高度重视,在各国科研人员努力下,目前已完成了十几个毒株的分离与全基因组测序工作。本研究对世界各地分离的SARS毒株的基因组全序列进行比较,发现不同毒株的同源性在99.8％以上,SARS病毒的遗传稳定性较高;将SARS病毒与其它冠状病毒基因组以及编码蛋白质序列进行比较分析,证实SARS病毒是一种新的冠状病毒,可能进化起源较早,并发现SARS病毒和牛冠状病毒同源程度最高。SARS病毒orflab、orfla、S、M、N编码区氨基酸序列和牛冠状病毒同源程度最高,鼠肝炎病毒次之。

减蛋综合征病毒基因组DNA的酶切分析

采用差速离心法纯化了鸭胚尿囊液中的减蛋综合征（ＥＤＳ－７６）病毒ＷＰＤＶ２０５株并提取了病毒基因组核酸。选用ＥｃｏＲⅠ和ＢａｍＨⅠ两种限制性内切酶分别对病毒基因组ＤＮＡ进行单酶切和双酶切处理，单酶切消化均产生４个片段，双酶切消化产生７个片段。用琼脂糖凝胶电泳方法测定了病毒基因组ＤＮＡ和所有酶切片段的分子质量。将这些结果与ＡＶ－１２７标准株和Ｂ８／７８株基因组ＤＮＡ由相同的内切酶消化的结果进行比较，发现该株病毒基因组ＤＮＡ的片段数目、大小与ＡＶ－１２７标准株和Ｂ８／７８株基因组ＤＮＡ的大致相同。

第三代测序技术的主要特点及其在病毒基因组研究中的应用

随着基因测序技术的创新和应用,新的高通量测序技术不断涌现,以Pacific Biosciences(PacBio)公司的单分子实时测序(single molecule real time sequencing)为代表的第三代测序(third generation sequencing,TGS)技术开始逐渐应用于基因组研究,包括大型基因组拼装、基因结构变异和表观遗传研究等方面。本文主要对TGS技术的原理、特点和应用,特别是在病毒研究中的应用进行介绍,并与第二代测序(next generation sequencing,NGS)技术进行比较,为基因组测序技术的选择及其临床应用提供一定参考。

慢性乙型肝炎患者病毒基因组与乙型肝炎病毒e抗原、肝功能关系分析

目的探讨乙型肝炎病毒基因组(HBV-DNA)、乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)、肝功能的相关关系,为临床治疗提供参考。方法回顾分析401例患者的HBV-DNA、HBeAg、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)水平,对HBVDNA与HBeAg进行相关性分析。根据患者的HBV-DNA、HBeAg水平进行分组,比较各组的ALT、AST水平差异。结果 (1)HBV-DNA与HBeAg的阳性率存在相关性,相关系数r=0.671(P<0.01);(2)HBV-DNA载量达105 copies/mL时,血清ALT、AST较HBV-DNA阴性组及低载量组显著升高,差异有统计学意义(P<0.05);(3)在HBV-DNA载量相当时,HBeAg阳性组与阴性组ALT、AST活性差异无统计学意义(P>0.05)。结论 (1)HBeAg与HBV-DNA具有相关性;(2)HBV-DNA载量较高的患者容易出现肝功能异常;(3)HBeAg的存在情况与肝功能无显著相关性。

猴源GII．17型诺如病毒基因组P结构域及其变体的原核表达、纯化和抗原性鉴定

目的 表达、纯化和鉴定猴源GII.17型诺如病毒（NoV）基因组P结构域及其变体蛋白.方法 基于本实验室获得的猴源GII.17型NoV基因组P结构域的核苷酸序列,按大肠杆菌密码子使用的偏好性优化P结构域的核苷酸序列,人工合成相应的基因.以此基因为模板,通过PCR方法扩增得到P结构域的变体基因.采用无缝连接的方法将P结构域基因及其变体克隆到原核表达载体,进行蛋白诱导表达和纯化.最后,通过免疫印迹法和ELISA法分析表达蛋白的抗原性.结果 测序结果表明,P结构域及其变体成功地克隆至原核表达载体.SDS-PAGE分析显示,P结构域在原核细胞的超声裂解上清和沉淀中都有表达,而其变体主要表达于上清.免疫印迹和ELISA结果显示,表达纯化得到的P结构域及其变体蛋白具有很好的抗原性.表达的蛋白免疫小鼠制备的相应抗体ELSIA效价可达到1∶32000.结论 成功地表达了猴源GII.17 NoV基因组P结构域及其变体蛋白,并且通过免疫小鼠得到了相应的抗体,为后期检测试剂盒的研发、病毒鉴定和病毒受体结合实验奠定了基础.

马传染性贫血病毒基因组部分转录图谱

以马传贫驴白细胞弱毒和驴强毒分别接种培养细胞和试验动物 ,分别在体外和体内条件下 ,对病毒的各种转录产物进行克隆和序列分析。通过与病毒基因组的序列进行比较 ,用实验的方法绘制出了两株病毒在相应试验条件下的转录图谱 ,确定了各拼接产物的外显子构成以及拼接供体和拼接受体位点的具体位置。发现两种病毒在外显子 3的上游拼接受体位点 (SA2 )的位置与已报道的EIAV毒株均不相同 。

水稻草状矮化病毒基因组RNA1-3的分子生物学

水稻草状矮化病毒(以下简称水稻草矮病毒,Rice grassy stunt vims,RGSV),是纤细病毒属(Tenuivirus)的一个成员,病毒粒体丝状,由核衣壳蛋白和基因组RNA组成。该病于20世纪70年代曾在南亚、东南亚大面积发生,给当地的水稻生产造成严重损失,在我国的福建、台湾、广东、广西和海南等地也有分布。与同属病毒其它成员相比,RGSV分子生物学研究进展较为缓慢,直至1998年才报道病毒基因组全序列,其基因组包含6个ssRNA片段,其中RNA1,2,5和6分别对应于纤细病毒属其它病毒的RNA1-4。6个片段均采用双义编码策略。这不仅在纤细病毒属中,在植物病毒中也是独特的。有鉴于此,本文对水稻草矮病毒沙县分离物(RGSV-SX)RNA1-3的分子生物学及部分基因功能进行了研究(RGSV-SX RNA1-3全长序列已递交GenBank登录,登录号分别为:AF509470、AF511072、AF397468)。根据RGSV菲律宾北方分离物(RGSV-IR)序列设计合成引物,通过RT-PCR获得了覆盖。RGSV-SX基因组RNA1-3的cDNA克隆。序列分析结果表明,RGSV-SX分离物RNA1长9764个核苷酸,与已发表的RGSV菲律宾IR、SC分离物相比,核苷酸序列同源性均为99.6%,其中,NS1蛋白三个分离物间的氨基酸序列同源性为100.0％、RdRP氨基酸序列同源性分别为95.0％、95.0％、99.0％;RNA2全长4071个核苷酸。

一种实用的双链RNA病毒基因组克隆方法

以克隆水稻矮缩病毒(Rice dwarf virus.RDV)基因组片段 S11、S12为例.报道一种克隆植物dsRNA 病毒基因组的方法。具体过程为:利用 T4 RNA 连接酶将5′-磷酸、3′-氨基修饰的引物 Primer 1连接到 RDV 病毒基因组第11、12片段 dsRNA 的3′-OH 端,经逆转录、退火、补齐形成全长双链 cD-NA,使用单一的互补引物 Primer 2进行 PCR 扩增,扩增产物克隆在 pMD 18-T 载体上.对重组子进行两次限制性内切酶分析,结合序列测定分离鉴定 S11、S12。结果表明,这种方法能同时克隆 RDV 基因片段S11、S12,是一种有效实用的 dsRNA 病毒基因组克隆方法。

鹅细小病毒基因组与致病机制研究进展

鹅细小病毒（GPV）可引起1月龄内雏鹅和番鸭急性肠炎及肝、肾、心实质脏器炎症等病变,即小鹅瘟（GP）,是一种高度接触性、败血性传染病,病程短、致病性强、病死率高（90％～100％）.随着环境的变化GP的流行形式也发生了新的转变,易感群的发病日龄逐渐增大,呈现无规律的散发性流行,用传统方法难以确诊此类带病个体.全基因组关联研究发现了数百种与复杂疾病相关的基因突变,但这些突变大部分对增加患病风险的贡献都非常小,其大部分的遗传性无法检测到[1].因为影响较小的大量变异体尚未发现,存在一些基因型分析技术上无法检测到的罕见的结构变异或表观遗传变异,以及难以检测到的基因之间和与环境之间的调控网络作用.因此需要探索GPV与宿主“易感基因”表达的相互作用及其致病的分子基础.

登革病毒基因组研究进展

登革病毒基因组研究的进展有利于相关疫苗研制及针对性药物设计。本文就登革病毒基因组特征、功能、抗原表位及登革病毒感染后宿主体内产生的化学增活素作用等方面的研究进展加以综述。

浓核病毒基因组研究进展

综述了浓核病毒基因组结构的分类和浓核病毒基因组的转录和表达,并总结分析了浓核病毒结构蛋白和非结构蛋白保守区域,介绍了浓核病毒作为表达载体和生物防治的工具。

丙肝病毒基因组结构及相关功能

丙型肝炎病毒（hepatitis Cvirus,HCV）是一种主要经过血液传播的肝炎病毒,是造成慢性肝炎、肝硬化甚至肝癌的主要原因之一。目前人们对HCV的致病机制的认识仍不很清楚,也缺乏针对HCV有效的治疗方法及疫苗预防。近年来,通过对HCV分子生物学的研究,对其基因组结构以及相关基因表达产物有了近一步的认识。

病毒基因组的反式调控及其在抗病毒基因治疗方案设计中的应用

病毒基因组有顺式和反式调节两种。病毒启动子序列控制目的基因的表达已得到基因治疗研究的广泛应用。依据反式调节机制,设计细胞内免疫机制的抗病毒基因治疗方案,控制目的基因基础表达水平,提高目的基因表达水平等都具有重要的实际应用前景,也是抗病毒基因治疗研究中具有普遍意义的途径。

病毒基因组学在抗病毒研究中的作用

近年来 ,病毒基因组学的研究成果大大促进了抗病毒疗法的发展。