奥密克戎BA.2引起的12起云南省边境地区本土疫情首例病例新冠病毒基因特征分析

目的了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征, 分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫情首例病例基本信息及标本, 应用全基因组测序技术进行病毒基因序列测定, 通过在线分析平台和软件, 判断病毒型别, 分析病毒突变情况, 结合流调内容, 推测疫情病毒感染来源。结果 12起云南省边境地区本土疫情首例病例职业较多样, 且活动区域均未离开过当地。Pangolin分型结果显示12起疫情SARS-CoV-2基因组均属Omicron (BA.2)变异株, 其中各2起疫情SARS-CoV-2基因组进一步分属BA.2.10和BA.2.3.2进化分支。全基因组核苷酸突变分析表明, 有十起疫情首例病例病毒基因序列存在1个及以上数目的特有核苷酸突变位点, 结合流行病学调查内容, 提示12起疫情可能均存在不同的病毒感染来源。进一步分析氨基酸突变发现, 病例间基因序列除具备进化分支代表性突变位点外, 还具有特有的氨基酸突变位点(如S:E1188D), 其影响同样值得关注。序列系统发育树分析结果与Pangolin分型及突变分析结果相吻合。结论 12起云南本土疫情可能存在各自不同的病毒感染来源, 这提示云南省边境地区疫情极具复杂性和挑战性。加强重点人群范围及核酸筛查频次, 跟踪监测病毒变异规律, 对疫情精准防控具有重要指导意义。