永恒蛋白基因/周期蛋白基因介导多条通路在昼夜节律中的作用

背景:昼夜节律与大多数哺乳动物及昆虫的生命活动息息相关。永恒蛋白基因作为编码永恒蛋白基因-周期蛋白基因复合物的关键成分在产生昼夜节律过程中起到十分关键的作用,但其在昼夜节律中的作用机制仍不清楚。目的:通过整理永恒蛋白基因、周期蛋白基因、昼夜节律、环境及隐花色素基因之间的关系,更加全面地认识昼夜循环的入核、积累机制及环境对昼夜节律的影响。方法:应用计算机在Web of Science核心合集、PubMed数据库及CNKI中进行检索,以“永恒蛋白基因,周期蛋白基因,昼夜节律,环境”为中文检索词,以“Timeless,Period,circadian rhythm,environment”为英文检索词,通过全文阅读逐步排除非相关文献,最终纳入126篇文献进行综述。结果与结论:在昼夜时钟中,昼夜自发输出周期蛋白kaput和CYCLE激活永恒蛋白基因/周期蛋白基因,永恒蛋白基因调控周期蛋白基因的入核机制及稳定性,而周期蛋白基因也可以通过一些机制单独入核。酪蛋白激酶2、Shaggy蛋白激酶及双倍时间基因都可以通过磷酸化永恒蛋白基因/周期蛋白基因的方式来调节昼夜节律,参与转录。隐花色素基因介导的永恒蛋白基因降解对转录的完整性有十分重要的作用。环境因素、膳食方式等外界因素均可以通过永恒蛋白基因/周期蛋白基因对昼夜节律产生影响,而限时进食可作为一种改善昼夜节律紊乱的有效方法。

组织桥接整合因子1、Ⅰ型胶原蛋白基因、核转运蛋白基因2与三阴性乳腺癌术后复发关系

目的探究组织桥接整合因子1(BIN1)、Ⅰ型胶原蛋白基因(COL1A1)、核转运蛋白基因2(KPNA2)表达与三阴性乳腺癌(TNBC)术后复发关系及联合检测意义。方法选取2019年5月至2020年5月上海市第八人民医院行手术治疗的TNBC病人80例,根据术后2年是否复发分为复发组、未复发组,比较两组临床资料、组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达,复发的相关影响因素采用单因素与多因素logistic回归分析,组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达预测术后复发的价值采用受试者操作特征曲线(ROC曲线)分析,组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达与复发时间关系采用Pearson分析,比较不同组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达病人无复发生存期(RFS)。结果复发组T分期、N分期与未复发组比较,差异有统计学意义(P<0.05);复发组组织BIN1mRNA表达为0.24±0.07,低于未复发组的0.35±0.10(P<0.05),复发组组织COL1A1mRNA、KPNA2mRNA表达分别为2.07±0.62、2.91±0.84,高于未复发组的1.48±0.43、1.85±0.60(P<0.05);T分期、N分期、COL1A1 mRNA、KPNA2 mRNA均是复发相关独立危险因素,BIN1 mRNA是复发相关独立保护因素(P<0.05);BIN1 mRNA、COL1A1 mRNA、KPNA2 mRNA的AUC分别为0.76、0.80、0.78,三者联合的AUC为0.94;BIN1mRNA与复发时间呈负相关(r=-0.79,P<0.001),COL1A1mRNA、KPNA2mRNA与复发时间呈正相关(r=0.77、0.78,均P<0.001);BIN1mRNA高水平病人RFS长于低水平病人,COL1A1mRNA、KPNA2mRNA高水平病人RFS短于低水平病人(P<0.05)。结论BIN1mRNA、COL1A1mRNA、KPNA2mRNA与TNBC术后复发风险、复发时间有关,联合检测可作为早期预测术后复发的一个可靠方案,为临床治疗提供重要的参考信息。

野大麦肌动蛋白基因片段的克隆及其表达特征分析

野大麦(Hordeum brevisubulatum)是重要的野生禾本科牧草,具有多种抗逆性。为深入挖掘野大麦的抗逆基因,本研究以RT-PCR法克隆了野大麦肌动蛋白基因(Actin,ACT)的核心片段。采用BLAST序列比对,qRT-PCR实时定量方法对其序列特征和表达特性进行了分析。结果表明,野大麦ACT的基因片段长518 bp,编码171个氨基酸。BLAST分析表明,野大麦的肌动蛋白基因片段与大麦(Hordeum vulgare)ACT基因核苷酸序列的一致性达97%,与ACT蛋白氨基酸序列的同源性达91%,并将其命名为HbACT。与11种相关植物进行ACT氨基酸序列比对发现,HbACT含152个保守氨基酸和19个非保守氨基酸,说明HbACT蛋白具有高度保守性。qRT-PCR分析表明,在不同盐浓度处理条件下,不同处理时间野大麦各器官的HbACT的Ct平均值为19.30,地上部的变异系数为3.5,峰度系数为0.262;地下部的变异系数为5.3,峰度系数为0.409,均属于尖峰分布,Ct值的稳定系数均小于1.7。综上所述,HbACT基因表达稳定,可作为内参基因用于研究野大麦功能基因的表达模式分析。

核纤层蛋白基因在胶质母细胞瘤恶性生物学行为中的作用

目的:研究核纤层蛋白基因(LMNA)在人类胶质母细胞瘤中的表达特点及该基因在胶质母细胞瘤发病过程中的作用机制。方法:分析公共数据库TCGA中LMNA基因在胶质母细胞瘤中的表达及其与患者预后的关系。构建LMNA基因的敲减慢病毒,构建胶质母细胞瘤细胞系U87的LMNA基因稳定敲减株;进一步对U87的LMNA基因敲减株及其对照细胞株进行克隆形成实验和细胞3D成球实验,检测LMNA基因对细胞增殖与成球能力的影响;通过替莫唑胺加药实验检测LMNA基因敲减细胞株对替莫唑胺的耐药性;最后经裸鼠颅内种瘤实验检测LMNA基因敲减在体内对胶质母细胞瘤生长的抑制作用。结果:TCGA数据显示,LMNA基因在胶质母细胞瘤组织中的表达程度显著高于正常组织,且与患者生存预后呈负相关,与肿瘤细胞恶性程度呈正相关。LMNA基因敲减显著降低了U87细胞株的克隆生成及细胞成球能力,显著增加了U87细胞株对替莫唑胺的敏感性;裸鼠颅内种瘤实验显示,LMNA基因敲减的U87细胞株在裸鼠脑内生成的肿瘤体积显著减小,且小鼠存活时间延长。结论:LMNA基因在胶质母细胞瘤中表达增高,与患者生存呈负相关,LMNA基因敲减可抑制U87胶质母细胞瘤细胞株的增殖,并增加对替莫唑胺的敏感性,是胶质母细胞瘤治疗的潜在靶点。

烟草粉螟卵黄原蛋白基因鉴定及其对X射线胁迫的响应

【背景和目的】卵黄原蛋白(vitellogenin,Vg)是昆虫卵黄发生的关键物质,为探索X射线辐照胁迫对烟草粉螟Vg基因转录表达和雌成虫繁殖力的影响。【方法】采用RT-PCR技术克隆烟草粉螟Vg基因的全长并进行生物信息学分析,利用qPCR技术检测在烟草粉螟雌成虫不同组织(足、头、中肠、脂肪体、卵巢和表皮)的表达量和雌成虫在不同X射线辐照剂量(50,100和150 Gy)胁迫下该基因的相对表达量以及对其蛹羽化率、成虫寿命、产卵量、卵孵化率的影响。【结果】(1)克隆获得烟草粉螟卵黄原蛋白基因,命名为EeVg(GenBank登录号:OM804251),开放阅读框(ORF)长度为5337bp,编码1778个氨基酸。(2)EeVg基因在雌成虫的脂肪体中相对表达量最高,为头部表达量的17.96倍。(3)100和150 Gy的X射线辐照雌蛹极显著地降低EeVg在烟草粉螟羽化后的表达量,分别为对照的0.34倍和0.09倍。(4)剂量为50、100和150 Gy的X射线辐照降低烟草粉螟雌蛹羽化率和成虫寿命(87.78%~75.56%和6.40~4.17d),显著降低雌蛾的产卵量和卵孵化率(55.27~20.37粒和76.67%~72.22%)。【结论】高剂量的X射线辐照胁迫可使EeVg基因表达量显著下调,显著降低烟草粉螟繁殖力,为深入研究X射线影响烟草粉螟繁殖力的分子机制奠定了基础。

2种抗生素对大黄鱼肠道组织及紧密连接蛋白基因表达的影响

为探究盐酸多西环素和恩诺沙星对大黄鱼肠道结构及肠道紧密连接蛋白相关基因表达的影响,在水温16.80~22.50℃下,将体质量(41.57±1.63)g的大黄鱼饲养在直径1 m、水深1.25 m的圆形塑料水槽中,投喂剂量0、0.2、1.0、2.0 g/kg的药饵5~7 d,停药后1、5、15 d,观察肠道组织形态变化,测定紧密连接蛋白基因Claudin-7、ZO-1和Occludin的相对表达量。试验结果显示:大黄鱼摄食2种药物后,肠道均出现肠绒毛萎缩,组织空泡化等病变,随着给药剂量的增加和给药时间的延长,肠道组织损伤程度逐渐加深,紧密连接蛋白基因表达量持续降低;肠黏膜损伤在停药15 d后仍未恢复至对照组水平,药物剂量越高恢复程度越低;与对照组相比,2种药物高剂量组紧密连接蛋白基因表达量在停药15 d后仍显著低于对照组(P<0.05),其余组无显著差异(P>0.05)。试验结果表明,盐酸多西环素和恩诺沙星以剂量时间依赖方式损伤大黄鱼肠道组织,降低肠道通透性,药物剂量越高,恢复周期越长,在15 d后仍未完全恢复。

朊蛋白基因家族及其在传染性海绵样脑病(TSEs)中的作用

朊蛋白基因家族包括4个基因:PRNP(PrP的编码基因),PRND(Doppel的编码基因),PRNT(Prt的编码基因)和SPRN(Shadoo的编码基因)。其中,PRNP,PRND和PRNT3个基因位于同一个55kb的区域内(PRNP-20kb-PRND-3kb-PRNT),而SPRN基因位于另一条染色体上。这4个基因被称为"朊蛋白基因复合体"(Prion gene complex),在不同种属之间相当保守。传染性海绵样脑病(TSEs)的发生不仅受到PRNP基因的调控,朊蛋白基因家族的其它3个基因在定位、结构、表达及其编码产物上与PRNP基因存在很多相似性,提示其它3个基因很可能作为TSEs研究的候选基因。文章从朊蛋白基因家族的结构特征、编码产物的结构及其相互关系、朊蛋白基因家族在TSEs中发挥的作用等三方面进行综述,以期为研究TSEs致病机制提供新的思路。

指长比(2D∶4D)与胶原蛋白基因家族单核苷酸多态性的关联性

目的:探讨指长比(2D︰4D)与胶原蛋白基因家族4个基因COL4A2、COL5A1、COL6A2、COL10A1的10个单核苷酸多态性位点(rs3809346、rs3825490、rs7984100、rs1134170、rs3128575、rs1042917、rs2839110、rs3812111、rs1064583、rs2228547)的关联性。方法:采用体质测量法和多重PCR法,分别对2D︰4D及COL4A2、COL5A1、COL6A2和COL10A1基因多态性在宁夏地区大学生的分布特征进行比较,并分析其间的关联性。结果:宁夏女性大学生双手2D︰4D均值均显著高于男性;10个位点基因型和等位基因分布频率性别间均无显著差异;COL4A2基因rs3825490和rs3809346位点基因型分别与男性和女性双手2D︰4D显著关联,COL5A1基因rs1134170位点基因型和COL6A2基因rs1042917位点基因型分别与女性左手2D︰4D和男性右手2D︰4D显著关联。结论:宁夏人群2D︰4D的形成可能与COL4A2(rs3809346、rs3825490)、COL5A1(rs1134170)及COL6A2(rs1042917)基因多态性有关。

奶牛酪蛋白和β-乳球蛋白基因多态及其对泌乳性状的影响

牛乳蛋白主要包括酪蛋白和乳清蛋白，其中酪蛋白基因和β-球蛋白基因是对奶牛产奶性能有较大影响的两种基因。牛乳蛋白基因多态性与泌乳性状，如泌乳量、乳脂率、乳蛋白量及乳蛋白率有很强的相关性。本文主要对酪蛋白和β-乳球蛋白基因的结构及功能进行综述，以期为提高奶牛生产性能的研究工作提供基础资料。

南疆部分地区绵羊捻转血矛线虫苯并咪唑抗性相关分子Ⅰ型β-微管蛋白基因的多态性分析

为了解南疆地区绵羊捻转血矛线虫对苯并咪唑类药物的抗性相关分子β-微管蛋白基因的多态性,本研究对克州及喀什的183条捻转血矛线虫成虫进行ITS-2基因特异性PCR鉴定后,对抗药相关的Ⅰ型β-微管蛋白基因进行了扩增和测序,并对该抗药基因的单核苷酸多态性(SNP)167、198和200位点进行了分析。结果:在2个地区种群中,198位点及200位点均发生不同程度突变,且以198位点突变为主,暂未在167位点发生突变;两地共发现了5种基因型,其中198位点纯合敏感型及200位点纯合抗药型(喀什12条占12.37%,克州2条占2.33%),198位点纯合抗药型及200位点纯合敏感型(喀什23条占23.71%,克州7条占8.14%)两地均存在,提示这2个种群都存在抗药性。本研究首次报道了南疆部分地区捻转血矛线虫种群Ⅰ型β-微管蛋白基因存在苯并咪唑类药物抗药性突变,为新疆地区捻转血矛线虫病的有效防控及抗药性研究提供理论依据。

文山高峰牛朊蛋白基因(PRNP)23 bp和12 bp插入/缺失多态性分析研究

为探讨文山高峰牛朊蛋白基因(prion protein gene,PRNP)启动子区23 bp和第一内含子区12 bp插入/缺失多态性特征,本研究采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)和琼脂糖凝胶电泳的方法对文山高峰牛PRNP基因23 bp和12 bp位点进行基因分型,得出其多态性数据;通过与文献所报道的牛PRNP数据进行比较分析,得出文山高峰牛对疯牛病抗病性的强弱。结果表明:文山牛PRNP基因启动子区23 bp等位基因频率以缺失型为主(0.654);第一内含子区12 bp等位基因频率分别为插入型0.913,缺失型0.087;缺失型单倍型频率极低(0.082);与德国、英国以及瑞士3个国家所报道的患BSE病牛和健康牛相比较存在显著差异(P<0.05),12 bp等位基因插入/缺失频率与水牛不存在显著差异(P>0.05)。由此可见,较高的12 bp插入型等位基因和极低的缺失型单倍(23 bp插入-12 bp缺失)频率,使得文山高峰牛对BSE疾病具有较好抗病力,通过抗病育种分析能够有效预防疯牛病的发生;对中国地方牛种质资源进行相关抗病性评估,有利于为牛的抗病分子选育提供数据支撑。

急性温度和盐度胁迫对罗氏沼虾热休克蛋白基因表达及抗氧化酶活性的影响

【目的】探究急性温度和盐度胁迫对罗氏沼虾热休克蛋白基因及抗氧化酶活性的影响,为实际生产中罗氏沼虾的健康养殖提供理论依据。【方法】采用双因素试验,设不同温度(20、24、28和32℃)和盐度(0.5‰、4.0‰、8.0‰和12.0‰),共16个处理组,将罗氏沼虾从初始温度(24℃)和盐度(0.5‰)环境转移至各处理组环境中进行急性胁迫,分别在胁迫24和48 h时采集罗氏沼虾鳃组织及肝胰腺组织,测定热休克蛋白70基因(HSP70)相对表达量、超氧化物歧化酶(SOD)活性和谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)活性。【结果】胁迫24 h时,在相同温度下,随着盐度的升高,罗氏沼虾鳃组织和肝胰腺组织HSP70基因相对表达量均整体呈先上升后下降的变化趋势;在0.5‰和4.0‰盐度下,温度为20、28和32℃时罗氏沼虾鳃组织和肝胰腺组织HSP70基因相对表达量均高于24℃,且肝胰腺组织HSP70基因相对表达量在温度为28和32℃时显著高于20℃(P<0.05,下同)。胁迫48 h后,温度为24℃时,8.0‰和12.0‰盐度下罗氏沼虾鳃组织及肝胰腺组织HSP70基因相对表达量均显著高于0.5‰与4.0‰盐度。胁迫24 h时,在相同温度下,随着盐度的升高,罗氏沼虾腮组织SOD和GPX活性均整体呈上升趋势;温度为24℃时,随着盐度升高,肝胰腺组织SOD和GPX活性均无显著变化(P>0.05),而在其他温度下出现明显变化;在相同盐度下,随着温度的升高,罗氏沼虾鳃组织SOD和肝胰腺组织GPX活性均整体呈先下降后上升的变化趋势,腮组织GPX活性和肝胰腺组织SOD活性均整体呈上升趋势。双因素方差分析结果表明,温度、盐度及其交互作用对罗氏沼虾鳃组织和肝胰腺组织HSP70基因表达与抗氧化酶(SOD和GPX)活性均有极显著影响(P<0.01)。【结论】急性温度和盐度胁迫会引起罗氏沼虾HSP70基因相对表达量升高,且温度骤升较温度骤降更能诱导HSP70基因表达。温度和盐度骤变能引起罗氏沼虾抗氧化酶活性变化,且温度对抗氧化酶活性的影响大于盐度。罗氏沼虾通过调控HSP70基因相对表达量、SOD活性及GPX活性协同调节生理机能以适应外部盐度和温度变化,增强对恶劣环境的耐受性。

猪流感病毒H1N1亚型天津分离株核蛋白、基质蛋白、非结构蛋白基因克隆与序列分析

从天津地区不同猪场分离到6株H1N1亚型猪源流感病毒(SIV)。根据GenBank发表的H1N1亚型SIV的核蛋白(NP)、基质蛋白(M)及非结构蛋白(NS)基因序列,分别设计3对引物,将RT-PCR产物克隆至pMD18-T载体,进行测序分析。遗传进化分析结果表明:A/swine/Tianjin/TJ2/2005(H1N1)与A/swine/Tianjin/TJ4/2006(H1N1)的NP、M及NS基因核苷酸序列在遗传进化树中均与A/swine/Guangdong/33/2006(H1N1)位于同一分支上,属于古典型H1N1猪谱系;A/swine/Tianjin/TJ3/2006(H1N1)与A/swine/Tianjin/TJ8/2006(H1N1)的NP、M及NS基因核苷酸在遗传进化树中均与A/Dunedin/2/2000(H1N1)组成一个大分支,可能起源于人谱系;A/swine/Tianjin/TJ6/2009(H1N1)与A/swine/Tianjin/TJ7/2009(H1N1)NP、M及NS基因核苷酸序列在遗传进化树中均与A/swine/Jiangsu/s15/2011(H1N1)位于同一分支上,属于类禽H1N1猪谱系。本试验对6株H1N1亚型SIV的NP、M及NS全基因序列进行分析,在一定程度上揭示了天津地区H1N1亚型SIV的基因进化与流行情况。

牦牛2个α-珠蛋白基因在染色体上排列顺序的确定

本试验扩增并克隆测定了牦牛2个α-珠蛋白基因间区域的序列.根据所测结果及人、鼠、山羊、马和黄牛的α-珠蛋白基因序列比对中的保守区设计了2对特异性引物,扩增并克隆测定了牦牛α-珠蛋白的上、下游基因序列.将测定的牦牛α-珠蛋白基因间区域序列进行同源性搜索,发现没有任何一个基因与它同源.上、下游基因的测序结果表明,上游基因为牦牛α1-珠蛋白基因,下游基因为α2-珠蛋白基因.这表明牦牛的2个α-珠蛋白基因在染色体上紧密排列,其中α1-珠蛋白基因在前,α2-珠蛋白基因在后.

冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞关键RNA结合蛋白基因的筛选及验证

目的筛选冠状动脉粥样硬化患者外周血单个核细胞关键RNA结合蛋白基因,并对其进行验证。方法①冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞关键RNA结合蛋白基因筛选选择冠状动脉粥样硬化患者5例(观察组)、健康志愿者5例(对照组),采用转录组测序技术检测外周血单个核细胞RNA转录组,运用R软件“edgeR”包筛选P<0.05、|logFC|>1、错误发现率<0.05的单个核细胞差异表达基因。从RNA结合蛋白数据库中下载人单个核细胞的RNA结合蛋白相关基因资料,与外周血单个核细胞差异表达基因取交集后获得冠状动脉粥样硬化单个核细胞RNA结合蛋白相关差异表达基因。运用TopHat2、ABLas软件筛选冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞差异表达RNA结合蛋白相关基因的可变剪接事件。筛选相对表达量最高的单个核细胞RNA结合蛋白相关差异表达基因为关键RNA结合蛋白基因。②冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞关键RNA结合蛋白基因验证另选取冠状动脉粥样硬化患者10例(一组)、健康志愿者10例(二组),抽取外周静脉血后分离外周血单个核细胞,采用qRT-PCR法检测2组RNA结合蛋白关键基因。从GEO数据库(GSE40231、GSE43292、GSE100927、GSE27034)数据集中,检索冠状动脉粥样硬化患者、健康志愿者外周血单个核细胞RNA结合蛋白关键基因表达资料。结果冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞的差异RNA结合蛋白相关基因有:过氧化物酶体增殖物激活受体γ共激活因子1α、锌指RNA结合蛋白2、SAM域、SH3域和核定位信号1(SAMSN1)、肝配蛋白A型受体2、RNA结合基序蛋白24、多种剪接形式的RNA结合蛋白2、SH3和多个锚蛋白重复结构域1。与对照组相比,观察组患者单个核细胞RNA结合蛋白相关基因的可变剪接事件多(P<0.05)。关键RNA结合蛋白基因为SAMSN1。与二组相比,一组患者外周血单个核细胞SAMSN1相对表达量升高(P<0.05)。GEO数据库数据结果显示,相比于健康志愿者,冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞单个核细胞SAMSN1相对表达量升高(P<0.05)。结论冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞关键RNA结合蛋白基因为SAMSN1基因。相比于健康志愿者,冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞SAMSN1基因表达升高,可变剪接事件增多。SAMSN1基因可能通过调控RNA结合蛋白相关基因的可变剪接事件,参与冠状动脉粥样硬化的发生发展。

冷胁迫下普通油茶CCCH型锌指蛋白基因家族的鉴定和分析

【目的】为挖掘和利用耐寒普通油茶Camellia oleifera遗传资源提供参考。【方法】基于普通油茶的冷胁迫转录组数据,对其CCCH型锌指蛋白基因进行鉴定,并对CCCH型锌指蛋白进行理化性质分析、系统发育分析、保守结构域预测、二级结构预测等相关生物信息学分析,并以庐山高海拔油茶(LSG)和栽培油茶品种赣无1(GW1)为材料,对CCCH型锌指蛋白基因在冷胁迫下的表达情况进行分析。【结果】在普通油茶的冷胁迫转录组数据中共鉴定到24个CCCH型锌指蛋白基因,参考水稻分类方法,将24个CCCH型锌指蛋白聚类到2个亚家族中。保守基序分析结果表明,在24个基因中仅有3种CCCH型锌指蛋白基序类型,即C-X8-C-X5-C-X3-H、C-X7-C-X5-C-X3-H和C-X5-C-X4-C-X3-H,数目分别为92、4和4。转录组表达谱分析结果表明:在野外冷胁迫试验中CoC3H17基因在D4、D5和D6时期的表达量高于D1、D2和D3时期,在室内冷胁迫试验中庐山高海拔油茶和赣无1的CoC3H17基因一直表现为更高的转录本丰度;CoC3H14和CoC3H24基因在野外试验的D4、D5和D6时期均表现为表达量明显上升,且在室内冷胁迫试验中庐山高海拔油茶的这2个基因的表达量高于赣无1。【结论】CoC3H17、CoC3H14和CoC3H24基因可能是普通油茶应对冷胁迫的关键基因。

牡丹非特异性脂质转移蛋白基因PsLTP的生物信息学分析

[目的]了解牡丹非特异性脂质转移蛋白基因LTP的基因特征及其编码蛋白的生物学特性,探索其生物功能。[方法]运用Blast、ORF-Finder、ProtParam、SignalP 4.1、ProtScale和TMHMM 2.0 Server等生物信息学软件,分析牡丹nsLTP基因序列及其编码蛋白的基本理化性质、信号肽、磷酸化位点、保守结构域等,并运用DANMAN、MEGA软件进行多序列比对和系统发育树构建。[结果]牡丹nsLTP基因(NCBI登录号为:JZ840269.1)序列全长为685 bp,开放阅读框长为354 bp,编码蛋白包含117个氨基酸,理论等电点为8.93,为不稳定性蛋白。牡丹nsLTP蛋白为疏水性蛋白,含有信号肽但不含跨膜结构域,NetPho Server预测其含有8个丝氨酸和3个酪氨酸磷酸化位点及5个苏氨酸磷酸化位点。PsnsLTP蛋白具有植物LTP蛋白典型结构,即4个α-螺旋,4对二硫键,1个可结合和容纳脂质分子的疏水结构。多序列比对及系统发育树分析显示,PsLTP蛋白与绒毛烟草LTP蛋白(XP_009608993.1)的相识度62.7%,且进化树聚为同一小分支,遗传距离较近。[结论]通过对牡丹nsLTP基因特性及蛋白结构研究,系统性研究了牡丹nsLTP基因的生物信息学特性,为牡丹抗病抗逆功能基因的研究提供了依据,也为其他植物nsLTP基因研究提供了参考。

^(A)γ-珠蛋白基因启动子区域-114~-102缺失突变导致非缺失型遗传性持续性胎儿血红蛋白综合征的研究

目的:研究^(A)γ-珠蛋白基因启动子区域-114~-102缺失突变病例的基因突变特点、血液学表型及临床表型。方法:选取2022年3月至2023年12月在广西医科大学第一附属医院检查地中海贫血的病例4例。血红蛋白(Hb)分析仪和血细胞分析仪检测全血样本,分析Hb和血常规。Sanger测序法与荧光PCR熔解曲线法检测γ-珠蛋白基因启动子区突变和β-珠蛋白基因突变。结果:共检出^(A)γ-114~-102缺失杂合子4例,Hb分析显示血红蛋白F(Hb F)水平为11.2%~37.8%,血红蛋白A2(Hb A2)水平为2.0%~3.3%,血常规分析显示Hb水平为67~114 g/L,红细胞计数(RBC)为(2.33~4.1)×10^(12)/L,平均红细胞体积(MCV)为84.02~91.9 fL,平均红细胞血红蛋白(MCH)为27.8~29.7 pg。γ-珠蛋白基因及β-珠蛋白基因突变检测结果表明:4例病例含有^(A)γ-114~-102缺失杂合子,其中2例合并有^(G)γ-158C>T突变杂合子;4例病例均合并有β-珠蛋白基因突变,基因型分别为Codon 41-42(-TTCT)杂合子突变、Codon 41-42(-TTCT)纯合子突变、IVS-Ⅱ-654(C>T)复合Codon 41-42(-TTCT)突变和Codon17(A>T)复合Codon 71-72(+A)突变。结论:首次在中国人群中发现^(A)γ-114~-102缺失杂合子,且复合β-地中海贫血的病例,临床表现为轻度或中度贫血。^(A)γ-114~-102缺失突变导致非缺失型遗传性持续性胎儿血红蛋白综合征(nd-HPFH),能够减轻β-地中海贫血患者的贫血程度。

小儿恶性肿瘤化疗前后外周血多药耐药基因、多药耐药相关蛋白基因、肺耐药蛋白基因的变化及临床意义

目的探讨实体恶性肿瘤化疗患儿外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)中多药耐药基因(multi-drug resistance1,MDR1)、多药耐药相关蛋白基因(multi-drug resistance-associated protein1,MRP1)、肺耐药蛋白基因(lung resistance protein,LRP)的表达量及其与临床化疗的关系。方法应用实时荧光定量PCR(real-time fluores-cence quantitative PCR,FQ-PCR)技术,检测患儿化疗前后外周血和手术切除新鲜冻存组织,以及对照组外周血中MDR1、MRP1、LRP的mRNA表达量。结果所有化疗患儿外周血MDR1表达量与同期手术切除的肿瘤组织MDR1表达量存在正相关(r=0.894,P=0.000);化疗前后外周血MDR1表达量变化与肿瘤大小变化间存在负相关:神经母细胞瘤(r=-0.733,P=0.000),卵黄囊瘤(r=-0.874,P=0.000),淋巴瘤(r=-0.617,P=0.005);化疗前外周血MDR1表达量与首次化疗后相应肿瘤标志物变化大小呈负相关:神经母细胞瘤尿香草杏仁酸(VMA)(r=-0.440,P=0.046),卵黄囊瘤甲胎蛋白(AFP)(r=-0.831,P=0.000),淋巴瘤乳酸脱氢酶(LDH)(r=-0.495,P=0.031)。随着化疗次数的增加MDR1表达量增加(P<0.05)。结论动态检测患儿化疗前后PBMCs中MDR1mRNA水平对化疗疗效及预后的判定有一定的指导意义,可在一定程度上指导化疗方案的修订。

水稻条纹病毒外壳蛋白基因和病害特异性蛋白基因的克隆和序列分析

水稻条纹病毒编码的外壳蛋白 (CP)和病害特异性蛋白 (SP)是两种与症状密切相关的蛋白 .本文对我国云南 YL分离物的 CP基因和 SP基因进行了克隆和测序 .结果表明 ,CP基因和 SP基因分别由 96 6和 534个核苷酸组成 .与已发表的一些分离物相比 ,YL分离物 CP基因与我国山东 C分离物和日本 T、M分离物的核苷酸序列一致性在 96 .0 %左右 ,氨基酸序列一致性为 97.0 % ,但从序列一致性和碱基变异方式来看 ,C分离物与 T、M分离物的亲缘关系稍近 .YL 分离物 SP基因和云南 CX分离物之间有 99.0 %的核苷酸序列一致性 ,但与 T、M分离物的核苷酸一致性只有 94 .0 %左右 .可见 ,不同分离物间 SP基因的变异与其地理分布有密切的关系 .