糙皮侧耳PoLIM基因家族鉴定与表达分析

在NCBI、JGI数据库中检索糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)PoLIMs,进行生物信息学分析;测定PoLIM 1~PoLIM 6在25℃培养7 d(菌丝期),16℃培养5 d(扭结前期)、10 d(扭结后期)、15 d(原基期)、22 d(子实体期)的相对表达量以及菌丝在4℃冷胁迫12、24、48 h的相对表达量。结果表明:PoLIM1~PoLIM6的氨基酸数量为353~1 673;等电点为7.26~9.98;亚细胞定位预测均在细胞核中;有10个保守基序;启动子序列中包含光、生长素、MYB转录因子以及低温胁迫等响应元件。就相对表达量而言,PoLIM1在子实体期较高;Po LIM2在扭结后期和子实体期较高;Po LIM3、Po LIM4、Po LIM6在菌丝期较高;Po LIM5在扭结后期较高,在原基期及子实体期降低。与对照(25℃)相比,4℃冷胁迫时Po LIM1、Po LIM3、Po LIM5、Po LIM6的相对表达量升高。

番杏LIM基因家族鉴定及TtWLIM1b的克隆与功能分析

【目的】分析番杏[Tetragonia tetragonoides(Pall.) Kuntze]中TtLIM基因家族的序列组成、RNA-seq基因表达和异源表达生物学功能,探究其可能参与调控番杏植株发育和胁迫应答反应的分子机理,为发掘番杏抗逆功能基因及其在作物育种中的应用提供理论基础。【方法】通过前期对番杏[Tetragonia tetragonoides(Pall.) Kuntze]cDNA文库的筛选,获得一个编码番杏LIM基因的全长cDNA,命名为TtWLIM1b,对TtWLIM1b在酵母中进行功能分析。结合番杏全基因组测序信息,从番杏基因组中鉴定出16个TtLIM基因,对这些家族成员的染色体定位、所编码蛋白的理化性质、系统进化以及蛋白的保守模式进行综合的生物信息学分析;构建番杏与拟南芥、水稻和紫花苜蓿的LIM蛋白家族成员的进化树。最后,通过RNA-seq分析TtLIM基因家族成员在番杏不同组织以及在不同胁迫处理后的相对表达量。【结果】异源表达TtWLIM1b能够提高转基因酵母的重金属耐受性及耐热能力;番杏TtLIM家族蛋白成员均含有LIM结构域,而该结构域富含半胱氨酸。因此,TtLIMs也是富含半胱氨酸蛋白(Cysteine rich protein, CRP)的一种。序列分析表明,番杏LIM蛋白成员具有高度的保守性,且其成员的复制扩增较为明显;TtLIM基因家族成员在不同的番杏器官中广泛而有差异地表达。【结论】番杏TtLIMs可能参与调控番杏植株发育和胁迫应答反应。

LIMK2及miR-450a-5p在不同级别浆液性卵巢癌的表达及临床意义

目的探讨LIM激酶2(LIMK2)及微小RNA(miR)-450a-5p在不同级别浆液性卵巢癌的表达及临床意义。方法本研究为回顾性研究,选择2020年1月至2023年1月宝鸡市中心医院收治的102例浆液性卵巢癌患者作为研究对象,根据肿瘤级别分为高级别浆液性卵巢癌组(n=70)和低级别浆液性卵巢癌组(n=32)。检测所有患者病理组织中LIMK2及miR-450a-5p的表达水平;分析不同临床病理特征的浆液性卵巢癌组织中LIMK2及miR-450a-5p表达水平的差异性;使用受试者操作特征(ROC)曲线分析LIMK2及miR-450a-5p对高级别浆液性卵巢癌的鉴别诊断效能;随访12个月,记录浆液性卵巢癌患者术后复发情况,使用多因素风险评估模型分析LIMK2及miR-450a-5p与浆液性卵巢癌患者术后复发的关系。结果高级别浆液性卵巢癌组病理组织中LIMK2表达水平为5.16±1.34,高于低级别浆液性卵巢癌组(0.62±0.23),miR-450a-5p表达水平为1.12±0.45,低于低级别浆液性卵巢癌组(6.08±1.29),差异均有统计学意义(P<0.05)。浆液性卵巢癌组织中LIMK2、miR-450a-5p表达水平与手术病理分期、淋巴结转移状态有关(P<0.05),与年龄、术前糖类抗原125水平、术后残留灶大小无关(P>0.05)。经ROC曲线分析,病理组织中LIMK2联合miR-450a-5p诊断高级别浆液性卵巢癌的敏感度为92.41%,特异度为63.50%,曲线下面积(AUC)为0.931。102例浆液性卵巢癌患者,术后12个月期间,复发26例,占25.49%。复发患者病理组织中LIMK2表达水平为6.81±1.70,高于非复发患者(3.39±0.79),病理组织中miR-450a-5p表达水平为0.43±0.22,低于非复发患者(1.73±0.68),差异均有统计学意义(P<0.05)。经多因素风险评估模型分析,病理组织中LIMK2和miR-450a-5p均是浆液性卵巢癌患者术后复发的独立预测因素(P<0.05)。结论高级别浆液性卵巢癌组织中LIMK2表达上调,miR-450a-5p表达下调,两者均与手术病理分期、淋巴结转移状态有关。病理组织中LIMK2和miR-450a-5p联合诊断高级别浆液性卵巢癌的效能较好,对术后预后具有一定评估作用,值得进一步研究应用。

基于B/S和SOA架构的LIMS系统设计与研究

为提升水质检测业务的专业化、智能化、系统化、自动化水平,针对新发展阶段下水利高质量发展对水质信息管理的需求,研究并开发基于B/S系统架构和SOA设计架构的新型综合性水质信息管理系统(LIMS),运用仪器谱图识别及数据提取、PHP与MySQL融合、仪器谱图与原始记录自动关联等技术,在一定程度上提高水质数据的电子化无纸化获取、处理、传输及应用等方面的管理水平,实现水质检测业务流程与资源的动态关联和闭环追溯,提升水质监测评价工作的管理效率和质量管理能力。基于B/S和SOA架构的LIMS在前沿高新技术中的应用研究,为水质检测和管理的各项活动提供智能、高效的数据支持平台,也为水利行业信息系统管理建设及水域功能监测监管提供技术支撑。

基于生物信息学分析双硫死亡相关基因PDLIM1 mRNA在多种肿瘤中的表达及临床应用价值

目的分析双硫死亡(disulfidptosis)相关基因人PDZ和LIM域蛋白1(PDZ and LIM domain protein 1,PDLIM1)m RNA在多种肿瘤中的表达及作用。方法通过仙桃学术网站分析PDLIM1 mRNA的表达情况。利用仙桃学术网站和Sangerbox 3.0数据分析平台探究PDLIM1在33种肿瘤中的诊断和预后能力。利用TISIDB数据库分析PDLIM1与临床分级和分期的相关性。在Sangerbox 3.0数据分析平台和Kaplan-Meier Plotter数据库中分析PDLIM1与肿瘤免疫相关性。通过STRING数据库和Cytoscape构建蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks,PPI)。利用Sangerbox 3.0数据分析平台进行富集分析。最后利用GSCA(Gene Set Cancer Analysis)网站分析获得PDLIM1 mRNA表达与药物的敏感性。结果PDLIM1 mRNA在33种肿瘤中表达量存在异质性。PDLIM1在胆管癌(CHOL)、多形性胶质母细胞瘤(GBM)、肾透明细胞癌(KIRC)、肺腺癌(LUAD)、卵巢癌(OV)、胰腺癌(PAAD)、黑色素瘤(SKCM)和睾丸生殖细胞肿瘤(TGCT)中具有良好的诊断能力。PDLIM1在胶质瘤(GBMLGG)、脑低级别胶质瘤(LGG)、混合肾癌(KIPAN)、多形性胶质细胞瘤(GBM)、间皮瘤(MESO)、葡萄膜黑色素瘤(UVM)和肾上腺皮质癌(ACC)中高表达预后差,而在肉瘤中低表达预后差。PDLIM1 mRNA表达与头颈鳞状细胞癌(HIVSC)、肾乳头状细胞癌(KIRP)、子宫内膜癌(UCEC)、子宫癌肉瘤(UCS)和葡萄膜黑色素瘤(UVM)的分级,以及与宫颈癌、头颈鳞状细胞癌、子宫内膜癌和脑低级别胶质瘤肿瘤的分期有关。PDLIM1与以前列腺癌为首的36种肿瘤的免疫浸润显著相关,且发现在PDLIM1 mRNA高表达的患者中经免疫治疗后的预后相对较好。PDLIM1在生物体内主要通过参与肌动蛋白细胞骨架、细胞黏附、肿瘤相关途径的调节来发挥作用,对以Isoliquiritigenin为首的多种药物敏感。结论PDLIM1与多种肿瘤的临床预后和免疫浸润等方面密切相关,有望成为一种肿瘤诊断和预后生物标志物或治疗靶点。

基于CNAS体系标准的LIMS创新实践

LIMS是一种专为实验室设计的信息管理系统。矿山企业引入该系统有助于实现检测业务的数字化管理。然而,市面上通用的LIMS软件普遍存在与CNAS体系结合不紧密、流程管理不严谨、行业适用性不强等缺陷,无法满足矿山行业实验室的特殊需求。为此,结合CNAS质量管理体系要求以及矿山化验检测业务特点,研发了一款符合金属矿山行业特点的LIMS系统,对传统化验检测业务管理模式进行了全面改造和提升,内容涵盖业务管理、检测流程、结果汇总、报告管理、报告溯源和CNAS体系运行管理等多方面。该系统引入了样品类型、设备类型、化验岗位、再现性限设置以及报告权限设置等概念,并建立了关联关系,能够批量委托检测任务、灵活设置用户报告审批权限。根据关联关系,系统可自动将检测任务分配到特定的检测班组和化验岗位,自动计算检测项目的再现性限,判断平行检测结果是否超差,确定重验方式及平均结果的计算方法。此外,系统还利用LT-IoT数据采集平台,实现了分析仪器、天平、温湿度计、二维码等数据的自动采集,确保数据准确性、完整性和可追溯性,有效避免了传统手工录入导致的错误和不确定性。应用效果表明:该系统的研发与应用可以为金属矿山行业提供了一个高效、严谨、规范化的实验室信息管理系统,有助于提高检测业务的数字化管理水平,为行业的数字化转型提供强有力支持。

基于LIMS系统下食品检测机构质量管理模块设计与应用

食品检验检测机构应用LIMS信息化系统推动食品检验检测创新,带动管理的科学化、规范化、精细化,已成为食品检验机构高质量发展的必由之路。本文聚焦基于LIMS系统下食品检测机构质量管理模块的设计和应用,遵循ISO/IEC17025:2017《检测和校准实验室能力通用要求》和《检验检测机构资质认定评审准则》《食品检验机构资质认定条件》等要求,从检验检测机构质量管理的有效性和持续改进方面进行系统思考,提出检验检测机构质量管理十三个要素信息化管理的要求、路径、方法、策略,各要素即相互独立,又有机统一,为食品检验检测机构LIMS系统质量管理模块的应用和实践提供了借鉴。

LIMS报告在线查询模块设计与实现

云南省质检院作为省政府法定的检验检测机构,其LIMS(Library Information Management System,实验室信息管理系统)与一般企业使用的LIMS有一定区别,主要区别在于报告的保密性要求高、法律责任重大,不宜直接面向互联网开放报告查询,以免被泄密造成各类风险。但是随着信息技术的发展,充分利用互联网能显著提升客户使用体验、提高报告查询效率。设计了基于LIMS的报告在线查询模块,该模块采用B/S(浏览器/服务器)架构,使用SpringMVC微服务进行编码,并在院官方网站上创建查询接口,供委托方客户查询报告。为保障数据安全,在核心交换机上使用物理网闸卡隔离内外网环境,确保LIMS系统的数据安全。经实验证明,此模块操作简单,运行稳定,数据传输安全可靠,取得了较好的成效。

LIMS系统中标准管理模块的创新与应用

随着信息技术的不断进步,实验室信息管理系统(LIMS)在标准管理方面的创新应用日益显现。本文重点探讨了两大创新点:一是通过精细化设计的互联网爬虫技术,实现标准数据的自动采集、解析与实时更新;二是引入深度置信网络(DBN)框架,构建智能匹配模型,为用户提供精准的标准推荐服务。这两项技术的融合应用,不仅提升了LIMS系统的智能化水平,也为实验室标准管理带来了革命性的变革。

LIMS系统检验报告自动化生成方案研究

检验报告自动生成已经成为LIMS系统的重要功能,但是针对车辆检测机构的总报告格式还没有一种通用的自动生成方案。提取检验报告的通用模型,提出通用的报告生成流程,建立了对原始记录、报告模板、数据规则、校验规则的设计方案。使用此方案开发的报告自动生成模块在实际使用中实现95%以上报告自动生成,平均生成时间为15 s,基本满足检测机构对报告生成模块的功能要求。

石化公司LIMS系统升级扩展应用研究

为了让LIMS的运用更加简洁、高效,从而提高产品质量控制。本研究将石化公司原有5套旧的LIMS系统,升级改造成了一套全新LIMS系统。不仅保留了旧系统的所有在用功能,还开发了环保报告集成优化处理模块、物资管理、KPI管理等新功能,同时在仪器数据自动上传上有了更广泛的应用。另外,在WEB页上也采用的是微服务架构模式,它是现在流行的基于Java语言开发的一种软件架构。LIMS系统的升级扩展应用,不仅提高了工作效率,也让石化企业的质量管理有了很大提升。

基于风景园林信息模型(LIM)的地形设计实践研究

竖向设计是风景园林工程的重要内容,地形设计与建模是竖向设计的核心环节。风景园林信息模型(LIM)是近年来风景园林工程领域的热门技术,是创建并利用数字化模型对风景园林工程项目的设计、建造和运营全过程进行管理和优化的过程、方法和技术。其中包括多种能满足地形设计方案推敲、建模及分析的思维及软件工具。文章从地形建模在数据层面的基本原理出发,介绍高程点、等高线、地形特征线以及各类三维曲面之间的内在联系与转换关系,综合运用Autodesk Civil3D、Rhinoceros、Grasshopper等软件,对现状地形建模、局部地形方案推敲、全园竖向设计方案整合、竖向设计方案分析、施工图纸导出、分标段多步骤土方工程量计算等关键工作进行突破。总结基于LIM技术的地形设计与建模方法及工作流程,保障地形设计方案的合理性和可实施性,提升设计师的工作效率和体验。以北京永定河左岸公共空间冰雪森林节点、坝河滨水空间使馆区示范段两个项目的建设经验为实证,从思维和技术两方面,探讨LIM技术对风景园林工程信息化的积极影响。

LIMS抽样管理模块设计与实现

云南省质检院是省属法定检验检测机构,除了受理普通客户的委托检验订单外,更多的是各级政府和市场监督管理局指定的国抽、省抽、市抽订单。对于此类订单,需要指派抽样人员去市场或企业一线抽采检验样品。为方便管理涉及抽样的各类事项,本文设计了基于LIMS的抽样管理模块。该模块采用B/S架构,编码采用SpringMVC微服务,直接内嵌于现有的LIMS,可实现抽样任务管理、详情管理两大主要功能,并已部署于云南省质检院LIMS内网服务器。经实践证明,该模块能够统筹管理抽样人员和任务,不仅提高了抽样效率,而且提高了质量管理水平。

LIMS在钢铁实验室智能化系统中的应用

在钢铁行业中,质量控制是确保产品性能和市场竞争力的关键。实验室信息管理系统(LIMS)作为一种先进的实验室管理工具,对于提高样品管理、流程控制和数据分析的效率具有重要作用。针对钢铁行业的特定需求,探讨了LIMS在智能化实验室的开发与应用,分析了其在样品流程控制和仪器数据采集后处理与分析中的实际效果,并提出了未来的发展方向。

实验室检验质量管理工作中LIMS系统对检验回报合格率的影响

目的分析实验室检验质量管理工作中应用实验室信息管理系统(Laboratory Information Management System,LIMS)对检验回报合格率存在的影响。方法从本实验室于2022年1月-2023年12月进行检验的标本中选取328份,根据时间分为常规组(2022年1月-2022年12月,常规检验质量管理)、观察组(2023年1月-2023年12月,通过LIMS系统完成检验质量管理),各164份。比较两组标本检验报告情况、不良事件发生情况及实验室工作人员满意度。结果对比两组标本检验报告情况,观察组危急值回报率(95.73%)、危急值报告及时率(96.95%)、检验回报合格率(97.56%)均更高(χ^(2)=6.821,4.525,5.878,P<0.05);组间不良事件发生率对比,观察组(3.05%)更低(χ^(2)=4.525,P<0.05);相较于LIMS系统实施前,实施后实验室工作人员工作效率[(9.12±0.55)分]、管理效果[(9.16±0.57)分]、风险把控[(9.27±0.54)分]评分均更高(t=2.369,2.270,2.291,P<0.05)。结论在LIMS系统下开展实验室检验质量管理工作,可提高检验回报合格率、危急值回报率及危急值回报及时率,降低不良事件发生风险,实验室工作人员管理满意度随之提高,实践价值显著。

面向中小型环境测评企业的LIMS系统开发

针对中小型环境测评企业面临的日常需处理数据量大、信息繁杂,而传统环境测评工作流程繁琐复杂易错等挑战,为优化工作流程,实现数据共享与协同工作,减少非必要时间及人力成本,面向中小型环境测评企业开发设计了一款LIMS系统,集成实验室信息管理、数据采集、数据处理、数据传输等功能于一体,旨在提高环境测评效率,提升环境测评数据质量,为企业提供更加精准、高效且可靠的环境测评结果。

基于LIMS的环境检测现场采样质量管理方法探讨

在环境检测过程中,由于采样过程管理困难,第三方检测机构存在采样数据造假情况,加强采样全过程中人员、样品、采样方式的质量管理尤为重要。设计开发了基于实验室信息管理系统的环境检测现场采样质量管理系统,通过智能采样箱、智能手持终端、360°视频监控和实验室信息管理系统相结合的方法,将采样过程中的人员操作、样品轨迹和保存方式、采样点位和时间节点等过程数据数字化,实现自动判断采样过程是否规范、是否存在造假行为。此系统广泛推广后能够成为环境监管部门发现采样数据造假的重要手段,促进环境检测行业采样规范管理,提高检测行业的数据质量。

LIMS在食品检验实验室质量控制中的作用研究

随着社会经济发展,食品安全成为公众焦点,对食品检验质量提出更高要求。面对繁多的样品和复杂的检验参数,确保检验结果的准确性和可靠性至关重要。食品检验实验室需加强质量控制,确保检验过程、方法及数据的真实可靠。LIMS系统作为实验室管理的关键工具,具体包括各种例行任务如样品的追踪与管理,数据管理,质量控制和实验室资源管理等,在质量控制中作用显著,是提升实验室管理水平的重要保障。结合食品检验质量控制要求,本文深入探讨了LIMS在其中的作用及应用措施。

支撑盐湖样品质控管理的多实验室LIMS系统设计与实现

由青海省地矿局立项,青海省第三地质勘查院等三家单位共同开发的支持盐湖样品质控管理的多实验室LIMS软件系统,纳入了卤水样、盐样等单元素质控计算过程,结合阴阳离子平衡判定、离子间相互关系的判定、相图计算,模拟配盐、离子加和判定等手段对盐湖样品分析过程和结果进行质控管理,同时包含化学样、化探样、土壤样及三普样品的质控管理。系统在架构上可以方便地扩展到其他检验检测行业,可支持多实验室同时在线办公,实验室间数据分离,目前已为多家实验室提供服务,系统运行稳定可靠,有效提高了实验室数据管理效率。

LIMS系统在生态环境监测报告质量管理中的应用研究

生态环境监测报告是监测工作的最终产品和质量的最终体现,LIMS系统应用在生态环境监测工作中是数字化、信息化、无纸化、智能化新时代发展的必然产物,推动了环境监测行业的快速发展。本文通过对生态环境监测报告在LIMS系统应用后质量提升优点进行了研究探讨,提高了生态环境监测报告的质量,提升了检验检测实验室的质量管理水平。