目的:采用网络药理学及分子对接技术探讨补骨脂治疗牙周炎的作用机制。方法:通过大量的文献查阅获取补骨脂主要活性成分及其对应靶点,运用人类基因综合分析数据库(GeneCards)和基因表达综合数据库(GEO)获得牙周炎相关靶点,制作韦恩(Ven...目的:采用网络药理学及分子对接技术探讨补骨脂治疗牙周炎的作用机制。方法:通过大量的文献查阅获取补骨脂主要活性成分及其对应靶点,运用人类基因综合分析数据库(GeneCards)和基因表达综合数据库(GEO)获得牙周炎相关靶点,制作韦恩(Venny)图后获取药物-疾病交集靶点;利用工具平台STRING11.5构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用Cytoscape 3.7.0软件构建“补骨脂活性成分-潜在靶点”“牙周炎关键靶点”图,并筛选出前10的关键活性成分和核心靶点,借助Metascape数据库和微生信平台对核心靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后使用Discovery Studio 2019对补骨脂关键活性成分与核心靶点进行分子对接,探索最佳结合靶点。结果:筛选得到补骨脂有效活性成分87个,对应成分的相关靶点595个;牙周炎相关靶点1213个。GO生物学过程分析表明,补骨脂活性成分的基因功能主要表现在对激素的反应等过程,KEGG结果表明补骨脂的作用与癌症通路等信号通路有关。分子对接结果表明,bakuflavanone与基质金属蛋白酶(Matrix Metalloproteinase,MMP)9的结合能较高。结论:补骨脂活性成分可能通过癌症通路等信号通路作用于核心靶点而发挥治疗牙周炎的功效,尤其是bakuflavanone,可能具有开发为抗牙周炎新药的潜力。展开更多
文摘目的:采用网络药理学及分子对接技术探讨补骨脂治疗牙周炎的作用机制。方法:通过大量的文献查阅获取补骨脂主要活性成分及其对应靶点,运用人类基因综合分析数据库(GeneCards)和基因表达综合数据库(GEO)获得牙周炎相关靶点,制作韦恩(Venny)图后获取药物-疾病交集靶点;利用工具平台STRING11.5构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用Cytoscape 3.7.0软件构建“补骨脂活性成分-潜在靶点”“牙周炎关键靶点”图,并筛选出前10的关键活性成分和核心靶点,借助Metascape数据库和微生信平台对核心靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后使用Discovery Studio 2019对补骨脂关键活性成分与核心靶点进行分子对接,探索最佳结合靶点。结果:筛选得到补骨脂有效活性成分87个,对应成分的相关靶点595个;牙周炎相关靶点1213个。GO生物学过程分析表明,补骨脂活性成分的基因功能主要表现在对激素的反应等过程,KEGG结果表明补骨脂的作用与癌症通路等信号通路有关。分子对接结果表明,bakuflavanone与基质金属蛋白酶(Matrix Metalloproteinase,MMP)9的结合能较高。结论:补骨脂活性成分可能通过癌症通路等信号通路作用于核心靶点而发挥治疗牙周炎的功效,尤其是bakuflavanone,可能具有开发为抗牙周炎新药的潜力。
