南京市2011年手足口病流行病学及病原学特征分析

目的:分析南京市2011年手足口病的流行病学及病原学特征。方法:利用国家疾病监测信息系统结合实验室确诊阳性样本信息对2011年南京市手足口病相关资料进行描述性流行病学分析。结果:2011年全市共报告手足口病15694例,其中重症877例,死亡3例。年均报告发病率为193.54/10万,发病高峰集中在4～7月;主城区发病高于城郊区县;发患者群以5岁以下的幼托及散居儿童为主,男性发病高于女性。全市共报告实验室检测病例1757例,普通病例以EV71和CoxA16共同主导流行,重症病例和死亡病例以EV71为流行优势株。结论:南京市2011年手足口病流行存在明显的季节、人群和地区差异,5岁以下幼托和散居儿童是手足口病防控的重点人群。主要致病病原为EV71和CoxA16,深入开展手足口病流行病学和病原学研究,将有助于更好的防控和治疗手足口病。

南京市2007-2013年H3N2流感HA分子进化特征分析

目的分析2007—2013年南京市H3N2亚型流感HA基因分子学特征。方法选择2007—2013年59株H3N2亚型流感分离株,自行设计HA片段引物扩增分离毒株HA片段并测序,利用DNAStar、MEGA等软件对HA分子学特征进行分析;结果发病时间存在明显的季节性;进化树分析2007—2013年分离株按年代分成3个分支;分离株较疫苗株及不同年份之间,发生多个抗原位点及受体结合位点氨基酸的替换;2007—2013年,我市H3N2亚型流感流行情况出现两次波动,可能同基因的突变、重组有关。结论抗原位点及受体结合位点氨基酸的突变,对流感的防控及疫苗的保护效果产生极大的挑战。

Epidot-酶联免疫斑点检测方法应用于结核诊断的初步评价

目的:初步评价自行研发的结核分枝杆菌抗原特异性γ-干扰素酶联免疫斑点(Epidot-ELISPOT)检测方法应用于结核病诊断的价值。方法:应用自行研发的Epidot-ELISPOT检测方法及进口T-SPOT.TB试剂盒,检测60份结核病例和75份健康人群的外周血结核特异性γ-干扰素释放水平[斑点形成细胞(spot forming cells,SFCs)]。结果:ELISPOT方法与T-SPOT.TB检测方法对结核感染人群中的敏感性分别为81.67%、90.00%,特异度分别为94.67%、94.67%,Epidot-ELISPOT的敏感度与T-SPOT.TB比较(χ2=1.313,P=0.252),特异性比较(χ2=0.000,P=1.000),差异均无统计学意义。分别用上述两种方法检测肺结核痰阳组和痰阴组形成的SFCs,组间差异均无统计学意义。结论:自行研发的结核分枝杆菌抗原特异性γ-干扰素酶联免疫斑点技术的灵敏度和特异性与T-SPOT.TB检测方法类似,可用于结核感染的辅助诊断。

2014年南京市流感病毒监测结果分析

目的 掌握南京市流感流行病学特征,分析流行株变化规律。方法 利用国家流感监测系统获取病例个案信息,以实时定量RT-PCR法对流感样病例（ILI）样品进行流感核酸检测分析以确定病毒型别;采用描述性流行病学方法对疫情和病原学监测结果进行分析。结果 2014年南京市哨点监测医院报告ILI 45 372例。共检测ILI样品3 459份,检出流感病毒核酸阳性544份,阳性率为15.73%。季节性H3型为优势毒株（占51.29%）。流行高峰为1-2月及7-9月;不同性别及各年龄组流感核酸阳性率差异均有统计学意义（P值均〈0.05）;5-14岁儿童核酸阳性率最高（33.33%）。结论 南京市流感流行具有明显的季节性,不同亚型毒株交替流行。应继续加强流感病毒监测工作。

2013年南京市甲型H1N1流感病毒NA基因的进化分析

目的 :调查2013年南京地区新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的分子特征,了解NA基因的变异情况,分析NA基因进化特征。方法:提取18株新型H1N1流感病毒基因组RNA,RT-PCR扩增NA基因,测序并分析其遗传进化特征和重要功能位点。结果:2013年南京分离株与国内外推荐疫苗株NA基因高度同源,序列相似性达98.2%以上。18株分离株在进化树上分为2支,与国内疫苗株接近,与国际疫苗株存在一定的遗传距离;与国内外疫苗株相比,多个位点氨基酸发生变异;1株分离株的酶活性位点119位发生了变异;部分分离株糖基化位点也出现了增加和缺失的现象。结论:南京市2013年流行株与国内外疫苗株NA基因同源性仍然较高,疫苗依然有效。2013年后期的甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因累积了更多的变异,需加强监测。

南京市2011-2014年度流感流行特征的分析

目的：了解南京市2010-2014年流感流行趋势及病毒株变化,为流感防控提供科学依据。方法：对2010-2014年南京市3家流感哨点医院流感样病例用实时荧光定量PCR检测进行核酸检测,核酸阳性标本采用MDCK细胞进行病毒分离培养,对流感毒株型别、年龄段及性别分布等特征进行比较。结果：2010-2014年共采集流感样病例9823例。其中核酸阳性病例1277例,阳性率13.00%。其中A型各亚型共874例,B型各亚型共403例。男女阳性标本比例1.15∶1,两者阳性率比较差异无统计学意义（P〉0.05）。25岁~年龄段流感样病例数最高。结论：监测结果提示流感流行包括多种型别流感病毒交替和混合流行,不同年份不同季节呈现一种或多种不同优势株,每年基本有两个流行高峰,即冬春季和夏季高峰。

南京市2016年发热伴血小板减少综合征病原学检测和流行病学特征分析

目的:分析南京地区2016年新型布尼亚病毒(SFTSV)实验室检测结果及发热伴血小板减少综合征(SFTS)病例流行病学特征,了解南京地区SFTS的流行情况。方法:采用实时荧光定量PCR法对疑似SFTS的血清标本进行核酸检测,绘制SFTS病例南京区县分布图。结果:收检疑似SFTS 207例,核酸阳性92例,阳性率为44.44%(92/207)。5～7月份为发病高峰(63.04%),患者以40岁以上中老年人为主(90.21%),男性与女性阳性检出率差异无统计学意义(P>0.05),南京市与安徽省相交界的丘陵地区(溧水、江宁、浦口)为疾病高发区。结论:南京是SFTSV进行流行地区,发病呈现明显的季节性和地域性。需加强对疫区高危人群的宣教,对SFTSV进行持续监测和进一步研究。

南京市2014—2019年HIV抗体复检与梅毒感染情况

目的:了解南京市初筛HIV抗体阳性样本复检结果及其梅毒感染情况。方法:用两种不同原理试剂进行复检,复检有反应样本,同时做WB确证试验、梅毒血清学RPR和RT检测。结果:南京市2014—2019年HIV抗体复检反应率呈现逐年下降趋势。男性、19~40岁和41~60岁、未婚人群和高学历人群的复检有反应率均高于相应对照组(均P<0.05)。在复检有反应的样本中,男性、19~40岁和41~60岁、未婚人群和退休/企事业梅毒的感染率高于相应对照组(均P<0.05)。结论:有必要加强HIV初筛实验室检测试剂的特异性,提高复检有反应率。加强可疑HIV感染人群中梅毒的检测工作。建议疾控部门依托医疗机构积极开展预防干预合并感染情况,采用HIV与梅毒防控一体化模式,建立高危人群的专门门诊,实现公共卫生服务和医疗服务一体化。

柯萨奇病毒A6引起的一起手足口病暴发疫情感染情况和排毒时长研究

目的:了解柯萨奇病毒A6(coxsackievirus A6,CV-A6)感染情况和排毒时长,指导科学制定防控策略和措施。方法:制定病例定义,搜索病例。经过知情同意,采集某幼儿园所有病例和罹患率较高的小1班、中2班全体儿童的咽拭子和肛拭子标本,RT-PCR检测肠道病毒核酸,对检测阳性的儿童,每间隔1周再次采集标本开展检测,直至连续两次均为阴性时终止采样。结果:儿童罹患率为8.2%(17/208),发现隐性感染者17例。小1班和中2班流行曲线都呈现单峰分布,卫生学调查排除饮食和饮水传播。病原检测显示为CV-A6型肠道病毒核酸阳性。检测阳性者中隐性感染比例为52%(95%CI:34%~69%)。排毒时长中位数为18 d(95%CI:16~25 d),最短为1周内(4 d),最长为5.5周(39 d),Log-rank检验显示病例与隐性感染者、男性与女性、咽部与肠道排毒时长差异无统计学意义(P> 0.05)。结论:此轮由CV-A6肠道病毒引起的手足口病暴发疫情中,CV-A6隐性感染比例高,排毒时间长。建议提高监测敏感性,病例解除隔离返园(校)、班级复课后应开展持续的健康监测和防控措施。

南京地区诺如病毒GⅡ.Pe-GⅡ.4基因特征

目的研究南京地区诺如病毒GⅡ.Pe-GⅡ.4基因特征和变化规律,了解其进化过程及高变区氨基酸变化情况,预测进化方向及流行趋势,为疫情预警和处置提供科学依据。方法应用荧光定量PCR和一步法RT-PCR,对南京地区2014—2017年分离的10株GⅡ.Pe-GⅡ.4的部分聚合酶—衣壳蛋白区及P2区进行测序,并利用分子生物学软件对序列进行比对分析。结果进化树分析发现,2014—2015年和2016—2017年南京流行株分别位于两个簇。氨基酸分析显示,10株南京流行株同源性达97.3%～100.0%,与21株国内外2011—2017年参考株同源性达97.1%～100.0%。与2008年前驱期澳洲株(KX789174)P2区相比较,10株南京株共19个氨基酸位点发生改变,其中10个位点位于5个抗原表位。南京株2016年后抗原表位A区有氨基酸位点改变。结论 2014—2017年南京地区分离的诺如病毒GⅡ.Pe-GⅡ.4基因型流行株氨基酸同源性较高,但仍呈现出随时间迁移某些抗原位点的氨基酸改变,应持续观察其进化趋势。

用模式抗原OVA研究CTA1-DD/IgG佐剂的免疫调节作用

目的:进一步研究新型佐剂CTA1-DD/IgG的免疫调节作用。方法:小鼠经鼻内免疫抗原(鸡卵清白蛋白OVA)联合佐剂CTA1-DD或CTA1-DD/IgG复合物,用ELISA检测血清中OVA特异性IgG抗体生成和IgG抗体亚类,用酶联免疫斑点试验检测脾脏抗体分泌细胞。结果:CTA1-DD/IgG佐剂在小鼠中诱导血清特异性IgG抗体及脾脏特异性抗体分泌细胞的能力均高于CTA1-DD佐剂;CTA1-DD/IgG或CTA1-DD作为佐剂联合OVA免疫后IgG1、IgG2a、IgG2b抗体皆提高,且IgG2a/IgG1>1。结论:CTA1-DD/IgG佐剂的免疫调节作用强于CTA1-DD,且能产生混合IgG抗体亚型,促进平衡的免疫应答。

两起新型布尼亚病毒感染病例的病毒序列分析

目的:分析发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒感染(SFTSV)感染患者的临床特点、流行病学以及SFTSV基因序列。方法:收集本市2014年4-6月某医院送检的2例重症发热伴血小板减少(SFTS)患者的血清标本,经核酸荧光PCR检测阳性确诊。对病毒核酸测序并与GenBank数据比对。结果:两名患者均有典型的SFTSV感染的临床症状,以发热、腹泻为首发症状,血常规见粒系及血小板呈进行性降低。从2例患者血清提取的核酸经测序,其基因序列与GenBank中的SFTSV进行比对,0428株(安庆)的RNA多聚酶、糖蛋白、NS蛋白的同源性与安徽代表株AHL/China/2011的同源性最高,均达到99%。0507株(滁州)上述目的基因与江苏株JS2011-013-1的同源性高达99%。结论:SFTSV在本地区散发存在,基因序列分析结果提示其来源或有差异。

南京市1例暴露感染HIV病例的溯源调查

目的明确疑似医源性感染的医务人员与暴露源HIV感染病例之间的传播关系。方法采集疑似医源性感染者和暴露源病例的血样,提取血浆RNA,逆转录及巢式PCR扩增后测序,进行基因亚型分析,计算基因距离并构建系统进化树。结果疑似医源性感染的医务人员的HIV基因亚型为CRF-01AE重组亚型,暴露源病例为CRF-07BC重组亚型,两者pol区、gag区和env区的基因距离分别为0.135、0.187、0.319,均大于各自与其对应相似株的基因距离,差异有统计学意义(P<0.05)。结论认为该医务人员与其暴露源HIV感染病例不存在传播关系。

2017年南京市流感病毒流行病学特征

目的分析南京市流感流行病学特征和流行株变化规律,为流感防控提供科学依据。方法根据国家流感监测方案,监测南京市3家哨点医院流感样病例(ILI),实时定量RT-PCR法检测病例样品核酸,确定病毒型别。结果 2017年,南京市报告门诊ILI 55 257人次,检测ILI标本3 149例,共检出流感病毒核酸阳性611份(19.4%),其中甲型流感410份(13.0%),乙型流感201份(6.4%)。季节性甲H3型流感334份(10.6%),为主要优势毒株,其次为乙型流感Victoria亚型141份(4.5%),两个优势毒株交替流行,具有明显季节性。四季均有病例,8月份阳性检出率最高(118/306,38.7%),其次为3月(79/283,27.9%),6月最低(5/300,1.7%)。结论南京市流感优势毒株交替流行,应常年在全人群中预防流感,加强监测手段与防控措施。

2020—2021年南京市新发人类免疫缺陷病毒感染及合并梅毒感染情况分析

目的分析2020—2021年南京市人类免疫缺陷病毒(HIV)感染情况以及合并梅毒感染的流行病学资料,为南京市制定精准的HIV科学防治策略提供依据。方法回顾并分析2020年1月—2021年12月在南京市疾病预防控制中心(CDC)艾滋病确证实验室首次诊断为HIV阳性及合并梅毒感染者的临床资料。结果2020—2021年共接收3484份HIV初筛有反应样本,经复检和确证后,有1679份确证HIV阳性的感染者样本纳入分析,其中男性1500例,占比为89.34%,阳性率为61.07%;20~29岁年龄段有531例感染,占比为31.63%,阳性率为61.96%;汉族共1606例感染者,占比为95.65%;来源于医院、CDC的感染者分别有1221例、355例,占比分别为72.72%、21.14%,阳性率分别为44.64%、87.87%。有520例HIV阳性合并梅毒共同感染患者,其中男性489例,占比为94.04%;30~39岁年龄段有159例HIV阳性合并梅毒感染患者,占比为30.59%,阳性率为42.63%;汉族505例共同感染者,占比为97.11%;78.46%的共同感染者来源于医院。结论南京市新发HIV感染及合并梅毒感染患者主要以中青年男性为主,应加强知识普及和重点人群干预,以有效控制艾滋病和梅毒传播。

两种快速检测试剂在人类免疫缺陷病毒/获得性免疫缺陷综合征筛查中的应用

目的 比较两种快速检测(快检)试剂在人类免疫缺陷病毒/获得性免疫缺陷综合征(HIV/AIDS)筛查中的应用及漏检情况。方法 收集2018—2019年南京市筛查实验室使用快检法、酶联免疫吸附试验(ELISA)或化学发光试剂检测的筛查可疑样本,使用快检三代胶体硒试剂、三代胶体金试剂以及四代酶标试剂进行复核检测,对复核检测结果呈现至少一次有反应的样本进行补充试验。在补充试验前进行确证试验,对确证结果为“不确定”的样本进行荧光定量聚合酶链反应(PCR),以补充试验(确证试验和荧光定量PCR)结果作为“金标准”,比较两种快检试剂的检测结果,包括检出率、敏感度、漏检率。结果 快检三代胶体金试剂检测HIV/AIDS的阳性率为60.49%,快检三代胶体硒试剂的阳性率为62.93%,差异无统计学意义(P>0.05)。快检三代胶体硒试剂检测HIV/AIDS的敏感度明显高于快检三代胶体金试剂(99.8%比98.6%,P<0.05)。两种快检试剂均存在漏检情况,使用三代胶体硒快检试剂检测的漏检率明显低于使用三代胶体金快检试剂,分别漏检3份和19份,差异有统计学意义[0.2%(3/1 374)比1.4%(19/1 374),P<0.05]。结论 快检试剂作为一种操作简便的HIV/AIDS抗体(抗原)检测方法,实用性较高,但不同品牌试剂对HIV/AIDS筛查的敏感度存在差异,敏感度低的试剂有漏检现象,应引起临床实验室重视。

南京市107例HIV抗体不确定样本WB带型及随访结果分析

目的分析南京地区艾滋病病毒(HIV)抗体不确定标本蛋白印迹(WB)带型特征,以及失访和随访后带型转阳的影响因素,为艾滋病防控和检测结果解释提供支持。方法收集南京地区2019年3月-2020年12月107例HIV抗体不确定标本的带型信息和人群信息,以及随访后再确证标本带型信息,采用χ^(2)检验进行统计分析。结果107例抗体不确定病例随访数45例,随访率42.06%。45例随访病例中18例阳转,随访阳转率40.00%。不同年龄人群随访率差异有统计学意义(χ^(2)=67.479,P=0.003),60岁以上老年人群随访率较低。酶联免疫吸附结果阳性与阴性相比随访阳转率差异有统计学意义(χ^(2)=15.000,P=0.000)。南京地区HIV抗体不确定条带主要带型是gp160和p24,阳转率最高的不确定条带是gp160(52.00%),p24条带阳转率较低(25.00%)。结论出现gp160条带提示感染风险较大,出现p24条带为非特异性反应可能性较大,酶联免疫吸附结果对艾滋病的最终确诊更具意义,需特别重视酶联免疫吸附结果阳性的不确定病例随访,并加强对老年人群艾滋病相关知识宣传,制定针对性防控政策。

南京市2012年-2013年肠道病毒71型分离株VP1基因特性分析

目的了解南京地区肠道病毒71型流行株的遗传学背景。方法采集2012年-2013年手足口病患者咽拭子样本,经特异性逆转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）鉴定EV71病毒核酸阳性者进行细胞接种分离病毒。选取阳性分离株扩增其VP1完整编码区全长基因并进行序列测定,利用生物信息学软件对序列加以分析,构建序列遗传亲缘关系树。结果共分离得到14株EV71毒株,经VP1全长基因测序分析发现,所分离病毒VP1区核苷酸与EV71病毒A型代表株同源性为79.6%～81.3%,与B型代表株的同源性为81.7%～84.7%,而与C型代表株的同源性明显较高,为86.0%～95.2%,其中与C4代表株（AY895144）的同源性最高,为93.8%～95.2%。进化树分析发现本地流行株与上海、安徽等地区流行株的亲缘较近,而与台湾地区流行株亲缘较远。相应的氨基酸位点分析也表明符合C基因型的氨基酸模式。结论南京地区2012年-2013年肠道病毒71型的流行株主要为C4亚型,与上海和安徽地区流行株亲缘较近,可能具有同一来源。

2016—2018年南京地区柯萨奇病毒A6型流行情况及基因特征

了解南京地区手足口病中柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)的流行情况以及VP1区基因特征及3D区的重组形式。收集2016—2018年南京地区手足口病监测样本,使用Real Time RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测,分析流行情况。对CV-A6阳性样本针对VP1全长及3D区部分进行基因测序分析,使用Mega 5.2软件进行进化树分析,并使用Bioedit软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果显示,2016—2018年南京地区手足口病高发季为5—7月,呈单峰流行。CV-A6阳性690例(41.62%),全部处于D3亚型分支,核苷酸同源性为90.8%~100.00%。CV-A6存在3种重组形式,分别为RF-A、J、L。氨基酸分析显示,在VP1区有13个位点替换,3D区有24个位点替换。CV-A6已取代EV-A71,是南京地区手足口病的优势病原,属于D3亚型;存在3种不同形式的重组。持续开展CV-A6监测,对于南京地区手足口病防控有重要意义。

一起不明原因肺炎的实验室诊断

目的对2012年10月南京市发生的一起不明原因肺炎进行实验室检测,以确定导致该病例的主要病原体。方法 采集该病例的呼吸道标本,利用荧光PCR、普通PCR及琼脂糖凝胶电泳检测可疑病毒核酸。结果该呼吸道标本中,各型流感病毒及其相应亚型特异性核酸均为阴性,冠状病毒特异性核酸为阴性,呼吸道病毒特异性核酸中单纯疱疹病毒为阳性,其余为阴性。结论根据实验室检测结果,结合流行病学资料分析,该不明原因肺炎病例系单纯疱疹病毒引起或合并混合型肺部感染,排除各型流感以及新型冠状病毒等病原体。