基于分子对接技术筛选抗新型冠状病毒的中药活性成分

运用ADME/T预测进行首轮筛选中药数据库TCMSP(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform)中的化学成分,然后分别以(刺突糖蛋白,Spike glycoprotein,简称S蛋白)和ACE2蛋白(血管紧张素转化酶2,Angiotensin Converting Enzyme 2,ACE2)为靶点,采用YASARA和AutoDock VINA进行第二轮虚拟筛选,最后基于靶点与药物相互作用位点对候选药物分子进行相互作用分析.从TCMSP数据库中筛选出425个候选中药成分,以S蛋白为靶点,筛选出中药成分有12个,包含在青蒿、丹参、黄芩、半夏、甘草、柴胡等;以ACE2为靶点,筛选出中药成分有77个,包含在丹参、甘草、黄芩、麻黄、杏仁、柴胡等,并最终找到潜在的抑制剂分子鼠尾草酚酮和二氢丹参内酯.

丹参活性成分靶点分子网络的生物信息学预测

目的:采用整合生物信息学方法预测丹参治疗心血管疾病的潜在机制。方法:从PubChem数据库中搜索丹参靶标蛋白,从NCBI数据库中搜索心血管疾病相关基因,利用IPA比较、分析搜索结果,预测丹参治疗心血管疾病的交互作用分子网络。结果:丹参治疗心血管疾病的靶标蛋白主要有FASN、PAFAH1B2、PLA2G7、PAFAH1B3和IL-1β,这些蛋白主要涉及LXR/RXR活化、动脉粥样硬化、肝纤维化/肝星形细胞活化、急性反应期信号、FXR/RXR活化等信号传导通路;交互作用分子网络主要涉及细胞运动、免疫细胞运输、血液系统发育,参与DNA的复制、重组和修复等。结论:预测了丹参治疗心血管疾病的几个蛋白质靶点以及参与的信号途径;整合生物信息学方法可以用于分析小分子化学成分的作用机制。

雷公藤红素治疗类风湿关节炎的组学联合分析

用雷公藤红素处理成纤维样滑膜细胞,通过RNA测序、定量蛋白质组学、分子对接、qPCR和Western blot检测和验证,筛选到差异基因和蛋白质,获得7803个基因和3372个蛋白质,雷公藤红素作用机制与氧化应激和氧气水平高低相关,也涉及细胞组分和细胞外基质蛋白的稳定和合成通路。结果显示,雷公藤红素可通过这些机制来抑制类风湿关节炎的发病。

基于网络药理学分析淫羊藿治疗卵巢癌的作用机制

目的:基于网络药理学筛选淫羊藿治疗卵巢癌的潜在靶标,探讨淫羊藿治疗卵巢癌的作用机制。方法:利用TCMSP数据库筛选中药淫羊藿防治疾病的活性成分,并对潜在的靶点与机制进行系统分析;从NCBI数据库中检索卵巢癌相关的基因,建立卵巢癌相关基因数据库;利用Venny2.1.0软件筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白,并输入STRING 11.0平台构建蛋白-蛋白相互作用网络模型,分析PPI,共获得101个相互作用节点;应用IPA软件构建淫羊藿和卵巢癌信号通路和分子网络。结果:研究共筛选出淫羊藿23种主要活性成分以及与之相对应的共200个与人相关的作用靶点。通过IPA比较分析显示,淫羊藿和卵巢癌共同作用的通路有363条,排在前面的是癌症的分子机制通路、糖皮质激素受体信号通路、胰腺癌信号通路、芳香烃受体信号通路与成骨细胞、破骨细胞和软骨细胞在类风湿关节炎中的作用信号通路等;共同的网络有24个,主要体现在"癌症、内分泌系统失调、机体损伤及异常、细胞生长与增殖,结缔组织发育与功能,组织发育、基因表达、细胞发育、胚胎发育"等生物学功能上。结论:淫羊藿可以通过多条通路治疗卵巢癌,作用靶点可能为AKT1、CASP3、JUN、FOS和CCND1。

绿茶多酚在药物开发领域的研究进展

阐述了绿茶多酚的化学组成、生物代谢以及在药物开发领域的进展,主要集中在对癌症、神经退行性疾病、糖尿病的预防和治疗方面.茶多酚潜在的抗肿瘤活性可以通过干预肿瘤发生、发展、转移等各个阶段来进行,但茶多酚发展成为治疗药物还是面临很多挑战,比如,低生物药效率.基于纳米颗粒的药物传递系统相比单纯的茶多酚具有特别的优势,同时,为了处理新出现的安全问题和潜在的局部药物过量效应,有必要确定包裹纳米粒子以后的药物实际用量和药理学机制.