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香蕉GRF基因家族的全基因组鉴定及表达分析 被引量:8
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作者 田娜 刘范 +5 位作者 伍俊为 刘嘉鹏 李丹 付帅 黄玉吉 程春振 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1821-1835,共15页
【目的】生长调控因子(Growth-regulating factors,GRF)是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育和抗逆防御过程中发挥着重要作用。为揭示香蕉GFR基因等功能,对小果野蕉生长调控因子(MaGRF)基因家族进行全基因组鉴定和分析,并研究其在... 【目的】生长调控因子(Growth-regulating factors,GRF)是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育和抗逆防御过程中发挥着重要作用。为揭示香蕉GFR基因等功能,对小果野蕉生长调控因子(MaGRF)基因家族进行全基因组鉴定和分析,并研究其在香蕉果实成熟和低温胁迫应答过程中的表达模式。【方法】使用生物信息学软件对MaGRFs家族成员进行全基因组鉴定和分析,基于转录组数据分析MaGRFs在自然成熟和乙烯催熟的香蕉果实成熟过程及4℃低温处理叶片中的表达情况。【结果】共鉴定获得可归为4个亚家族的20个MaGRF成员,其中15个成员被预测为miRNA396的靶基因。MaGRFs启动子上存在大量的植物激素、胁迫响应以及生长发育相关的顺式作用元件和9种转录因子家族的结合位点。转录组结果显示,MaGRF7在自然成熟的果实中高水平表达;MaGRF13在自然成熟和乙烯催熟的果实中均高表达;属于第Ⅰ和第Ⅱ亚家族的多个MaGRFs在果实成熟过程中差异表达显著;低温处理显著诱导MaGRF9、14、15、18和19的表达,显著抑制MaGRF2、6和13的表达。【结论】香蕉GRF家族成员较多,它们的表达大多受miR396调控。第Ⅰ和第Ⅱ亚家族的MaGRF成员在香蕉果实成熟和低温应答过程中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 香蕉 生长调控因子 果实成熟 温度胁迫 表达模式
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香蕉MaSNAT2基因的克隆与表达分析 被引量:4
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作者 刘嘉鹏 武欢 +3 位作者 王斌 伍俊为 程春振 黄玉吉 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期569-577,共9页
5羟色胺-N-乙酰转移酶(SNAT)是褪黑素合成过程中的关键酶之一。为揭示香蕉SNAT基因的功能,该研究对香蕉SNAT进行了全基因组鉴定,获得其中2个成员(MaSNAT1和MaSNAT2)并对它们进行克隆验证,结果发现仅MaSNAT2表达。对MaSNAT2进行了系列生... 5羟色胺-N-乙酰转移酶(SNAT)是褪黑素合成过程中的关键酶之一。为揭示香蕉SNAT基因的功能,该研究对香蕉SNAT进行了全基因组鉴定,获得其中2个成员(MaSNAT1和MaSNAT2)并对它们进行克隆验证,结果发现仅MaSNAT2表达。对MaSNAT2进行了系列生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR技术研究其在MeJA、ABA、GA_(3)、褪黑素及低温处理下的表达模式。结果显示:(1)MaSNAT2基因CDS长度为741 bp,编码246个氨基酸;MaSNAT2蛋白定位于叶绿体,具有GNAT超家族典型保守Acetyltransf_7结构域;MaSNAT2二级结构主要由α螺旋、β折叠和无规则卷曲组成,三级结构与水稻OsSNAT相似度为81.60%。(2)MaSNAT2蛋白与小果野蕉SNAT相似度最高,亲缘关系最近;MaSNAT2启动子具有MeJA、ABA和GA_(3)等激素响应元件。(3)qRT-PCR结果显示,MaSNAT2基因的表达受ABA抑制;GA_(3)处理8 h和48 h后MaSNAT2表达量分别升高15.1倍和16.2倍;MeJA处理4 h后MaSNAT2表达量提高至5.2倍;褪黑素及低温处理能显著诱导MaSNAT2的表达。研究表明,MaSNAT2属于GNAT超家族,其表达受GA_(3)和MeJA诱导,受ABA抑制;该基因在香蕉响应低温胁迫过程中也发挥重要作用。 展开更多
关键词 褪黑素 MaSNAT2 克隆 生物信息学 低温
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印度梨形孢和FocTR4对香蕉根系微生物群落结构的影响 被引量:2
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作者 刘范 王斌 +5 位作者 伍俊为 武欢 刘嘉鹏 田娜 黄玉吉 程春振 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2022年第1期53-61,共9页
为研究印度梨形孢和尖孢镰刀菌古巴专化型热带4号小种(FocTR4)对香蕉根系微生物群落结构的影响,利用Illumina HiSeqXten测序平台分别对接种印度梨形孢(S+)、FocTR4(F+)和2种菌(SF)的香蕉根系进行了宏基因组测序分析.结果表明,接种印度... 为研究印度梨形孢和尖孢镰刀菌古巴专化型热带4号小种(FocTR4)对香蕉根系微生物群落结构的影响,利用Illumina HiSeqXten测序平台分别对接种印度梨形孢(S+)、FocTR4(F+)和2种菌(SF)的香蕉根系进行了宏基因组测序分析.结果表明,接种印度梨形孢和FocTR4后,香蕉根系的微生物组成和物种多样性发生了显著变化.在门分类水平上,各组的优势菌门组成相似,但S+组中的厚壁菌门(Firmicutes)、F+组中的放线菌门(Actinobacteria)和SF组中的变形菌门(Proteobacteria)相对丰度显著提高,分别为对照组(接种PDB溶液)的1.97、1.84和2.47倍;在属分类水平上,各组优势菌属组成相似,但S+组中葡萄球菌属(Staphylococcus)的占比(26.24%)高于其他组,F+组显著富集链霉菌属(Streptomyces),占比达到44.38%,而SF组的根瘤菌属(Rhizobium)占比(58.91%)显著高于其他组. 展开更多
关键词 印度梨形孢 尖孢镰刀菌古巴专化型热带4号小种 香蕉 微生物群落结构 宏基因组测序
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香蕉WAT1基因的鉴定及表达分析 被引量:8
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作者 刘嘉鹏 屈蒙蒙 +4 位作者 孙雪丽 伍俊为 刘范 田娜 程春振 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期645-658,共14页
【目的】基于香蕉基因组数据筛选Walls are thin 1(WAT1)基因,分析它们的序列及表达特性。【方法】以拟南芥WAT1为参考序列,通过本地Blast筛选获得香蕉WAT1基因,分析其核苷酸、启动子及编码蛋白特性,并利用实时定量PCR技术研究其在不同... 【目的】基于香蕉基因组数据筛选Walls are thin 1(WAT1)基因,分析它们的序列及表达特性。【方法】以拟南芥WAT1为参考序列,通过本地Blast筛选获得香蕉WAT1基因,分析其核苷酸、启动子及编码蛋白特性,并利用实时定量PCR技术研究其在不同组织部位、不同激素和逆境胁迫处理下的表达情况。【结果】筛选获得5个香蕉WAT1基因(命名为MaWAT1-1~5)。蛋白亚细胞定位预测结果显示,MaWAT1-1、MaWAT1-2、MaWAT1-4主要定位在液泡和细胞膜上,MaWAT1-3主要定位在细胞质和细胞膜,MaWAT1-5定位在细胞膜和叶绿体。基因结构分析和系统进化树分析均将MaWAT1s分为两组,MaWAT1-1、MaWAT1-2、MaWAT1-4聚为一组(含6个外显子和5个内含子),MaWAT1-3和MaWAT1-5归为一组(含7个外显子和6个内含子)。启动子顺式作用元件分析结果显示:MaWAT1s启动子含有大量激素和胁迫响应相关元件。实时定量PCR结果显示,MaWAT1-4在叶片中表达量最高,MaWAT1-1在根和假茎中表达量最高,其余均在根中表达量最高;大多数MaWAT1s的表达受GA3、SA、盐胁迫和干旱等显著诱导,受高温显著抑制,同时部分成员的表达受IAA、ABA、JA、低温、机械损伤和枯萎病影响显著。【结论】MaWAT1s的表达受多种激素和逆境影响显著,可能在香蕉生长发育和抗逆防御反应中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 香蕉 MaWAT1 基因结构 顺式作用元件 基因表达
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有机碳对嘉宝果地上部生长和叶绿素含量的影响 被引量:11
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作者 柳沈辉 伍俊为 +3 位作者 黄裕钧 时梦 曹楚尧 陈发兴 《亚热带农业研究》 2018年第3期177-180,共4页
为改善3年生嘉宝果(Myrciaria cauliflora Berg)的栽培基质并促进其生长和发育,通过田间盆栽试验研究了有机碳对其实生苗地上部生长量和叶绿素含量的影响。结果表明:有机碳对嘉宝果实生苗地上部生长量和叶绿素含量均有一定的促进作用,... 为改善3年生嘉宝果(Myrciaria cauliflora Berg)的栽培基质并促进其生长和发育,通过田间盆栽试验研究了有机碳对其实生苗地上部生长量和叶绿素含量的影响。结果表明:有机碳对嘉宝果实生苗地上部生长量和叶绿素含量均有一定的促进作用,以每盆150 m L有机碳效果最为显著。生产中将有机碳剂量控制在每盆100~200 m L对改良嘉宝果生长的土壤基质最为适宜,能有效促进其生长发育。 展开更多
关键词 嘉宝果 有机碳 地上部 叶绿素含量
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枯草芽孢杆菌对嘉宝果地上部生长和叶绿素含量的影响 被引量:3
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作者 柳沈辉 伍俊为 +3 位作者 黄裕钧 时梦 曹楚尧 陈发兴 《福建农业学报》 CAS 北大核心 2018年第7期714-716,共3页
通过盆栽试验,研究不同剂量的枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis对嘉宝果Myrciaria cauliflora Berg实生苗地上部生长量和叶绿素含量的影响。结果表明:枯草芽孢杆菌在一定程度上对嘉宝果的株高、茎粗、冠幅、各主枝新梢数、各主枝最长新梢... 通过盆栽试验,研究不同剂量的枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis对嘉宝果Myrciaria cauliflora Berg实生苗地上部生长量和叶绿素含量的影响。结果表明:枯草芽孢杆菌在一定程度上对嘉宝果的株高、茎粗、冠幅、各主枝新梢数、各主枝最长新梢以及叶绿素含量均有促进作用。其中,每盆3g的枯草芽孢杆菌对嘉宝果的促生作用最为显著。栽培生产中将枯草芽孢杆菌剂量范围控制在每667m2900~1 800g对促进嘉宝果生长发育最为适宜。 展开更多
关键词 嘉宝果 枯草芽孢杆菌 地上部 叶绿素含量
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印度梨形孢对金柑种子萌发及幼苗生长的影响 被引量:1
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作者 石小保 郑振泽 +1 位作者 伍俊为 程春振 《园艺与种苗》 CAS 2020年第12期1-5,共5页
[目的]研究印度梨形孢对金柑种子萌发及幼苗生长的影响。[方法]分别试验了印度梨形孢发酵液不同浸种时长(0、1、2、4、8、12和16 h)对‘尤溪金柑’种子萌发和幼苗生长的影响。[结果]印度梨形孢发酵液浸种对金柑种子萌发率和幼苗叶片数... [目的]研究印度梨形孢对金柑种子萌发及幼苗生长的影响。[方法]分别试验了印度梨形孢发酵液不同浸种时长(0、1、2、4、8、12和16 h)对‘尤溪金柑’种子萌发和幼苗生长的影响。[结果]印度梨形孢发酵液浸种对金柑种子萌发率和幼苗叶片数无显著影响,但浸种1 h组金柑种子萌发率最高;不同时长浸种对金柑幼苗根系长度和地上部高度的促进效果呈波动变化,1 h浸种组最佳;播种后前2个月浸种1 h和4 h可以提高的金柑幼苗根系重量,但后期仅长时间浸种(≥8 h)表现出促进作用;播种后1个月浸种2 h和4 h对地上部重量具有促进效果,但后期仅浸种12 h表现为促进作用。[结论]该研究可为印度梨形孢在金柑实生育苗中的应用奠定基础。 展开更多
关键词 印度梨形孢 金柑 浸种 种子萌发 幼苗生长
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香蕉GLP基因家族全基因组鉴定及表达分析 被引量:9
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作者 刘范 田娜 +4 位作者 孙雪丽 刘嘉鹏 伍俊为 黄玉吉 程春振 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期1930-1946,共17页
为揭示香蕉类萌发素蛋白(GLP)功能,对香蕉GLP基因家族(MaGLP)进行了全基因组鉴定,分析了基因结构、染色体分布和启动子顺式作用元件和转录因子结合位点(TFBS)分布情况以及编码蛋白的理化性质、保守基序、进化关系,同时基于转录组的结果... 为揭示香蕉类萌发素蛋白(GLP)功能,对香蕉GLP基因家族(MaGLP)进行了全基因组鉴定,分析了基因结构、染色体分布和启动子顺式作用元件和转录因子结合位点(TFBS)分布情况以及编码蛋白的理化性质、保守基序、进化关系,同时基于转录组的结果研究它们在4℃和45℃处理的叶片、枯萎病菌FocTR4处理的根系以及自然成熟和乙烯催熟的不同成熟阶段的果实中的表达情况。结果显示:MaGLP家族共有44个成员,编码区CDS序列长度为567~2103 bp,分布于除10号染色体外的所有染色体上。大部分GLP基因包含1~2个外显子,多数GLP具有信号肽且主要定位在胞外。进化树分析发现,MaGLP可分为8个亚家族,其中亚家族M为香蕉特有。顺式作用元件和TFBS预测结果显示,MaGLP启动子区存在多种植物激素和逆境胁迫相关响应元件以及7种TFBS。MaGLP成员在香蕉不同组织部位中的表达水平差异较大且受多种胁迫调控。其中MaGLP5-1和MaGLP9-8对各种处理均有响应,MaGLP1-2和MaGLP9-4受高温、低温胁迫抑制,而Ma GLP9-6受高温、低温胁迫诱导,MaGLP5-4受高温和FocTR4调控,Ma GLP4-4仅响应高温胁迫。研究结果表明Ma GLP在香蕉抵御逆境过程中发挥重要作用。 展开更多
关键词 香蕉 类萌发素蛋白 基因家族分析 逆境响应 基因表达
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香蕉含VQ基序蛋白基因MaVQ1的克隆与表达 被引量:3
9
作者 刘嘉鹏 刘萍元 +4 位作者 孙雪丽 刘范 田娜 伍俊为 程春振 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期994-1000,共7页
克隆香蕉含VQ基序蛋白基因MaVQ1,研究其序列特征及其在不同激素处理和逆境胁迫下的表达模式.采用RTPCR技术从‘天宝蕉’中克隆了该基因,对其进行生物信息学分析,并利用实时定量PCR技术(qRT-PCR)研究它在不同组织部位和不同激素、不同逆... 克隆香蕉含VQ基序蛋白基因MaVQ1,研究其序列特征及其在不同激素处理和逆境胁迫下的表达模式.采用RTPCR技术从‘天宝蕉’中克隆了该基因,对其进行生物信息学分析,并利用实时定量PCR技术(qRT-PCR)研究它在不同组织部位和不同激素、不同逆境胁迫处理下的表达情况.结果显示:MaVQ1编码序列(CDS)长为459 bp,可编码一个分子式为C732H1164N210O207S3、分子量为16314.76、等电点为10.19的不稳定亲水性蛋白.MaVQ1含有保守的VQ结构域,不含跨膜结构和信号肽,与小果野蕉VQ亲缘关系最近.亚细胞定位预测结果显示MaVQ1主要定位在细胞核.蛋白互作预测结果显示MaVQ1与其他香蕉VQ蛋白以及WRKY互作系数最高.启动子顺式作用元件预测结果显示MaVQ1启动子包含多种光响应元件、激素响应元件和逆境胁迫相关作用元件.转录因子结合位点分析结果显示其启动子上存在大量的ERF结合位点.qRT-PCR结果显示:MaVQ1在不同组织部位中的表达无显著差异,其表达受茉莉酸、脱落酸和低温显著诱导,受高温和干旱抑制.本研究表明,与其他植物VQ类似,MaVQ1的表达受多种激素和逆境影响,暗示其可能在香蕉抗逆防御反应过程中发挥着重要调节作用. 展开更多
关键词 香蕉 MaVQ1 基因克隆 生物信息学分析 表达模式
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甜橙CsHAC1基因克隆及其在响应柑橘黄龙病侵染过程中的表达 被引量:2
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作者 石小保 王星淇 +6 位作者 车婧如 杨莉 伍俊为 罗彬彬 王梦鸽 钟云 程春振 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期217-225,共9页
为揭示甜橙组蛋白乙酰转移酶1基因(CsHAC1)在柑橘黄龙病(HLB)侵染过程中的响应机制,利用PCR和RTPCR分别克隆该基因gDNA和cDNA序列,并进行系列生物信息学分析.同时,还对CsHAC1互作蛋白进行预测并研究它们在感染HLB的柑橘中的表达情况.结... 为揭示甜橙组蛋白乙酰转移酶1基因(CsHAC1)在柑橘黄龙病(HLB)侵染过程中的响应机制,利用PCR和RTPCR分别克隆该基因gDNA和cDNA序列,并进行系列生物信息学分析.同时,还对CsHAC1互作蛋白进行预测并研究它们在感染HLB的柑橘中的表达情况.结果显示,该基因编码序列(CDS)全长为5307 bp,预测可编码含有1768个氨基酸、无信号肽和跨膜结构的蛋白质.亚细胞定位预测的结果显示CsHAC1主要定位在细胞核.CsHAC1含有ZnF_TAZ、PHD、HAT_KAT11、ZnF_ZZ等多个保守结构域,蛋白互作预测结果显示CsHAC1与ZC3H19L、SUMOs和HAM1L等蛋白存在互作关系.启动子顺式作用元件预测结果显示CsHAC1启动子除含有大量光响应元件外还含有一些逆境(如低温、防御和应激、厌氧等)和激素(如脱落酸、生长素、水杨酸等)相关元件.通过分析CsHAC1及其互作蛋白编码基因在感染黄龙病的柑橘根和叶片中的表达情况发现,CsHAC1在叶片中的表达受HLB诱导,且与HAM1L的表达呈显著负相关.本研究结果表明CsHAC1可能和它的互作蛋白基因一起通过表观遗传调控参与柑橘对HLB侵染的响应. 展开更多
关键词 甜橙 组蛋白乙酰转移酶 黄龙病 互作蛋白 表观遗传调控
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印度梨形孢对短期不同浓度钾磷钙处理下香蕉生长及光合特性的影响 被引量:1
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作者 田娜 王斌 +7 位作者 武欢 伍俊为 刘嘉鹏 刘范 田雅 邓贵明 程春振 黄玉吉 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1281-1287,共7页
为研究印度梨形孢(Piriformospora indica)对香蕉抗缺素能力的影响,比较有P. indica定殖(PI组)和无定殖(CK组)的沙培香蕉苗在使用含100%、50%、25%和0%钾(K)、磷(P)、钙(Ca)的Hoagland营养液处理2周和4周后株高、茎粗、叶片数、叶片叶... 为研究印度梨形孢(Piriformospora indica)对香蕉抗缺素能力的影响,比较有P. indica定殖(PI组)和无定殖(CK组)的沙培香蕉苗在使用含100%、50%、25%和0%钾(K)、磷(P)、钙(Ca)的Hoagland营养液处理2周和4周后株高、茎粗、叶片数、叶片叶绿素相对含量、氮含量及叶绿素荧光参数等指标的差异.结果显示,处理2周后,随着钾、磷、钙含量的降低香蕉的长势逐步减弱,相同营养液处理的PI组株高、茎粗、F_(v)/F_(m)、F_(v)/F_(o)均略高于CK组,但差异不显著.处理4周后,PI组的大多数指标优于CK组,如PI-0%Ca的株高显著高于CK-0%Ca,约为1.10倍(P <0.05);PI-100%K的叶绿素相对含量与氮含量极显著高于CK-100%K,分别为1.13倍和1.11倍(P <0.01);PI-100%P和PI-0%Ca的叶绿素相对含量与氮含量显著高于各自CK组,均分别约为CK组的1.05和1.04倍;PI-50%Ca和PI-25%Ca的叶绿素相对含量与氮含量显著高于各自CK组,均分别约为CK组的1.07和1.06倍;PI-0%K、PI-25%P、PI-50%P与PI-50%Ca的F_(v)/F_(m)、F_(v)/F_(o)值均显著高于各自CK组.本研究表明,印度梨形孢可以促进香蕉生长,提高叶片叶绿素相对含量和氮含量,缓解短期低浓度钾、磷、钙对光系统的损伤,增强光合速率,进而提高香蕉抗缺素能力. 展开更多
关键词 香蕉 印度梨形孢 缺素 生长 光合特性
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香蕉Ma TIFY9基因的克隆及表达 被引量:4
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作者 刘嘉鹏 谭秋月 +5 位作者 伍俊为 王斌 田娜 刘范 孙雪丽 程春振 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1609-1615,共7页
为探究一个受低温诱导的香蕉MaTIFY9基因的序列特征及在不同激素和逆境胁迫处理下的表达模式,分别使用PCR和反转录PCR(RT-PCR)技术克隆该基因的gDNA和cDNA序列,分析其核苷酸和编码蛋白序列特性,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术研究其... 为探究一个受低温诱导的香蕉MaTIFY9基因的序列特征及在不同激素和逆境胁迫处理下的表达模式,分别使用PCR和反转录PCR(RT-PCR)技术克隆该基因的gDNA和cDNA序列,分析其核苷酸和编码蛋白序列特性,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术研究其在不同器官和不同激素、逆境胁迫处理下的表达情况.结果显示:MaTIFY9编码了一个分子式为C_(841)H_(1346)N_(236)O_(249)S_(7),氨基酸大小为172 aa,分子量为18 989.93,等电点为9.55的不稳定亲水性蛋白.MaTIFY9无信号肽和跨膜结构,具有TIFY和Jas(CCT-2)两个保守结构域,属于JAZ亚家族,与小果野蕉TIFY9亲缘关系最近.亚细胞定位预测结果显示MaTIFY9主要定位于细胞核. MaTIFY9启动子含有大量的光响应相关元件,此外还含有许多防御及应激、SA和ABA响应元件. qRT-PCR结果显示MaTIFY9在根中表达量最高,其次是假茎和球茎,叶最低;其表达受脱落酸ABA、水杨酸SA和枯萎病显著诱导,受高温抑制.本研究表明,与其他植物TIFY类似,MaTIFY表达受多种激素和逆境调控,可能在香蕉响应非生物和生物逆境胁迫过程中发挥重要作用. 展开更多
关键词 香蕉 MaTIFY9 基因克隆 生物信息学分析 表达模式
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香蕉TLP基因家族的鉴定及表达 被引量:1
13
作者 刘范 王斌 +5 位作者 武欢 田娜 伍俊为 刘嘉鹏 黄玉吉 程春振 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期596-605,共10页
类甜蛋白(thaumatin-like proteins,TLPs)是重要的病程相关蛋白,在植物抵御生物和非生物逆境中扮演着重要角色.为揭示香蕉类甜蛋白基因家族序列及表达特性,利用生物信息学方法对香蕉TLPs(MaTLPs)进行全基因组鉴定,分析MaTLPs的理化性质... 类甜蛋白(thaumatin-like proteins,TLPs)是重要的病程相关蛋白,在植物抵御生物和非生物逆境中扮演着重要角色.为揭示香蕉类甜蛋白基因家族序列及表达特性,利用生物信息学方法对香蕉TLPs(MaTLPs)进行全基因组鉴定,分析MaTLPs的理化性质、亚细胞定位、系统进化和染色体定位情况以及该基因家族的基因结构和基因复制事件,并基于转录组数据研究它们在低温、高温和香蕉枯萎病菌(FocTR4)胁迫下的表达情况.结果显示:香蕉共包含40个MaTLP成员,编码长度在106-333 aa之间、相对分子量介于11779.98-34292.20、等电点为4.28-9.10的蛋白质,大部分MaTLPs定位于胞外.系统进化分析显示MaTLPs可分为Group1-9,MaTLPs在进化中发生了13次片段重复和2次串联重复事件.MEME分析结果显示,MaTLP家族成员含有10个motif,且大多数成员具有相同的motif数量和分布方式.MaTLPs启动子上含有大量逆境胁迫和植物激素相关顺式作用元件,同时还存在11种转录因子家族的结合位点.MaTLPs在低温、高温和FocTR4胁迫下呈现不同程度的响应,其中MaTLP2-2和MaTLP7-1受3种逆境处理影响显著;高温和低温处理显著抑制MaTLP5-6和MaTLP11-1的表达,显著促进MaTLP9-3的表达;MaTLP4-1的表达受低温和FocTR4影响显著,而MaTLP5-3和MaTLP6-1仅受高温显著影响.本研究表明全基因组、串联和片段重复事件三者共同作用促进MaTLP基因家族成员数量的扩展,该家族部分成员在抵抗非生物胁迫和病原菌过程中发挥作用.(图7表3参42) 展开更多
关键词 香蕉 类甜蛋白 基因家族 进化分析 基因表达
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香蕉高亲和性钾转运蛋白(HAK)家族全基因组鉴定及表达
14
作者 田娜 王斌 +6 位作者 伍俊为 武欢 刘嘉鹏 刘范 邓贵明 黄玉吉 程春振 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1271-1280,共10页
高亲和性钾转运蛋白(high-affinity K^(+)transporter,HAK)在植株钾离子运输中扮演着关键角色.香蕉是喜钾植物,其果实富含钾,因此研究HAK基因的序列特性和表达模式对于香蕉钾元素吸收和利用研究具有重要意义.利用生物信息学手段对香蕉HA... 高亲和性钾转运蛋白(high-affinity K^(+)transporter,HAK)在植株钾离子运输中扮演着关键角色.香蕉是喜钾植物,其果实富含钾,因此研究HAK基因的序列特性和表达模式对于香蕉钾元素吸收和利用研究具有重要意义.利用生物信息学手段对香蕉HAK基因家族进行全基因组鉴定,基于转录组数据分析MaHAKs成员在根、叶、自然成熟和乙烯催熟的不同成熟阶段果实中的表达情况,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)研究部分成员在不同钾浓度营养液处理的根中的表达情况.结果显示,香蕉基因组中存在24个可分为5个亚家族、分布于10条染色体上的MaHAKs成员,它们编码的蛋白含8-14个跨膜结构,且均定位于质膜.MaHAKs启动子富含激素和逆境相关响应元件,此外还具有17种转录因子的结合位点,13个MaHAKs成员启动子区含有AP2和Dof结合位点,11个MaHAKs成员启动子区含有BBR-BPC结合位点.MaHAK8、20和22在根、叶以及不同成熟阶段果实中均高水平表达.MaHAK12在根系中的表达量最高,MaHAK19在叶和乙烯催熟的果实中表达量最高,MaHAK8在自然成熟的果实中表达量最高.乙烯处理0 d、1 d与3 d的果实中MaHAK1和MaHAK19的表达量分别约为自然成熟的11.43倍和9.52倍,16.40倍和13.86倍,9.57倍和5.70倍,而MaHAK2的表达量分别约为其57.6%、70.8%和54.1%. qRT-PCR结果显示:随着钾含量的降低,MaHAK1、2、8、12和20的相对表达量呈‘先升后降’趋势,50%钾处理下,这些基因的相对表达量均极显著上调且达到最高值,分别约为100%钾的2.59倍、7.82倍、7.55倍、5.82倍和9.88倍(P <0.01),MaHAK20在25%钾处理下也极显著上调,达100%钾的2.04倍.本研究表明,MaHAKs在香蕉果实发育和根系响应低钾胁迫等过程中发挥着重要作用. 展开更多
关键词 香蕉 高亲和性钾转运蛋白 基因家族 生物信息学分析 表达分析
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