目的利用网络药理学及生物信息学预测"金花清感颗粒"治疗新型冠状病毒肺炎的分子作用机理。方法依托中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCM...目的利用网络药理学及生物信息学预测"金花清感颗粒"治疗新型冠状病毒肺炎的分子作用机理。方法依托中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)及中药分子机制的生物信息学分析工具(A Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM)筛选金花清感颗粒的活性成分及作用靶点;借助GeneCards数据库筛选新型冠状病毒肺炎的疾病靶点,绘制Venn图,构建药物-疾病"活性成分-作用靶点"网络图,绘制蛋白互作网络(PPI),完成GO和KEGG富集分析,进一步用分子对接来验证和筛选靶点。结果研究共筛选得到槲皮素、木犀草素、山柰酚等168个活性成分,分别作用于白细胞介素受体、丝裂原活化蛋白激酶受体等53个相关靶点;GO富集分析显示金花清感颗粒的活性成分主要涉及抗炎、免疫、改善血流动力学、调控细胞凋亡和细胞增殖等生物学过程。KEGG富集通路显示金花清感颗粒作用于COVID-19主要为抗病毒通路等;分子对接进一步验证了金花清感颗粒活性成分与COVID-19核心靶点之间的相关性。结论金花清感颗粒治疗COVID-19主要通过多成分多靶点多通路起作用,可能为后续临床治疗防控COVID-19提供新的思路。展开更多
文摘目的利用网络药理学及生物信息学预测"金花清感颗粒"治疗新型冠状病毒肺炎的分子作用机理。方法依托中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)及中药分子机制的生物信息学分析工具(A Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM)筛选金花清感颗粒的活性成分及作用靶点;借助GeneCards数据库筛选新型冠状病毒肺炎的疾病靶点,绘制Venn图,构建药物-疾病"活性成分-作用靶点"网络图,绘制蛋白互作网络(PPI),完成GO和KEGG富集分析,进一步用分子对接来验证和筛选靶点。结果研究共筛选得到槲皮素、木犀草素、山柰酚等168个活性成分,分别作用于白细胞介素受体、丝裂原活化蛋白激酶受体等53个相关靶点;GO富集分析显示金花清感颗粒的活性成分主要涉及抗炎、免疫、改善血流动力学、调控细胞凋亡和细胞增殖等生物学过程。KEGG富集通路显示金花清感颗粒作用于COVID-19主要为抗病毒通路等;分子对接进一步验证了金花清感颗粒活性成分与COVID-19核心靶点之间的相关性。结论金花清感颗粒治疗COVID-19主要通过多成分多靶点多通路起作用,可能为后续临床治疗防控COVID-19提供新的思路。
文摘目的利用网络药理学方法及分子对接的方法预测追风透骨胶囊治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)及骨关节炎(osteoarthritis,OA)的活性成分、作用靶点及相关生物学途径,丰富其异病同治的科学内涵。方法利用TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选出追风透骨胶囊的活性成分及治疗RA及OA的对应靶点,采用Cytoscape 3.7.0软件构建"药物-化合物-共有靶标"网络图,运用STRING平台构建靶蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,运用R语言数据包进行基因本体功能富集(gene ontology,GO)与京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomics,KEGG)富集分析,预测其作用机制,最后对追风透骨胶囊中的关键活性化合物与PPI中的核心蛋白进行分子对接验证。结果追风透骨胶囊共筛选有效活性成分276种,涉及共同靶标207个。"药物-化合物-共有靶标"网络图中筛选出关键活性化合物12个,其干预的PPI网络主要涉及STAT3、AKT1、APP等核心蛋白,共有靶标的GO及KEGG富集分析结果主要涉及代谢、炎性反应、肿瘤等相关通路及多种生物学途径。分子对接验证提示β-谷甾醇与核心靶蛋白结合情况最佳,HSP90AA1是追风透骨胶囊中关键化学成分结合活性最优的靶蛋白。结论追风透骨胶囊中槲皮素、木犀草素、山奈酚等12种关键有效活性成分作用于STAT3、AKT1、APP等12种核心靶蛋白发挥干预OA、RA的药理作用并涉及多种生物学途径,阐释了追风透骨胶囊对OA以及RA异病同治的分子基础。