文摘为探究调控两面针Zanthoxylum nitidum种子休眠和萌发的分子机制,挖掘出关键的差异表达基因,该研究以未做处理(DS)、层积处理(SS)和发芽(GS)的两面针种胚为材料,利用Illumina Novaseq 6000平台进行高通量测序并进行系统的生物信息学分析。测序共获得61.41 Gb clean data,组装获得86386个unigene,平均长度773.49 bp。从3个比较组(SS vs DS、GS vs SS和GS vs DS)共筛选出29290个差异表达基因(DEGs),这些基因被注释在134条KEGG通路上。KEGG富集分析发现,植物激素信号转导通路是富集DEGs最多的一条通路,包含226个DEGs。从所有DEGs中鉴定出894个转录因子,分布在34个转录因子家族,这些转录因子也主要集中在植物激素信号转导和MAPK信号通路。进一步对12个DEGs进行RT-qPCR验证,结果表明转录组数据可靠。两面针种子休眠解除与萌发过程中大量与多糖分解、蛋白质合成、脂质代谢、激素信号转导的差异基因参与表达,这些基因涉及到多个代谢途径,构成复杂的休眠和萌发调控网络。该研究为解析两面针种子休眠和萌发分子机制奠定坚实基础。