牦牛FHL2基因的克隆、组织表达与蛋白定位分析

旨在获得牦牛FHL2基因序列,阐明该基因序列、蛋白质结构与性质、mRNA的组织表达模式、在雌性生殖器官及颗粒细胞的蛋白表达特性。本研究以5头健康空怀成年母牦牛的心、肝、脾、肺、肾、卵巢、子宫、输卵管组织及5头妊娠2个月左右母牦牛的子宫、输卵管和卵巢为研究材料,利用逆转录PCR(RT-PCR)技术克隆FHL2基因,并使用在线分子生物学软件分析其生物信息学特性;利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术分析FHL2基因的组织表达特性;应用免疫组化(IHC)和免疫荧光(IF)技术检测FHL2蛋白在雌性生殖器官的分布和颗粒细胞上的亚细胞定位。结果发现,FHL2基因CDS区全长840 bp (ON456866),编码279个氨基酸,FHL2蛋白属于弱碱性亲水不稳定蛋白,没有跨膜结构。不同物种的FHL2氨基酸序列比对和进化树分析表明,FHL2基因编码区在物种进化中比较保守。RT-qPCR结果显示,FHL2基因在检测的组织都有表达,在心的表达量极显著高于其他检测组织(P<0.01);在肺、卵巢、输卵管和子宫中的表达量极显著高于肝、脾和肾(P<0.01)。FHL2基因在妊娠期子宫中的表达量极显著高于空怀期(P<0.01),在卵巢中妊娠期的表达量极显著低于空怀期(P<0.01)。IHC结果表明,在生殖器官中FHL2蛋白主要在卵泡颗粒细胞、子宫内膜和输卵管黏膜表达;IF定位结果显示,FHL2蛋白主要分布在卵泡颗粒细胞的细胞核中。综上所述,牦牛FHL2基因在动物进化过程中比较保守,在心、肺、卵巢、输卵管和子宫中表达量高,可能在参与牦牛低氧适应性、卵泡发育和妊娠维持等生理功能的调控中发挥重要作用。

牦牛ANXA5基因的克隆、序列分析及表达研究

为了深入地讨论牦牛ANXA5基因序列的特点,阐述其组织及细胞表达特性,通过采集牦牛不同组织样品,如心、肝、脾、肺、肾、子宫、卵巢、输卵管等,提取总RNA。采用PCR、生物信息学软件、实时荧光定量PCR、免疫组化等技术对牦牛ANXA5基因进行克隆、序列分析及表达特性研究。结果显示,牦牛ANXA5基因CDS区长为966 bp,共编码321个氨基酸。与黄牛比较,发现共有6个碱基突变存在于牦牛ANXA5基因中。黄牛与牦牛的核苷酸和氨基酸同源性大于99%,与其他哺乳动物进行氨基酸同源性比较,结果也均在90%以上,说明ANXA5基因在长期进化中保守。在牦牛的肺组织中,ANXA5基因表达量最高,与其他组织差异极显著(P<0.01);在子宫和输卵管组织中表达量次之。ANXA5在牦牛不同时期卵巢颗粒细胞中均有表达,且表达量随时间增长而逐渐升高。结果显示,培养72 h颗粒细胞中ANXA5表达量极显著高于培养24,36 h颗粒细胞(P<0.01);培养48 h颗粒细胞中ANXA5表达量极显著高于培养24 h颗粒细胞(P<0.01),显著高于培养36 h颗粒细胞(P<0.05),表明ANXA5在黄体化的颗粒细胞中表达量更高。然而,免疫组化结果显示,ANXA5的亚细胞定位于细胞质,在黄体细胞中表达较高。

牦牛ATF1基因的生物信息学与组织表达特性分析

旨在克隆牦牛激活转录因子1 (Activating transcription factor 1,ATF1)基因及分析其生物信息学和组织表达特性.试验采集母牦牛的心、肝、脾、肺、肾、卵巢、输卵管、子宫组织样品,利用RT-PCR克隆ATF1基因,并采用生物信息学软件分析其分子特征;利用定量PCR (Quantitative PCR,qPCR)检测ATF1基因mRNA组织表达.结果显示,牦牛ATF1基因全长1 162 bp,其中CDS长度为813 bp,共编码270个氨基酸,在210~267位氨基酸位置有1个碱性区域亮氨酸拉链(Basic region leucin zipper, BRLZ),另在30~52位氨基酸还有1个低密度区域,ATF1蛋白属于碱性亲水不稳定蛋白.ATF1核苷酸同源性和核苷酸序列进化树分析结果显示,牦牛与黄牛和瘤牛的亲缘关系最近,与原鸡亲缘关系最远.qPCR结果显示ATF1基因在牦牛组织中的表达特性为:肺中表达量显著高于其他组织(P<0.05),卵巢和肾中的表达量次之,而在心、肝、脾和输卵管中的表达量相对较低.空怀期卵巢、输卵管和子宫中ATF1基因的表达量显著高于妊娠期(P<0.05).综上,牦牛ATF1基因序列在进化过程中较为保守,在各种组织中广泛表达,可能在牦牛低氧适应性和繁殖调控中发挥着重要作用.

基于RNA-Seq技术的牦牛体外受精胚胎发育转录组分析

【目的】探明不同发育阶段牦牛体外受精(IVF)胚胎的转录组差异,了解差异表达基因(DEG)在功能、分类和代谢通路的差异,为揭示牦牛早期胚胎发育调控机制,促进牦牛胚胎体外生产技术的发展提供理论基础。【方法】以IVF技术生产的牦牛2-细胞、4-细胞、8-细胞、桑椹胚和囊胚5个发育阶段的胚胎为样本分别提取总RNA,采用Smart-Seq2扩增技术构建5个测序文库,应用Hi SeqTM 2500高通量测序技术进行转录组测序,对获得的有效序列进行功能注释及相关生物信息学分析。【结果】牦牛IVF后的卵裂率和囊胚率分别为69.3%和26.2%。2-细胞、4-细胞、8-细胞、桑椹胚和囊胚5个发育阶段的牦牛胚胎Clean reads为47 355 570—50 855 888条,其中有85.65%—90.02%的reads能比对到牦牛参考基因组序列上;8-细胞的胚胎比对上的转录本最多(14 893),而囊胚比对上的转录本最少(9 827)。牦牛胚胎转录本主要有5种可变剪接类型,转录起始区域可变剪接(TSS)和转录结束区域可变剪接(TTS)所占比例最大;牦牛2-细胞、4-细胞、8-细胞、桑椹胚和囊胚基因组分别有116601、234 131、196 420、70 841和94 840个位点存在单核苷酸多态性(SNP)。在4-细胞、8-细胞、桑椹胚、囊胚期开始表达的基因分别有1 221、1 116、142和564个;随着胚胎发育的进行,BMP15、KIT、GDF9、STAT3、ZP3和ZP4等母源基因的表达量逐渐减少,而SARS、IL18、ACO2、TXN2、ATP5B、PCGF4、UBE3A、MAPK13、SNURF和JUP等胚胎基因的表达量则逐渐增加。以|log2ratio|≥1且Q-value<0.05为筛选标准,在2-细胞和4-细胞胚胎、4-细胞和8-细胞胚胎、8-细胞胚胎和桑椹胚以及桑椹胚和囊胚比对中分别筛选到6 922、7 601、8 071和10 555个DEGs。GO分析表明,4个发育阶段的DEGs归类注释都涉及生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)3大类62个二级条目。通过KEGG pathway数据库分析,2-细胞和4-细胞期胚胎的DEGs参与到308条通路中,显著富集剪接体、RNA转运和泛素介导的蛋白水解等11条通路;4-细胞和8-细胞胚胎的DEGs参与到310条通路,显著富集嗅觉转导、神经活性配体-受体互作和核苷酸切除修复等9条通路;8-细胞期胚胎和桑椹胚的DEGs参与到316条通路,显著富集嗅觉转导、泛素介导的蛋白水解和神经活性配体-受体互作等10条通路;桑椹胚和囊胚的DEGs参与到315条通路,显著富集剪接体和RNA转运2条通路。【结论】利用高通量测序技术对牦牛IVF胚胎不同发育阶段的转录组进行测序和分析,揭示了牦牛胚胎发育不同阶段差异表达基因的数量,获得了差异表达基因的功能、分类和代谢通路。为丰富牦牛胚胎转录组信息,揭示牦牛胚胎发育分子调控机制及完善其胚胎体外培养技术研究奠定基础。

牦牛的同期发情与胚胎体外生产研究

牦牛是我国青藏高原人们赖以生存的主要生产和生活资料.为提高牦牛繁殖率和加速遗传改良奠定理论基础和技术手段:(1)采用阴道孕酮栓塞(CIDR)法和Co-Synch法开展九龙牦牛和麦洼牦牛诱导发情和同期发情,处理后用公牦牛自然交配或荷斯坦奶牛冷冻精液人工授精(AI).结果表明,CIDR法处理后,全奶麦洼牦牛和九龙牦牛发情率高,发情时间集中,翌年产犊率分别为82.1%和56.4%,分别比对照组提高74.4和42.9个百分点.半奶牦牛同期发情后,用荷斯坦奶牛冷冻精液AI的受胎率正常,配种效率大幅度提高.(2)用荷斯坦奶牛和牦牛的精子对黄牛和牦牛的卵母细胞体外受精.结果表明,牦牛♀×牦牛♂,牦牛♀×奶牛♂,黄牛♀×牦牛♂和黄牛♀×奶牛♂四种受精组合的卵裂率分别为65.0%、61.1%、72.4%和67.0%;囊胚率分别为9.4%、13.1%、36.5%和25.2%.(3)根据牦牛SRY基因和HSL基因序列分别设计合成2对巢式PCR引物作为性别鉴定引物和2对引物作为内标引物,通过优化PCR反应条件,建立了牦牛性别鉴定技术体系.

乐至黑山羊GH和IGF-I基因多态性及其与产羔性状的关联性分析(英文)

生长激素(GH)胰岛素样生长因子I(IGF-I)在卵泡的生长和闭锁中发挥关键作用。研究采用PCR-SSCP技术对157只乐至黑山羊GH和IGF-I进行多态位点的检测。结果发现,GH基因5’侧翼区和第二外显子分别检测到2种基因型,第三外显子检测到4种基因型,第四和第五外显子分别检测到3种基因型;IGF-I基因的第二外显子检测到2种基因型。通过基因测序发现GH基因有14处单核苷酸突变位点(SNPs)—T48C,A55G)(P1引物),T781C(P2引物),G1122A,A1161G,A1171G,C1179T和C1180G(P3引物),T1481C,A1494G,G1549T和C1590T(P4引物),G1942A和G1957A(P5引物);IGF-I基因有1个SNP(G3270C)(P6引物)。关联性分析结果表明,只有GH基因第三外显子BB型乐至黑山羊产羔数比AA型多0.32(p<0.05),其余基因型间产羔数差异不显著。研究初步表明GH基因可能与乐至黑山羊产羔数之间存在一定关联性。

LRH-A_3对全奶母牦牛的诱导发情效果和作用机理初探

本研究初步探讨了促性腺素释放激素类似物 (LRH A3 )对全奶母牦牛 (在当年 4～ 6月份产犊的泌乳母牦牛 )的诱导发情排卵效果及机理。 1998年 7月对试验组 (n =2 0 )母牦牛注射LRH A3 (30 0 μg/头 ) ,对照组 (n =42 )未作任何处理。9月 15日前用普通牛公牛配种 ,9月 15日后用公牦牛补配。 1999年产犊率为试验组 5 0 .0 % (10 / 2 0 ) ,对照组 2 8.6 %(2 0 / 42 ) ,试验组和对照组差异极显著 (P <0 .0 1)。对 5头母牦牛在注射LRH A3 前 30min及注射后 30 ,45和 6 0min血清中促黄体素 (LH)浓度测定以进一步探明全奶母牦牛诱导发情第一情期受胎率低的原因。结果发现 ,虽然注射LRH A3后 6 0min全奶母牦牛血清中LH浓度显著升高 (P <0 .0 5 ) ,但该峰值 (3.34± 0 .6 7ng/ml,n =5 )未达到自然发情排卵的LH峰值 (17.182 9± 2 .1174ng/ml)。

牦牛繁殖科学研究进展

主要分析总结了近五年来牦牛繁殖科学在生殖内分泌调节机制、诱导发情与同期发情、超数排卵、牦牛及牦牛与普通牛体外受精、牦牛与普通牛异种体细胞核移植等方面的研究进展和存在的问题,并提出了如何将这些研究进展应用到牦牛生产中以提高牦牛业的经济效益以及进一步开展牦牛繁殖科学研究的思路.

犏牛体外受精胚胎的发育转录组分析

本研究旨在探讨犏牛早期胚胎发育调控机制,为提高犏牛胚胎体外生产效率提供理论基础。以娟珊牛精子体外受精(IVF)牦牛卵母细胞获得的2-、4-、8-细胞、桑椹胚和囊胚5个阶段的杂种胚胎分别提取总RNA,采用Smart-Seq2扩增、构建测序文库,应用RNA-Seq技术进行高通量测序分析。对HiSeqTM2500测序所得的Raw Reads进行数据过滤后,得到5个发育阶段的犏牛早期胚胎的Clean Reads为47 791 850~63 332 216条,有80.00%~91.13%比对上参考基因的序列。4-细胞期表达的基因数最多(15 400),而桑椹胚表达的基因数最少(9 604)。以log2ratio≥1,Q-value<0.05为阈值,获得2-~4-细胞、4-~8-细胞、8-细胞~桑椹胚及桑椹胚~囊胚4个发育阶段的差异表达基因(DEGs)分别为3 690、6 332、8 965和10 298个。GO分析表明,4个发育阶段的DEGs归类注释都涉及生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)3大类67个二级条目。KEGG分析表明,牦牛早期胚胎发育过程中DEGs富集的主要通路有剪接体(Spliceosome)、神经活性配体-受体互作(Neuroactive ligand-receptor interaction)、细胞因子及其受体相互作用(Cytokine-cytokine receptor interactions)、泛素介导的蛋白水解(Ubiquitin mediated proteolysis)、RNA转运(RNA transport)等通路。本研究利用RNA-Seq技术对犏牛体外受精胚胎在发育不同阶段转录组进行了分析,获得了众多差异基因和有关通路的富集,为完善犏牛胚胎体外生产技术提供了理论基础。

九龙牦牛乳用性能的研究

系统地测定了５１３头九龙牦牛１７２８个泌乳期的产奶量和４０头牦牛奶的主要营养成分。结果表明，全奶牛和半奶牛１５３天泌乳期平均产奶量分别为３９２．２±９９．６ｋｇ和２７３．３±８５．５ｋｇ，胎次和季节（营养）是影响产奶量的主要原因。乳中乳脂率、蛋白质和乳糖含量分别为６．８９％、４．９１％和４．７３％，产奶量与乳脂率间无显著负相关（ｒ＝－０．０５，Ｐ＞０．０５）。

天府肉鸭与绿头野鸭杂交改良试验

用8只绿头野鸭公鸭与50只天府肉鸭母鸭自然交配生产F1代，测定父母本和F1代的生长速度和9周龄屠体性状。结果发现，种蛋受精率为80.5％，F1代成活率100％，6～7周龄体重1242.0～1362.0 g，比绿头野鸭提前5～6周上市。F1代各项屠体指标比绿头野鸭高1倍以上，尤其是胸肌重比绿头野鸭高178.3％，而且腹脂率显著低于天府肉鸭。

九龙牦牛生长发育与肉用性能研究

九龙牦牛初生重高,初生到2岁生长发育速度最快,2岁公牦牛和母牦牛的体重分别达163.6±32.4kg 和152.7±31.6kg。此后公牦牛生长发育速度降低幅度不大,母牦牛生长发育速度则明显降低。2.5—6.5岁屠宰率和净肉率分别为48.8%—55.5%和37.9%—45.4%,且随年龄的增长而增高,而骨肉比(1:3.25—1:4.44),则随年龄的增长而降低。九龙牦牛肉富含蛋白质(20.56%—23.54%)和各种必需氨基酸,脂肪含量低(2.16%—9.70%);背最长肌肌纤维直径适中(41.94μum—51.82μm),密度高(301.60根/mm^2—336.68根/mm^2)、肌内肌纤维含量高(65.99%—81.70%),决定了九龙牦牛肌肉细嫩、味美可口的品味特性。

母牦牛的繁殖力及其提高途径

系统阐述了母牦牛的繁殖力及营养、季节和遗传等因素对母牦牛初情期、发情率及犊牛成活率的影响，论述了牦牛诱导发情的研究动态及应用前景．最后提出目前能有效地提高牦牛繁殖力的途径是采用冬季补饲（青干草加少量精料）。

精子介导法生产转基因牦牛杂种胚胎的研究

研究外源DNA转染对牦牛精子体外受精(IVF)、早期胚胎发育以及绿色荧光蛋白(GFP)基因在早期胚胎表达的影响。用构建融合人乳铁蛋白基因绿色荧光蛋白表达载体(pAcGFP1-hLF)转染的牦牛精子IVF黄牛卵母细胞,生产的胚胎在荧光显微镜下观察GFP表达情况。结果显示,用环形质粒、线性质粒pAcGFP1-hLF转染的精子及未转染精子IVF后的卵裂率分别为56.4%、54.8%和61.0%,线性转染的囊胚率显著低于环形转染(17.7%与35.7%)。环形质粒转染的精子用DNaseⅠ消化、不消化及未转染的精子IVF后卵裂率分别为44.8%、55.2%和56.3%,囊胚率分别为33.3%、33.3%和30.2%。未经DNaseⅠ消化洗涤的环形质粒组GFP胚胎阳性率显著高于线性质粒组(99.3%与76.6%);DNaseⅠ消化组GFP胚胎阳性率极显著低于不消化组(25.4%与99.3%)。结果表明,用环形质粒DNA转染牦牛精子不会影响其受精及早期胚胎发育能力,但DNaseⅠ消化洗涤显著降低GFP胚胎阳性率。

成都地区黑白花奶牛繁殖力研究

对凤凰山奶牛场１９９０～１９９５年间黑白花奶牛繁殖配种及生产记录资料分析结果表明，成都地区黑白花奶牛平均初配年龄为５１３．６±４６．７天，在气候温和的季节（３、４、５、１１和１２月份），发情母牛居多．后备母牛和成年母牛情期人工授精受胎率分别为６６．６％和５７．４％，即配种指数分别为１．５０和１．７４．夏季炎热（７、８和９三个月）和产奶量对受胎率有显著影响．产后一配天数和产犊－妊娠间隔长，平均产间距长达４３９．４天．研究表明，其主要原因是发情鉴定率低及产前产后母牛体况差，日粮营养水平低．最后，借鉴国内外在该领域的研究成果和先进经验，探讨了加强产前产后饲养管理。

提高绵羊产羔率及缩短其繁殖周期的技术

根据国内外有关提高绵羊繁殖率的大量研究结果，阐述并总结了提高绵羊排卵率与缩短其繁殖周期的综合措施及关键技术。采用外源激素（孕激素类或降黑素）诱发发情，必须根据绵羊的品种及季节确定孕马血清促性腺激素（ＰＭＳＧ）的剂量才能获得理想的排卵率。在遗传改良上，以排卵率和睾丸大小为选择性状可以加快产羔的遗传进展，根据社会生态条件，引入罗曼诺夫羊或芬兰羊杂交改良亦能有效地提高产羔率，在饲养管理上，加强饲养管理。特别是在饲养管理比较粗放的绵羊生产系统中，在配种前５～８天，提高体况较差的母绵羊的日粮营养水平，能使排卵率显著提高；另外，在配种前３～４周对母绵羊注射一次免疫制剂，如澳大利亚研制的Ｆｅｃｕｎｄｉｎ或国产的一些双羔素免疫制剂，能使排卵率显著提高。

成都地区荷斯坦奶牛繁殖力的研究

对凤凰山奶牛场1990—1995年间荷斯坦奶牛繁殖配种及生产记录资料分析结果表明,成都地区荷斯坦奶牛平均初配年龄为513.6±46.7天,在气候温和的季节(3、4、5、11和12月份)发情母牛比例高。后备母牛和成年母牛情期人工授精受胎率分别为66.6%和57.4%,即配种指数分别为1.50和1.74。夏季炎热(7、8和9三个月)和产奶量对受胎率有显著影响。产后一配天数和产犊—妊娠间隔长,造成平均产间距长达439.4天。主要原因是发情识别率低及产前产后母牛体况差,日粮营养水平低。因此,借鉴国内外在该领域的研究成果和先进经验,加强产前产后饲养管理、改善发情鉴定技术(如对母牛进行24小时观察并监测乳孕酮),并利用激素制剂开展诱导发情,必将有效地缩短产后一配天数和产间距,提高发情鉴定的准确性和受胎率。

牦牛心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的克隆及序列分析

目的对牦牛H-FABP基因进行克隆和序列分析,以期为进一步开展牦牛该基因与其肉质性状的相关分析,进行分子标记辅助选择以及基因定位、表达等研究提供理论基础。方法用特定引物对牦牛H-FABP基因进行PCR扩增并进行T-A克隆和测序,在此基础上使用RepeatMasker、DNAMAN4.0、BioEdit4.8.10、ClustalW1.81等生物信息学软件进行序列分析。结果牦牛H-FABP基因(已在NCBI上登录,登录号为DQ026674)由4个外显子和3个内含子组成,CDS序列全长为402bp,前体氨基酸数为133个。4个外显子大小分别为73bp、173bp、102bp和54bp;3个内含子大小分别为3460bp、1892bp和1495bp;外显子与内含子的连接区序列遵循通常的基因组成规律。外显子和内含子个数与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼各物种相同。牦牛H-FABP基因序列中,重复序列所占比率为13.07%。内含子Ⅰ含有5个重复元件,包括1个SINE/Artiodactyls元件、1个SINE/MIR3元件、1个SINE/Bov-tA1元件和2个SINE/MIR元件;内含子Ⅱ无重复元件;内含子Ⅲ有3个重复元件,其中SINE/MIR元件、LINE/L2元件、SINE/Artiodactyls元件各1个。SINEs短重复序列所占比率为11.85%,哺乳动物分散性重复序列MIRs比率为6.44%。LINEs所占比率为1.22%,小于SINEs元件。其中,LINE1、BovB/Art2、L3/CR1重复元件以及LTR类反转录元件和DNA转座子元件在牦牛该基因区域中不存在。不同物种间在该基因编码区核苷酸序列和氨基酸序列上有较高的保守性。牦牛与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上同源性大小分别为99.8%、97.8%、97.0%、92.8%、88.8%、83.3%、83.1%、76.4%、68.7%;相应的氨基酸序列间同源性大小为100%、96.9%、96.9%、92.4%、88.7%、85.7%、85.7%、77.4%、69.9%。结论牦牛H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成,其中外显子I、外显子Ⅱ、外显子Ⅲ和外显子Ⅳ大小分别为73bp、173bp、102bp和54bp,内含子I、内含子Ⅱ和内含子Ⅲ大小分别为3460bp、1892bp和1495bp。牦牛该基因区域含有较为丰富的重复序列元件且外显子与内含子的连接区序列遵循通常的基因组成规律。牦牛与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼9个物种在H-FABP基因编码区核苷酸及氨基酸序列上具有较高的保守性。

牦牛心脏脂肪酸结合蛋白基因的分子克隆和进化分析

对牦牛心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因进行了克隆测序,并与GenBank中9个物种相应基因编码区核苷酸序列进行了比对分析,在此基础上采用邻接法、最大简约法和最小进化法构建了牦牛与其它物种间分子系统进化树。结果表明,牦牛H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成,外显子1、外显子2、外显子3和外显子4大小分别为73、173、102和54 bp,内含子1、内含子2和内含子3大小分别为3 460、1 892和1 495 bp。CDS序列全长为402 bp,前体氨基酸数为133个。不同物种间在该基因核苷酸序列上有较高的保守性。牦牛与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上同源性大小分别为99.8%、97.8%、97.0%、92.8%、88.8%、83.3%、83.1%、76.4%、68.7%。通过邻接法、最大简约法和最小进化法用H-FABP基因编码区核苷酸序列构建的物种间分子系统进化树,结果表明,3种方法构建的物种间分子系统进化树基本一致。系统树总体分为两支,斑马鱼为独立的一支,而牦牛与其它物种为另一大分支。牦牛与普通牛、绵羊与山羊先分别聚在一起,然后再聚为一类;后与猪、人依次聚为一类。小鼠和大鼠先聚为一类,再与人和其它物种聚类,然后再与鸡聚为一类。该系统聚类结果与动物学分类一致,表明H-FABP基因适合于构建不同物种间的系统进化树。

牦牛卵巢小RNA高通量测序及生物信息学分析

本研究旨在利用高通量测序技术描绘牦牛卵巢sRNA图谱,为探析牦牛繁殖性能提供基础。以牦牛卵巢组织作为研究对象,构建牦牛sRNA文库,进行高通量测序和生物信息学分析,最后利用RT-qPCR技术验证miRNA在牦牛卵巢组织中的表达。经测序后得到包含12 126 208条clean reads,其中特异序列为212 757条;比对分析显示,只有7 383 536(60.89%)条总序列及80 981(38.06%)条特异序列能与牦牛基因组匹配。与黄牛相比,牦牛sRNA中有56个表达量上调,其中miR-135a表达上调最显著;有33个表达下调,其中miR-2316表达下调最显著。RT-qPCR验证6个miRNA在牦牛卵巢组织中的表达情况,定量结果和测序结果基本一致。与牦牛EST序列信息比对后共预测出5个新miRNA。本研究成功绘制牦牛卵巢sRNA图谱,同时证实RNA-Seq高通量测序技术在完善sRNA信息及挖掘新miRNA方面的优势,对研究sRNA在牦牛遗传育种以及以牦牛为重要高原动物模型来进行高原适应性和抗逆性等相关领域的研究具有重要意义。