牛病毒性腹泻病毒蛋白与宿主蛋白相互作用的研究进展

牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)属于黄病毒科、瘟病毒属,同属病毒还有经典猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)以及羊边界病毒(Border disease virus,BDV)^([1])。该病毒为单股正链RNA病毒,基因组12.3 kb~12.5 kb,有囊膜,病毒粒子近似圆形,直径40 nm~60 nm,表面有明显的纤突,由一个大约编码4000个氨基酸的开放阅读框(Open reading frame,ORF)以及5’和3’两个非编码区(5’UTR和3’UTR)组成^([2])。BVDV 5’UTR序列高度保守约由380个核苷酸组成,其可通过自身结构的折叠形成特殊的二级结构,与宿主细胞内控制翻译起始和延伸的相关蛋白结合,从而通过与胞内相关因子的作用调控BVDV的转录及翻译;BVDV 3’UTR约由230个核苷酸组成,保守性也较高。有研究表明,BVDV 3’UTR和5’UTR共同控制病毒的翻译与复制^([3])。BVDV可分为BVDVⅠ型和BVDVⅡ型两种基因型,也可分为致细胞病变型(Cytopathic,Cp型)和非致细胞病变型(Non-cytopathic,Ncp型)两种生物型^([4-5])。共编码4个结构蛋白(囊膜蛋白Erns、E1、E2和核衣壳蛋白C)和7~8个非结构蛋白(N^(pro)、P7、NS23或NS3、NS4A、NS4B、NS5A和NS5B)^([6])。

梅花鹿接种卡介苗对信号通路影响的RNA-seq分析

为了研究梅花鹿接种卡介苗前后信号通路的变化情况,取接种卡介苗(DF组)和未接种卡介苗(SY组)的梅花鹿外周血进行转录组测序,构建mRNA文库,利用DESeq软件对获得的mRNA进行差异表达分析,根据分析结果,选取免疫相关表达上调基因进行qPCR验证。结果表明:DF组和SY组共有1 337个显著差异表达的基因,其中上调基因658个,下调基因679个;差异基因主要参与机体应激、信号转导、调节白细胞迁移等生物学过程。梅花鹿接种卡介苗后主要富集到PI3K-Akt、Notch、NF-κB、Toll样受体以及细胞外基质受体相互作用等免疫相关的信号通路。qPCR检测结果与高通量测序结果一致。说明接种卡介苗后,梅花鹿体内的蛋白质及细胞外基质修饰过程得到了增强,受体活性肽、转录因子的结合能力和细胞因子活性增强。