结核分枝杆菌临床分离株对四种注射用抗结核药物耐药及交叉耐药分析

目的探讨链霉素(S)、卡那霉素(Km)、阿米卡星(Am)和卷曲霉素(Cm)对结核分枝杆菌的耐药及交叉耐药情况,为耐药结核病的化学治疗提供理论依据。方法对首都医科大学附属北京胸科医院2004年1月至2010年12月间4247株临床分离株的药物敏感试验结果进行分析。采用绝对浓度法进行药物敏感试验。4种药物之间总耐药率的差异采用配对χ2检验及χ2分割法,以P<0.007 14为差异有统计学意义。4种药物之间交叉耐药率的差异采用两个样本率比较的χ2检验,以P<0.05为差异具有统计学意义。结果4247份临床分离株标本中,S的耐药率为45.11%(1916/4247),Km的耐药率为17.93%(718/4005),Am的耐药率为19.02%(792/4164),Cm的耐药率为9.44%(401/4247)。经配对χ2检验,Cm与S、Am、Km之间耐药率差异有统计学意义,χ2值分别为1349.34、281.54、193.16,P值均小于0.007 14。经配对χ2检验,S与Am、Km之间耐药率差异有统计学意义,χ2值分别为821.10、869.28,P值均小于0.007 14。经配对χ2检验,Am与Km之间耐药率差异有统计学意义,χ2值为13.98,P值小于0.007 14,耐药率从高到低依次为S、Am、Km和Cm。S在其他3种药物的耐药株中的耐药率分别为82.59%(耐Km株,593/718)、77.78%(耐Am株,616/792)、76.81%(耐Cm株,308/401),χ2值分别为502.959、453.911、626.654,P值均小于0.05。Km在另外3种药物耐药株中的耐药率分别为33.13%(耐S株,593/1790)、83.31%(耐Am株,634/761)、67.89%(耐Cm株,260/383),χ2值分别为502.959、12.079、100.536,P值均小于0.05。Am在另外3种药物耐药株的耐药率分别为32.78%(耐S株,616/1879)、89.55%(耐Km株,634/708)、77.95%(耐Cm株,304/390),χ2值分别为453.911、12.079、163.761,P值均小于0.05。Cm在其他3种药物的耐药株中的耐药率分别为16.08%(耐S株,308/1916)、36.21%(耐Km株,260/718)和38.38%(耐Am株,304/792),χ2值分别为626.654、100.536、163.761,P值均小于0.05。结论4种注射用抗结核药物的耐药率从高到低依次为S、Am、Km和Cm。4种药物之间均表现出交叉耐药,但程度不同。S与其他3种药物之间为单向耐药,Km和Am两个药物之间近似完全交叉耐药,Cm是其他3种药物耐药时的选择药物。

基于MPI的分子对接并行算法

基于消息传递接口(Message Passing Interface,MPI),用两种不同的并行程序设计方法对Autodock程序进行修改.将修改后的程序应用于HIV-1蛋白酶(Protease)和小分子抑制剂XK263的对接体系,测试了并行程序的加速比和并行效率.结果表明,两种改进的并行Autodock程序都可以很好地完成计算,尤其是方案Ⅱ并行程序的加速比和并行效率更高.

生物信息学高性能教学平台的建立与实践

随着生命科学实验数据的高速积累和增长,生物信息学成为生命科学研究型人才必须掌握的重要技能。从高性能计算和生物信息学的关系入手,简述了生物信息学教学中采用高性能计算设备的必要性。根据农业院校的具体情况,在生物信息学教学中建立了高性能计算平台,帮助学生熟悉相关并行计算环境,更好地理解生物信息学重要的理论和算法。在课程安排上,理论课、实验课以及课程设计的内容围绕生物信息学案例展开。基于Moodle教学系统进行在线课程管理,培养学生的自主学习能力和团队协作意识,提高了学生运用高性能计算解决实际生物信息学问题的能力。

教育学理论在C语言程序设计教学中的应用

C语言程序设计是非计算机专业的一门重要的公共课程。文章从C语言程序设计课程的特点出发,提出运用知识迁移、案例教学、课堂互动和差异教学等教育学理论对课程的教学方法进行改进。实践证明,在实际教学中应用教育学理论,很大程度上增强了学生对程序设计课程的兴趣,提高了学生采用程序语言解决实际问题的综合能力,取得了显著的教学成效。

基于蚁群算法的分子对接搜索方法研究

分子对接方法研究生物大分子的相互作用与识别机制,对了解生命现象及其本质规律具有重要的理论和应用价值.本文采用蚁群算法对分子对接程序Autodock 3.0的能量寻优过程进行了改进.测试了22个蛋白质-小分子体系,与原程序相比较,蚁群算法能够有效地改善程序的搜索结果.同时,比较了采用局部搜索和未采用局部搜索的算法,蚁群算法也比原程序有更好的表现.蚁群算法对分子对接的搜索方法进行了新的尝试,将对分子对接软件的改进提供一些启示.

高校班主任工作的实践与思考

班级是高校教育和教学的基本单位．一个良好的班集体对每个学生的成长成才有着巨大的促进作用。班主任作为班级活动的组织者和指导者．对落实学校中心工作，引导学生健康全面发展，有着十分重要的作用。新时期的班主任工作面临许多的新问题和新挑战．本文结合高校工作实际，从班级管理和自身教育两个方面．探讨了做好高校班主任工作的方法和途径。

HTLV-1蛋白酶与印地那韦识别的分子动力学模拟

对HTLV-1蛋白酶和抑制剂印地那韦的复合物进行了11 ns的分子动力学模拟,从分子整体、氢键、结合自由能及运动性等方面进行了分析。结果表明,动力学模拟使得体系更为松弛,但大部分氢键仍得到保持;疏水相互作用有利于HTLV-1蛋白酶和印地那韦的结合,关键残基主要分布在R10、L30-V39、V56-F67和W98-I1004个区域;结合自由能预测值与试验数据吻合较好。印地那韦结合仅能部分抑制HTLV-1蛋白酶的Flap、top-site以及两个exo-site位点柔性,解释了印地那韦的HIV-1 PR抑制活性为何略大于HTLV-1 PR。该研究为基于受体结构的抗HTLV-1药物研发打下了一定的结构和理论基础。

信息类专业多学科交叉毕业设计模式探析

分析目前信息类专业毕业设计普遍存在的问题,提出将多学科交叉的教学模式运用于信息类专业毕业设计中,通过多学科交叉的教学实践,拓宽信息类专业毕业设计的选题渠道,增强学生的综合能力和就业实力。

蛋白质分子多尺度模型的比较研究

多尺度模型是分析蛋白质结构-功能关系的有效方法。采用分子动力学和粗粒化模型从不同尺度分别计算了Pin1肽脯氨酰顺反异构酶的残基波动性,运动交叉相关和低频运动模式。两种模型均能较好描述实验结构附近的运动特征,而分子动力学方法更准确地模拟了突变后引起的构象变化。

绿茶汤色分析

采用色差分析和感官审评的方法对10种绿茶汤色进行分析,结果显示,品茶师间对绿茶评分与评价呈现较高度一致,差异性较小。色差分析绿茶汤色各组间明亮度(L)、茶汤绿度(a)和茶汤黄度(b)均具有较好的一致性,亦存在差异;但绿茶汤色各组间色差衍生指标a/b具有高度一致性。统计分析显示:品茶师茶汤评分与茶汤明亮度(L)和茶汤黄度(b)相关性较小,与茶汤绿度(a)相关性较大;而与色差衍生指标a/b达极显著相关。应用逐步回归对色差的衍生指标色相(a/b)进行绿茶汤色感官评分表征,相关性均达极显著,其决定系数均可达80%以上。应用二次多项式逐步回归对色差亮度(L值)和色差的衍生指标色相(a/b)进行绿茶汤色感官评分表征,相关性均达显著以上,其决定系数均可达95%以上。文中还对绿茶汤色的表述进行了讨论。

蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展

分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积、范德华相互作用能、静电相互作用能以及统计成对偏好势等打分项的计算方法.结合本研究小组的工作,介绍了目前普遍使用的打分方案以及利用与结合位点有关的信息进行结构筛选的几种策略,比较并总结了常用打分函数的特点.最后,分析并指出了当前蛋白质-蛋白质对接打分函数所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望.

用分子对接方法研究HIV-1整合酶与病毒DNA的结合模式

用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′Processing,3′-P)前的8bp及27bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的K14,R20,K156,K159,K160,K186,K188,R199和A链的K219,W243,K244,R262,R263是IN结合病毒DNA的关键残基;并从结构上解释了能使IN发挥活性的病毒DNA的最小长度是15bp.通过分析结合能发现,IN与DNA稳定结合的主要因素是非极性相互作用,而关键残基与病毒DNA相互识别主要依赖于极性相互作用.模拟结果与实验数据较吻合.

HIV-1病毒DNA与整合酶结合后的构象变化

用分子动力学(MD)模拟方法优化了HIV-1病毒DNA与整合酶(IN)二聚体(IN2)复合物模型结构,并分析了HIV-1病毒DNA结合IN2后的构象变化.结果表明,按照HIV-1病毒DNA与IN2结合能力的强度,病毒DNA可分为五个区域:非结合区、强结合区1、弱结合区、强结合区2和反应区,并用结合自由能计算验证了该分区的合理性.与未结合IN2的病毒DNA相比,复合物模型中病毒DNA除了非结合区碱基外,其它四个区域的碱基构象变化较大.复合物模型中病毒DNA主链较大程度地偏离标准B型DNA以及结合部位的小沟变宽都是识别IN的结构基础.模拟结果与实验数据吻合较好,为基于HIV-1IN的药物分子设计提供了一定的结构信息.

HIV-1整合酶与L708,906抑制剂结合模式及运动性的研究

前期工作已用分子对接方法获得了HIV-1整合酶与L708,906抑制剂分子的复合物模型(IN_L708,906),现从距离、能量和氢键三个方面详细地分析了IN_L708,906模型中的关键残基.结果表明,复合物模型与蛋白质晶体库中整合酶(IN)与5CITEP的结合模式相近.用主成分分析和动力学交叉相关图方法分别研究了IN_L708,906复合物模型和IN单体的运动模式及相关性差异.计算结果显示,L708,906抑制剂的结合使得IN功能loop区残基柔性下降、分子规律性运动的丧失及集团运动相关性的无序增加,这些可能是酶活性下降的主要因素.模拟结果将有利于基于芳香二酮酸类的抗HIV药物设计.

铽掺杂二氧化钛复合光催化剂的制备及性能

采用Sol-Gel凝胶法制备了纳米二氧化钛复合陶瓷光催化剂(Al2O3-SiO2-ZrO2-TiO)2,原料配比为Al∶Zr∶Si∶Ti=4∶1∶1∶1(摩尔比);并按照Ti物质的量掺杂稀土元素Tb,对Al2O3-SiO2-ZrO2-TiO2复合催化剂进行改性,制备了高催化活性的复合催化剂。在掺杂铽时,先用硝酸溶解氧化铽,然后再将其掺入Zr-Si-Ti醇溶液中。分别以甲基橙和有机污染物为光催化降解反应化合物,进行了光催化实验,研究了铽的掺杂量对催化性能的影响,Tb掺杂量为0.7%催化性能最好。分光光度法测定甲基橙的脱色率达到100%;COD去除率达98.5%。稀土铽的掺杂明显提高TiO2的光催化效能。对Tb掺杂量为0.7%的样品进行了XRD检测其微观结构,得出了氧化铝的主要晶型为γ-Al2O3,晶粒均为纳米级。

农产品冷链物流研究——基于拉动式供应链视角

基于当前中国农产品冷链物流研究现状,分析了基于需求拉动的农产品冷链物流信息处理和传递机制,论述了其运作的几个关键问题。

“多学科联合毕业设计”教学模式的探索与实践

本文在分析国内外"多学科交叉人才培养"模式与现状的基础上,提出指导本科生"多学科联合毕业设计"的方法,通过将计算机专业和非计算机专业的学生组成课题小组,制定相关题目,共同完成毕业设计,达到培养学生综合能力的目标。

全桡动脉波传导时间与动脉硬化参数的对比分析研究

将测量和分析不同部位的外周动脉脉搏波波形,作为一种无创评估动脉僵硬度的方法,已经受到中外医学界的广泛重视。脉搏波传导时间已经被用来作为评价动脉僵硬度的有效指标,其无创评估动脉硬化的有效价值也得到重视。本文是通过容易获取的桡动脉波形计算全桡动脉脉搏波传导时间(FRPTT),将其与已经成熟的动脉僵硬度指标作对比分析研究,来判断FRPTT是否可以用来评估人体的动脉僵硬度。对248位合格样本人员的桡动脉脉搏波波形数据进行计算分析,同时测量其身高、体重、手腕处动脉血压,计算身体质量指数、桡动脉增益指数、射血时间、FRPTT。通过对采集到的20s时间内桡动脉波形进行二次微分,用自编的软件算法自动检测出点b(心脏开始射血点)和e(左心射血的停止点)的位置,计算FRPTT。通过对算出的FRPTT值与已知的心率、脉压、增益指数三个参数进行分析和比较,发现其与心率和增益指数两个参数(P<0.001)显著相关;另外,女性组的FRPTT值跟脉压显示弱的负相关性,男性组没有相关性。结果表明,FRPTT可以作为一个衡量动脉硬化的指标。

加权氨基酸网络及其应用

提出了基于能量的氨基酸网络加权方式。基于该加权氨基酸网络模型,构建了新的对接打分函数。采用该打分函数对20个体系的非结合态对接采样结果进行打分排序,并与RP打分函数结果进行比较。通过分析发现,基于氨基酸网络的打分函数,在一些指标上的结果优于RP打分函数。该工作为进一步应用复杂网络的方法研究蛋白质结构-功能关系奠定了基础。

三维动画课程理实一体化教学法探析

三维动画运用3ds Max基础软件教学,对学生的动画制作综合实践能力要求较高。传统的教学方法模式已不能适应实际教学情况,理实一体化教学法在3ds Max软件的教学中起到很好的教学效果。阐述3ds Max三维动画课程存在的问题。运用理实结合,综合实训改进3ds Max教学过程,并探讨理实一体化教学法的优势和教学效果。