目的探索肿瘤组织中抑制素(prohibitin,PHB)的表达情况,分析其对消化系统恶性肿瘤(digestive system malignant tumor,DT)患者预后的影响以及作用机制。方法①使用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因型-组织表达(Genot...目的探索肿瘤组织中抑制素(prohibitin,PHB)的表达情况,分析其对消化系统恶性肿瘤(digestive system malignant tumor,DT)患者预后的影响以及作用机制。方法①使用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression,GTEx)数据库比较肿瘤组织和正常组织中PHB的表达差异。②收集2023年10月甘肃省人民医院诊治的5对胃癌及癌旁组织和5对结肠癌及癌旁组织,RT-qPCR检测PHB mRNA表达水平。③采用RT-qPCR和Western blot检测正常胃黏膜细胞(GES-1)和胃癌细胞(AGS、MKN45和HGC27)、正常结肠细胞NCM-460和人结肠癌细胞株SW480中PHB的表达差异。④利用R语言分析PHB对DT患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响。⑤采用CIBERSORT算法分析肿瘤组织中PHB表达与肿瘤免疫细胞浸润之间的相关性。基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)探讨PHB的生物学功能。⑥利用R语言分析PHB与药物敏感性的关系。结果①PHB在结肠癌、胆管癌、食管癌、肝癌、直肠癌和胃癌组织中均显著高表达(P<0.01)。②RT-qPCR和Western blot检测结果显示PHB在胃癌和结肠癌组织和细胞中高表达(P<0.01)。③PHB的差异表达与肝癌(P=0.002)预后不良相关。在胆管癌、胃癌、胰腺癌、肝癌和食管癌中,PHB与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性呈正相关(P<0.05)。④PHB的表达在结肠癌中与M2型巨噬细胞呈正相关(P=0.03);在胆管癌中与活化CD4^(+)记忆T细胞呈正相关(P<0.05);在食管癌中与活化肥大细胞呈正相关(P=0.03);在肝癌中与M0、M2型巨噬细胞和单核细胞呈正相关(P<0.05);在直肠癌中与静息树突状细胞、嗜酸性粒细胞和活化CD4^(+)记忆T细胞呈正相关(P<0.05);在胃癌中与M0型巨噬细胞、活化肥大细胞、中性粒细胞、静息自然杀伤细胞、活化CD4^(+)记忆T细胞和滤泡辅助性T细胞呈正相关(P<0.05)。⑤PHB在Ⅰ类受体、PPAR和钙离子信号通路中主要富集(P<0.05)。⑥PHB的表达与氨萘非特、普拉西诺特和阿比特龙等13种药物敏感性呈正相关(P<0.05)。结论PHB表达与DT中多种免疫细胞浸润及不良预后有关,其可能成为新型DT生物标志物及潜在的免疫调节靶点。展开更多
【目的】挖掘参与油茶糖代谢及逆境响应的糖外排转运子(sugars will eventually be exported transporters,SWEETs)。【方法】利用生物信息学方法分析油茶SWEETs家族的基因结构、蛋白基序、染色体定位、共线性关系、启动子区顺式作用元...【目的】挖掘参与油茶糖代谢及逆境响应的糖外排转运子(sugars will eventually be exported transporters,SWEETs)。【方法】利用生物信息学方法分析油茶SWEETs家族的基因结构、蛋白基序、染色体定位、共线性关系、启动子区顺式作用元件及上游调控因子等,并利用RT-qPCR分析CoSWEETs在不同时期、不同组织及不同逆境胁迫下的基因表达情况。【结果】从油茶中鉴定得到14个CoSWEETs基因,不均匀分布于10条染色体上,不同成员间内含子-外显子数目存在差异。根据系统进化关系,14个CoSWEETs可分为 4个分支,均具有1-2个MtN3 保守结构域,同一分支具有相似的基因结构和基序。根据启动子顺式作用元件和上游转录因子预测的分析结果,CoSWEETs启动子中含有多个与生长发育、植物激素和应激相关的调节元件,其表达可能受到ERF、DOF、BBR-BPC、MYB等转录因子的调控。RT-qPCR分析表明大部分CoSWEETs成员在果实和根中高表达,在种子中的表达水平与发育时期相关,并根据低温、高盐和干旱等非生物胁迫下CoSWEETs的表达模式挖掘出CoSWEET1、CoSWEET2、CoSWEET17等响应油茶低温、干旱或高盐胁迫的基因。【结论】CoSWEET基因的表达受到多种激素及转录因子调控,并在油茶种子发育与逆境胁迫响应中发挥重要作用。展开更多
文摘目的探索肿瘤组织中抑制素(prohibitin,PHB)的表达情况,分析其对消化系统恶性肿瘤(digestive system malignant tumor,DT)患者预后的影响以及作用机制。方法①使用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression,GTEx)数据库比较肿瘤组织和正常组织中PHB的表达差异。②收集2023年10月甘肃省人民医院诊治的5对胃癌及癌旁组织和5对结肠癌及癌旁组织,RT-qPCR检测PHB mRNA表达水平。③采用RT-qPCR和Western blot检测正常胃黏膜细胞(GES-1)和胃癌细胞(AGS、MKN45和HGC27)、正常结肠细胞NCM-460和人结肠癌细胞株SW480中PHB的表达差异。④利用R语言分析PHB对DT患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响。⑤采用CIBERSORT算法分析肿瘤组织中PHB表达与肿瘤免疫细胞浸润之间的相关性。基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)探讨PHB的生物学功能。⑥利用R语言分析PHB与药物敏感性的关系。结果①PHB在结肠癌、胆管癌、食管癌、肝癌、直肠癌和胃癌组织中均显著高表达(P<0.01)。②RT-qPCR和Western blot检测结果显示PHB在胃癌和结肠癌组织和细胞中高表达(P<0.01)。③PHB的差异表达与肝癌(P=0.002)预后不良相关。在胆管癌、胃癌、胰腺癌、肝癌和食管癌中,PHB与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性呈正相关(P<0.05)。④PHB的表达在结肠癌中与M2型巨噬细胞呈正相关(P=0.03);在胆管癌中与活化CD4^(+)记忆T细胞呈正相关(P<0.05);在食管癌中与活化肥大细胞呈正相关(P=0.03);在肝癌中与M0、M2型巨噬细胞和单核细胞呈正相关(P<0.05);在直肠癌中与静息树突状细胞、嗜酸性粒细胞和活化CD4^(+)记忆T细胞呈正相关(P<0.05);在胃癌中与M0型巨噬细胞、活化肥大细胞、中性粒细胞、静息自然杀伤细胞、活化CD4^(+)记忆T细胞和滤泡辅助性T细胞呈正相关(P<0.05)。⑤PHB在Ⅰ类受体、PPAR和钙离子信号通路中主要富集(P<0.05)。⑥PHB的表达与氨萘非特、普拉西诺特和阿比特龙等13种药物敏感性呈正相关(P<0.05)。结论PHB表达与DT中多种免疫细胞浸润及不良预后有关,其可能成为新型DT生物标志物及潜在的免疫调节靶点。
文摘【目的】挖掘参与油茶糖代谢及逆境响应的糖外排转运子(sugars will eventually be exported transporters,SWEETs)。【方法】利用生物信息学方法分析油茶SWEETs家族的基因结构、蛋白基序、染色体定位、共线性关系、启动子区顺式作用元件及上游调控因子等,并利用RT-qPCR分析CoSWEETs在不同时期、不同组织及不同逆境胁迫下的基因表达情况。【结果】从油茶中鉴定得到14个CoSWEETs基因,不均匀分布于10条染色体上,不同成员间内含子-外显子数目存在差异。根据系统进化关系,14个CoSWEETs可分为 4个分支,均具有1-2个MtN3 保守结构域,同一分支具有相似的基因结构和基序。根据启动子顺式作用元件和上游转录因子预测的分析结果,CoSWEETs启动子中含有多个与生长发育、植物激素和应激相关的调节元件,其表达可能受到ERF、DOF、BBR-BPC、MYB等转录因子的调控。RT-qPCR分析表明大部分CoSWEETs成员在果实和根中高表达,在种子中的表达水平与发育时期相关,并根据低温、高盐和干旱等非生物胁迫下CoSWEETs的表达模式挖掘出CoSWEET1、CoSWEET2、CoSWEET17等响应油茶低温、干旱或高盐胁迫的基因。【结论】CoSWEET基因的表达受到多种激素及转录因子调控,并在油茶种子发育与逆境胁迫响应中发挥重要作用。