上海地区临床实验室运动神经元存活基因外显子缺失项目检测能力的室间质量评价分析

目的利用室间质量评价(EQA)分析上海地区临床实验室运动神经元存活(survival motor neuron,SMN)基因外显子缺失项目的检测能力。方法选用含有不同SMN外显子拷贝数的细胞株基因组DNA作为EQA样本,2023年间共两次,每次随机选取5份发放给上海地区各参评实验室,要求其在规定时间内进行检测并上传结果,依据回报结果统计分析并评价其检测能力。结果两次EQA中SMN1判定结果回报全部正确的实验室分别占100%(38/38)和97.22%(35/36),SMN1第7,8号外显子拷贝数检测的总体符合率分别为96.92%(315/325)和98.18%(324/330),SMN2第7,8号外显子拷贝数检测的总体符合率分别为100%(65/65)和96.56%(43/45)。回报错误结果中包括1例结果判定错误和4例拷贝数检测错误。结论通过筛选出具有不同SMN外显子拷贝数的细胞株基因组DNA可有效模拟临床样本并应用于SMN外显子缺失EQA活动中。回报结果分析显示上海地区临床实验室SMN外显子缺失项目整体符合率较高,但个别实验室检测能力尚待提高。

青海大通上孙家寨古代居民mtDNA遗传分析

利用古DNA手段对考古发掘出土的人类遗骸进行遗传分析,是揭示当地古代人群来源的重要手段。我们通过克隆测序和PCR-RFLP的方法,从来自青海大通上孙家寨的约3000-3300年前和2000年前两个不同年代的牙齿样本中,成功得到59个线粒体高变I区和编码区的SNP位点的序列信息。之后我们将所得序列与来自亚洲大陆的34个现代人群共1833个个体和2个不同年代的古代人群样本的线粒体序列分别在个体和群体水平上作比较,结果表明这两个时期人群并不是一脉相承的。

上海地区伊立替康药物代谢相关基因检测室间质量评价结果分析

目的以抽取自人全血的基因组DNA为质控样本,开展伊立替康代谢相关基因室间质量评价(EQA)计划,评估参评实验室检测能力,提高其检测质量。方法通过对人类基因组DNA的测序,获得包含多种尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶1A1(UGT1A1)*6和UGT1A1*28不同基因型组合的样本,制备EQA质控样本盘。每个样本盘包含5支样本,要求参评实验室收到样本后在规定时间内检测,并上传检测结果。汇总各实验室各样本的总体符合率,分析不同检测方法的符合率和检测错误类型。结果2019年2次EQA中,满分的实验室分别占88.00%(22/25)和86.36%(19/22),样本检测的总符合率分别为96.33%(236/245)和96.74%(208/215);其中,荧光分子杂交法样本符合率均为100.00%,Sanger测序法样本符合率分别为91.82%(101/110)和93.00%(93/100)。结论参评实验室检测的总体准确率较高,但个别实验室检测能力仍有待提高,尤其是需加强实验室自建的Sanger测序法的全程质量控制。

3种HLA-B5801诊断试剂盒性能评估研究

目的分析3种不同厂家的HLA-B*5801基因分型试剂盒的检测性能,并探讨性能差异的原因。方法收集HLA-B*5801分型明确的临床样本70例,参照美国临床实验室标准化协会(CLSI)EP12-A2文件评估3种检测试剂盒的灵敏度、特异度及符合率并对试剂盒检测下限进行验证。结果3种诊断试剂盒检测结果表明,阳性样本结果一致性较高,阴性样本检测结果存在差异。3种试剂盒灵敏度均为100%;特异度分别为:100%、100%、75%;检测下限均可达到试剂盒说明书声称的最低值。结论3种诊断试剂盒性能存在一定差异,其中两种试剂盒灵敏度和特异度均较高,另一种试剂盒出现假阳性结果。

载脂蛋白E基因分型检测室间质量评价计划制定与实施

目的制定并实施载脂蛋白E(ApoE)基因分型检测室间质量评价计划(简称室间质评),评估临床实验室该项目检测水平,提高临床实验室相关项目的检测质量。方法针对ApoE基因的2个单核苷酸多态性(SNP)位点rs429358和rs7412检测制定室间质评(1年2次)计划。将5支室间质评物品随机编号,经冷链运送至各参评实验室,各参评实验室根据SNP检测结果报告ApoE分型结果。对回报结果进行统计分析。结果2次室间质评回报结果全部正确的实验室分别占93.75%(30/32)和100.00%(31/31);室间质评物品检测的总体符合率分别为99.38%(318/320)和100.00%(310/310);基因分型总体符合率分别为97.5%(156/160)和100.00%(155/155)。回报错误结果中包括2例SNP检测错误和4例分型结果判定错误。结论ApoE基因分型检测总体准确率较高,但实验室相关遗传学分析能力有待提高。

上海地区苯丙酮尿症基因检测室间质量评价

目的通过开展苯丙酮尿症基因检测室间质量评价计划(简称室间质评),评估参评实验室检测能力,提高检测质量。方法2019年室间质评计划为1年2次,共包含苯丙氨酸羟化酶基因(phenylalanine hydroxylase,PAH)的4个致病变异位点,涉及错义变异和剪接变异2种类型。样本盘包含5支样本,类型为干血斑。要求参评实验室收到样本后在规定时间内检测样本并网络上报检测结果。依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同样本的总体符合率,并分析致病变异位点检测及结果报告错误类型。结果2次室间质评分别收到3份和2份有效回报结果,成绩合格的实验室分别为1家和2家。2次室间质评中,样本检测结果的总体符合率分别为60%(9/15)和100%(10/10)。结果汇总中共出现检测错误6例,错误的类型集中表现为假阴性。剪接变异的检出符合率明显低于错义变异。结论临床实验室在苯丙酮尿症遗传基因致病变异检测及结果分析报告方面能力有待提高。通过参加室间质评计划能帮助实验室发现检测中存在的问题,提高检测质量。

新型冠状病毒核酸检测室间质量评价分析

目的:利用室间质量评价(EQA)评估实验室新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测项目的检测能力。方法:室间质量评价选用经特殊处理的2019-nCoV RNA作为EQA样本,甲型流感病毒、乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒灭活临床样本作为阴性样本,分别评价其适用性、均匀性和稳定性后,将6份样本(第一轮不分组/第二轮分组)经冷链快递发送至参评实验室,要求实验室在规定时间内检测并回报检测信息和结果,然后对回报数据进行分析评价。结果:EQA样本适用于市面上主流核酸检测试剂。均匀性和稳定性均符合中国合格评定国家认可委员会对能力验证样品的要求。第一轮和第二轮分别收到有效回报结果243份和60份,回报结果完全正确的实验室分别为98.8%(240/243)和73.3%(44/60),成绩不合格实验室分别为1.2%(3/243)和26.7%(16/60)。第一轮和第二轮样本的整体符合率分别为99.8%(1455/1458)和94.7%(341/360),其中假阳性率分别为0.1%(1/729)和2.5%(3/120),假阴性率分别为0.3%(2/729)和6.7%(16/240)。结论:目前参评实验室对2019-nCoV核酸检测的整体能力较好,假阴性结果是影响其检测的主要问题。各实验室在常规应用相关试剂前,应对不同厂家试剂进行性能验证与比对。