结肠癌中PARPBP基因表达及功能的生物信息学分析

目的应用生物信息学方法初步探讨PARPBP基因在结肠癌中的表达及预后价值。方法通过TCGA数据库下载结肠腺癌(COAD)数据集,利用差异分析和HPA数据库考察COAD中PARPBP的mRNA和蛋白表达水平。借助WebGestalt在线工具对PARPBP表达相关基因进行KEGG富集分析。采用Log-rank法和卡方检验考察PARPBP与COAD患者预后及临床病理特征的相关性。在GEO数据库中分析PARPBP与COAD化疗耐药之间的关系。结果COAD组织中PARPBP的mRNA和蛋白表达水平均上调。功能富集分析发现,PARPBP表达相关基因主要富集于DNA损伤修复和DNA复制相关通路,通过调控染色体不稳定性参与结肠癌的发生。此外,PARPBP基因低表达与COAD患者较高的病理N分期、肿瘤分期和不良预后显著相关。PARPBP基因在药物抵抗的结肠癌细胞株中表达下调,说明其与COAD细胞的药物敏感性相关。结论PARPBP在结肠癌组织中高表达,其高表达是结肠癌患者预后的保护性因素。

长链非编码RNALINC00673和ISG15蛋白在胰腺癌中的表达及其临床意义

目的探讨长链非编码RNA LINC00673和ISG15蛋白在胰腺癌组织中的表达情况及其临床意义。方法回顾性分析2014年1月至2018年12月在中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院手术切除的经病理诊断为胰腺导管癌(PDAC)的57例患者临床资料。采用定量反转录-聚合酶链反应(qRT-PCR)检测胰腺癌组织和瘤旁正常组织(距癌组织边缘3 cm以内)中LINC00673的相对表达量, 采用免疫组织化学法检测胰腺癌组织和癌旁正常组织中ISG15蛋白的表达情况。比较ISG15蛋白阳性和阴性患者间LINC00673表达差异, 采用Spearman等级相关分析法分析LINC00673和ISG15蛋白表达的相关性, 分析二者与胰腺癌患者临床分期和病理分型的关系。结果胰腺癌组织ISG15蛋白阳性表达率为40.4%(23/57), 高于癌旁正常组织的15.8%(9/57)(χ^(2)=7.90, P=0.004), 胰腺癌组织LINC00673相对表达量为0.99±0.36, 低于癌旁正常组织的1.26±0.41(t=4.80, P<0.001)。ISG15阳性23例(40.4%), ISG15阴性34例(59.7%), ISG15阳性和阴性患者LINC00673的相对表达量分别为0.77±0.46、0.45±0.27(P<0.001)。Spearman法分析显示LINC00673和ISG15蛋白表达有相关性(ρ=-0.429, P=0.001)。低或未分化、血管侵犯、淋巴结转移患者LINC00673相对表达量均降低(均P<0.05), LINC00673相对表达量与患者性别、年龄、肿瘤部位、术前CA199水平、TNM分期均无关(均P>0.05);低或未分化、TNM分期Ⅲ~Ⅳ期、血管侵犯、淋巴结转移患者ISG15蛋白表达水平均升高(均P<0.05), ISG15蛋白表达水平与患者性别、年龄、肿瘤部位和术前CA199水平均无关(均P>0.05)。结论 LINC00673在胰腺癌中的表达与血管侵犯、肿瘤分化程度和淋巴结转移相关, ISG15在胰腺癌中表达与血管侵犯、肿瘤分化程度、淋巴结转移和TNM分期相关。联合检测LINC00673和ISG15蛋白可作为胰腺癌有价值的预后指标。以LINC00673和ISG15蛋白信号通路为靶点的治疗有望成为胰腺癌免疫治疗的潜在方案。