COVID-19大流行期间流感活动呈“断崖式”下降——佩戴口罩、人员流动变化及SARS-CoV-2干扰的作用

一般情况下,每年冬季是季节性流感高发季节,但在当前2019冠状病毒病(COVID-19)大流行期间,全球季节性流感活动呈“断崖式”下降。为应对即将到来的流感季节,亟需弄清这种前所未有的流感低水平流行的原因。本文中,我们探索了一种国家特异性推理模型,利用该模型估计中国、英国和美国这三个国家中佩戴口罩、人员流动变化(国际和国内)以及严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)干扰的影响。结果发现,在这些地区增加一周佩戴口罩的干预措施,流感活动可减少11.3%~35.2%。实施一周的限制人员流动措施对国际(1.7%~6.5%)和国内社区(1.6%~2.8%)的影响较小。2020年至2021年,仅佩戴口罩这一项干预措施就可使阳性率下降13.3%至19.8%。仅人员流动变化可使阳性率降低5.2%至14.0%,其中79.8%~98.2%归因于国际旅行限制。SARS-CoV-2干扰仅在2019年至2020年具有统计学显著效应。中国北方地区及英国的阳性百分比分别降低7.6%(2.4~14.4)和10.2%(7.2~13.6)。探索所得出的结果对了解非药物干预措施和其他呼吸系统疾病背景下的流感演变有一定意义,有助于制定卫生政策,并可为公共卫生措施的个性化设计提供信息。

耐药结核分枝杆菌多重Taqman-MGB探针检测方法的建立

目的建立耐药结核分枝杆菌的多重Taqman-MGB探针检测体系。方法针对结核分枝杆菌抗结核一线药物突变位点[利福平:Rpo B(526)/(531);乙胺丁醇:emb B(306);异烟肼:Kat G(315)、inh A(-15);链霉素:Rpsl(43)]设计并合成引物探针;构建耐药结核分枝杆菌野生型和突变型模板,对其进行梯度稀释;配制结核分枝杆菌耐药基因检测试剂,用不同类型模板进行检测;检测72例结核样本(耐利福平20株,耐异烟肼22株,耐链霉素1株,耐多药17株),并与罗氏药效试验结果比较。结果该检测体系可同时检测6个结核突变位点,最低检测限为10~4拷贝/m L,对临床样本检测其总符合率为100%,一致性好(x^2=137.3,P<0.001)。结论本研究建立了耐药结核分枝杆菌的快速检测方法,可较好应用于卫生检疫系统和临床实验室。

基于电子病历的预训练模型在急性呼吸道感染识别中的应用

目的评价基于电子病历的预训练模型对急性呼吸道感染(ARI)的识别效果。方法收集重庆大学附属三峡医院2021年12月1至31日就诊于呼吸与危重症科、发热门诊、急诊门诊、儿科、感染科的所有患者的病历资料。使用基于Transformer的双向编码器表征(BERT)预训练模型对病历进行ARI病例识别与判断,以医学专业人员根据ARI病例定义判断的结果作为“金标准”,计算模型识别ARI的灵敏度、特异度、与“金标准”的一致性及受试者工作特征曲线下面积(AUC),评价模型对ARI病例识别的准确性。结果含有3817条电子医疗记录的测试集中,共有1200条经人工判定的ARI病历。模型判定ARI共计1205例,灵敏度为92.67%(1112/1200),特异度96.45%(2524/2617),与“金标准”的一致性Kappa值为0.89,AUC为0.95。模型在男性和女性中识别ARI的准确性相近(AUC分别为0.95和0.94),且对未成年ARI病例识别较18~59岁及≥60岁(AUC分别为0.94,0.89和0.89)更准确。相较于住院患者,目前模型对门诊患者的ARI识别更好,AUC分别为0.74和0.95。结论使用基于电子病历的预训练模型对ARI病例判定具有良好的效果,特别是针对门诊患者及未成年患者。该模型在利用电子病历进行医疗机构ARI病例监测方面表现出良好的潜力。

口咽拭子与鼻咽拭子流感病毒核酸检测的一致性研究

目的分析口咽拭子与鼻咽拭子流感病毒核酸检测一致性,为准确、高效地开展流感检测提供数据参考。方法采集2021年11月至2022年1月重庆市万州区7家医院的急性呼吸道感染病例口咽拭子和鼻咽拭子,采用荧光定量PCR进行流感病毒核酸检测,分析两种采样拭子阳性检出结果一致性,并比较是否发热、是否咳嗽、不同年龄组、不同就诊医院类型的两种采样拭子流感病毒阳性检出率差异。结果共计420例受试者中,15~49岁人群(23.70%)、发热人群(27.09%)和前往综合医院就诊人群(24.89%)的流感病毒检出率较高。口咽拭子流感病毒阳性检出率为15.24%,鼻咽拭子检测流感病毒阳性检出率为16.19%,两者差异无统计学意义(P>0.05);两种拭子检测结果符合率为95.24%,Kappa值为0.897,一致性较好。不同人群中两种方法一致率相似。结论口咽拭子与鼻咽拭子流感病毒检测一致性较好,两种拭子具有可替代性,在临床与流感监测工作中若无法实现双采样,可按照实际情况采用任一方法,以提高检测工作的效率。

新型冠状病毒肺炎大流行的实验室检测和预防控制资源需求评估

目的快速评估不同情景下新型冠状病毒肺炎(COVID-19)实验室检测和预防控制(防控)资源需求数,为传染病流行做好产能规划、储备分配和资金筹集方面的准备。方法基于引入无症状感染者和确诊住院患者的易感者-潜隐者-传染者-移除者传播动力学模型,构建COVID-19不同流行情景并预测住院/隔离人数,结合当前我国防控策略,评估各情景下开展实验室检测和预防控制时所需资源数。结果COVID-19发生社区传播及局部地区暴发且实施全员核酸检测时,我国现有实验室检测及预防控制所需医用个人防护用品及设备资源产能尚可满足需求,但人力资源储备与所需相差3.3~89.1倍不等。无症状感染者比例的增加也加剧了人力需求及防控难度。当≥50%人群获得疫苗保护时,适当调整防控措施,可降低资源需求。结论当前我国仍亟需进行实验室检测和预防控制的人力储备,以应对难以预见的COVID-19疫情。需考究全员核酸检测对人力资源的挑战及实施的必要性。实施非药物干预措施,鼓励公众接种COVID-19疫苗,在一定程度上可缓解疾病流行带来的卫生资源需求冲击。

悬浮阵列技术在结核分枝杆菌检测中的研究进展

悬浮阵列技术(Luminex x MAP技术)是一种将编码微球捕获特定检测物的抗原、抗体或核酸探针等分子的有效方法。本文综述了结核分枝杆菌检测的研究进展,探讨以结核分枝杆菌的Rpo B基因和CYP141基因为靶标应用Luminex x MAP技术,构筑悬浮阵列体系,建立一种快速、灵敏、特异的方法,实现结核分枝杆菌及其耐药基因联合检测,拓展出一条更为经济、迅速、便捷的结核分枝杆菌快速检测新路径。

结核分枝杆菌通用检测方法的建立及应用

目的建立一种快速检测结核分枝杆菌的方法,并探讨其临床应用价值。方法以结核分枝杆菌细胞色素氧化酶(CYP141)基因为靶点设计多对引物和探针,用BLAST软件分析其特异性,优化PCR反应条件,用国家标准品(阴性参考品15份、阳性参考品15份、最低检出量参考品4份及重复参考品10份)和124份经培养鉴定的临床样本(结核分枝杆菌阳性75份)验证方法的可靠性和临床应用价值。结果国家阴性和阳性参考品的符合率均为100%,最低检出量参考品为不高于1×10~2cfu/ml;10份重复参考品均呈阳性,对临床样本检测的灵敏性和特异性分别为96.00%、97.96%,总符合率为96.77%,一致性好(Kappa值=0.933;χ~2=104.21,P<0.001)。结论建立了结核分枝杆菌通用型核酸检测方法,适用于卫生检疫系统和临床实验室应用。