2014-2020年上海市青浦区HIV抗体筛查和确证试验结果分析

目的了解辖区近年HIV检测工作情况,为艾滋病检测质量管理和艾滋病防治提供依据。方法对2014-2020年初筛有反应标本,按照《全国艾滋病检测技术规范(2009年、2015年和2020年修订版)》要求,分别采用四代酶联免疫吸附试验法(ELISA)、三/四带化学发光法、胶体硒法进行复检,对复检任一方法有反应标本采用免疫印迹法(Western Blot)进行确证。结果1374份复检有反应标本进行抗体补充试验,阳性为1156(84.13%),阴性为148份(10.77%),不确定为70份(5.10%);VCT门诊和医疗机构门诊是发现HIV感染的主要方式,ELISA法和胶体硒法复核有反应确证阳性率为95.12%,胶体硒法两种试剂复核均有反应确证阳性率为90.45%,高于单一ELISA法或胶体硒法复核。确证阳性15~40岁人群占多数(70.76%),其次为50岁以上人群(17.56%);男性∶女性为36.3∶1;确证阳性标本的S/CO比值>不确定标本>阴性标本;不确定标本中,p24和gp160条带出现频率分别为62.86%和52.86%,同时含有gp160、p24条带随访进展为阳性的占62.50%(10/16)。结论四代ELISA和胶体硒法联合复核能有效降低假阳性率,复检S/CO比值大小和确证条带分布有一定提示作用,对于不确定但条带有两条以上且筛查S/CO比值较高的标本,应及时进行核酸检测等补充试验或者积极跟进随访;加强青壮年和老年男性的艾滋病防病宣教。

沙门菌血清型多态性与PFGE分型及其相关性研究

目的分析上海青浦区沙门菌血清型的分布情况和分子分型多态性,以及血清型与分子分型的相关性。方法从2015—2018年的人源性样品中分离并收集384株沙门菌,采用玻片凝集法进行血清学分型,脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行基因分型,BioNumerics软件进行聚类分析。结果384株沙门菌可分为10个血清群、34个血清型别;以鼠伤寒和肠炎沙门菌为优势血清型,分别占24.7%和21.9%;常见血清型有伦敦、德尔卑、罗森、婴儿沙门菌等。341株菌株完成PFGE分型,以肠炎沙门菌的优势簇为主。结论2015—2018年上海市青浦区沙门菌的血清型别和基因型表现出多态性的特征,各年份优势血清型稳定。同一血清型的沙门菌分子分型基本位于同一聚类簇中,但有部分血清型沙门菌表现出高度的遗传变异性。

一起多血清型副溶血性弧菌聚集性腹泻事件的病原分析

目的了解一起聚集性腹泻事件中副溶血性弧菌的主要血清型、生物学特征的相关性和同源性,为流行病学调查提供实验室依据。方法采用流行病学方法调查聚集性腹泻事件,参照WS271-2007附录B3分离检测病原菌,聚合酶链反应测定毒力基因,最小抑菌浓度测定17种药物敏感度,脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行基因分型,BioNumerics软件进行聚类分析。结果该次事件分离得到21株副溶血性弧菌,其中20株来源于患者肛拭样品,1株分离自餐厅从业人员肛拭样品;以O3:K6 15株(71.43%)为优势血清型,均为耐热直接溶血素、toxRS-new、orf8-up阳性,耐热直接溶血素相关溶血素、toxRS-old阴性;O4:K8 4株(19.05%);O3:KUT和O4:KUT均仅有1株,各占4.76%。药敏试验结果基本一致,对两种药物(氨苄西林、头孢唑啉)100%耐药。PFGE分型按100%相似度分为7个型别。结论该次聚集性腹泻事件是以O3:K6血清型为主的不同克隆株副溶血性弧菌混合感染所致。

青浦区水产品中副溶血性弧菌污染状况与分子分型特征

目的了解副溶血性弧菌在青浦区部分市售水产品中的污染情况及分子分型。方法于不同季度,分别从酒店、农贸市场和大型超市采取鱼类、虾和贝类等标本,参照GB 4789.7,采用稀释培养计数(MPN)法进行副溶血性弧菌定量检测,并完成分离菌株毒力基因和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型的检测。结果 144份水产品中共检出副溶血性弧菌68份,阳性率为47.00%,虾类、贝类和鱼类中副溶血性弧菌几何平均数分别为465.2、291.0、146.1MPN/g;所检出菌株均不携带TDH和TRH 2种毒力基因,68株副溶血性弧菌PFGE共分为63种带型,呈现明显多态性。结论青浦区市售水产品中副溶血性弧菌污染较严重,应采取有效措施防止由水产品引起的副溶血性弧菌食源性疾病,该地区菌株间遗传同源关系较远。

上海市青浦地区成人腹泻病中沙门氏菌的感染状况和流行病学特征

目的了解上海市青浦地区成人腹泻病中沙门氏菌的感染状况和流行病学特征。方法选择2015年1月至2017年12月上海市青浦区某三级医院所有初诊疑似细菌性腹泻病例为研究对象,采集粪便标本进行肠道多病原分离,对实验室检测收集到的沙门氏菌采用玻片凝集试验进行血清分群。结果7 307例腹泻患者中,330例检出沙门氏菌,分离率为4.52%,其中259例(3.54%)为单一感染,71例(0.97%)为混合感染,混合感染占沙门氏菌检出例数的21.52%(71/330);沙门氏菌血清型以B、C群为主(63.03%),沙门氏菌感染引起的腹泻2-11月均有发生,流行以夏秋季多见,60岁以上年龄组(6.38%)和农民(6.46%)的检出率最高;临床症状以水样便腹泻为主,伴随脐周阵发性腹痛和恶心等症状;混合感染以C群沙门氏菌多见(29.11%);与单一感染相比,混合感染发热率较低,呕吐、腹痛和恶心的发生率较高,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论青浦区沙门氏菌混合感染较高,且临床症状较单一感染严重,有特有的流行特征和优势血清型,应强化重点人群健康行为的教育与干预,以降低沙门氏菌腹泻病的发生。

2016-2021年青浦区食品风险致病菌监测结果分析

目的了解并掌握青浦区2016-2021年食品中食源性致病菌污染状况,及时发现安全隐患,为开展食品安全风险评估和预防控制食源性疾病提供科学依据。方法依据《食品安全国家标准食品微生物学检验》和《国家食品污染和有害因素风险监测工作手册》方法,对青浦区市售21类1789件食品进行沙门菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌、创伤弧菌、致泻性大肠埃希菌、小肠结肠炎耶尔森菌和弯曲菌共9种食源性致病菌检测。结果2016—2021年共检出84株致病菌(4.64%),2017年检出率最高(12.91%)。共检出6种致病菌,以副溶血性弧菌检出率最高(11.30%),其次是蜡样芽孢杆菌(7.50%)、单核细胞增生李斯特菌(2.31%)、沙门菌(0.57%)、致泻性大肠埃希菌(0.19%)和金黄色葡萄球菌(0.18%),未检出其他3种致病菌;被污染食品依次为动物性淡海水产品(72.50%)、调理肉制品(48.15%)、生禽畜肉(15.38%)、熟制米面制品(15.00%)、凉拌菜(8.33%),再制蛋制品、自制烘焙食品、粽子等即食食品未检出致病菌。不同种类食品的致病菌总检出率比较,差异有统计学意义(P<0.05)。不同种类、不同加工方式的食品被致病菌污染的检出率比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。致病菌检出时限平均在1周以上。结论青浦区21类市售食品中存在5类食品有食源性致病菌污染,食品相关监管机构应针对致病菌污染较重的食品种类加强监督监测力度,防止交叉污染,采取有效措施切实预防食品安全等影响大众生活的问题发生。同时通过优化检测过程,缩短致病菌检出时限。

89株蜡样芽孢杆菌食品分离株携带毒力基因情况及PFGE分型研究

目的了解上海市青浦区食品中蜡样芽孢杆菌污染情况、蜡样芽孢杆菌毒力基因的携带情况及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型。方法参照GB4789.14-2014对729份食品样品(包含熟制米面制品、熟肉制品、学生午餐、酱料、蔬菜)进行蜡样芽孢杆菌的分离鉴定、生化分型;应用PCR对检出的蜡样芽孢杆菌进行9种腹泻毒素毒力基因和1种呕吐毒素毒力基因检测;使用PFGE分型方法及BioNumerics5.10软件进行聚类分析。结果该研究729份食品样品中检出89株蜡样芽孢杆菌,检出率为12.21%,其中熟制米面制品中蜡样芽孢杆菌检出数最多、检出率最高(35株,16.83%),生化分型以2型为主。9株菌株携带所有腹泻毒素毒力基因,14株携带呕吐毒素基因ces。PFGE结果显示,89株菌株可分为85个带型,NotⅠ酶切可得5~12条DNA片段,存在带型完全一致菌株。结论上海市青浦区熟制米面制品、熟肉制品、学生午餐等食品中均能检出蜡样芽孢杆菌且毒力基因携带率较高,存在同地点采样不同样品受相同菌株污染的情况,需加强食品的常规监测,预防食品受污染后引起的食源性疾病,保障公众食品安全,排除潜在食源性风险。

2015-2019年上海某院致泻性大肠埃希菌流行与耐药特征

目的了解上海市青浦区腹泻病监测定点医院上海复旦大学附属中山医院青浦分院(以下简称该院)2015-2019年腹泻门诊致泻性大肠埃希菌的流行和耐药特征。方法收集该院2015-2019年腹泻门诊患者中经传统细菌学分离鉴定的致泻性大肠埃希菌菌株,使用微量肉汤稀释法测定抗菌药物敏感性,进行耐药性分析。结果2015-2019年该院腹泻门诊患者中致泻性大肠埃希菌的检出率为11.42%(513/4494),主要为肠产毒性大肠埃希菌(66.08%、339株),其次为肠致病性大肠埃希菌(18.91%、97株)和肠集聚性大肠埃希菌(14.42%、74株)。完成500株致泻性大肠埃希菌的药物敏感性试验,耐药以萘啶酸(60.20%)最严重,其次为氨苄西林(57.80%),其他依次为复方磺胺甲噁唑(31.40%)、磺胺异噁唑(30.20%)和四环普林(27.60%)。各毒力分型致泻性大肠埃希菌对不同抗菌药物的耐药性不同,肠产毒性大肠埃希菌对11种抗菌药物的耐药率低于肠致病性大肠埃希菌、肠集聚性大肠埃希菌,差异有统计学意义(P<0.05)。2015-2019年多重耐药(MDR)率为46.40%;不同毒力分型间的MDR率比较,差异有统计学意义(P<0.05);不同职业、户籍患者的MDR率比较,差异有统计学意义(P<0.05)。发现52株产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)菌株,3株对碳青霉烯类抗菌药物耐药菌株。结论青浦区该腹泻病监测定点医院腹泻门诊致泻性大肠埃希菌菌株的耐药情况和MDR情况相对严峻,其耐药与菌株毒力分型、人群职业等有关;同时发现碳青霉烯类抗菌药物耐药株和多株产ESBLs菌株,需引起医疗单位重视并加以防控。

2015至2019年上海某区致泻性大肠埃希菌感染性腹泻的流行特征分析

目的:了解上海市某区2015至2019年致泻性大肠埃希菌引起感染性腹泻的流行状况与特征,为防控感染性腹泻提供参考。方法:收集2015至2019年上海市青浦区某三级医院初诊为疑似细菌性腹泻,经实验室诊断分离出致泻性大肠埃希菌的病例监测数据,采用描述性流行病学方法分析其流行特征。结果:2015至2019年从4494份患者粪便或肛拭标本中检出513例致泻性大肠埃希菌,检出率为11.42%,主要为产毒性大肠埃希菌(66.08%,339例),其次为黏附性大肠埃希菌(18.91%,97例)和致病性大肠埃希菌(14.42%,74例);2015至2019年致泻性大肠埃希菌检出率分别为9.10%、11.35%、16.57%、10.30%和10.67%,差异有统计学意义(χ^(2)=116.962,P<0.001);其引起的感染性腹泻常见于夏秋季节,腹泻症状以水样便为主(87.13%,447例),部分伴随腹痛、恶心、呕吐或发热等,其中86.16%为单一感染,混合感染组的发热率和腹痛率均低于单一感染组,差异有统计学意义(发热:χ^(2)=4.936,P=0.026;腹痛:χ^(2)=17.079,P<0.001);不同年龄组检出率差异有统计学意义(χ^(2)=40.672,P<0.001),以21~30岁组检出率最高(15.97%);干部职员(17.48%)、医务人员(18.18%)和教师(18.60%)等职业检出率较高,不同职业检出率差异有统计学意义(χ^(2)=23.554,P=0.001)。结论:上海市青浦地区致泻性大肠埃希菌检出率较高,以产毒性大肠埃希菌为主,呈现当地流行特征,以工人群体为主,年龄组、各种职业间检出率差异有统计学意义,监测其流行状况与特征,可有效为防控致泻性大肠埃希菌引起感染性腹泻提供科学数据。

2020年上海市青浦区肉制品中单增李斯特菌分子分型及耐药性分析

为了解2020年上海市青浦区肉制品中单增李斯特菌的污染状况、分子分型及耐药情况,按照《国家食品污染和有害因素风险监测工作手册》检测肉制品中的单增李斯特菌,使用微量肉汤稀释法(MIC法)进行抗菌药物敏感性试验,应用PFGE分子分型并采用BioNumerics软件分析聚类。结果显示,111份肉制品中单增李斯特菌的检出率为12.61%,生、熟肉制品的检出率存在统计学差异(χ_(c)^(2)=29.09,P<0.05)。药敏试验表明,一株菌多重耐药——所有株菌对头孢西丁均耐药(100%),其次为苯唑西林(21.43%)。PFGE结果表明,LM聚类分析呈整体多态性且无聚集。结论为,2020年上海市青浦区肉制品中,鸡肉类生肉制品的单增李斯特菌污染情况严重,对头孢西丁完全耐药,极个别菌株存在多重耐药率。此外,分型带型存在多态性,为散发污染。因此,应加强对肉制品的安全监测,关注耐药菌株发展趋势,预防爆发性食品安全事件。

不同标本前处理方法对新型冠状病毒核酸检测结果的影响

目的分析不同标本前处理方法对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测结果的影响。方法选取该院SARS-CoV-2核酸检测结果为阳性的18份未灭活咽拭子标本为研究对象。分别采用56℃金属浴30 min、56℃金属浴60 min、56℃水浴30 min、56℃水浴60 min、化学裂解15 min、化学裂解30 min 6种方法进行标本前处理,分析各方法处理后的检测结果。结果经56℃水浴30 min、56℃水浴60 min处理后,开放读码框1ab(ORF1ab)基因检出率分别为94.44%、100.00%,核衣壳蛋白(N)基因检出率均为100.00%,假阴性率均为0.00%。经56℃金属浴30 min、56℃金属浴60 min处理后,ORF1ab基因检出率分别为83.33%、77.78%,N基因检出率分别为88.89%、77.78%,假阴性率均为5.56%。经化学裂解15 min、化学裂解30 min处理后,ORF1ab基因检出率分别为77.78%、50.00%,N基因检出率分别为77.78%、61.11%,假阴性率分别为11.11%、38.89%。结论SARS-CoV-2核酸检测标本前处理方法应首选56℃水浴60 min和56℃水浴30 min,而化学裂解法对标本核酸检测结果影响最大,不建议在日常实验中使用。

上海青浦区2015-2019年成人腹泻病监测分析

目的了解上海市青浦区2015—2019年成人腹泻病监测的病原谱和流行病学特征,为腹泻病防控提供科学依据。方法以2015—2019年在复旦大学附属中山医院青浦分院肠道门诊就诊的成人腹泻病例为监测对象,以1:8的抽样间隔采集粪便标本,按照监测方案要求进行相关的细菌分离培养和病毒检测并进行分析。结果青浦区2015—2019年5年间就诊的成人腹泻病例数逐年增加。就诊病例高峰在夏季(6—8月)。从1832例病例中检出929例病原体阳性,检出率为50.71%。在929例阳性标本中共包含1069株菌毒株。单一细菌感染的为512例,检出率为27.95%,主要包括副溶血性弧菌215例、致泻性大肠埃希菌184例、沙门氏菌80例。单一病毒感染的为282例,检出率为15.39%,主要包括诺如病毒GⅡ型158例和轮状病毒A组42例。细菌在夏季(6—8月)检出率最高;病毒在冬季(12—2月)检出率最高。结论青浦区腹泻病病原体检出情况呈现明显的季节性分布,副溶血性弧菌、致泻性大肠埃希菌、诺如病毒GII型是本区的优势病原体。针对病原谱分布和流病特征可对居民开展有针对性的健康教育策略,并采取相应的干预措施,降低传染病发病风险。

基于腹泻多病原监测研究副溶血性弧菌的感染状况和疾病负担

目的 了解上海市青浦区副溶血性弧菌腹泻病感染状况和疾病负担。方法 2015年1月至2016年12月,选择上海市青浦区某三级医院所有初诊疑似细菌性腹泻病例为研究对象,采集粪便标本进行肠道多病原分离,对实验室诊断为副溶血性弧菌的食源性腹泻病例通过入户调查方式了解其医疗费用。结果 6 129例腹泻患者中,确诊为细菌性腹泻患者1 092例（17.82%,1 092/6 129）,其中646例检出副溶血性弧菌,分离率为10.54%,578例为单一感染（9.43%）,68例为混合感染（1.10%）;95.50%的副溶血性弧菌菌株携有直接溶血素基因（tdh）;流行峰值7—8月,病例以40~60岁年龄组和农民较常见;混合感染以感染副溶血性弧菌和沙门菌最常见,与单一感染相比,发热率差异有统计学意义（χ~2=8.003,P〈0.05）。副溶血性弧菌阳性病例直接医疗费用为（338.75±191.45）元,直接非医疗费用（59.83±74.94）元;农村患者的直接医疗费用和间接非医疗费用均高于城市（P〈0.05）;治疗中抗生素使用比率较高,且使用抗生素的直接医疗费用高于不使用抗生素组（t=2.531,P〈0.05）。结论 副溶血性弧菌腹泻病例症状较轻,发病率较高,存在一定混合感染;农民的疾病负担较重。应强化重点人群卫生知识宣传,提倡就近治疗和优化诊疗方式,以降低经济负担。

2015-2016年上海市青浦区副溶血性弧菌菌型分布及耐药分析

目的掌握上海市青浦区近几年副溶血性弧菌的菌型分布和耐药情况。方法搜集2015-2016年两年间副溶血性弧菌,利用血清凝集法分析血清型分布、PCR检测毒力基因分布、大流行株基因和耐药抗性基因的携带情况,采用肉汤稀释法测定副溶血性弧菌MIC值并分析其耐药性。结果在获得的202株菌株血清分型中共16种血清型,以O3群(54.95%)为主,其次是O4群(38.12%)。95.62%(n=457)的菌株携带tdh毒力基因;以tdh+的O3∶K6大流行克隆株为主,携带toxRS new和丝状噬菌体(orf8)基因。副溶血性弧菌主要对头孢唑啉、阿莫西林/克拉维酸和氨苄西林出现较严重耐药情况,耐药基因筛选结果:TEM基因有3株阳性,SHV基因有1株阳性,未发现OXA基因阳性。结论上海市青浦区副溶血性弧菌菌型以O3群为主,尤其tdh+的O3∶K6大流行克隆株,携带toxRS new和orf8基因。目前副溶血性弧菌对美国疾控中心推荐用药处于敏感状态,耐药抗性基因值得关注。

一起金黄色葡萄球菌引起食物中毒的病原溯源

目的分离鉴定病原菌,查明食物中毒原因;运用基因分型技术对分离菌进行溯源性分析。方法采用传统细菌学检测方法分离、鉴定病原菌,酶联免疫吸附法(ELISA)检测肠毒素分型,脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行基因分型,用Bio Numerics软件进行聚类分析和病原溯源。结果此次食物中毒共分离到4株金黄色葡萄球菌,从患者肛拭样中分离出3株,从餐厅从业人员肛拭样中分离出1株,均携带同种金黄色葡萄球菌肠毒素(staphylococcal enterotoxin,SE),PFGE分型为同一带型,属同一克隆。结论此次食物中毒是由产SEA型肠毒素的同一克隆株金黄色葡萄球菌引起。

2015—2019年上海市青浦区腹泻门诊致泻性大肠埃希菌的耐药情况及分子分型

目的分析2015—2019年上海市青浦区腹泻门诊病例中5种致泻性大肠埃希菌(DEC)分离株的耐药情况和多位点序列分型。方法于2015年1月至2019年12月,采集上海市复旦大学附属中山医院青浦分院腹泻门诊病例的肛拭子样本,将经分离培养鉴定为DEC的菌株以微量肉汤稀释法测定菌株的最小抑菌浓度。根据药敏试验结果,选取对第三代头孢菌素类或碳青霉烯类等抗生素耐药,或产超广谱β-内酰胺酶的菌株进行全基因组测序。基于测序获得的MLST分型,通过BioNumerics 7.6软件构建最小生成树,分析当地优势菌群。结果从4494份肛拭样本中共分离出513株DEC,检出率为11.42%;完成其中500株对4类9种抗生素的抗生素药物敏感性试验,分别为330株产毒性大肠埃希菌(ETEC)、72株黏附性大肠埃希菌(EAEC)、95株致病性大肠埃希菌(EPEC)、1株出血性大肠埃希菌(EHEC)和2株侵袭性大肠埃希菌(EIEC)。2015—2019年不同年份间对头孢噻肟-克拉维酸的耐药检出率差异有统计学意义(P<0.05);各毒力分型DEC对萘啶酸的耐药检出率差异有统计学意义(P<0.05)。71株DEC的全基因组测序结果显示,共检测到77种耐药基因,并被归类为32个ST分型,优势基因型为ST-1491(29.6%,21/71)和ST-10 Complex(23.9%,17/71)。其中,ST-1491全部产ESBLs,均为bla_(CTX-M)耐药基因突变株,ST-10 Complex优势基因型为ST-218(35.3%,6/17)。8株EAEC、14株EPEC和49株ETEC分别被归类为7个、14个和18个ST分型。结论上海市青浦区腹泻门诊病例的DEC对重点药物的耐药情况较严重;EAEC和EPEC的ST分型呈高度多样性,当地优势ST型与国内东南地区的常见基因型基本一致。