目的:基于网络药理学探讨淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的靶点和机制。方法:中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选淫羊藿活性成分及靶基因,GeneCards数据库获取多囊卵巢综合征相关基因,Venny将淫羊藿靶基因与PCOS相关基因映射,Cytoscape3.2.1...目的:基于网络药理学探讨淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的靶点和机制。方法:中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选淫羊藿活性成分及靶基因,GeneCards数据库获取多囊卵巢综合征相关基因,Venny将淫羊藿靶基因与PCOS相关基因映射,Cytoscape3.2.1软件构建淫羊藿-成分-靶点-疾病网络,STRING10.5软件构建PPI网络互作图和Origin9.1软件对PPI网络中的前30位蛋白绘制条形图,最后使用David v 6.8数据库将淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的共同靶点做GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果:共得到淫羊藿候选药效成分23个,涉及作用靶点106个,多囊卵巢综合征相关基因3739个,淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的关键化合物21个,共同作用靶点67个。GO功能富集主要包含序列特异性DNA结合、转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等。KEGG富集通路主要有PI3K-AKt信号通路、TNF信号通路等72条。结论:筛选和分析淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的作用机制,为后续进行深入研究提供了一定思路和参考。展开更多
目的:基于网络药理学和分子对接探讨班氏促卵助孕汤对卵巢储备功能低下的影响。方法:通过中药系统药理学(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、中药分子机制分析中药综合数据库(...目的:基于网络药理学和分子对接探讨班氏促卵助孕汤对卵巢储备功能低下的影响。方法:通过中药系统药理学(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、中药分子机制分析中药综合数据库(traditional Chinese medicine integrative database for herb molecular mechanism analysis,TCMID)、借助中药分子机理的生物信息学分析工具(bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional chinese medicine,BATMAN-TCM)检索班氏促卵助孕汤的活性成分以及作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获取卵巢储备功能低下的相关靶标。由Cytoscape软件和STRING数据库建立药物-化合物-靶标网络、靶标蛋白互作PPI网络。R语言的cluster Profiler工具包对于核心靶点展开基因本体(gene ontology,GO)功能富集以及基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。最后,对药物活性成分与疾病靶点进行分子对接验证。结果:根据筛选条件得到245个化合物和250个药物相应靶点。PPI核心网络包含80个蛋白,关键蛋白涉及INS、IL6、APP、VEGFA、EGFR、MAPK8等。GO功能富集分析取得1296个条目(P<0.05),其中生物过程(biological process,BP)1094个,细胞组成(cell composition,CC)88个,分子功能(molecular function,MF)114个;KEGG通路富集有63条通路与卵巢储备功能低下相关(P<0.05),涉及cAMP信号通路、HIF-1信号通路、雌激素信号通路、催乳激素信号通路等。分子对接结果表明,班氏排卵促孕汤的主要活性成分槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇与核心靶点INS、IL6、APP具有较好的结合活性。结论:班氏促卵助孕汤中的活性化合物可通过多靶点、多通路治疗卵巢储备功能低下。展开更多
文摘目的:基于网络药理学探讨淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的靶点和机制。方法:中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选淫羊藿活性成分及靶基因,GeneCards数据库获取多囊卵巢综合征相关基因,Venny将淫羊藿靶基因与PCOS相关基因映射,Cytoscape3.2.1软件构建淫羊藿-成分-靶点-疾病网络,STRING10.5软件构建PPI网络互作图和Origin9.1软件对PPI网络中的前30位蛋白绘制条形图,最后使用David v 6.8数据库将淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的共同靶点做GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果:共得到淫羊藿候选药效成分23个,涉及作用靶点106个,多囊卵巢综合征相关基因3739个,淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的关键化合物21个,共同作用靶点67个。GO功能富集主要包含序列特异性DNA结合、转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等。KEGG富集通路主要有PI3K-AKt信号通路、TNF信号通路等72条。结论:筛选和分析淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的作用机制,为后续进行深入研究提供了一定思路和参考。
文摘目的:基于网络药理学和分子对接探讨班氏促卵助孕汤对卵巢储备功能低下的影响。方法:通过中药系统药理学(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、中药分子机制分析中药综合数据库(traditional Chinese medicine integrative database for herb molecular mechanism analysis,TCMID)、借助中药分子机理的生物信息学分析工具(bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional chinese medicine,BATMAN-TCM)检索班氏促卵助孕汤的活性成分以及作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获取卵巢储备功能低下的相关靶标。由Cytoscape软件和STRING数据库建立药物-化合物-靶标网络、靶标蛋白互作PPI网络。R语言的cluster Profiler工具包对于核心靶点展开基因本体(gene ontology,GO)功能富集以及基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。最后,对药物活性成分与疾病靶点进行分子对接验证。结果:根据筛选条件得到245个化合物和250个药物相应靶点。PPI核心网络包含80个蛋白,关键蛋白涉及INS、IL6、APP、VEGFA、EGFR、MAPK8等。GO功能富集分析取得1296个条目(P<0.05),其中生物过程(biological process,BP)1094个,细胞组成(cell composition,CC)88个,分子功能(molecular function,MF)114个;KEGG通路富集有63条通路与卵巢储备功能低下相关(P<0.05),涉及cAMP信号通路、HIF-1信号通路、雌激素信号通路、催乳激素信号通路等。分子对接结果表明,班氏排卵促孕汤的主要活性成分槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇与核心靶点INS、IL6、APP具有较好的结合活性。结论:班氏促卵助孕汤中的活性化合物可通过多靶点、多通路治疗卵巢储备功能低下。