尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼及其正、反杂交群体的遗传多样性

用7对微卫星引物检测了尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）和奥利亚罗非鱼（O.aureus）群体及其正、反交群体共128个个体的遗传多样性。共检测到38个等位基因,尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、正交群体和反交群体的平均等位基因数分别为4.0、1.4、5.3和2.7,平均PIC值分别为0.557、0.099、0.590和0.497,平均观测杂合度分别为0.505、0.071、0.826和0.883,平均期望杂合度分别为0.622、0.117、0.684和0.598,杂合子偏离指数（D）分别为-0.146、-0.241、0.215和0.522。结果表明,正交群体的遗传多样性比两个亲本群体都高,反交群体介于两个亲本群体之间;正交群体的观测杂合度和期望杂合度也高于两亲本群体,反交群体的期望杂合度介于两者之间,但实际观测杂合度却最高;两亲本群体存在一定的杂合子缺失,而杂交群体则存在杂合子增加的现象,尤其是反交群体的观测杂合度大量增加。卡方检验表明,正交群体偏离Hardy-Weinberg平衡的位点较少（3个位点）,而其他3个群体大部分位点均偏离平衡,存在遗传漂变现象。4个养殖群体间遗传分化具有显著性（FST为0.081-0.610,P〈0.01）。UPGMA系统树显示,正交种与尼罗罗非鱼的亲缘关系较近。表明正交群体受亲本群体的影响最大,其生长优势除了性别因素外,遗传因素可能也具有重要作用。

三种海豚线粒体COI基因的序列分析

对瓶鼻海豚(Tursiops truncatus)、中华白海豚(Sousa chinensis)和糙齿海豚(Steno bredanensis)的线粒体DNA COI基因进行了测序分析。PCR产物约700bp。扩增产物直接测序,去除引物序列后分别获得643、618和618bp的核苷酸序列。碱基组成平均为,T:31·07%,C:26·13%,A:27·27%,G:15·50%,GC含量为41·63%,其中碱基G的含量明显较低。与Gen Bank中9种鲸的同源序列比对,去除部分端部序列后得到597个比对位点,包括141个简约信息位点,43个单突变子,无插入/缺失位点。12种鲸的种间序列差异较大,其序列变异度在2·1%～17·1%之间。597个比对位点编码199个氨基酸,其中有9个氨基酸发生改变,其中一个氨基酸突变可将齿鲸亚目和须鲸亚目分开。NJ系统树表明,海豚科形成单系类群,瓶鼻海豚和中华白海豚的亲缘关系较近。上述分析表明,COI基因可用于鲸类的种类鉴定和系统发育分析。

吉富罗非鱼不同选育群体的遗传多样性

用微卫星和扩增片段长度多态性（amplmed fragment lengh polymorphism，AFLP）分子标记对海南、广州和青岛吉富品系尼罗罗非鱼的遗传多样性和遗传分化进行了研究。9对微卫星引物和4对AFLP引物的分析结果一致。微卫星分析表明，青岛吉富鱼的平均等位基因数（4．8）、平均观测杂合度（0．528）、平均多态信息含量（0．605）最高，海南吉富鱼的平均等位基因数（4．4）、平均观测杂合度（0．479）、平均多态信息含量（0．549）最低。AFLP分析显示，青岛吉富鱼的多态位点比例（48．4％）和基因多样性（0．245）最高，海南吉富鱼的多态位点比例（36．3％）和基因多样性（0．147）最低。这些表明，青岛吉富鱼的遗传多样性最高，海南吉富鱼最低。遗传分化分析表明，两两群体间遗传分化显著（微卫星以，为0．07—0．11，P〈0．01；AFLP峙为0．24—0．29，P〈0．01）。AMOVA分析显示，大部分遗传变异（微卫星的分析结果为91．26％；AFLP的为67．6％）来源于群体内个体间，表明吉富鱼选育品系尚具有进一步选育的潜力。

尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus、奥利亚罗非鱼O.aureus和红罗非鱼O.sp.群体遗传多样性的比较

用9对微卫星引物对尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus、奥利亚罗非鱼O.aureus和红罗非鱼O.sp.群体的遗传变异进行了比较研究。在3个群体109个个体中共检测到60个等位基因,3个群体的平均等位基因数分别为4.11、1.33和3.44,平均观测杂合度分别为0.528、0.056和0.491,平均期望杂合度分别为0.644、0.091和0.526,平均多态信息含量分别为0.580、0.077和0.466。杂合子偏离度D值分别为0.148、0.222和0.044,表明3个罗非鱼群体存在不同程度的杂合子缺失。卡方检验表明3个群体的大部分位点偏离Hardy-Weinberg平衡,存在遗传漂变现象。群体间遗传分化显著(遗传分化指数FST在0.329到0.656之间,P<0.01)。尼罗罗非鱼和红罗非鱼群体间的遗传距离最小(0.47)。上述分析表明,尼罗罗非鱼的遗传多样性最高,奥利亚罗非鱼的遗传多样性最低,群体间分化显著。表明尼罗罗非鱼和红罗非鱼尚具有一定的选育潜力,而奥利亚罗非鱼遗传多样性低,不利于选择育种,需要引进新的种群。

瓶鼻海豚、中华白海豚和糙齿海豚线粒体16S rRNA基因的序列分析

采用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增瓶鼻海豚、中华白海豚和糙齿海豚的线粒体DNA16S rRNA基因,获得了大约600bp的片段。扩增产物直接测序,去除引物序列后分别获得515、519和529bp的核苷酸片段。碱基组成平均为T25·8%,C20·7%,A32·1%,G21·4%,GC含量为42·1%。与35种鲸豚类的55条同源序列比对,去除部分端部序列后得到497个比对位点,包括14个插入/缺失位点和127个变异位点(104个简约信息位点,23个单突变子)。序列比较表明,我国水域的瓶鼻海豚和中华白海豚与国外种存在一定的差异。NJ聚类分析结果与目前的主流观点基本相同,即须鲸亚目形成单系群而齿鲸亚目则为多系群,后者包括海豚总科、抹香鲸总科、喙鲸总科和淡水豚总科。其中抹香鲸总科与须鲸亚目聚合在一起,然后与海豚总科聚合再与喙鲸总科相聚。淡水豚总科为一并系群并处于整个鲸豚类的基部,其中恒河豚科是最早分化的一支。但在海豚总科中,鼠海豚科的江豚则与一角鲸科的白鲸聚合一起,与形态分类不同。

基因组微卫星DNA位点的分离方法及其在水产动物中的应用

微卫星 DNA 是分布于基因组的1～6个碱基组成的串联重复序列,或简单序列重复。微卫星 DNA 具有多态性高、数量丰富、共显性遗传和分析简单等特点,应用越来越广泛,已成为最受青睐的分子标记之一。微卫星分子标记的获得首次必须从实验生物中分离。分离微卫星 DNA 位点的方法有多种。文章对几种微卫星 DNA 位点分离技术进行介绍和分析比较,为选择合适的分离方法提供参考。

微卫星DNA标记在水产养殖中的应用

微卫星具有多态性高、数量丰富、共显性遗传和分析简单等优点,已成为最受青睐的分子标记之一;并在农业动植物的遗传多样性、遗传结构和遗传育种研究和生产上得到广泛的应用,但在水产养殖中的应用还处于初始阶段。简要介绍了微卫星DNA标记在水产养殖中的应用及发展前景。

企鹅珍珠贝热休克蛋白70基因的克隆与序列比较分析

采用同源克隆和锚定PCR技术,从企鹅珍珠贝Pteria penguin中克隆到热休克蛋白hsp70基因的cDNA全序列。cDNA全长2 308 bp,3’非编码区域(UTR)为234 bp,5’UTR为118 bp,开放阅读框(ORF)为1 956 bp,编码651个氨基酸,分子量为70.97 kd,理论等电点为5.24,有2个糖基化位点:NKSI和NVSA,并含有HSP70家族的3个签名序列:IDLGTTYS,DLGGGTFD和IVLVGGSTRIPKIQK,以及C末端的保守序列EE-VD。结合BLAST分析的结果,可以确认获得的cDNA序列为企鹅珍珠贝HSP70的编码序列。与合浦珠母贝Pinctada fucata hsp70的氨基酸序列相比,企鹅珍珠贝多1个糖基化位点NVSA,少1个氨基酸,包括1个氨基酸插入和2个缺失。两者的氨基酸序列一致性高达92%,突变位点52个;两者的核苷酸序列一致性高达79%,突变位点416个。系统发育分析表明两者的亲缘关系最近,与传统分类相符,然后与太平洋牡蛎等聚合在一起。该基因的克隆和比较分析为进一步深入研究珍珠贝类的抗逆机理、抗性育种及其进化具有重要意义。

合浦珠母贝热休克蛋白hsp70基因的克隆与表达分析

采用同源克隆和RT-PCR技术对合浦珠母贝(Pinctada fucata)热休克蛋白hsp70基因进行了克隆和表达分析。获得cDNA全长序列2 365 bp,其中3’非编码区域(UTR)为318 bp,5’UTR为88 bp,开放阅读框(ORF)为1 959 bp,编码652个氨基酸,分子量约为71.39 kD,理论等电点为5.22,并含有3个HSP70家族的签名序列IDLGTTYS、DLGGGTFD和EEVD。同源性分析表明,合浦珠母贝HSP70的氨基酸序列与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)等双壳贝类的相似性高达86%以上,基于氨基酸序列的聚类分析表明,合浦珠母贝与牡蛎属种类亲缘关系最近。高温、高盐刺激后,半定量RT-PCR检测发现hsp70基因的表达明显增加,高温刺激的表达量高于高盐刺激,高温刺激组不同组织的表达量由大到小依次为鳃、消化腺、外套膜、肌肉、性腺,高盐刺激组不同组织的表达量由大到小依次为鳃、外套膜、肌肉、消化腺、性腺,表明HSP70参与了机体对刺激的应答过程。该基因的克隆为进一步深入研究合浦珠母贝的抗逆机理及其遗传改良奠定了重要基础。

浅色黄姑鱼线粒体16S rRNA基因片段序列特征分析

PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位点、55个单突变子和16个插入/缺失位点。聚类分析显示,浅色黄姑鱼与黄姑鱼亲缘关系较近,与形态分类相符。

我国主要养殖罗非鱼的16S rRNA序列特征分析

对我国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥(尼罗♀×奥利亚♂)和红罗非鱼(莫桑比克×尼罗)的线粒体16S rRNA部分序列进行了PCR扩增和测序分析,探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。PCR产物经直接测序,5种罗非鱼中大部分个体均获得长546 bp的基因序列。其碱基组成GC含量为47.4%。序列比对分析显示变异位点18个,没有插入/缺失位点,转换/颠换比率为2.7。序列分析表明,红和奥利亚各有2个单倍型,尼奥、莫桑比克与尼罗各有1个单倍型。其中,尼奥与尼罗的单倍型序列相同,莫桑比克与红罗非鱼的1个单倍型序列相同。表明部分红罗非鱼的母本为莫桑比克。UPGMA聚类分析表明,尼奥与尼罗聚成一支、红罗非鱼与莫桑比克成一支、奥利亚独成一支。

中国主要养殖罗非鱼亲缘关系的COI序列分析

对中国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥（尼罗×奥利亚）、奥尼（奥利亚×尼罗）和红罗非鱼（莫桑比克×尼罗）的线粒体COI基因的部分序列进行了PCR扩增、克隆和测序分析，探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。6种罗非鱼中大部分个体均获得长586-708bp的基因序列。其碱基组成GC含量为47．7％。序列分析表明，莫桑比克罗非鱼2个个体分为2个单倍型，单倍型之间的碱基差异为1个碱基，其余几种罗非鱼均只有1个单倍型。其中，尼罗和尼奥、奥利亚和奥尼的单倍型序列相同，但种间核苷酸序列差异达4．3％-7．7％。根据聚类分析结果可将这6个（杂）种分为3个组：尼罗-尼奥，红罗-莫桑比克和奥利亚-奥尼罗非鱼组。其中前2组亲缘关系较近，与后1组亲缘关系较远。表明C01可作为罗非鱼种类判别和亲缘关系分析的重要标记。

凡纳滨对虾不同世代生长性状的变异

对从美国进口的选育凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）海南群体（进口亲虾繁育的第1世代，G1）、山东和饶平群体（G2）、湛江2和湛江3群体（G3）、湛江1和上海群体（C,4）共7个养殖群体4个世代1150个个体的生长性状体长和体重进行了分析。7个群体的平均体长（范围）分别为14．76（13．25～15．99）、8．46（6．28～10．48）、9．24（4．28～10．70）、7．75（5．13～9．36）、11．38（8．13～14．12）、5．25（3．47～6．83）和7．14（4．14～9．00），变异系数分别为0．04、0．08、0．08、0．09、0．12、0．14、0．14，平均体重（范围）分别为33．41（24．33～39．74）、5．19（1．80～9．68）、6．95（3．18～11．34）．4．62（1．52～9．87）、15．03（6．00～26．96）、1．47（0．48～3．42）、3．29（0．49～6．20），变异系数分别为0．10、0．23、0．21、0．27、0．32、0．39、0．36。体长和体重的变异系数随着繁育世代的增加而增加，其中体重的变异系数每繁殖1代增加10％，其第1代的变异系数与美国选育的亲本群体相同。体长、体重相关与回归分析表明，体长与体重相关极显著（P〈0．01），体长和体重的回归方程为形=0．0L。表明随着繁育世代的增加，生长性状逐代分化。