期刊文献+
共找到239篇文章
< 1 2 12 >
每页显示 20 50 100
杨忠志词二首
1
作者 杨忠志 《扬子江(诗刊)》 CSSCI 北大核心 2018年第6期72-72,共1页
临江仙·金陵春梦,十里秦淮流碧水,赏春雨杏花天。鼓楼菊展醉中观。初心逢古寺,伴旅紫金山。五十余年成一梦,乡居犹忆瞻园。金陵欲访亦难还。青春多少事,把酒作笑谈。
关键词 临江仙 紫金山 金陵 成一
原文传递
原子-键电负性均衡方法中的σπ模型及应用 被引量:22
2
作者 杨忠志 丛尧 王长生 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1999年第11期1781-1783,共3页
Based on density functional theory and electronegativity equalization principle, a σπ model, which considers the structure of double bond for the first time, is developed. In this model the double bond is partitione... Based on density functional theory and electronegativity equalization principle, a σπ model, which considers the structure of double bond for the first time, is developed. In this model the double bond is partitioned into one σ bond region and four π bond regions. The atom bond electronegativity equalization method plus σπ model(ABEEM σπ ) is then proposed for the calculation of charge distribution and charge polarization in large molecules. It has been shown that the results of charge distribution in large molecules obtained by ABEEM σπ model agree with those obtained by ab initio method very well. In addition, the model can be used to explain the region selectivity of Diels Alder reaction successfully. All these indicate that ABEEM σπ model is reasonable and reliable. 展开更多
关键词 密度泛函理论 电负性均衡 电荷分布 双键
下载PDF
并行程序实现ABEEM σπ模型电荷分布计算 被引量:5
3
作者 杨忠志 刘娇 +2 位作者 宫利东 刘青昆 马丽 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2008年第2期177-180,共4页
对以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础发展的原子-键电负性均衡方法中的σπ模型(ABEEM σπ模型)进行分析得出,利用该模型计算分子体系的电荷分布时,最耗费时间的部分是求解线性方程组.根据解线性方程组的串行程序,我们提出在并行... 对以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础发展的原子-键电负性均衡方法中的σπ模型(ABEEM σπ模型)进行分析得出,利用该模型计算分子体系的电荷分布时,最耗费时间的部分是求解线性方程组.根据解线性方程组的串行程序,我们提出在并行环境下不带平方根的Cholesky分解方法.结果表明,利用改编后的并行程序能快速而准确地计算分子的电荷分布,算法随着矩阵规模的增大,并行效率也随之增高,即分子体系越大结果越理想.因此本算法适用于大规模问题的计算. 展开更多
关键词 ABEEM σπ模型 电荷分布 并行计算 CHOLESKY分解
下载PDF
血红素近轴侧基氢键的ABEEM/MM分子动力学模拟 被引量:11
4
作者 杨忠志 崔宝秋 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1332-1336,共5页
应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系.同时表明,血红素轴配体的柔性与其... 应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系.同时表明,血红素轴配体的柔性与其邻近的氨基酸和咪唑体积有关. 展开更多
关键词 ABEEM/MM力场 动力学模拟 血红素 咪唑基 氢键
下载PDF
原子边界半径的半经验方法和从头计算方法关系的探讨 被引量:5
5
作者 杨忠志 刘利 张明波 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2003年第1期50-55,共6页
根据计算原子边界半径的理论方法(半经验方法,从头计算方法),对半经验方法与从头计算方法的关系进行了探讨,发现二者具有较好的一致性,这验证了半经验方法中所采用的假设的合理性,由其计算得到的原子边界半径代表着原子的有效半径,且与... 根据计算原子边界半径的理论方法(半经验方法,从头计算方法),对半经验方法与从头计算方法的关系进行了探讨,发现二者具有较好的一致性,这验证了半经验方法中所采用的假设的合理性,由其计算得到的原子边界半径代表着原子的有效半径,且与其它方法所得到的原子半径有着较好的关联. 展开更多
关键词 原子边界半径 半经验方法 从头计算方法 原子结构 原子半径 有效半径
下载PDF
应用分子形貌理论研究类SN2反应 被引量:3
6
作者 杨忠志 闵芳 +2 位作者 赵东霞 宫利东 丁艳丽 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第12期2381-2388,共8页
应用分子形貌理论,研究了类SN2反应过程中的沿着IRC路径上固定点的分子形貌的特征,计算给出了形状和电子密度特征参数以及各键的Dpb值.应用Matlab程序绘制了分子特征边界轮廓上的电子密度分布的三维图像,即分子形貌像,给出了这类反应的... 应用分子形貌理论,研究了类SN2反应过程中的沿着IRC路径上固定点的分子形貌的特征,计算给出了形状和电子密度特征参数以及各键的Dpb值.应用Matlab程序绘制了分子特征边界轮廓上的电子密度分布的三维图像,即分子形貌像,给出了这类反应的动态变化过程. 展开更多
关键词 分子形貌 分子特征边界轮廓 前沿电子密度 分子中一个电子受到的作用势 化学键的Dpb
下载PDF
ABEEMσπ/MM模型对蛋白质G_A88/G_B88水溶液动力学性质的研究 被引量:4
7
作者 杨忠志 王晶晶 刘翠 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2012年第4期493-498,共6页
应用ABEEMσπ/MM(σπ水平的原子与键电负性均衡方法融合进分子力学)浮动电荷模型以及显性ABEEM-7P水模型,对GA88和GB88两个蛋白质分子进行了分子动力学模拟.分析了2个蛋白质的动力学性质,包括蛋白质的回旋半径、疏水表面积和亲水表面... 应用ABEEMσπ/MM(σπ水平的原子与键电负性均衡方法融合进分子力学)浮动电荷模型以及显性ABEEM-7P水模型,对GA88和GB88两个蛋白质分子进行了分子动力学模拟.分析了2个蛋白质的动力学性质,包括蛋白质的回旋半径、疏水表面积和亲水表面积、各类原子位置的均方根偏差以及氢键分布.通过对比水溶液和真空下2个蛋白质的回旋半径,表明该模型很好地体现了蛋白质的"电致紧缩"现象;对疏水表面积和亲水表面积的计算表明,GB88中残基与溶剂的相互作用更强一些;非氢原子位置的均方根偏差及氢键分布情况与实验结构相比较表明,ABEEMσπ/MM浮动电荷模型模拟的GA88和GB88的结构与实验结构有很好的一致性,进而说明该模型的合理性和参数的可转移性. 展开更多
关键词 分子动力学模拟 浮动电荷力场 ABEEMσπ MM GA88 GB88 回旋半径 氢键分布
下载PDF
应用ABEEM σπ模型研究鸟嘌呤异构体的电荷分布和偶极矩 被引量:5
8
作者 杨忠志 齐世飞 王笑楠 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2007年第3期322-324,共3页
以密度泛函和电负性均衡原理为基础发展的原子-键电负性均衡方法的σπ模型(ABEECσπ).并结合自编程序,计算了鸟嘌呤五种异构体的电荷分布和偶极矩,计算结果表明,所计算出的电荷分布可以和从头算结果很好地关联.所计算的偶极矩与其它... 以密度泛函和电负性均衡原理为基础发展的原子-键电负性均衡方法的σπ模型(ABEECσπ).并结合自编程序,计算了鸟嘌呤五种异构体的电荷分布和偶极矩,计算结果表明,所计算出的电荷分布可以和从头算结果很好地关联.所计算的偶极矩与其它从头计算方法和力场方法相比总体趋势相同,进一步说明了ABEEMσπ模型的合理性. 展开更多
关键词 ABEEMΣΠ模型 鸟嘌呤 电荷分布 偶极矩
下载PDF
应用原子键电负性均衡方法σπ模型研究顺式丙烯酸的分子内氢键和构象 被引量:5
9
作者 杨忠志 范文杰 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2005年第2期189-192,共4页
在密度泛函理论框架下发展的原子键电负性均衡方法σπ模型(ABEEMσπ),在探讨有机分子体系的结构和性质等方面取得了令人满意的成果.本文利用该模型计算了顺式丙烯酸不同构象的氢键值.根据氢键能与构象稳定性的关系,预测并解释了构象... 在密度泛函理论框架下发展的原子键电负性均衡方法σπ模型(ABEEMσπ),在探讨有机分子体系的结构和性质等方面取得了令人满意的成果.本文利用该模型计算了顺式丙烯酸不同构象的氢键值.根据氢键能与构象稳定性的关系,预测并解释了构象的稳定性,并与从头计算结果相比较,取得了很好的一致性. 展开更多
关键词 σπ模型 均衡方法 丙烯酸 电负性 分子内氢键 顺式 原子键 应用 构象稳定性 理论框架 密度泛函 模型计算 分子体系 计算结果 一致性 键能
下载PDF
原子和离子的边界半径 被引量:3
10
作者 杨忠志 张明波 赵东霞 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2001年第2期156-160,共5页
假设原子 (离子 )中一个电子所受到的作用势等于其第一电离能的负值 ,定义了原子 (离子 )的边界半径 ,其具有内禀性、唯一性的特点 .借助于MELD从头计算程序 ,计算了原子 (离子 )中一个电子受到的作用势 ,给出了前四周期元素的原子和离... 假设原子 (离子 )中一个电子所受到的作用势等于其第一电离能的负值 ,定义了原子 (离子 )的边界半径 ,其具有内禀性、唯一性的特点 .借助于MELD从头计算程序 ,计算了原子 (离子 )中一个电子受到的作用势 ,给出了前四周期元素的原子和离子边界半径 .这种半径与传统半径之间存在很好的相关性 ,具有可应用性和预测性 . 展开更多
关键词 原子 离子 边界半径 电子 作用势 从头计算 有效半径 共价半径
下载PDF
应用ABEEMσπ/MM方法计算小分子肽的总能量 被引量:7
11
作者 杨忠志 赵洪伟 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2011年第3期325-329,共5页
把分子力场(MM)和原子-键电负性均衡方法(ABEEMσπ)协调融合在一起,采用ABEEMσπ/MM方法的分子能量计算方法,选取直链烷烃(n=1~10)、丙酮、丁酮、3-戊酮、N-甲基乙酰胺(NMA)、丙氨酸二肽和若干种氨基酸作为模型分子,计算模型... 把分子力场(MM)和原子-键电负性均衡方法(ABEEMσπ)协调融合在一起,采用ABEEMσπ/MM方法的分子能量计算方法,选取直链烷烃(n=1~10)、丙酮、丁酮、3-戊酮、N-甲基乙酰胺(NMA)、丙氨酸二肽和若干种氨基酸作为模型分子,计算模型分子能量,从而得到不同类型原子价态能量参数.应用这些原子价态能量参数,计算小分子肽的能量.把所得结果与从头算(MP2/6-311++G(d,p))方法计算的结果相比,得出小分子肽能量的绝对偏差小于9.000 0 kcal/mol,相对偏差小于19.000 0×10-6,且均方根偏差3.450 0 kcal/mol,相对均方根偏差6.919 0×10-6.以上结果表明,ABEEMσπ/MM方法计算的分子能量结果与从头算(MP2/6-311++G(d,p))方法计算的结果具有较好的一致性,此外,用ABEEMσπ/MM方法计算分子能量要远远快于从头算(MP2/6-311++G(d,p))方法. 展开更多
关键词 ABEEMΣΠ/MM 从头算 小分子肽 分子能量 原子价态能量参数
下载PDF
烷烃小分子溶剂化自由能的快速计算 被引量:3
12
作者 杨忠志 于玲 赵东霞 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2010年第3期332-334,共3页
将ABEEMσπ浮动电荷模型与generalized Born(GB)模型相结合,计算分子的溶剂化自由能.GB模型是一种连续介质模型,计算快速而简单,但是这种模型的计算精度却尚待提高.由于ABEEMσπ浮动电荷模型将分子的电荷区域进行了详细划分,分为原子... 将ABEEMσπ浮动电荷模型与generalized Born(GB)模型相结合,计算分子的溶剂化自由能.GB模型是一种连续介质模型,计算快速而简单,但是这种模型的计算精度却尚待提高.由于ABEEMσπ浮动电荷模型将分子的电荷区域进行了详细划分,分为原子区域、单键和双键区域、孤对电子区域,而且双键区域又更详细地分为1个σ键和4个π键区域,充分考虑了在外界环境发生变化的情况下,分子内部各个原子电荷重新排布,因而极大地提高了GB模型的计算精度.利用该方法快速准确地计算了几个烷烃小分子的溶剂化自由能. 展开更多
关键词 浮动电荷模型 GB/SA模型 溶剂化自由能 极化
下载PDF
应用ABEEM方法计算烷烃的分子能量 被引量:3
13
作者 杨忠志 崔宗慧 赵东霞 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2010年第1期46-50,共5页
将分子力场中的能量项加入到原子-键电负性均衡方法(ABEEM)的能量表达式中,获得了计算烷烃分子能量的方法.选取13个简单烷烃分子CnH2n+2(n=1~6)作为模型分子,调节分子中不同类型的碳和氢原子的价态能量参数.应用这些价态能量参数计算... 将分子力场中的能量项加入到原子-键电负性均衡方法(ABEEM)的能量表达式中,获得了计算烷烃分子能量的方法.选取13个简单烷烃分子CnH2n+2(n=1~6)作为模型分子,调节分子中不同类型的碳和氢原子的价态能量参数.应用这些价态能量参数计算了55个烷烃分子CnH2n+2(n=7~12)的能量.所计算的能量与用MP2/6-311+G(d,p)方法下得到的68个烷烃分子能量相比较,它们的绝对偏差在0.0004~2kcal/mol之间,相对偏差在0.0058×10-6%~9.9795×10-6%之间.也可以计算直链烷烃分子CnH2n+2(n=4~6)不同构象的分子能量和构象能,ABEEM方法可以很好的重复MP2方法的结果.验证了利用ABEEM方法计算分子能量是精确的和可靠的,参数具有一定的可转移性和一致性.另外,使用该方法能非常快速地计算分子能量.使用MP2方法计算正十二烷的能量,需要4334s,而使用ABEEM方法仅用0.1093s,计算速度比MP2方法大约快4万倍.ABEEM方法能精确和快速地计算分子能量,为计算其他分子能量,如二肽,多肽等有机生物分子提供了1种方法. 展开更多
关键词 ABEEM方法 烷烃 分子能量 构象能
下载PDF
应用ABEEM/MM模型研究甘氨酸与水的氢键作用 被引量:6
14
作者 杨忠志 马艳伟 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2009年第2期185-189,共5页
应用原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),我们构建了1个新的甘氨酸(Glycine)-水势能函数,并将其应用到甘氨酸与水组成的二聚体的研究中.首先研究了甘氨酸单体的几何构型,构型结果与可获得的实验数据显示了很好的一致... 应用原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),我们构建了1个新的甘氨酸(Glycine)-水势能函数,并将其应用到甘氨酸与水组成的二聚体的研究中.首先研究了甘氨酸单体的几何构型,构型结果与可获得的实验数据显示了很好的一致性;根据对甘氨酸中氮原子和氧原子的孤对电子电荷分布的ABEEM/MM方法分析,可以解释水与作用点形成氢键的强弱;进而研究了甘氨酸与1个水作用的结合能,ABEEM/MM模型与从头计算方法得到的结果显示了很好的一致性.表明我们势能函数的合理性以及参数的正确性. 展开更多
关键词 原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场 甘氨酸 氢键作用 结合能
下载PDF
碱基与氨基酸二肽间的氢键相互作用 被引量:4
15
作者 杨忠志 王越 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2013年第2期200-204,共5页
对于碱基-蛋白质之间的相互作用,氢键的形成及断裂起着重要的作用.选取7种氨基酸二肽和3种碱基,以它们之间形成单根氢键的体系为研究对象,在ab initioB3LYP/6-311++G(d,p)水平下进行结构优化,MP2/6-311++G(d,p)水平下进行能量的计算.同... 对于碱基-蛋白质之间的相互作用,氢键的形成及断裂起着重要的作用.选取7种氨基酸二肽和3种碱基,以它们之间形成单根氢键的体系为研究对象,在ab initioB3LYP/6-311++G(d,p)水平下进行结构优化,MP2/6-311++G(d,p)水平下进行能量的计算.同时应用ABEEMσπ/MM方法优化结构和计算能量.通过改变氢键相互作用区域的静电相互作用参数kH-bond和形成氢键的氢原子与其受体原子的孤对电子之间距离Rlp,H来拟合函数kH-bond(Rlp,H).用所得函数对选取的复合物进行结合能计算,其结果与ab initio方法所得的结果符合的很好. 展开更多
关键词 氢键 碱基 氨基酸二肽 氢键拟合函数 ab INITIO ABEEMΣΠ/MM
下载PDF
正离子的边界半径 被引量:4
16
作者 杨忠志 唐思清 牛淑云 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1996年第9期846-852,共7页
本文建议和讨论了离子的边界半径,给出了一价正离于的边界半径的周期表以及某些常见正离子的边界半径.正离子的边界半径与SP半径、Pauling离子半径、晶体离子半径等有一定的关联,显示了其合理性和可应用性.由这些关联性质,还可以预言某... 本文建议和讨论了离子的边界半径,给出了一价正离于的边界半径的周期表以及某些常见正离子的边界半径.正离子的边界半径与SP半径、Pauling离子半径、晶体离子半径等有一定的关联,显示了其合理性和可应用性.由这些关联性质,还可以预言某些元素的难以测定的电离能. 展开更多
关键词 离子 电离能 边界半径 离子半径
下载PDF
ABEEMσπ/MM模型下8种类型氢键的氢键拟合函数 被引量:4
17
作者 杨忠志 刘夏 《北华大学学报(自然科学版)》 CAS 2013年第4期403-408,共6页
在ABEEMσπ/MM浮动电荷模型下,为了防止电荷过度极化,提高力场的准确性,引入了氢键拟合函数klp,H(Rlp,H)在氢键相互作用区域代替总校正系数k来描述氢键相互作用.选取了8个模型小分子二聚体,通过拟合在氢键两个区域之间不同距离时从头... 在ABEEMσπ/MM浮动电荷模型下,为了防止电荷过度极化,提高力场的准确性,引入了氢键拟合函数klp,H(Rlp,H)在氢键相互作用区域代替总校正系数k来描述氢键相互作用.选取了8个模型小分子二聚体,通过拟合在氢键两个区域之间不同距离时从头计算结果的结合能,来拟合ABEEMσπ/MM方法下的氢键拟合函数.应用该氢键拟合函数在ABEEMσπ/MM方法下计算小分子二聚体的结合能,与从头算方法得到的结合能有很好的一致性.同时对具有同样类型氢键的其他二聚体的结合能进行了计算,与从头算结果相近,说明这些函数具有良好的可转移性. 展开更多
关键词 氢键拟合函数 ABEEMσπ MM 从头算 模型小分子二聚体 结合能
下载PDF
精密从头算与ABEEM/MM模型对水团簇(H_2O)_(11)9种低能结构的计算 被引量:3
18
作者 杨忠志 刘永军 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第5期928-934,共7页
用精密从头算方法研究了(H2O)11的9种低能异构体的性质,包括优化的几何结构、结合能、偶极矩和氢键个数等,并且得出了515-a是(H2O)11的全局最低能结构.同时,也用ABEEM/MM(atom bond electronegativity equalization method/mole cular m... 用精密从头算方法研究了(H2O)11的9种低能异构体的性质,包括优化的几何结构、结合能、偶极矩和氢键个数等,并且得出了515-a是(H2O)11的全局最低能结构.同时,也用ABEEM/MM(atom bond electronegativity equalization method/mole cular mechanics)模型研究了这些性质,与从头算的结果进行了比较,得到了相符合的结果.这显示了ABEEM/MM模型在描述中等大小的水分子团簇结构上是成功的. 展开更多
关键词 从头算方法 ABEEM/MM 最低能结构 结合能 水分子团簇
下载PDF
小分子的内禀特征轮廊 被引量:2
19
作者 杨忠志 赵东霞 宫利东 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2000年第2期152-154,共3页
以分子中一个电子所受到的作用势为基础 ,应用分子内禀特征轮廓理论 ,借助于 MEL D从头计算程序 ,并结合自编程序 ,以分子中的电子运动的经典转折点为判据 ,绘出了 HF ,F2 ,H2 O,NH3 ,CH4 分子在平衡几何构型时的内禀特征轮廓 .
关键词 内禀特征轮廓 从头计算 分子形状 平衡几何构型
下载PDF
NPT系综下应用ABEEM-7P水分子模型的动力学模拟 被引量:3
20
作者 杨忠志 袁军 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2015年第2期197-202,共6页
应用ABEEM‐7P水分子模型,对含有216个水分子的液态水体系,采用周期性边界条件,在NVT 和NPT 系综下进行分子动力学模拟,研究了不同的NVT、NPT 系综运行时间和压力弛豫时间,对分子动力学模拟的影响.通过分析,发现NVT系综运行时间... 应用ABEEM‐7P水分子模型,对含有216个水分子的液态水体系,采用周期性边界条件,在NVT 和NPT 系综下进行分子动力学模拟,研究了不同的NVT、NPT 系综运行时间和压力弛豫时间,对分子动力学模拟的影响.通过分析,发现NVT系综运行时间为500 ps时,模拟的动力学性质同实验值偏差较小且计算速度较快,而当τT =0.01 ps时,τP较大或较小时动力学性质偏差较大.因此,216个水分子动力学模拟时τP 选为0.05~5 ps .应用以上研究结果,分析了NPT 系综下260~310 K温度范围内,相同的τT 不同的τP 下,NPT系综的动力学性质以及某些性质与温度的依赖关系.分析显示,216个水分子动力学模拟得到的性质是合理的,为以后更深入精细研究水分子体系提供参考. 展开更多
关键词 ABEEM-7P 液态水 分子动力学模拟 NPT系综 压力的弛豫时间τP
下载PDF
上一页 1 2 12 下一页 到第
使用帮助 返回顶部