基于Contig的单面基因组框架填充2-近似算法

随着基因测序技术的持续发展,基因组框架填充问题受到广泛关注。该文针对基于contig的单面含重复基因的基因组框架填充问题开展研究。通过设计有效的近似算法,完成根据参照基因组,将缺失基因填充至基因测序获得的不完整框架中,提高基因组框架的完整性。前期研究的基因组框架填充问题,缺失基因可以插入到不完整序列的任意两个基因之间,而基于片段重叠群(contig)的基因组框架填充,缺失基因的插入位置被限制在两个contig之间,更具一般性,该问题已被证明是NP完全问题。现有的近似算法中,2-近似算法处理的实例具有特殊性,2.57-近似算法针对一般实例,但近似性能比不够理想。该文以缺失基因、基因位点和断点三者之间的对应关系为基础,采用贪婪策略和最大匹配相结合的方式避免在填充过程中出现冗余公共邻接,并通过生成新的contig增加外邻接的数量,将针对一般实例的算法近似性能比提高到2,完成了基于Python的可视化程序开发,进一步验证了算法的有效性。

限制插入位置的单面基因组框架填充问题研究

基因测序技术的发展使基因组序列的获取速度不断加快,但目前广泛使用的测序技术通常会产生部分基因缺失的基因组框架,使用基因组片段填充技术能够有效提高基因组框架的完整性,降低测序成本。在前期研究中,缺失基因可以在不完整序列的任意两个基因之间插入;在目前研究中,针对以片段重叠群(contig)、块匹配形式给出的待填充基因组框架,其对缺失基因插入位置的选择是有限制的,该类片段填充问题更具一般性。为此,针对限制插入位置的单面基因组框架填充问题进行研究,分析该问题的研究进展,详细讨论了现有FPT算法和近似算法的核心思想、流程以及优缺点等。在研究过程中发现了冗余公共邻接和近似性能低等问题,提出了相应的解决方案,并分析了未来的研究方向和挑战。

高质量发展阶段我国旅游行业发展的机遇与挑战

旅游产业作为一种极具弹性、绿色且包容的产业形态,对于国民经济的贡献不可忽视。它不仅是经济增长的重要引擎,更是文化交流与社会发展的重要桥梁。然而,近年来,全球范围内的变局给旅游产业带来了前所未有的挑战。大变局不仅带来了危机与问题,同时也孕育了新的发展机遇。深入分析新时期的旅游产业发展可以看到其独特的价值和潜力。随着全球经济的发展和人们对生活品质的追求,旅游产业有望在未来几年内实现快速增长。

交通投资增加对地区旅游经济发展的影响机制研究

我国在发展过程中一直十分注重推进交通领域的建设,目前在该方面已经取得一定成就。交通投资的增加对地区旅游经济的发展有着十分重要的影响,能够实现对游客消费的引导、对资源进行优化配置,进一步对旅游投资环境进行完善。本文将以地区旅游经济发展为研究背景,详细分析交通投资的增加对经济发展的影响。结合实际发展情况提出推进旅游经济发展的路径。

基于70K SNP芯片评估牙山黑绒山羊保种群体的遗传结构

试验旨在探究牙山黑绒山羊核心种群的遗传多样性,分析群体遗传结构和群体内个体间的亲缘关系,并评估保种效果。使用GGP Goat 70K芯片对50只牙山黑绒山羊(公母各25只)核心群个体进行SNP分型,并使用Plink进行质控后,开展遗传多样性分析、群体亲缘关系分析以及群体家系结构分析。结果显示质控后共获得54668个SNPs位点用于后续分析。遗传多样性分析结果为:各标记位点的最小等位基因频率为0.2541,平均期望杂合度为0.3263,平均观察杂合度为0.3292,多态信息含量为0.3263,多态性标记比例为85.85%,表明牙山黑绒山羊核心种群遗传多样性丰富。群体亲缘关系分析结果表明:该群体的ROH平均长度为9.89 Mb,46.94%为5~10 Mb的片段,基于ROH的平均近交系数为0.0747,近交程度较低。主成分分析可见,该核心群可分为3个亚群;群体的平均IBS遗传距离为0.3090,与G矩阵结果相似度较高,说明个体间的亲缘关系较近。群体的家系结构分析结果提示公羊大致可分为3个群体,10个家系,与主成分分析结果一致;其中一个家系中公羊多达16只,揭示各家系间个体数差异明显,需增加小家系群体的留种率。综上所述:牙山黑绒山羊群体遗传多样性丰富,保种效果较好;群体近交程度较低,但个体间亲缘关系较近,公羊的血统数量较少,各家系间个体数差异明显;牙山黑绒山羊后期繁育需通过制定合理的选种选配方案,结合引入新的血统,扩大核心种群数量,增强其保种效果。

敖汉细毛羊不同部位皮肤毛囊发育及形态结构研究

本实验旨在探究敖汉细毛羊毛囊的组织结构与形态发生过程,为细毛羊毛囊发育的分子调控机制研究奠定组织学基础。分别采集胎龄第90、120天的胎儿及出生后1 d和30 d的羔羊体侧部(多毛区)和腹股沟部(少毛区)皮肤组织,制作纵、横切片并显微观察。结果表明:敖汉细毛羊毛囊结构包括结缔组织鞘、外根鞘、内根鞘、毛干和毛球部;在胎龄90 d时,体侧部初级毛囊可见皮脂腺原细胞及次级毛囊毛芽,在胎龄120 d时,毛囊形成角质化毛干并穿出体表,再分化次级毛囊发生;出生后1 d和30 d时,穿出体表毛干进一步增多,体侧部初级毛囊密度,在胎龄120 d时低于胎龄90 d时(P<0.01),出生后1 d时低于胎龄120 d时(P<0.05),次级毛囊密度,在胎龄120 d时高于胎龄90 d时(P<0.01),出生后1 d时低于胎龄120 d时(P<0.01),出生后1 d和30 d时差异不显著(P>0.05),S/P比值,在胎龄120 d时高于胎龄90 d时(P<0.01),生后30 d时高于出生后1 d时(P<0.01),对腹股沟部皮肤分析显示,其毛囊密度很低。结果可为了解细毛羊毛囊形态结构变化及筛选与毛密度相关的差异基因提供参考依据。

敖汉细毛羊毛囊FGF10、FGF18和FGFR3基因差异表达的研究

本研究旨在解析FGF家族及其受体基因在细毛羊不同部位皮肤、不同时间mRNA和蛋白的表达及与细毛羊毛囊生长发育的关系,为揭示毛囊生长发育的分子机制奠定理论基础。首先通过基因芯片技术,筛选敖汉细毛羊毛囊发育的差异表达基因,并通过qRT-PCR对基因芯片结果的准确性进行验证。之后对得到的差异表达基因作进一步分析,可知FGFs家族在颈部和腹部,羊毛毛囊的生长旺盛期和缓慢期之间的mRNA表达量存在差异的有FGF10、FGF18和FGFR3基因。最后通过二维凝胶电泳(2-DE)和质谱技术(MS),对毛囊发育的差异表达蛋白进行筛选,得出FGFs家族蛋白质在颈部和腹部、羊毛毛囊的生长期和缓慢期之间仍存在差异表达的有FGF10、FGF18和FGFR3蛋白。结果显示,FGF10mRNA在腹部表达量高于颈部,推测可能对毛囊的发育具有负调控作用;其蛋白表达量颈部均高于腹部,推测可能促进毛囊生长发育。FGF18在腹部其mRNA表达量旺盛期高于缓慢期,推测其可能维持此处毛囊的不活跃状态;其蛋白在颈部表达量均低于腹部,推测可能对毛囊的生长具有抑制作用。FGFR3mRNA和蛋白表达水平无统一趋势,可能与毛囊的生长发育存在较复杂的关系。综合以上,FGF10、FGF18和FGFR3mRNA和蛋白水平在毛囊生长发育的不同部位和不同时期存在差异表达,这提示它们可能与毛囊的生长发育具有一定的关系,并在不同水平发挥调控作用。研究结果为解析FGFs家族成员调控毛囊生长发育的分子机制奠定理论基础,为进一步加快细毛羊育种提供重要候选基因。

移动Ad hoc网络中的特殊攻击

目前关于移动Adhoc网络的研究大多集中在路由协议的提出和改进方面,但随着移动Adhoc网络的广泛应用,其固有的特性和安全漏洞带来了极大的安全隐患,各种类型的攻击越来越威胁正常的网络运行,安全问题日益成为这一领域的研究热点。针对移动Adhoc网络的弱点,介绍了4种特殊攻击及相应的处理方法。

基于线粒体16S rRNA基因扩增检测动物源性成分的方法研究

动物源性成分鉴定被广泛应用于食品和饲料以及多种生物制品的检测中,现有检测方法中基于16S rRNA基因的通用引物由于存在与部分物种的mt DNA序列错配,导致检测中可能会出现假阴性。本方法对16S rRNA引物进行了改进,提高了引物与多个物种mt DNA序列的匹配度,使得检测的特异性提高,适用范围更广。对近20种动物源性成分的检测显示均能获得良好的检测效果,同时还能根据产物大小初步判断动物种类,提高了检测的效率和准确性。

GnRHR基因多态性与崂山奶山羊产羔数的关联分析

为阐明GnRHR基因的多态性与崂山奶山羊产羔数的关系,设计7对引物,采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术检测GnRHR基因在不同产羔数崂山奶山羊的单核苷酸多态性,并分析其与产羔数的关系。结果显示:该基因存在2个多态位点,A261G突变对于初产母羊GA型产羔数比AA型多0.06只,比GG型多0.04只,差异不显著(P>0.05);对于经产母羊GA型产羔数比AA型多0.35只,差异显著(P<0.05),比GG型多0.45只,差异不显著(P>0.05)。G55A位点共检测到GG和GA这2种基因型,其中对于初产母羊GG型比GA型产羔数多0.13只,经产母羊GG型比GA型产羔数多0.19只,但差异均不显著(P>0.05)。因此,GnRHR基因A261G突变位点可能是影响崂山奶山羊产羔性能一个潜在的有效分子标记。

4个微卫星标记对3个绵羊品种肉用性状多态性的研究

选用无角陶赛特、萨福克与中国美利奴肉用绵羊161只,经耳组织提取其基因组DNA,并通过4对微卫星引物对其进行PCR扩增,然后通过电泳分型、凝胶成像系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型,计算基因频率、多态信息含量(PIC)和杂合度等遗传多态性指标.结果表明,BM3413,BP33,MCM38,MCMA26位点的等位基因数分别为12、15、13、13,多态信息含量丰富,杂合度高,均属于高度多态性位点,用于绵羊肉用形状较理想的遗传标记.

吉林省优质细毛羊育种目标性状边际效益的研究

结合优质细毛羊育种实际需要和有关生物学、育种学和经济学参数，采用差额法计算了优质细毛羊育种目标性状的边际效益。根据优质细毛羊羊群特点，分别考虑了成年母羊、育成羊育种目标性状和各性状的选择重要性。经统计分析得出，毛用性状、繁殖性状、生长发育性状的相对重要性之比为７：２：１。

基于LZW压缩的图像信息隐藏方法

利用信息加密技术和信息隐藏技术中的相关思想,提出了一隐一密、先压缩后隐藏的优化信息隐藏技术的方法。首先采用LZW方法压缩秘密信息,并利用所设计的简单易行的信息嵌入算法进行信息隐藏,实现了利用图像进行信息压缩和隐藏的系统,取得良好的效果。

优质细毛羊与中国美利奴羊生长发育及生产性能对比试验初报

优质细毛羊是近几年在进口羊基础上经选育扩繁形成的国内最新的品种群。为了有效地开发这一品种，了解该品种的生产性能水平及其在同类品种中所处的地位是十分必要的。本试验通过与国内最具代表性的中国美利奴羊采用同期同龄同环境饲养的对比方法，进行了两品种间对比试验，得出初步结果，中国美利奴羊在生产发育、毛量、毛长和羊毛生长等性状较为突出，体现了强毛型品种特征，而优质细毛羊在羊毛品质性状方面较为突出，尤其是细度在６６～８０支纱范围，比中国美利奴羊高出一个档次，具有明显的细型美利奴品种特征。

MANET中“虫洞”攻击的位置检测算法设计与仿真

着重研究了移动Ad hoc网络中一种严重的恶意攻击——"虫洞"攻击,针对其提出一种简洁高效的位置检测算法,并采用OMNeT++仿真器进行仿真实验,根据实验分析移动网络中的各种因素对位置检测算法执行的影响,证明了算法的有效性。

优质细毛羊现行育种方案育种效果分析

应用动物育种规划原理和方法对优质细毛羊现行育种方案的育种效果进行了评估。结果表明 ,实施现行育种方案可以获得较好的综合育种进展和育种效益 ,年综合育种进展为 7 2 14元 ,育种效益为 73 44 6元 ,投入产出比为 1∶6 93 8。现行育种方案仍有改进的余地。

动物育种规划最优化研究进展

围绕动物育种规划最优化研究进展加以综述，在回顾动物育种规划最优化方法发展过程的基础上，重点介绍了动物育种目标、杂交繁育体系的优化问题和ＭＯＥＴ核心群育种规划研究３ 个方面的内容。

优质细毛羊育种目标性状选择研究

本文结合优质细毛羊育种实际需要，讨论了用经济评估方法确定数量化的育种目标的问题。在优质细毛羊育种目标中选择了对育种效益影响较大的毛用性状、繁殖性状和生长发育性状三方面性状，具体性状有：净毛量、毛细度、毛长度、断奶羔羊数和剪毛后体重。而现场选择性状包括：污毛量、净毛率、毛细度、毛长度、断奶羔羊数、育成羊剪毛后体重和２．５岁剪毛后体重。

优质细毛羊现行育种方案优化研究

应用动物育种规划原理和方法,对优质细毛羊现行育种方案育种效果进行优化分析,提出最优化育种方案。研究认为,当育种群基础母羊数量达到900只左右,育种群规模比例达到30%,测验群比例为25%时,每年选留15只测验公羊,其综合育种进展和育种效益最高;育种群公羊使用1年,母羊使用4年,可获得理想的育种效益。通过优化分析,群体达到最佳状态时综合育种进展可达到10.168元,育种效益为102.857元,育种投入产出比为1:7.0435。