一起学校聚集甲型流感的流行特点和全基因组特征分析

目的分析2023年3月发生的甲型H_(1)N_(1)流感病毒和季节性H3N2流感病毒共同引起的一起学校聚集流感疫情的流行特点和全基因组特征。方法对聚集疫情开展流行病学调查并采集10份病例咽拭子标本,利用实时荧光定量PCR法进行流感病毒核酸检测,利用MDCK细胞培养流感病毒,利用NEXTSEQ 2000高通量测序仪进行流感病毒全基因组测序,利用生物信息学软件进行序列分析。结果9日内3个班级共报告病例32例;采集的10份标本中甲型H_(1)N_(1)流感病毒阳性2份,季节性H_(3)N_(2)流感病毒阳性3份;培养流感病毒毒株2株。两条序列与疫苗株相比,8个基因节段核苷酸相似性分别为98.44%~98.68%和97.95%~99.34%;两条序列的血凝素(HA)抗原表位未发生漂移,受体结合位点未发生变异,神经氨酸酶(NA)抑制剂耐药位点未发生变异;但发生多个糖基化和磷酸化位点的改变。结论本次学校聚集流感疫情由甲型H1N1流感病毒和季节性H3N2流感病毒共同引起,应加大学校流感防控力度,提升学生流感疫苗接种率。

手足十二针联合偏瘫复原丸治疗轻中度中风偏瘫的疗效观察

目的:观察手足十二针联合偏瘫复原丸治疗轻中度中风偏瘫的临床疗效。方法:选取2020年11月~2022年11月收治的110例轻中度中风偏瘫患者,通过黑白色球法随机分为对照组和试验组,各55例。对照组采用偏瘫复原丸治疗,试验组在对照组基础上采用手足十二针治疗。比较两组临床疗效和不良反应发生情况,治疗前后的表面肌电信号、本体感受测量值、肢体运动和神经功能。结果:试验组总有效率96.36%,明显高于对照组的81.82%(P<0.05)。治疗后,两组肱四头肌、胫骨前肌、腓肠肌的肌电积分值(iEMG)均显著提高,试验组比对照组明显更高;肱四头肌、胫骨前肌、腓肠肌的均方根振幅(RMS)均显著降低,试验组比对照组明显更低(P<0.05)。治疗后,两组多轴平均轨迹差(ATE)、测试执行时间(TTE)均显著降低,试验组比对照组明显更低(P<0.05);治疗后,两组上肢、下肢及Fugl-Meyer运动功能(FMA)评分均显著提高,试验组比对照组明显更高;神经功能缺损(NIHSS)评分均显著降低,试验组比对照组明显更低(P<0.05)。对照组和试验组不良反应发生率相近(P>0.05)。结论:轻中度中风偏瘫患者应用手足十二针、偏瘫复原丸联合治疗效果显著,可明显改善患者表面肌电信号、本体感受测量值、肢体运动和神经功能,且安全性较高。

一例境外输入新型冠状病毒奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组特征分析

目的分析1例境外输入新型冠状病毒(SARS-CoV-2)奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组序列分子特征。方法对1例境外输入SARS-CoV-2感染者进行核酸检测和全基因组测序,利用生物信息学软件进行分型、同源性分析、氨基酸位点变异分析、磷酸化位点分析和构建进化树等。结果获得1条长29609 bp的SARS-CoV-2全基因序列,在进化树上位于B.1.1.529进化分支BA.2.3进化小枝。与wuhan-hu-1相比,共发生71个核苷酸位点变异和27个核苷酸位点缺失;62个氨基酸位点发生变异或缺失,其中S蛋白和N蛋白变异或缺失位点最多,分别发生31个和7个。结论加强境外归国人员SARS-CoV-2的核酸检测和全基因组测序,有利于防控由境外输入引起的新型冠状病毒感染暴发。

2017-2019年济宁市健康人群脑膜炎奈瑟菌流行病学和基因组学分析

目的了解济宁市健康人群脑膜炎奈瑟菌流行情况及其基因组特征。方法采集2017-2019年流行前期、流行期、流行后期不同年龄组健康人群的咽拭子标本,进行菌株分离培养、生化试验、血清凝集试验,分离到的菌株进行基因测序,利用PubMLST数据库进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、疫苗抗原分析,利用IQ-TREE和Splits Tree构建系统发育树。结果2017-2019年共检测1086份健康人群咽拭子标本,分离出21株脑膜炎奈瑟菌,健康人群平均带菌率为1.93%。其中流行前期带菌率为0.93%,流行期带菌率为2.30%,流行后期带菌率为1.83%。17~19岁人群带菌率较高,3~5岁儿童及≥20岁成人中未检出阳性菌株。检出的21株菌株中,B群15株,C群1株,不可分群5株。通过基因组分析,主要的ST型为ST-12301和ST-14655,ST-17464、ST-17465、ST-17466、ST-17467和ST-17468为本研究新发现的ST型。进行基因测序的19株菌株中,有8株属于4821克隆群,其余菌株不属于确定的克隆群,有3株血清型为不可分群的菌株但其基因型为B型。结论济宁市2017-2019年健康人群中脑膜炎奈瑟菌血清群以B群为主。本研究新发现5种MLST序列型,提示近几年菌株基因组存在微进化。MLST序列型的变迁有可能导致流行模式发生改变,有必要开展持续监测。17~20岁人群带菌率高,应密切关注菌株在人群中的扩散传播,以防引起流脑病例。

新型冠状病毒非结构蛋白3结构和功能的生物信息学分析

目的利用生物信息学方法分析新型冠状病毒非结构蛋白3(NSP3)的生物学特征。方法在NCBI数据库获得NSP 3氨基酸序列,利用软件分析其分子式、等电点、亲水性、跨膜结构域、蛋白翻译后修饰、二级结构、抗原表位等特点,并构建其三级结构。结果NSP3由1945个氨基酸组成,分子式为C_(9722)H_(15175)N_(2489)O_(2969)S_(88),是一种含有4个跨膜结构域的稳定亲水蛋白质。二级结构以无规卷曲为主(占45.1%),含有丰富的磷酸化位点、糖基化位点、泛素化位点、SUMO化位点、甲基化位点、乙酰化位点、琥珀酰化位点和棕榈酰化位点。NSP3含有15个二硫键,具有7个保守蛋白结构域,存在丰富的抗原表位,主要分布于内质网。并以同源建模法构建其三级结构模型。结论利用生物信息学方法分析NSP3的性质、结构、功能特征和抗原表位,为新冠肺炎的防控和药物研发提供参考依据。

新型冠状病毒核衣壳蛋白生物信息学分析

目的探讨新型冠状病毒核衣壳蛋白(N蛋白)的生物学特征,为新型冠状病毒肺炎的防控提供依据。方法在NCBI数据库获取N蛋白序列,利用ExPASy分析N蛋白的理化性质和亲疏水性;利用DisPhos分析N蛋白磷酸化位点;利用TMHMM、SignalP和cNLS分析N蛋白的跨膜结构、信号肽和核定位信号;利用SOPMA和Phyre2分别构建N蛋白的二级结构和三级结构;利用NetMHCIIpan、NetCTL和ABCpred分析辅助性T细胞、杀伤性T细胞、B细胞抗原识别位点;利用PredictProtein分析N蛋白的二硫键、亚细胞定位和RNA结合位点。结果N蛋白由419个氨基酸组成。N蛋白分子式为C1971H3137N607O627S7,等电点为10.07,无跨膜结构无信号肽,含有13个磷酸化位点,含2个核定位信号,主要分布于细胞核。二级结构以无规卷曲和α螺旋为主,并获得三级结构模型。N蛋白含有多个辅助性T细胞、细胞毒性T淋巴细胞和B淋巴细胞抗原识别表位,含有多个DNA和RNA结合位点,35-98和255-277位氨基酸区域可能与新型冠状病毒基因组RNA结合。结论利用生物信息学对N蛋白的理化性质、结构、抗原表位、结合位点进行了预测,为更深刻的了解新型冠状病毒的特征提供线索。

新冠病毒奥密克戎变异株感染者咽拭子样本全基因组测序分析

目的对一起新型冠状病毒(SARS-CoV-2)奥密克戎(Omicron)变异株引起的疫情感染者咽拭子样本进行全基因组测序分析,为新冠病毒感染疫情防控提供参考依据。方法利用高通量测序技术对2022年4月山东省某县级市4例SARS-CoV-2感染者咽拭子样本进行全基因组测序,利用MEGA 7.0.14软件分析病毒同源性并构建进化树、分析变异位点等。结果4条SARS-CoV-2全基因组序列与参考株wuhan-hu-1相比同源性为99.76%~99.77%,在进化树上均位于奥密克戎BA.2进化分支;均发生多个基因位点变异和缺失,其中,A28271T变异致使N翻译起始区的-3位核苷酸由A变异为T;S蛋白LPP24-26缺失致使双色氨酸(WW)结构域的潜在结合基序PPAY25-28丢失。结论Omicron变异株出现大量变异位点,这些变异位点或与Omicron变异株传染性强、隐匿性高、引起临床严重程度低有一定关系。

济宁市2021年第一季度流感样病例病原谱特征分析

目的了解济宁市2021年第一季度流感样病例中呼吸道病原体分布情况,为临床诊断和治疗提供参考依据。方法采集济宁市2021年第一季度208例流感样病例咽拭子标本,利用QIAstat-Dx全自动多重病原体检测平台检测23种常见呼吸道病原体。结果呼吸道病原体总检出率为20.67%(43/208),其中混合感染占6.98%(3/43)。病原体以病毒为主,占比97.67%(42/43),其中腺病毒(ADV)、肠道病毒(EV)、副流感病毒1(PIV1)、冠状病毒NL63(NL63)占比最高。不同月份和不同年龄组总检出率不同,其中1月份总检出率最高,为32.00%(24/75);0岁~5岁年龄组总检出率最高,为35.06%(27/77);而不同性别总检出率差异无统计学意义(χ^(2)=1.804,P=0.18)。结论2021年第一季度济宁市呼吸道病原体以ADV、EV、PIV1和NL63为主,应加强呼吸道病原体监测和防控力度,特别是低年龄组人群应当是监测的重点。

2017-2020年度济宁市乙型流感病毒监测及HA和NA基因变异和进化分析

目的分析济宁市2017—2020年度乙型流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因变异情况及分子进化特征。方法采集2017—2020年度济宁市哨点医院和流感暴发疫情病例咽拭子标本,进行核酸检测、病毒分离,选取20株乙型流感病毒代表毒株进行HA和NA基因测序,利用生物信息学软件构建进化树并分析分子进化特征。结果2017—2020年度共监测病例标本4575例,流感病毒阳性842例,其中乙型流感病毒阳性398例,阳性率8.70%(398/4575),占比47.27%(398/842)。2017—2020年度济宁分离的BV系和BY系流感病毒与疫苗株比,HA基因同源性分别为98.7%~98.8%、98.5%~99.1%。2018—2020年度BV系流感归属于Victoria clade 1A分支,2017—2018年度BY系流感归属于Yamagata clade 3分支。对抗原表位和耐药位点的变异情况进行了分析,发现多处抗原表位发生了变异,但未发现神经氨酸酶抑制剂耐药位点的变异。结论2017—2020年度济宁市BV系和BY系乙型流感病毒均发生了数个抗原位点变异,出现了抗原转变,可能是引起乙型流感暴发的原因。

济宁市2017-2020年流感流行季甲型H3N2流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因特征

目的了解济宁市甲型H3N2流感病毒流行株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因特征。方法于2017-2020年流感流行季在济宁市2家流感监测哨点医院和流感聚集疫情中选取流感样疾病(ILI)病例咽拭子标本中分离获得的19株甲型H3N2流感病毒,分析HA和NA基因序列同源性、HA基因进化特征、HA和NA基因位点的氨基酸差异。结果济宁市2017-2020年流感流行季ILI病例中甲型H3N2流感病毒检测阳性率为4.77%(218/4575),检测阳性数占流感病毒检测总阳性数的25.89%(218/842)。19株甲型H3N2流感病毒之间HA和NA氨基酸同源性分别为97.7%-100%和98.6%-99.5%,平均遗传距离分别为0.009和0.008。HA基因进化树显示,19株分离株均属3C.2a1b分支,与疫苗代表株A/Kansas/14/2017的亲缘性较远。与该疫苗代表株相比,分离株HA的33个位点存在氨基酸差异,包括10个抗原表位位点、4个受体结合位点、3个糖基化位点、1个潜在类泛素蛋白修饰分子化修饰位点和1个潜在泛素化修饰位点;NA的27个位点存在氨基酸差异,但NA的酶活性催化位点、耐药位点和糖基化位点均无氨基酸差异。结论济宁市2017-2020年流感流行季甲型H3N2流感病毒可能发生了抗原漂移;需加强甲型H3N2流感监测,为疫苗株筛选提供依据。

n-3多不饱和脂肪酸对小鼠体内肥胖相关基因的影响

研究n-3多不饱和脂肪酸(polyunsaturated fat acids,PUFA)对小鼠体内肥胖相关基因的影响,探讨其作用机理。方法:用fat-1转基因小鼠作为实验模型,实验随机分为fat-1转基因组与野生型组,自由摄食饮水6周,每周记录小鼠体质量,实验结束时取小鼠脂肪,用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-PCR)检测瘦素 (Leptin)、解耦联蛋白-1(UCP-1)、解耦联蛋白-2(UCP-2)mRNA的水平;并提取脂肪中的蛋白,用western blot 检测蛋白水平。结果:转基因组与野生型组相比,转基因组体质量明显降低(P<0.05),Leptin mRNA水平升高(P<0.05),UCP-1,UCP-2mRNA水平明显升高(P<0.05),蛋白水平与mRNA水平一致。结论:n-3多不饱和脂肪酸可以使小鼠体重减轻的机制可能通过UCP-1和UCP-2调节, 可能不通过Leptin调节.

济宁市淡水产品养殖链条中致病性弧菌分布调查

目的调查济宁市淡水产品养殖链条中致病性弧菌分布情况。方法2016-2018年采集济宁市淡水产品及养殖链条环境样品488份,依据GB4789.7-2013《食品安全国家标准食品微生物学检验副溶血性弧菌检验》、《国家食品微生物风险监测工作手册》和《淡水动物性水产品养殖环节中常见弧菌专项监测工作手册》等进行霍乱弧菌、副溶血性弧菌、创伤弧菌、溶藻弧菌和河流弧菌的检测。结果济宁市淡水产品及养殖链条环境产品霍乱弧菌、副溶血性弧菌和创伤弧菌总检出率分别为23.98%(117/488)、14.96%(73/488)和0.20%(1/488),未检出溶藻弧菌和河流弧菌;养殖链条中的鱼类、螃蟹类、环境(饲料、水藻、鱼苗、粪便、手)、水体、水底沉积物弧菌检出率分别为52.08%(75/144)、13.64%(6/44)、29.17%(7/24)、43.29%(71/164)和28.57%(32/112)。霍乱弧菌在鱼类样品中的检出率较高,为37.50%(54/144),117株霍乱弧菌血清型鉴定均为非O1/非O139型霍乱弧菌,均未检出ctxAB毒力基因。副溶血性弧菌在水体中的检出率较高,为21.95%(36/164),对73份样品分离的副溶血性弧菌进行tlh基因、tdh和trh毒力基因检测,tlh+tdh-trh+和tlh+tdh-trh-携带率较高,分别为46.58(34/73)、42.47%(31/73)。结论济宁市淡水产品养殖链条中致病性弧菌主要分布在水体及鱼类中,且均为非O1/非O139型霍乱弧菌,致病风险较低;副溶血性弧菌trh毒力基因携带率较高,有潜在的致病风险。

济宁市一起学校聚集感染乙型流感病毒Victoria系全基因组测序分析

目的分析2021年5月济宁市一起学校聚集感染乙型流感病毒(Influenza B virus,FluB)Victoria系(BV系)聚集疫情的流行病学特点和全基因组特征,为疫情防控提供参考依据。方法对病例进行现场流行病学调查,采集咽拭子样本进行病毒核酸检测和细胞培养,对培养毒株进行全基因组测序,利用生物信息学软件分析进化变异特征。结果本次学校流感聚集疫情报告病例29例,班级罹患率为69.05%(29/42);核酸检测BV系阳性率为77.78%(14/18),培养毒株9株。同疫苗株B/Washington/02/2019相比,9株毒株8个节段核苷酸相似性为98.33%~99.74%。9株毒株HA基因序列在进化树上属于1A分支。血凝素抗原决定簇3个氨基酸发生置换,神经氨酸酶抑制剂耐药位点和酸性聚合酶抑制剂耐药位点均未发生变异。HA丢失位于抗原决定簇的N197糖基化位点,NS1丢失N107糖基化位点。多个蛋白的磷酸化位点发生改变。结论引起本次学校聚集疫情的病原体是BV系,应加强对学校流感样病例聚集疫情监测。

一起学校甲型H1N1流感聚集疫情的流行特征和全基因组测序分析

目的了解济宁市一起聚集流感疫情的甲型H1N1流感病毒全基因组特征,为甲型H1N1流感防控提供依据。方法对在一起聚集流感疫情采集的12份患者咽拭子标本进行流感病毒实时荧光定量PCR法核酸检测,对阳性标本进行病毒培养和全基因组测序,利用DNASTAR软件分析核苷酸和氨基酸同源性,利用MEGA软件构建进化树,利用NetNGlyc、GPS-SUMO、NetPhos软件分别分析糖基化位点、类泛素蛋白修饰分子化位点和磷酸化位点。结果12份咽拭子标本中,4份标本甲型H1N1流感病毒核酸检测阳性,分离流感病毒株4株。同2018—2019年度北半球疫苗株A/Brisbane/02/2018相比,8个基因节段核苷酸同源性范围为98.5%~99.8%;编码的10种蛋白氨基酸同源性范围为98.2%~100.0%。在进化树上,4株毒株位于两个进化簇,其中3株毒株位于同一进化簇,1株毒株位于不同进化簇。4株毒株编码的10种蛋白共发生50处氨基酸位点置换,血凝素蛋白抗原表位2个氨基酸位点发生置换,神经氨酸酶蛋白酶活性位点和神经氨酸酶抑制剂耐药位点均未发生变异,聚合酶酸性蛋白、聚合酶碱性蛋白1和聚合酶碱性蛋白2抑制剂耐药位点均未发生变异。结论本次由甲型H1N1流感病毒引起学校流感聚集疫情有2个不同的源头,应加强对学校流感聚集疫情监测,加强学校流感防控。

2020年—2021年济宁市禽流感外环境监测结果分析

目的 了解济宁市外环境禽流感病毒分布情况,为禽流感防控提供科学依据。方法 2020年—2021年采集禽流感外环境标本320份,使用实时荧光定量PCR法进行甲型流感病毒检测,阳性标本再进行H5、H7和H9亚型禽流感病毒分型。结果 2020年—2021年济宁市外环境禽流感病毒的阳性率为14.69%(47/320),其中H5、H7和H9亚型的阳性率分别为3.44%(11/320)、0.31%(1/320)和10.94%(35/320)。不同监测场所中城乡活禽市场禽流感病毒阳性率最高,为17.92%(43/240)。不同标本类型中案板擦拭标本和禽类饮水阳性率较高,分别为24.49%(12/49)和24.07%(13/54)。结论 济宁市外环境中存在禽流感病毒污染,存在人感染禽流感风险,应加强禽流感监测。

应用数字PCR对新型冠状病毒核酸检测结果的分析

比较数字PCR(dPCR)和实时荧光定量PCR(qPCR)对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测的结果,为利用dPCR对SARS-CoV-2含量低的样品进行核酸检测提供数据支持。利用dPCR和qPCR对济宁市17份新型冠状病毒肺炎(COVID-19)核酸样本进行N基因和ORF1ab基因检测。qPCR检测N基因17份阳性,ORF1ab基因15份阳性,N基因和ORF1ab基因Ct值差异无统计学意义,但Ct值大于32的样本,N基因和ORF1ab基因Ct值差异有统计学意义。经dPCR检测获得17份样本的N基因和ORF1ab基因的浓度,Ct值和浓度高度相关。且qPCR检测ORF1ab基因阴性2份样本,dPCR可以检出。dPCR和qPCR检测结果一致性较好,而dPCR检测敏感度和准确性均高于qPCR。对于qPCR检测Ct值较大样本或单基因阳性样本,dPCR可以作为qPCR的有效补充。

一例境外输入无症状感染者新型冠状病毒全基因测序分析

对一例境外输入新型冠状病毒(SARS-CoV-2)无症状感染者进行SARS-CoV-2全基因组测序及进化变异分析。对一例境外输入SARS-CoV-2无症状感染者痰标本核酸进行SARS-CoV-2全基因组二代测序,利用生物信息学软件进行序列同源性分析、进化树构建和变异位点分析。全基因组测序获得1条全长29724 bp的SARS-CoV-2序列,与境外输入来源国同月份序列SARS-CoV-2/human/BGD/BCSIR_NILMRC_003/2020同源性最高,为99.99%。在进化树上位于B.1.1.25分支。与参考序列wuhan-hu-1相比,共发生10处核苷酸变异,2位点位于非编码区,包括3’UTR发生了C29686T变异;8位点位于编码区,5种蛋白发生变异,包括RdRp发生P323L变异和S蛋白发生D614G变异。全基因组测序是SARS-CoV-2检测和溯源的有效技术,能够用于境外输入的溯源。此外,少数SARS-CoV-2感染者潜伏期可能超过14 d,应对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)境外输入风险,应尽早发现阳性患者。

针刺联合活血化瘀汤对脑出血患者疗效与安全性分析

分析脑出血患者行针刺与活血化瘀汤联合治疗疗效。方法:选取2020年2月-2021年2月本院就诊脑出血患者86例,随机分组,中医组针刺与活血化瘀汤治疗,西医组常规西药治疗。结果:中医组疗效97.67%高于西医组86.05%,P<0.05;中医组CRP、IL-6、TNF-α等实验室指标均低于西医组,P<0.05;中医组NIHSS评分低于西医组、Barthel指数高于西医组,P<0.05。结论:脑出血患者采取针刺与活血化瘀汤联合治疗,可修复患者受损神经功能,降低颅脑内炎症标志物水平,进而恢复患者生活自理能力,提升疗效。

一起季节性H3N2流感引起的学校聚集疫情全基因特征分析

分析一起学校季节性H3N2流感聚集疫情的流行特点和全基因组特征,为学校流感防控提供研究数据。对一起学校流感聚集疫情进行流行病学调查,采集咽拭子标本17份进行流感病毒核酸检测、病毒培养和全基因组测序,利用生物信息学软件分析基因进化变异特征。4份咽拭子标本季节性H3N2流感病毒核酸检测阳性,培养流感病毒毒株2株。2株毒株序列同源。同疫苗株A/Kansas/14/2017相比,8个基因节段的一致性范围是96.71%~98.88%。在进化树上,2条序列与疫苗株不在同一进化分支,亲缘性较远。HA蛋白信号肽发生2个氨基酸变异,抗原表位和受体结合位点分别发生5处和2处氨基酸变异。2条序列均发生金刚烷胺耐药位点变异,均未发生神经氨酸酶抑制剂耐药位点变异。2条序列的PA均发生K158R变异,PB2均发生K340R变异。该起学校聚集疫情由季节性H3N2流感病毒引起,病毒抗原已经发生漂移,应加强学校流感疫情监测和防控。