计算机辅助筛选酪氨酸激酶相关蛋白TRP-2 CTL模拟表位

运用多项式方案、量化基序方案等经典的CTL表位筛选方案,初步筛选了酪氨酸激酶相关蛋白TRP-2 CTL表位TRP-2_(180～188)(SVYDFFVWL)的模拟表位,以通过表位改造提高其与HLA-A2.1分子结合的能力,从而提高其免疫原性,根据打分结果,合成了4个得分较高的九肽序列,亲和力实验结果表明所筛选的4个序列较原序列均有较高的亲和力,但对2位的单突变结果较1和2位双突变结果理想,进一步运用分子模拟方法对4个序列与HLA-A2.1分子间的相互作用进行了分子模拟分析,分子模拟结果较好地解释了上述实验现象,从而为进一步的结构改造提供了理论依据,本研究提供了一个合理高效的模拟表位筛选方法。

HLA-A^＊0201限制性CTL表位肽分子力场分析

运用比较相似性指数分析(CoMISA)方法研究了203个HLA-A*0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系,另外30个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力.得到构效关系模型结果q2=0.548,r2=0.963,F=553.4,SD=0.154.在CoMSIA计算中,当引入疏水场时,三维构效关系模型能得到明显改善.通过该三维构效关系模型,可较精确地估算预测集中30个CTL表位肽与HLA-A*0201间的亲和力(r2pred=0.532,SD=0.454).通过分析分子场等值面图在空间的分布,可以观察到表位肽分子周围的立体及疏水特征对表位肽H与A-A*0201间结合亲和力的影响,从而为进一步对CTL表位肽进行结构改造,并基于此进行治疗性疫苗分子设计提供理论基础.

蛙皮降压肽类似物构效关系的研究

蛙皮降压肽(Sauvagine,Svg)是一种良好的促肾上腺皮质激素,释放因子2受体(CRF2R)激动剂,但它是一种非选择性激动剂,作用于CRF1R而产生副作用。为了探讨蛙皮降压肽类似物对CRF2R与CRF1R选择性的影响,本文使用正交因子(Orthogonal Factors,Orth-Factors)描述子,对45个蛙皮降压肽类似物与CRF2F、CRF1R的亲合力进行了QSAR研究,所建立的QSAR模型预测能力良好。通过QSAR模型信息,设计了17个蛙皮降压肽类似物,其中3个对CRF2R与CRF1R受体选择性良好(SQ:110,TQ:105,VQ:110),有进一步研究的价值。