目的优选抗HIV中药复方,通过复方小分子数据库的构建和类药性分析,为复方抗HIV活性分子研究奠定数据库基础。方法查阅文献和国内专利搜集抗HIV中药复方,优选复方确定研究对象,在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional chinese med...目的优选抗HIV中药复方,通过复方小分子数据库的构建和类药性分析,为复方抗HIV活性分子研究奠定数据库基础。方法查阅文献和国内专利搜集抗HIV中药复方,优选复方确定研究对象,在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)分别下载该复方单味中药化学成分,构建复方小分子数据库,并基于"Lipinski规则"进行类药性分析。结果检索得到48个抗HIV复方,其中单味中药组成明确的复方有11个,优选双黄连粉针剂为研究对象,构建双黄连粉针剂复方小分子数据库,命名为SHLMD,包括481个化合物,包含萜类(121个)、黄酮类(61个)、苯丙素类(31个)和有机酸及其酯类(23个)等11类化合物,以萜类和黄酮类化合物居多。基于"Lipinski规则"筛选得到323个化合物,组成的新数据库命名为Lipinski-SHLMD。结论双黄连粉针剂是适合优先展开研究的抗HIV中药复方,构建的SHLMD为双黄连粉针剂的分子研究奠定了数据库基础,利用"Lipinski规则"初筛突出了研究重点。展开更多
【目的】构建I型人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)非核苷类逆转录酶抑制剂(nonnucleoside reverse transcriptase inhibitors,NNRTIs)的药效团模型,通过对中药化学数据库(traditional Chinese medicine dat...【目的】构建I型人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)非核苷类逆转录酶抑制剂(nonnucleoside reverse transcriptase inhibitors,NNRTIs)的药效团模型,通过对中药化学数据库(traditional Chinese medicine database,TCMD)的搜索,在中药中寻找新型抗耐药的NNRTIs。【方法】从已知的NNRTIs与逆转录酶复合物的晶体结构出发,通过构象分析和药效团识别等方法,构建NNRTIs的药效团模型并检验其可靠性;基于药效团模型对TCMD进行数据库搜索,发现新型潜在的NNRTIs。【结果】从PDB中检索出2010年至2014年RT与NNRTIs复合物的晶体结构30个,从中抽提出其活性配体,建立了一个包含30个活性配体的小分子数据库;通过对上市药物TMC278和TMC125及高活性抑制剂DJZ的构象叠合和药效特征基团分析构建了新的NNRTIs药效团模型,该模型包含了5个药效特征基团;以符合这5个药效特征基团中任意4个为条件,在活性配体小分子数据库中验证性搜索出18个化合物,检出率为60.0%;基于五点药效团模型对TCMD进行数据库搜索得到272个化合物。【结论】以TMC278、TMC125和DJZ构建的五点药效团模型,以符合其中任意4个为条件,在活性配体小分子数据库中的检出率达到60.0%,表明所建药效团模型是可靠的。展开更多
文摘目的优选抗HIV中药复方,通过复方小分子数据库的构建和类药性分析,为复方抗HIV活性分子研究奠定数据库基础。方法查阅文献和国内专利搜集抗HIV中药复方,优选复方确定研究对象,在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)分别下载该复方单味中药化学成分,构建复方小分子数据库,并基于"Lipinski规则"进行类药性分析。结果检索得到48个抗HIV复方,其中单味中药组成明确的复方有11个,优选双黄连粉针剂为研究对象,构建双黄连粉针剂复方小分子数据库,命名为SHLMD,包括481个化合物,包含萜类(121个)、黄酮类(61个)、苯丙素类(31个)和有机酸及其酯类(23个)等11类化合物,以萜类和黄酮类化合物居多。基于"Lipinski规则"筛选得到323个化合物,组成的新数据库命名为Lipinski-SHLMD。结论双黄连粉针剂是适合优先展开研究的抗HIV中药复方,构建的SHLMD为双黄连粉针剂的分子研究奠定了数据库基础,利用"Lipinski规则"初筛突出了研究重点。
文摘【目的】构建I型人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)非核苷类逆转录酶抑制剂(nonnucleoside reverse transcriptase inhibitors,NNRTIs)的药效团模型,通过对中药化学数据库(traditional Chinese medicine database,TCMD)的搜索,在中药中寻找新型抗耐药的NNRTIs。【方法】从已知的NNRTIs与逆转录酶复合物的晶体结构出发,通过构象分析和药效团识别等方法,构建NNRTIs的药效团模型并检验其可靠性;基于药效团模型对TCMD进行数据库搜索,发现新型潜在的NNRTIs。【结果】从PDB中检索出2010年至2014年RT与NNRTIs复合物的晶体结构30个,从中抽提出其活性配体,建立了一个包含30个活性配体的小分子数据库;通过对上市药物TMC278和TMC125及高活性抑制剂DJZ的构象叠合和药效特征基团分析构建了新的NNRTIs药效团模型,该模型包含了5个药效特征基团;以符合这5个药效特征基团中任意4个为条件,在活性配体小分子数据库中验证性搜索出18个化合物,检出率为60.0%;基于五点药效团模型对TCMD进行数据库搜索得到272个化合物。【结论】以TMC278、TMC125和DJZ构建的五点药效团模型,以符合其中任意4个为条件,在活性配体小分子数据库中的检出率达到60.0%,表明所建药效团模型是可靠的。