土壤细菌DNA提取及多样性分析的T-RFLP方法

获得高质量的土壤总DNA是土壤细菌生态学的关键步骤之一。实验通过综合应用两个试剂盒(Soilmaster kit和DNA IQ^(TM)系统)的优点进行土壤样品总DNA的提取,结果证明该方法是一种快速、有效、灵敏、稳定的土壤DNA提取方法。另外尝试将16S rDNA序列和T-RFLP(Terminal restriction fragment length polymorphism)技术引入土壤细菌DNA群落多样性的研究中,证明T-RFLP是一种有力的土壤细菌多样性分析工具。

土壤细菌群体多样性的T-RFLP分析应用探讨

目的探讨土壤细菌群体多样性的末端限制性片段长度多态性(terminal restriction fragment length poly-morphism,T-RFLP)分析在法庭科学应用的相关问题。方法依据不同土壤中的细菌群体存在多样性和差异,联合利用细菌16S rDNA序列、末端限制性片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)方法对5个来源不同的土壤样品和4个同一来源土壤样品的细菌群体多样性进行比较分析,计算土壤样品间的相似系数。结果不同来源的5个土壤样品间相似系数,最大者为0.44,最小为0.3;同一来源的4个土壤样品相似系数,最大为0.87,最小为0.76。结论不同来源土壤的细菌群体多样性存在差异。

无菌水常温保存番茄青枯菌的效果检测

不同 pH的灭菌水常温保存不同浓度的番茄青枯菌 ,6年后检测其存活情况。结果表明 ,灭菌水常温保存番茄青枯菌效果与初始菌浓度和无菌水 pH有关。试验表明此种方法保存番茄青枯菌是一种保存时间长 ,保存性状稳定的方法。

小麦苗枯病菌的ITS分析及PCR检测

小麦苗枯病菌 (Clavibacterfangii,Cf)是引起小麦细菌性苗枯病的病原 ,本研究用 16S～ 2 3SrDNA间的内源转录间隔区 (inter nallytranscribedspacer,ITS)序列通用引物L1(5 ' AGTCGTAACAAGGTAGCCGT 3' )和L2 (5 ' GTGCCAAGGCATCCACC 3' )扩增Cf和其它相关细菌的基因组DNA ;并对其PCR产物进行回收、克隆和测序 ,将所获序列和其它已报道的细菌ITS序列进行多重比较后设计出Cf的特异性引物I1(5 ' TGCCAAGTCACACTGAGACGA 3' )和I2 (5 ' CAATGATCTACCACCCTCCGA 3' )。此引物可以从Cf中扩增出 35 1bp的特异性片段 ,而其余参试的 2 1个细菌PCR反应结果均为阴性。该方法可以应用于小麦苗枯病菌的快速、可靠检测。此外 ,本研究对多种植物病原棒形杆菌的ITS序列进行比较研究 ,发现其具有一定的分类意义。

甜菜银叶病菌的PCR检测

本研究用 1 6S 2 3SrDNA间的ITS序列通用引物L1 ( 5′ AGTCGTAACAAGGTAGCCGT 3′)和L2 ( 5′ GTGCCAAGGCATCCACC 3)扩增甜菜银叶病菌 (Curtobacteriumflaccumfacienspv .betae,Cfb)和其它相近细菌的基因组DNA ;并对其PCR产物进行回收、克隆和测序 ,将所获序列和其它已报道的细菌内源转录间隔区 (InternallyTranscribedSpacer,ITS)序列进行多重比较后设计出Cfb的特异性引物B1 ( 5′ GGCCTCGTGTTGTCCCTTATC 3′)和B2 ( 5′ GTCACCAATCAA CAACCCGAG 3′)。此引物可以从Cfb中扩增出 387bp的特异性片段 ,而其余参试的 2 1个细菌PCR反应结果均为阴性。该方法可以应用于病害防治工作中的Cfb快速。

大蒜鳞茎腐烂病的病原鉴定

从江苏太仓产蒜区及南京周边市场采集的病蒜上分离到 5株细菌和 3种真菌 ,经柯赫氏法则验证 ,均确定为大蒜鳞茎腐烂的病原菌。经细菌形态特征观察和生理生化性状测定结果表明 :g W、g 1属芽孢杆菌 (Bacillusspp .) ;g Y、g 2为欧文氏菌 (Erwiniaspp .) ;g 3属红球菌 (Rhodococcussp .)。真菌的形态特征观察鉴定结果表明 :3株真菌F1、F2、F3分别属于黄青霉 (PenicilliumchrysogenumThom)、黑曲霉 (AspergillusnigervanTiegh)和尖胞镰刀菌 (Fusariumoxysporum)

中国汉族人群GH1基因启动子区单体型及与身高的关系

目的研究中国汉族人群GH1基因启动子区域的单核苷酸多态性及其在中国汉族人群中的分布规律,建立其单体型分析方法并探索与成年人身高间的关系,为今后个体身高特征推测研究奠定基础。方法采用直接测序法进行SNP检测,获得其分型数据;采用等位位点特异性PCR方法和基于人群的单体型推断方法分别进行单体型分析,并采用Haplo.stats软件构建单体型与身高的广义线性模型。结果 GH1基因启动子区域含有多个SNP位点,在前人研究的基础上发现了-261、-250、+20三个新SNP位点;找到-278、-57、-6三个标签SNP位点,以最常见的单体型GTA为参照,TTA、GGG、TTG携带者的身高更矮(P<0.05),差异具有统计学意义。结论基于人群的单体型推断方法是一种比较准确可行的方法,可以在后续的研究中单独使用,不需要再进行复杂费时的等位位点特异性PCR操作;GH1基因启动子区域在中国汉族人群中表现出高度多态性,并存在一定的人种差异;GH1基因启动子区域的序列及单体型与身高存在一定的关系。

微生物群体多样性在法庭地理学上的应用前景

法庭地理学(Forensic Geology)是一门基于土壤物证在法庭科学中的重要意义而新建立的学科分支,主要是对现场采集的土壤物证进行检验和分析,从而为案件的侦破提供线索[1].……

接触DNA检验成功率的影响因素探讨

人在接触物体后,会在物体表面留下少量的接触DNA,对它的检验是目前法医DNA检验的热点和难点。在不同情况下,接触DNA的STR检验成功率差异较大。影响接触DNA检验成功率的主要因素有个体差异、载体属性、接触时间、遗留时间、检验时能否突出重点部位、检验策略的选取和结果分析等,本文详细综述了接触DNA检验成功率的影响因素。

脱落毛发及毛干DNA的STR分型研究

目的探讨脱落毛发及毛干细胞核DNA提取、含量和STR分型问题。方法对脱落毛发或毛干进行DNA提取和定量,使用低扩增体系、增加循环次数和多次平行扩增等方法扩增DNA样本,采用叠加比较的方法分析STR分型。结果 15cm脱落毛发样品DNA含量大于0.3ng的样品占52.8%,STR分型成功率为55.6%;15cm毛干样品DNA含量大于0.3ng的样品占30.6%,STR分型成功率为25%。结论采用增加循环次数、多次平行扩增等LCN-STR分型方法和Mini-STR试剂盒有助于脱落毛发及毛干的STR基因座分型获得。

利用人体外周血痕sjTREC含量推断个体年龄

目的验证人外周血中信号结合T细胞受体删除DNA环(signal joint T-cell receptor excision DNAcircle,sjTREC)水平与年龄的相关性公式,探讨其在鉴定实践中的应用价值。方法收集已知年龄的健康无关个体外周血痕样品30例,室温放置4周后,分别提取血痕DNA。通过实时荧光定量PCR技术,定量测定外周血痕DNA中sjTREC含量,并选择人TATA盒结合蛋白(TATA box binding protein,TBP)序列作为内参基因。采用年龄推断公式Age=-7.1815Y-42.458±9.42(Y=dCtTBP-sjTREC)推算血痕的供体年龄,并与供体实际年龄作比较,验证方法准确性。结果在收集的30例血痕样品中均能检测到目的基因sjTREC和内参基因TBP。外周血痕sjTREC含量随供体年龄的增长而降低(P<0.01)。采用本方法推断血痕个体年龄的准确率为76.67%。结论利用sjTREC含量推断血痕个体年龄的方法简单、快速、灵敏、种属特异性好,具有重要的应用前景。

几种常用植物病原细菌分子检测方法

植物病原细菌(phytobacteria)是植物上一类重要的病原菌,这些细菌能引起多种农作物、经济作物、花卉、树木及牧草上的病害。它的快速检测是病害防治、预测预报及植物检疫必不可少的重要工作。其中,以PCR为基础的分子检测技术的进步使植物病原细菌的检测更快速、灵敏和可靠。本文对近年来植物病原细菌分子检测技术进行介绍,尤其是应用广泛的ITS-PCR(intergenictranscribedspace-PCR)、ARDRA(amplifiedribosomalDNArestric-tionanalysis-PCR)、rep-PCR(repetitiveDNA-PCR)和实时荧光定量PCR(real-timequantitativePCR)技术,旨在促进我国植物病原细菌研究的快速发展。

微量DNA:容易忽略的生物物证

PCR技术的出现,大大提高了法医DNA分析技术的灵敏度,尤其是STR复合扩增技术的应用,不仅如同DNA指纹技术一样能够进行同一认定,而且使其灵敏度达到了纳克级以下的水平,大大提高了其解决微量、降解DNA的分析能力.Findlay等[1]成功地分析了低至单个细胞水平的模板DNA;Van Hoofstat等[2]利用DNA技术分析现场遗留指纹进行检验;Barbaro等[3]利用DNA技术对毛干进行检验;Schmerer等[4]和Burger等[5]分别用60和50个循环分析古代骨骼DNA;Van Oorschot和Jones[6]利用PCR检验,从电话话筒、钢笔、手提箱把手等提取的检材样品中得到DNA分型;Wickenheiser[7]从被盗汽车的方向盘上提取DNA进行STR分型,从而认定罪犯.以上研究报道的结果表明,现有的DNA技术能够对微量DNA进行检验.……

裁判文书中鉴定意见的采信情况分析

近年来,根据最高人民法院要求,中国裁判文书网对全国各级法院裁判文书进行全文公开,从而使得起证据作用的鉴定意见在裁判活动中的应用情况得以直观展现。本文对互联网上公开并援引公安部物证鉴定中心出具鉴定意见的495份裁判文书进行了研究分析,按照刑事、民事、行政案件类型区分,讨论了裁判文书对鉴定意见的证据采纳、鉴定领域分布、案情与审级等方面情况,描述了以公安部物证鉴定中心为代表的公安司法鉴定机构在当前全国各级法院诉讼活动中的地位与作用。

内蒙古糖甜菜叶斑病菌的多样性分析

采用ERIC-PCR,BOX-PCR和ITS的分析方法,对分离自我国内蒙古自治区5个市的21个糖甜菜叶斑病菌菌株进行多样性分析,并与其他12种病原细菌进行比较。ERIC-PCR揭示,在相似性80%上所有参试菌株分为26簇,而BOX-PCR只得到20个簇,暗示这两种短重复序列在基因组中的分布不同;将两者电泳图谱结合,得到介于上述两者间的结果,分为23个簇;在相似率达87%时,ITS分析将21个糖甜菜叶斑病菌菌株分成7簇。3种分析方法相互验证,均说明内蒙古糖甜菜叶斑病菌基因组存在显著多样性。ERIC和BOX聚类证明了糖甜菜叶斑病菌与短小杆菌属(Curtobacterium)亲缘关系较近,与其他属细菌亲缘关系较远。研究证明,ERIC和BOX扩增基因组DNA指纹比ITS图谱具有更强的多样性。

葡萄胎的DNA检验

目的探讨一例强奸案中的葡萄胎样本的DNA检验及结果分析。方法用Identifiler试剂盒对葡萄胎样本和受害人血样进行荧光复合STR基因座扩增并分型。结果该例的葡萄胎在15个STR基因座上分型均为纯合子,应属于单精子受精的完全性葡萄胎。结论葡萄胎类型多种,对应着不同的DNA分型,在实际案件的检验中应引起注意。

牛多态性DNA遗传标记系统的研究

为了研究建立能够进行牛个体识别和亲子鉴定的多态性DNA遗传标记系统,我们筛选出STR基因座,采用荧光标记PCR引物,根据各个基因座的片段大小和扩增条件,优化扩增反应体系和热循环参数,研究建立了6个牛STR基因座组成STR复合扩增系统,通过对无关个体的调查,获得各个遗传标记的多态性遗传基础数据,STR基因座的扩增片段长度在80-280bp范围,每个基因座的等位基因数在8个以上,除基因座ETH225的个体识别率为0.693外,其余5个基因座的识别率在0.8以上,具有较高的个体识别率,6个基因座的联合识别率为大于0.9999999。每个基因座的非父排除概率为0.235-0.739,具有较高的非父排除率,6个基因座的联合非父排除率为0.99225686393,通过家系分析,未发现突变现象,符合孟德尔遗传定律,可以进行个体同一认定和亲子鉴定。

江苏省小麦苗枯病菌的遗传多样性初析

采用ER IC-PCR、BOX-PCR和ITS技术,对江苏省6个市的24个小麦苗枯病菌(C lavibacter fangii)进行遗传多样性分析,并与其他10种病原细菌进行比较。结果表明,在相似率达60%时,ITS将24个小麦苗枯病菌分成了5簇。以相似性60%为界,ER IC-PCR将34个参试菌株分为14簇,而BOX-PCR只得到9簇,暗示这两种短重复序列在基因组中的分布不同;将两者电泳图谱结合,得到介于上述两者间的结果,所有菌株被分成12簇,24个小麦苗枯病菌分布在5簇中。3种分析方法相互验证,均说明江苏省小麦苗枯病菌基因组存在显著多样性。ER IC-PCR和BOX-PCR聚类证明了小麦苗枯病菌与棒形杆菌属(C lavibacter)亲缘关系较近,与其他属细菌亲缘关系较远。ER IC-PCR和BOX-PCR扩增基因组DNA指纹比ITS图谱具有更强的多样性。