辣椒GATA转录因子的生物信息学分析

本研究旨在分析和鉴定辣椒GATA转录因子的家族成员的生物信息学特征,为今后进一步的实验研究奠定基础。利用生物信息学手段,通过HMMER和SMART软件对辣椒GATA转录因子进行鉴定。利用Clustal X 1.83、MEGA5.05、GSDS、MEME等软件对辣椒GATA转录因子进行生物信息学分析。本研究鉴定出24个辣椒GATA转录因子家族成员。系统进化树的结果显示,24个GATA家族成员分为4个亚族。GSDS软件结果表明辣椒GATA转录因子的内含子、外显子分布情况。DNAMAN软件和MEME软件结果显示辣椒的大部分GATA转录因子是保守的。染色体定位软件Map Inspect分析表明,辣椒GATA转录因子在辣椒12条染色体上分布并不均匀。本研究鉴定并分析了辣椒GATA转录因子的生物信息学的特征,为以后继续研究其功能提供了一定的理论基础与现实意义。

辣椒Trihelix转录因子家族的生物信息学分析

Trihelix转录因子在调控植物生长发育以及响应逆境胁迫等多方面发挥着重要作用,属于一个小家族。通过系统地阐述辣椒Trihelix转录因子家族成员特征和进化关系,进一步为研究辣椒Trihelix转录因子的生物学功能提供理论基础。本研究在辣椒基因组范围内,通过HMMER 3.0软件鉴定Trihelix基因家族成员,应用CDD验证其蛋白的功能结构域;采用MEGA5.2软件进行系统进化树分析;利用MEME和Map Inspect工具对其蛋白序列进行基序和染色体定位分析。利用功能已知的拟南芥Trihelix蛋白家族为参考序列,系统分析鉴定了28个辣椒Trihelix家族基因,并将其分为GT-1、GT-2、GTγ、SIP1和SH4 5个亚族。基因定位表明,辣椒Trihelix家族成员不均匀的分布在12条染色体上,其中7号和11号染色体上没有辣椒Trihelix成员的分布。保守元件显示辣椒Trihelix基因家族成员部分是高度保守的,各个家族均具有特殊的结构域。辣椒Trihelix基因家族大部分成员结构是保守的,保守基序与聚类分析具有高度的一致性,有可能参与调控辣椒生长发育及逆境胁迫等多种过程。

探讨如何提高灌区水费的收缴率

水费是灌区工程维修、经营管理、人员经费的主要来源,是把水变成商品、对农户实行有偿服务的具体表现.水费收缴率的高低直接体现一个灌区生产、经营的状况.因此,省、市、县各级管理部门一直把水费收缴作为一项重要工作来抓,哈尔滨市2002年共有水田面积448.69万亩,其中万亩以上灌区水费收缴面积139.71万亩,应收水费2 794.2万元,而实际收取1 876.5万元,占应收水费的67.2%,问题亟待解决.笔者针对哈尔滨市国有灌区水费收缴工作中存在的问题,力求探讨切实可行的解决途径.

植物中GATA转录因子的研究进展

GATA转录因子是一类广泛存在于真核生物中的转录因子,在植物光响应调控、叶绿素合成、细胞分裂素响应以及碳、氮代谢等生物学过程中发挥重要作用,这些生物学过程与作物产量息息相关,对GATA家族的研究可以为作物增产提供一定的理论基础。GATA转录因子具有特殊的锌指结构,而且根据前人对拟南芥、蓖麻、水稻等植物的研究发现,锌指结构的大部分氨基酸位点在大部分成员中是高度保守的。本研究主要对GATA转录因子的特异结构、分类、进化分析以及生物学功能进行论述。通过对前人的研究成果加以总结,归纳出了GATA转录因子参与植株的生命过程,例如,与拟南芥的花期等生长过程具有相关性,和植物的非生物胁迫的相关性,例如,参与沙冬青的抗旱性等非生物胁迫过程,以及与植物次生代谢的相关性,例如,参与调控拟南芥的碳、氮代谢等次生代谢过程。本综述详细论述了国内外关于GATA转录因子的研究进展,为进一步对GATA转录因子的研究提供帮助。

植物中GRF转录因子的研究进展

GRF转录因子是植物中特殊含有的转录因子。它主要调控植物细胞大小、参与叶绿体增殖、雌蕊发育、调控渗透胁迫等植物生长发育过程。GRF转录因子主要包含QLQ和WRC两个保守的结构域。而且GRF转录因子在多种植物中存在,包括拟南芥、油菜、马铃薯、水稻、番茄、玉米等。本综述主要是对GRF转录因子的结构与分布、进化分析以及它在植物生长过程中的作用加以阐述。其中,本综述探讨了GRF转录因子与植物营养生长的相关性,与植物生殖生长的相关性,以及与植物渗透胁迫的相关性。本综述总结了前人的成果与结论,详细的论述了国内外关于GRF转录因子的研究进展,为进一步研究GRF转录因子奠定基础。

番茄PIN2基因的生物信息学分析

PIN基因家族是调控生长素运输的重要输出载体。拟南芥PIN2介导的生长素极性运输在生长素不对称分布在根的向重力性反应中起着关键性调控作用(潘建伟等,2010)。植物根系的重力性决定着根系空间生长的趋势,对植物养分的吸收有着重要的影响。本研究选择功能已知的拟南芥PIN2基因为参考序列,对番茄PIN2基因开展了蛋白组分和理化性质,系统进化分析,蛋白结构预测,跨膜结构分析等生物信息学研究,为番茄PIN2基因的生物学功能及分子机理提供理论基础。

智能卡中随机序列的检验方法

在对随机数安全性分析的基础上,在智能卡系统中引入随机序列的随机性统计检验的方法,检验生成序列是否满足系统安全所需的随机性。在智能卡上实现了这些检验方法并给出了测试结果。实际应用证明系统运行正确。

番茄GRF转录因子家族的生物信息学分析

本研究通过生物信息学手段,对番茄GRF转录因子进行全部家族成员的研究。主要包括对番茄GRF转录因子家族成员的鉴定,基本信息的分析,进化分析,基因结构分析,保守基序分析,保守结构域分析以及染色体定位分析。本研究一共鉴定了13条番茄转录因子。根据拟南芥、番茄、水稻的系统进化树分析,将番茄GRF转录因子分为6族。利用DNAMAN软件和MEME软件,发现番茄GRF转录因子的氨基酸保守序列是比较保守的。染色体定位分析发现,并不是所有的染色体都有番茄GRF转录因子分布。以上的这些研究可为番茄GRF转录因子家族的后续研究提供一定的理论基础与现实意义。