“新筛”干血斑在耳聋基因检测中的应用

目的将新生儿遗传代谢病筛查(简称“新筛”)后剩下的干血斑继续用于耳聋基因提取和飞行质谱检测,从而减少耳聋基因检测过程中的取样频次并缩短检测周期。方法在碱水煮沸法提取耳聋基因的基础上优化碱水的pH值和用量,使“新筛”干血斑DNA提取浓度达到新鲜血斑水平。结果用pH值为9、10、11、12的碱水从干血斑中提取DNA时,DNA的浓度与碱水pH值呈正相关(r=0.906,P=0.094),20个耳聋基因位点均能被正常检出;当pH值达到12时,质谱峰图信号响应值减小,检测质量下降。用60、70、80、90μL pH值为11的碱水从“新筛”干血斑中提取DNA时,DNA浓度与碱水体积呈负相关(r=-0.988,P=0.012);用90μL pH值为11的碱水时,有1例样本547G>A位点基因被漏检,用80μL pH值为11的碱水时,DNA提取浓度和新鲜血斑最接近(t=0.035,P=0.974),同时质谱峰图良好。结论用80μL pH值为11的煮沸碱水从“新筛”干血斑中提取DNA,可获得较好的耳聋质谱检测结果,为搭建“新筛”和耳聋自动化检测平台提供一定的技术参考。

利用CRISPR/Cas9系统定向编辑甘蓝型油菜BnaLCR78基因

分泌信号肽是生物体内的一类重要功能分子。通过生物信息学分析,揭示甘蓝型油菜BnaLCR78基因编码一个由78个氨基酸组成、N端包含分泌信号肽且C端富含半胱氨酸的蛋白,属于富含半胱氨酸的分泌信号肽。为进一步研究该基因的功能,借助农杆菌介导的甘蓝型油菜下胚轴遗传转化方法,利用CRISPR/Cas9系统对甘蓝型油菜BnaLCR78基因进行编辑,实现定向敲除。本实验共计使用1 200个外植体,经除草剂草铵膦的抗性筛选及对213株抗性苗基因组DNA的PCR检测,获得了26株转基因油菜,转化率约为2.17%,但在T0代并未获得发生了目标基因被编辑的植株。幸运地是从T0自交获得的T1植株中获得基因被编辑了的植株。通过扩增T1代27株转基因油菜靶位点并测序,发现有1株在靶位点2有一个T碱基的插入,其基因型为+1/WT的杂合突变体,说明在T1植株中,基因的编辑效率达到了3.7%。这对后续研究甘蓝型油菜BnaLCR78基因功能的研究提供了帮助。