目的通过生物信息学分析,寻找与银屑病发病密切相关的特征基因,并探寻中药复方对其作用机理。方法利用中药系统药理学数据库(TCMSP)对健脾解毒汤的药物作用靶点进行研究。通过OMIM数据库、GeneCard数据库以及GEO数据库筛选银屑病的病理...目的通过生物信息学分析,寻找与银屑病发病密切相关的特征基因,并探寻中药复方对其作用机理。方法利用中药系统药理学数据库(TCMSP)对健脾解毒汤的药物作用靶点进行研究。通过OMIM数据库、GeneCard数据库以及GEO数据库筛选银屑病的病理靶点;使用R包对基因进行功能注释;从NCBI GEO公共数据库下载银屑病数据集GSE13355的基因表达数据;通过Cytoscape建立“活性成分-靶点”网络;采用WGCNA方法,寻找协同表达的基因模块;利用WGCNA-R包构建数据集中基因的共表达网络;采用CIBERSORT算法推断22种免疫浸润细胞的相对比例,并进行Pearson相关性分析;通过miRcode数据库获得关键基因相关的miRNA。统计分析采用R语言(version4.2.1)进行。结果最终得到对应药物靶点共132个,将药物靶点与疾病靶点取交集,得43个交集靶点。GO和KEGG富集分析主要涉及cellular response to chemical stress、response to oxidative stress、gland development、HIF-1、Th17 cell differentiation、PI3K-Akt等信号通路。WGCNA分析共检测到8个基因模块,其中black模块相关性绝对值最高,将black模块中筛选后得到的912个基因与43个交集靶点取交集,结果显示,ABCC1、BIRC5、PCNA这3个基因均有交集,关键基因与多种免疫细胞显著相关。对关键基因和铁死亡相关基因进行相关性分析,关键靶点的表达水平和铁死亡相关基因的表达水平显著相关。结论ABCC1、BIRC5、PCNA、AIFM2、BECN1和GPX4在银屑病中具有重要的生物学功能,为今后的新药研发奠定基础。展开更多
文摘目的通过生物信息学分析,寻找与银屑病发病密切相关的特征基因,并探寻中药复方对其作用机理。方法利用中药系统药理学数据库(TCMSP)对健脾解毒汤的药物作用靶点进行研究。通过OMIM数据库、GeneCard数据库以及GEO数据库筛选银屑病的病理靶点;使用R包对基因进行功能注释;从NCBI GEO公共数据库下载银屑病数据集GSE13355的基因表达数据;通过Cytoscape建立“活性成分-靶点”网络;采用WGCNA方法,寻找协同表达的基因模块;利用WGCNA-R包构建数据集中基因的共表达网络;采用CIBERSORT算法推断22种免疫浸润细胞的相对比例,并进行Pearson相关性分析;通过miRcode数据库获得关键基因相关的miRNA。统计分析采用R语言(version4.2.1)进行。结果最终得到对应药物靶点共132个,将药物靶点与疾病靶点取交集,得43个交集靶点。GO和KEGG富集分析主要涉及cellular response to chemical stress、response to oxidative stress、gland development、HIF-1、Th17 cell differentiation、PI3K-Akt等信号通路。WGCNA分析共检测到8个基因模块,其中black模块相关性绝对值最高,将black模块中筛选后得到的912个基因与43个交集靶点取交集,结果显示,ABCC1、BIRC5、PCNA这3个基因均有交集,关键基因与多种免疫细胞显著相关。对关键基因和铁死亡相关基因进行相关性分析,关键靶点的表达水平和铁死亡相关基因的表达水平显著相关。结论ABCC1、BIRC5、PCNA、AIFM2、BECN1和GPX4在银屑病中具有重要的生物学功能,为今后的新药研发奠定基础。