HIV-1整合酶基因序列分析方法验证

目的 验证实验室自建人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)整合酶基因序列分析方法。该方法可用于评估HIV-1整合酶区段基因型耐药水平。方法 根据世界卫生组织自建基因序列分析方法验证的建议,从20份HIV-1阳性样本中提取RNA,扩增HIV-1整合酶区基因片段,并测序。通过与病毒质量保证(VQA)共识进行比对,评估实验室自建的HIV-1整合酶基因序列分析方案的准确性,通过扩增成功率评估其灵敏度,通过同一样本的重复检测结果评估其精密度和重现性。结果 20份样本与VQA共识的核苷酸一致率均>98%;10个高病毒载量(>10 000拷贝·mL^(-1))样本和5个低病毒载量(1 000~5 000拷贝·mL^(-1))样本的扩增成功率均为100%;4个样本的同批次5复孔和5个样本5次检测的结果均符合90%的样本配对比较核苷酸一致率>98%的要求。结论 该HIV-1整合酶基因序列分析方法的准确性、灵敏度、精密度和重现性均符合要求,适用于HIV-1整合酶基因序列分析。

HIV-1感染过程中CD8^+T细胞PD-1水平增高与其活化状态正相关

目的分析人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)感染者CD8+T细胞程序性死亡蛋白1(PD-1)、CD38、人白细胞抗原DR(HLA-DR)及KI-67抗原(ki67)的表达水平,探讨HIV-1感染过程中CD8^+T细胞PD-1表达水平与免疫活化和免疫耗竭的关系及意义。方法收集HIV-1感染者87例,健康志愿者22例,密度梯度法分离外周血单个核细胞;采用流式细胞术分析其CD8+T细胞PD-1、CD38、HLA-DR、ki67的表达水平;观察用抗PD-L1 m Ab阻断PD-1/PD-L1通路后CD8^+T细胞分泌肿瘤坏死因子α(TNF-α)、γ干扰素(IFN-γ)的水平变化。结果 HIV-1感染者CD8^+T细胞PD-1表达水平显著高于健康对照组;CD8^+T细胞PD-1水平与病毒载量呈正相关,与CD4^+T细胞数呈负相关;CD8^+T细胞PD-1与CD38、HLA-DR表达呈正相关,与ki67表达无相关性;体外阻断PD-1/PD-L1通路后TNF-α、IFN-γ的表达量增加。结论 HIV-1感染者外周血CD8^+T细胞PD-1表达增加;PD-1过表达与HIV感染过程中CD8^+T细胞功能受抑、免疫耗竭及疾病进程相关;体外阻断PD-1/PD-L1通路可恢复CD8^+T细胞功能。

HIV-1感染过程中外周血CD8^+CD127^+T细胞活化耗竭研究

目的:检测HIV-1感染者CD8^+CD127^+T细胞CD38、HLA-DR和PD-1的表达水平,探讨HIV-1感染过程中CD8^+CD127^+T细胞免疫活化和耗竭的意义。方法:采集未经抗病毒治疗的HIV-1感染者63例及健康对照者16例,采用流式细胞术检测外周血单个核细胞中CD8^+CD127^+T细胞CD38、HLA-DR和PD-1表达水平。结果:与健康对照组比较,HIV-1典型进展者和慢性感染者CD8^+T细胞CD127的表达显著下降,CD8^+CD127^+T细胞CD38、HLA-DR、PD-1的表达显著升高( P <0.05);HIV-1感染者CD4计数与CD127、CD38、HLA-DR、PD-1的表达频率负相关;HIV-1感染者CD8^+CD127^+T细胞HLA-DR的表达频率与PD-1的表达正相关。结论: HIV-1感染过程中CD8^+CD127^+T细胞高活化耗竭是引起CD8^+CD127^+T细胞减少的原因。

艾滋病检测结果“不确定”是怎么回事

生活实例。一天下午,一位女士与丈夫一起进入艾滋病自愿咨询检测(VCT)门诊。女士已显孕态,情绪激动,她的丈夫却态度冷淡,似乎不情不愿。女士焦急地说:"医生,我在医院产检时,医院发现我的人类免疫缺陷病毒(HIV)检测结果有问题,但又说不确定。

上海地区艾滋病病毒感染者/艾滋病患者原发性耐药基因调查及抗病毒治疗效果观察

目的了解上海地区伴有HIV-1原发性耐药的艾滋病病毒感染者/艾滋病患者(HIV/AIDS)对高效抗反转录病毒治疗(HAART)效果的影响,评估长期抗病毒治疗方案,为调整治疗策略提供依据。方法从上海市艾滋病治疗数据库中随机选取2007-2013年期间被诊断为HIV-1的感染者,在未治疗前进行原发性耐药检测。对其中原发性耐药的病例进行1~7年不等的随访检测,通过CD4+T淋巴细胞计数及病毒载量结果评估抗病毒治疗效果。结果 1 543例HIV-1感染者中发现HIV原发性耐药42例,其中失访8例,死亡1例,停药1例,最后获得32例原发性耐药者。32例中非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)耐药相关突变11例,核苷类反转录酶抑制剂(NRTI)耐药相关突变7例,蛋白酶抑制剂(PI)耐药相关突变6例;对NRTIs和NNRTIs同时耐药突变有3例,同时发生对PIs和NNRTIs的耐药相关突变1例,同时发生对PIs和NRTIs的耐药相关突变2例;对整合酶抑制剂(IN)耐药相关突变2例,平均原发性耐药率为2.7%。随访监测CD4+T淋巴细胞计数和病毒载量变化结果显示,32例患者的CD4+T淋巴细胞数量在HAART治疗前和治疗后的0.5、1、2、3、4、5、6和7年(±1个月)时分别为249.5±157.4、304.9±188.7、356.3±206.4、441.4±245.7、455.4±256.8、453.2±168.5、458.2±202.4、454.0±66.8和432.0±100.4个/$l。服药依从性指标评估显示所有病例均每年检测病毒载量,除了2例病例病毒载量为600拷贝/ml和700拷贝/ml外,其余病毒载量检测均低于检测下限,病毒抑制率为100%。上述病例在随访期间,均因毒副反应而更换为其他一线药物或二线药物。结论通过随访观察上海地区伴原发性耐药的HIV/AIDS对抗病毒的治疗效果,在原发性耐药率低的流行地区,如果治疗管理规范,患者服药依从性好,并经常开展公共卫生原发性耐药监测,在条件有限的情况下可不考虑进行治疗前原发性耐药检测。

2013年上海市男男性行为人群新发现艾滋病病毒感染者流行病学特征对比分析

目的对上海市2013年新发现的男男性行为(MSM)人群未经抗病毒治疗的艾滋病病毒1型(HIV-1)感染现况进行调查,为上海市老年人群医疗保障措施及艾滋病防治对策提供参考。方法知情同意前提下,对新发现HIV感染者进行个案流行病学调查并采集血样,进行反转录-聚合酶链反应扩增、DNA测序与亚型鉴定。将52例≥50岁年龄组与591例<50岁年龄组人群做相应对比,揭示该人群人口学、行为学及基因亚型的分布特征。结果≥50岁MSM人群亚型分析结果以CRF01_AE为主,占48.1%(25/52),其次为CRF07_BC占26.9%(14/52),B亚型占11.5%(6/52),CRF08_BC占3.8%(2/52),01B亚型为9.6%(5/52)。CRF01_AE在≥50岁年龄组中的比例(48.1%)明显低于<50岁年龄组的63.8%(χ2=11.18,P<0.05),并且在病程进展及死亡等方面差异有统计学意义,提示在≥50岁年龄组可能更容易进展到艾滋病期。结论上海市≥50岁MSM人群感染者以上海本地户籍为主,虽然基因亚型也以CRF01_AE亚型为主,但基因亚型呈多样性。应重视该人群亚型的发展和演变,有针对性地加强本地户籍≥50岁男性艾滋病宣传、高危行为干预,制定科学并有针对性的艾滋病防治策略。

2007-2013年上海市HIV-1感染者毒株耐药监测

目的了解上海市2007-2013年HIV-1感染者的原发耐药基因突变情况,掌握耐药毒株变化趋势。方法随机选取2007-2013年随访的常住上海未经抗病毒治疗的HIV-1感染者血浆标本1296例,进行反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增、DNA测序、亚型鉴定,并与国际HIV耐药数据库比对分析。结果获得1085例pol区基因片段,其中亚型分布显示,CRF01_AE 651例(60.0%),其次为CRF07_BC 253例(23.3%)、B亚型97例(8.9%)、CRF08_BC52例(4.8%)、C亚型12例(1.1%)、CRF01_B 10例(0.9%)、F2亚型2例(0.2%)、G亚型2例(0.2%)、CRF02_AG 5例(0.5%)和CRF03_AB 1例(0.2%)。原发耐药率平均为1.4%,其中核苷类反转录酶抑制剂(NRTI)耐药相关突变率为0.3%(3/1085),非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)耐药相关突变率为0.9%(9/1085),整合酶抑制剂(IN)耐药相关突变率为0.2%(2/1085)。同时发生对蛋白酶抑制剂(PIs)和NNRTIs的耐药相关突变1例。结论 2007 2013年上海市HIV-1感染者中存在原发耐药基因变异,耐药率呈下降趋势,从2007年的4.5%下降到2013年的1.1%。耐药基因型以CRF01_AE为主,男男同性传播为主,极少数HIV感染者同时存在对2种主要治疗药物耐药,应加强CRF01_AE耐药毒株的动态监测和研究,尤其是在男男性接触人群中的变化趋势。

2012-2014年上海市男男性行为者HIV-1新诊断感染者原发耐药演变趋势

目的了解2012-2014年上海市男男性行为者(MSM)1型艾滋病病毒(HIV-1)新诊断感染者中原发耐药水平和流行现状,为调整抗病毒治疗策略提供依据。方法对2012-2014年HIV-1抗体确证首次阳性,未接受过抗病毒治疗的MSM感染者,随机抽取其冻存血浆703例。采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增和脱氧核糖核酸(DNA)测序,对样本进行病毒亚型、主要耐药相关突变和原发耐药率分析,同时收集调查问卷表。结果获得601例HIV-1pol区基因片段,扩增成功率85.5%,其亚型分布为CRF01_AE 363例(60.4%),CRF07_BC 158例(26.3%),B亚型48例(8.0%),其他亚型和重组体32例(5.3%);601例中有32例感染者带有一个或以上耐药相关突变,原发耐药率5.3%,分别为蛋白酶抑制剂相关耐药发生率2.0%,核苷类反转录酶抑制剂相关耐药发生率1.5%,非核苷类反转录酶抑制剂相关耐药发生率2.8%;2012-2014年间原发耐药率由2.9%上升至8.0%;有20例感染者带有一个或以上传播耐药相关突变,传播耐药率3.3%,传播耐药突变形式以蛋白酶M46I/L位点最高(8例)。结论上海市MSM新诊断HIV-1感染者原发耐药率呈逐年上升趋势,但传播耐药仍处低度流行水平,应继续加强高危人群监测力度,并开展抗病毒治疗前的耐药性检测。

上海市2007-2013年HIV-1分子流行病学演变趋势

目的了解上海市2007-2013年艾滋病病毒(HIV)-1亚型流行趋势。方法选取2007-2013年确认的、首次随访的HIV-l感染者1296例。取其血浆标本,应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,DNA测序,系统进化树分析,并结合流行病学资料进行分析。结果获得1085例pol区基因片段,其中亚型分布显示,CRF01_AE所占比例为59.1%(641例),CRF07_BC为23.1%(251例),B亚型为9.3%(101例),CRF08_BC为4.2%(46例),C亚型为1.1%(12例),CRF55_01B为0.9%(10例),CRF59_01B为0.8%(9例),CRF02_AG为0.6%(6例),CRF58_01B为0.3%(3例),未定型CRF_01B为0.3%(3例),CRF67_01B为0.2%(2例)和G亚型为0.1%(1例)。HIV-1主要流行毒株,CRF01_AE的比例从2007年64.3%下降到2013年的55.2%,CRF07_BC从2007年的8.6%上升到2013年的30.2%。CRF01_AE、CRF07_BC和B亚型均以性传播途径为主,其中同性性传播分别为61.3%(393/641)、49.8%(125/251)、51.5%(52/101),异性性传播分别为36.3%(233/641)、35.5%(89/251)、44.6%(45/101);CRF08_BC中异性性传播占60.9%(28/46);C亚型、CRF55_01B、CRF59_01B和CRF58_01B均以性传播为主;CRF02_AG以异性性传播为主,未定型CRF01_B、CRF67_01B和G亚型均以同性性传播为主。结论上海市2007-2013年HIV-1亚型变化明显,目前以CRF01_AE和CRF07_BC为主。继续加强对HIV-1基因亚型监测具有重要意义。

艾滋病筛检人群HIV-1抗体确证阳性率分析

【目的】对人类免疫缺陷病毒(HIV)抗体筛查有反应样本与HIV-1抗体确证阳性结果进行对比分析,探讨筛查检测与确证检测结果的符合性。【方法】根据中国疾病预防控制中心《全国艾滋病检测技术规范》(2015版),对2017年12月—2018年12月上海市宝山区289份酶联免疫吸附试验(ELISA)、免疫渗透/层析试验HIV筛查有反应标本(其中ELISA试验286份,免疫渗透/层析试验276份)和70份化学发光法筛查有反应,但ELISA、免疫渗透/层析试验均为阴性标本,采用免疫蛋白印迹试验(WB)进行确证,并对筛查和确证结果进行对比分析。【结果】经WB确证试验显示,289份ELISA、免疫渗透/层析试验初筛有反应样品中,HIV-1抗体阳性245份(84.78%),不确定34份(11.76%),阴性10份(3.46%)。ELISA、免疫渗透/层析试验与WB确证试验结果的符合率分别为85.66%(245/286)和88.77%(245/276),二者差异无统计学意义(χ^2=1.211,P=0.271)。WB确证试验HIV-1抗体阳性、不确定及阴性的平均S/c.o值分别为(24.66±1.37)、(20.15±8.06)和(7.96±8.40),三组间差异有统计学意义(F=137.96,P=0.000)。289份筛查有反应样本中,9份样本的S/c.o值在1~6之间,确证阳性1份,阳性符合率为11.11%;3份样本的S/c.o值7~10之间,确证阳性2份,阳性符合率为66.67%;277份样本的S/c.o值均大于10,确证阳性242份,阳性符合率为87.36%。HIV-1抗体确证阳性的样本中,gp160、gp120、gp41、p66、p24条带同时出现的概率为95%。70份化学发光法HIV筛查有反应,ELISA、免疫渗透/层析试验阴性标本中,WB确证结果阴性无条带36份,占51.43%(36/70),出现1条带27份,占38.57%(27/70),出现2条带7份,占10%(7/70)。【结论】HIV筛查采用敏感性、特异性高的试剂,即抗原抗体同时检测,即可减少感染早期漏检,也可提高与确证结果的符合性。筛查试验因样本或某些疾病的影响,存在假阳性可能,必须以抗体确证或核酸补充试验结果为准。HIV抗体确证试验,因其检测的抗体出现较晚,对早期感染者存在漏检风险,建议对初筛有反应S/c.o值较低(1~6之间),抗体确证试验阴性或不确定者,以及化学发光法HIV筛查有反应,ELISA、免疫渗透/层析试验阴性者,采用核酸补充试验检测或结合流行病学资料进行进一步随访。

上海市2013年人类免疫缺陷病毒-1型分子流行病学调查

截至2013年底，全国报告存活HIV／艾滋病患者436817例，MSM传播比例从2006年的2．5％上升到2013年的21．4％。近年来，上海HIV-1感染数逐年增高，截至2013年底累计报告HIV／艾滋病11168例，其中艾滋病患者3511例，死亡741例。2013年上海市报告HIV感染者1844例，较2012年同期增长10．0％。

2013年上海市男男性接触人群人类免疫缺陷病毒-1毒株耐药基因的变异

目的了解上海市新发现未经抗病毒治疗的MSM人群HIV-1毒株耐药基因变异情况，为优化防控方案提供科学依据。方法对2013年新发现的未经抗病毒治疗的所有MSM人群中的HIV感染者，共669份血浆标本，进行反转录PCR扩增、DNA测序、亚型鉴定，并与国际HIV耐药数据库比对分析。结果最后获得645份pol区基因片段，原发耐药率为2．48％（16／645）；其中核苷类反转录酶抑制剂（NRTI）耐药相关突变率为0．16％（1／645），非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTI）耐药相关突变率为1．70％（11／645），NRTI和NNRTI同时耐药相关突变率为0．31％（2／645），蛋白酶抑制剂（PI）耐药相关突变率为0．31％（2／645）。亚型重组CRF01-AE中耐药突变率为2．99％（12／401）；CRF07-BC中NNRTI耐药突变率为0．61％（1／163）；CRF-01B中NNRTI耐药突变率为4．65％（2／43），分别为CRF52—01B和未定型CRF01B各1份；欧美B亚型中NNRTI耐药突变率为2．70％（1／37）。结论2013年上海市MSM人群HIV-1感染者耐药株的流行仍处于低水平，其中NNRTI耐药相对较高，基因型以CRFO1—AE耐药为主，今后需进～步加强对该人群的耐药监测。

HIV-1核酸检测在抗体确证不确定和阴性病例中的应用研究

目的明确上海市HIV抗体确证不确定或阴性病例中可通过HIV-1核酸检测进行诊断的感染者规模,探讨常规化开展核酸检测对增加感染者发现的价值。方法对上海市三家艾滋病检测确证实验室在HIV抗体确证检测中发现的136例不确定和210例阴性病例的检测余样(多来源分析)进行HIV-1核酸定量检测,结合样本来源进行分析;根据初步结果在某自愿咨询及检测点(VCT试点)开展HIV-1核酸检测工作试点,对抗体确证不确定和阴性样本进行HIV-1核酸定量检测、HIV-1 DNA定性检测,对可根据HIV-1病毒载量诊断的病例进行CD4^(+)T淋巴细胞检测。结果2021年2月—2022年2月多来源样本的HIV-1核酸定量检测结果显示:136例确证不确定样本中,24例(17.7%)超过5000 CPs/ml、2例(1.5%)检出但低于5000 CPs/ml;210例确证阴性样本中,4例(1.9%)超过5000 CPs/ml。VCT来源的抗体不确定病例病毒载量高于检测限的比例(85.7%)高于此外来源。根据上述结果,在2022年1—9月某VCT开展试点:84例HIV抗体筛查有反应的样本中,70例确证阳性;14例确证不确定或阴性者中8例(57.1%)可由核酸检测诊断,占同期病例报告数的10.3%。结论目前以HIV抗体确证为主要补充试验方法的框架下,有必要对确证不确定者进行HIV-1核酸检测。HIV-1核酸检测对VCT来源的HIV感染者发现有重要贡献,且包含核酸检测的工作流程在基层艾滋病确证实验室具有较强的可操作性。

上海市经异性性传播HIV-1感染者的分子流行病学调查

目的 :调查上海市2013年新发现的经异性性传播的人类免疫缺陷病毒-1型(human immunodeficiency virus-1,HIV-1)感染者病毒亚型分布情况,为探索艾滋病防治策略提供思路。方法 :对289份经异性性传播HIV-1感染者的血浆标本,应用反转录-聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增后进行DNA测序,使用HIV-Blast软件判定其亚型,并结合流行病学资料进行分析。结果 :共获得289份pol区基因片段,亚型分布显示,CRF01_AE构成比最大,为54.3%;其次为CRF07_BC,为28.7%;B亚型为7.3%;CRF55_01B为4.2%;CRF08_BC为3.5%。其中,单纯经异性性接触传播的男性感染者有168例,占男性感染者总数的65.1%(168/258),亚型分布以CRF01_AE为主,占56.0%(94/168);异性性接触合并有男男同性接触史的男性感染者有83例,占32.2%(83/258),亚型分布也以CRF01_AE为主,占61.4(51/83),略高于单纯异性接触者;异性性接触合并注射毒品途径感染者7例,占2.7%(7/258),其亚型分布以CRF07_BC为主,有6例(6/7)。结论:上海市2013年经异性性传播HIV-1感染者的亚型分布以CRF01_AE和CRF07_BC为主,但在异性性传播伴有注射吸毒史的感染者中则以CRF07_BC亚型为主。

2013年上海市新发现HIV-1感染者中注射吸毒人群的基因亚型分析

目的:分析2013年上海市新发现的、未经抗病毒治疗的、注射吸毒的人类免疫缺陷病毒-1型(human immunodeficiency virus-1,HIV-1)感染者的基因亚型流行特点,为更好地针对该类人群制定科学有效的艾滋病防治干预措施提供依据。方法:应用反转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增、DNA测序、系统进化树,确定78例2013年本市新发现的注射吸毒HIV-1感染者的病毒亚型,并结合流行病学资料进行分析。结果:在78例标本中,成功获取66例患者的pol基因,扩增率达84.6%。经扩增、测序、判定基因亚型,结果显示,CRF07_BC重组亚型者为47例(71.2%);CRF01_AE重组亚型者为12例(18.2%),CRF08_BC重组亚型、B亚型、C亚型者分别为3例(4.5%)、2例(3.0%)和2例(3.0%)。感染途径不同,CRF07_BC和CRF01_AE重组亚型分布的差异有统计学意义(P=0.02);本市户籍与非本市户籍人口间5种基因亚型分布的差异有统计学意义(P<0.01)。结论:2013年上海市新发现的HIV-1感染者中,注射吸毒人群病毒基因亚型呈现多样性,其中以CRF07_BC占优势,应密切关注该人群,定期对其进行HIV-1亚型监测。

上海市浦东新区HIV-1感染者基因亚型分析

目的了解浦东新区艾滋病病毒1型（HIV-1）感染者的病毒亚型分布特征,为该区制定针对性的艾滋病防治策略和措施提供科学依据。方法采用分层抽样的方法选取浦东新区242例HIV-1感染者的血浆标本,应用反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增,将PCR产物测序分析,确定基因亚型,并结合现场流行病学调查资料进行分析。结果获得186份pol区基因片段,HIV-1亚型分布显示,CRF01AE比例最大,为52.69%,其次为CRF07BC,31.72%,B,5.91%。CRF08BC未在同性性传播者中发现,在异性性传播者中占5.36%。CRF01AE与B亚型重组体在25岁以下年龄组和外地户籍感染者中相对较高,分别为12.20%和6.25%。在同性性传播者中发现2例CRF01AE和CRF07BC的重组体。结论浦东新区HIV感染者HIV-1型流行株呈现多样化的特点,且分布与年龄、户籍、文化程度以及传播途径相关。