上海地区临床实验室运动神经元存活基因外显子缺失项目检测能力的室间质量评价分析

目的利用室间质量评价(EQA)分析上海地区临床实验室运动神经元存活(survival motor neuron,SMN)基因外显子缺失项目的检测能力。方法选用含有不同SMN外显子拷贝数的细胞株基因组DNA作为EQA样本,2023年间共两次,每次随机选取5份发放给上海地区各参评实验室,要求其在规定时间内进行检测并上传结果,依据回报结果统计分析并评价其检测能力。结果两次EQA中SMN1判定结果回报全部正确的实验室分别占100%(38/38)和97.22%(35/36),SMN1第7,8号外显子拷贝数检测的总体符合率分别为96.92%(315/325)和98.18%(324/330),SMN2第7,8号外显子拷贝数检测的总体符合率分别为100%(65/65)和96.56%(43/45)。回报错误结果中包括1例结果判定错误和4例拷贝数检测错误。结论通过筛选出具有不同SMN外显子拷贝数的细胞株基因组DNA可有效模拟临床样本并应用于SMN外显子缺失EQA活动中。回报结果分析显示上海地区临床实验室SMN外显子缺失项目整体符合率较高,但个别实验室检测能力尚待提高。

人类基因组结构变异检测方法及其临床应用

人类基因组结构变异在人类多样性和疾病发生中起着重要作用,许多遗传病都是由染色体结构变异所致。目前临床上对于结构变异检测主要有染色体核型分析、荧光原位杂交等细胞遗传学方法以及拷贝数变异微阵列芯片和拷贝数变异高通量测序等分子遗传学方法等。该文旨在介绍几种人类基因组结构变异检测方法在临床上的应用进展,分析其局限性,并对未来结构变异的临床检测方向进行了展望。

美国投资银行产业:市场行为与市场绩效

20世纪80年代以来,受全球经济一体化、金融一体化、金融自由化等宏观因素变迁与投资银行产业内在因素变化的影响,美国投资银行产业经历了深刻的市场竞争行为的升级历程。文章遵循产业组织理论市场行为———市场绩效基本分析框架与研究路径,对美国投资银行产业20世纪80年代以来的产业运行状况进行了初步的考察与研究。

上海市及其他地区临床实验室B族链球菌核酸检测室间质量评价分析

目的通过开展B族链球菌(group B Streptococcus,GBS)核酸检测室间质量评价计划(简称室间质评),评价参评实验室检测能力,分析存在的问题,提高检测质量。方法2021年GBS核酸检测室间质评计划为一年两次,每次质评计划样本盘包含4支由灭活的GBS培养液稀释而成的不同浓度阳性样本和1支阴性样本。样本冷链寄送至各参评实验室,并要求其在规定时间内按要求检测并回报结果,依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同样本的总体符合率。结果2021年两次室间质评分别有33家实验室报名参加,收到有效报告31份和32份。所有实验室室间质评成绩均合格,两次结果完全正确的实验室分别有87.10%(27/31)和96.88%(31/32),样本的总体符合率为97.42%(151/155)和99.38%(159/160)。结果汇总中共出现检测错误5例,错误类型集中表现为假阴性。结论各参评实验室GBS核酸检测能力总体较高,个别实验室检测能力尤其是弱阳性样本检测能力有待提高。通过参加室间质评计划能帮助实验室及时发现问题并持续改进以提高检测质量。

高通量测序技术在无创产前筛查中的临床应用及研究进展

介绍了母体外周血中胎儿游离DNA(cff DNA)及其发现后聚合酶链反应(PCR)技术在产前诊断中的应用。重点从测序技术、数据分析和解读、临床应用现状及质量控制几个方面介绍了新一代高通量测序技术在产前筛查中的研究进展和临床应用,并对高通量测序技术在产前筛查母体癌症检测中的应用作了简单介绍。

上海地区氯吡格雷药物代谢基因检测室间质量评价

目的通过开展氯吡格雷药物代谢基因——细胞色素P450 2C19(CYP2C19)*2、*3、*17位点检测室间质量评价(简称室间质评)项目,评估参评临床实验室的检测能力及存在的问题。方法 2015年2次室间质评样本盘均分为2组,每组各包含5支样本。要求参评实验室收到样本后在规定时间内检测样本并网上上报检测结果。依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同位点的总体符合率,并分析检测方法和试剂的符合率。结果 2015年2次室间质评分别收到16份和17份有效回报结果,成绩满分的实验室分别占93.75%和88.24%,CYP2C19*2、*3和*17检测总符合率分别为95.00%、95.00%、100.00%和98.82%、98.82%、95.00%。2次室间质评中,使用自配试剂进行检测的实验室分别占37.5%和35.3%,满分实验室占83.33%和83.33%。使用注册试剂检测实验室成绩为满分的分别占100%和90.91%。结论各实验室在CYP2C19基因各位点检测总体准确率很高,但个别实验室检测能力有待提高。临床实验室的质量控制对于保证检测结果准确性具有十分重要的作用。

CYP3A5基因检测质控品制备及其应用研究

目的通过构建体外质粒DNA作为质控样品开展他克莫司代谢基因——细胞色素P450 3A5(CYP3A5)基因检测室间质量评价计划(简称室间质评),评估参评实验室检测能力及存在的问题,提高临床实验室CYP3A5基因的检测质量。方法利用基因工程技术体外构建含CYP3A5*3(rs776746)位点上、下游序列的重组质粒,筛选CYP3A5*3 AA和GG基因型分别作为野生型和突变型样品,两者等比例混合后作为杂合突变型样品,并制备质控样品盘开展室间质量评价。依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同样品的总体符合率,并分析不同检测方法的符合率和检测错误类型。结果体外构建的重组质粒经Sanger测序验证分别含CYP3A5*3位点野生型和突变型序列。2017年两次室间质评中成绩满分的实验室分别为93.33%(14/15)和100%(17/17)。两次室间质评中,样品检测的总体符合率分别为96%(72/75)和100%(85/85)。荧光分子杂交法检测的样品符合率均为100%; Sanger测序法检测样品符合率为90%(27/30)和100%(40/40)。结论制备的质控样品能够有效监测试剂检测性能,具有良好的适用性。各实验室在CYP3A5*3基因位点检测总体准确率较高,但个别实验室检测能力有待提高。室间质评计划能帮助实验室发现检测中存在的问题,提高检测质量。

上海地区遗传性耳聋基因检测室间质量评价

目的通过开展遗传性耳聋基因检测室间质量评价(EQA),评估上海地区临床实验室遗传性耳聋基因检测能力,以提高检测质量。方法 2017年EQA共涉及4个耳聋相关基因的9个突变位点,样本盘包含5个样本,样本类型为干血斑。要求参评实验室收到样本后在规定时间内检测并上报检测结果。计算各实验室成绩、不同样本的总体符合率及不同检测方法的符合率,统计检测错误类型。结果共收到18份有效回报结果。77.78%的实验室回报结果完全正确,5.56%的实验室出现错误结果但总成绩合格,16.67%的实验室成绩不合格。阴性样本(野生型样本)的检测符合率为100%,阳性样本(突变型样本)的检测符合率为93.59%。共出现检测错误10个,错误类型集中表现为假阴性。结论上海地区临床实验室遗传性耳聋基因检测总体准确率较高,质量控制对于保证检测结果的准确性具有十分重要的作用。

人乳头瘤病毒16和18型核酸检测用质控品制备及其应用

目的制备可模拟真实临床标本的HPV-16和HPV-18核酸检测用质控品,并用于上海地区临床实验室的室间质量评价。方法分别选择整合有HPV-16和HPV-18 L1基因的宫颈癌细胞系(Siha和Hela)进行培养,收集细胞后用HPV国际标准品定值并分装,对其均匀性和稳定性进行评价,然后将样本盘发送至参评实验室,对回报结果进行分析评价。结果均匀性评价结果显示质控品间均匀性良好,稳定性评价结果表明质控品检测结果随时间延长无明显趋势变化。参评实验室对高浓度样本的检测符合率较高,低浓度样本的检测符合率较低。对于不分型项目,26%参评实验室由于上报假阴性结果导致出错。对于分型项目,不同检测方法的结果间没有显著差异,样本检测出错主要是因为错检或漏检某一亚型所致。结论制备的核酸检测用质控品的均匀性和稳定性良好,可有效用于临床实验室室间质量评价。质评结果显示上海地区参评实验室HPV核酸检测质量整体较好,个别实验室检测能力尚需提高。

载脂蛋白E基因分型检测室间质量评价计划制定与实施

目的制定并实施载脂蛋白E(ApoE)基因分型检测室间质量评价计划(简称室间质评),评估临床实验室该项目检测水平,提高临床实验室相关项目的检测质量。方法针对ApoE基因的2个单核苷酸多态性(SNP)位点rs429358和rs7412检测制定室间质评(1年2次)计划。将5支室间质评物品随机编号,经冷链运送至各参评实验室,各参评实验室根据SNP检测结果报告ApoE分型结果。对回报结果进行统计分析。结果2次室间质评回报结果全部正确的实验室分别占93.75%(30/32)和100.00%(31/31);室间质评物品检测的总体符合率分别为99.38%(318/320)和100.00%(310/310);基因分型总体符合率分别为97.5%(156/160)和100.00%(155/155)。回报错误结果中包括2例SNP检测错误和4例分型结果判定错误。结论ApoE基因分型检测总体准确率较高,但实验室相关遗传学分析能力有待提高。

上海地区苯丙酮尿症基因检测室间质量评价

目的通过开展苯丙酮尿症基因检测室间质量评价计划(简称室间质评),评估参评实验室检测能力,提高检测质量。方法2019年室间质评计划为1年2次,共包含苯丙氨酸羟化酶基因(phenylalanine hydroxylase,PAH)的4个致病变异位点,涉及错义变异和剪接变异2种类型。样本盘包含5支样本,类型为干血斑。要求参评实验室收到样本后在规定时间内检测样本并网络上报检测结果。依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同样本的总体符合率,并分析致病变异位点检测及结果报告错误类型。结果2次室间质评分别收到3份和2份有效回报结果,成绩合格的实验室分别为1家和2家。2次室间质评中,样本检测结果的总体符合率分别为60%(9/15)和100%(10/10)。结果汇总中共出现检测错误6例,错误的类型集中表现为假阴性。剪接变异的检出符合率明显低于错义变异。结论临床实验室在苯丙酮尿症遗传基因致病变异检测及结果分析报告方面能力有待提高。通过参加室间质评计划能帮助实验室发现检测中存在的问题,提高检测质量。

HCV核糖核酸国家二级标准物质的研制

目的研制HCV RNA国家二级标准物质。方法用HCV阴性血清将阳性血清稀释至浓度约3.0×10^5IU/m L,按每支1 m L分装,真空冷冻干燥。制备后进行均匀性和稳定性检验,并做临床适用性评价。定值溯源至国际标准物质（编号06/102）。结果均匀性结果显示瓶间不精密度1.77%,瓶内不精密度1.40%（F=1.596 9,P〉0.05）;20～25℃稳定14 d,2～8℃稳定2个月,-20℃稳定12个月（P〉0.05）;37℃不稳定（P〈0.05）。开瓶后放置7 d、反复冻融5次和模拟运输后检测值与对照组（-20℃保存）比较,差异无统计学意义（P〉0.05）。定值为（1.9±0.9）×10^5IU/m L。结论制备物达到了国家二级标准物质的要求,可以作为核酸扩增检测的HCV RNA标准物质。

环介导等温扩增技术快速检测沙眼衣原体

目的建立一种新的简单、快速检测沙眼衣原体(CT)的环介导等温扩增(LAMP)技术。方法采用Primer Explorer V4软件,针对CT隐蔽性质粒基因保守区域设计4重引物(2重内游引物,2重外游引物),并对LAMP反应体系和反应条件进行优化,评价其敏感性和特异性,将其与实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)对临床样本的检测结果进行比较。结果建立的LAMP技术特异性高,与其他常见菌株检测无交叉反应;敏感性高(100拷贝/μL)。用建立的LAMP技术与实时荧光定量PCR对90例临床样本进行检测,检测结果为阳性40例、阴性50例,二者符合率为100%。结论成功建立了检测CT隐蔽性质粒基因的LAMP技术,为CT的快速检测提供了新的手段。

上海地区表皮生长因子受体基因突变检测室间质量评价

目的分析上海地区临床实验室表皮生长因子受体(EGFR)基因突变检测项目室间质量评价(EQA)的总体情况,对存在问题进行分析,以确保检测质量。方法 2016年2次EQA样本盘各包含5份样本,要求各参评实验室在规定时间内将检测结果上传至上海市临床检验中心数据库。依据回报结果计算各实验室的EQA成绩和样本符合率,并汇总阳性样本和阴性样本的总体符合率。结果 2016年2次EQA分别收到25和30份有效回报结果,分别有20(80%)和26(87%)家实验室检测结果完全正确,分别有0(0%)和1(3%)家实验室EQA成绩<80分;10份样本的符合率最高为100%,最低为88%;阳性样本和阴性样本的总体符合率分别为95.76%和97.27%;复合突变漏检是样本不符合的主要原因,达50%(5/10)。结论上海地区临床实验室EGFR基因突变检测总体符合率较高,但仍存在问题,复合突变漏检是主要原因;临床实验室应加强质量控制以保证检测结果的准确性。

表皮生长因子受体(EGFR)基因突变检测质控品制备及应用

目的制备模拟临床样本的表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor EGFR)基因突变检测质控品,评估其临床适用性。方法选择含EGFR不同突变位点和无EGFR突变位点细胞,培养收集后制作成蜡卷。用三种临床常用试剂盒检测,并评估其均一性和稳定性。将含不同突变型5份样本的样本盘,随机编码后发送至参评实验室,评价回报结果。结果三种不同试剂检测样本盘结果一致。结果显示质控品均匀,室温放置可稳定12个月。28家实验室5个样本符合率分别为92.88%,96.43%,78.57%,96.43%和100%,突变型样本和野生型样本的符合率分别为91.07%(102/112)和100%(28/28)。结论研制的EGFR基因突变质控品具有较好的临床适用性,可用于室内质量控制和室间质量评价。

乙型肝炎病毒DNA二级标准物质的研制

目的：研制乙型肝炎病毒（HBV）DNA血清二级国家标准物质。方法用HBV阴性血清将阳性血清稀释为1.00×106 IU/mL，以1.5 mL/支分装。评价采用Roche COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan 48检测系统。制备后评价基质互通性；抽取制备物30支，每支检测2次，评价均匀性；检测室温14 d、37℃7 d、45℃3 d、2～8℃6个月和-20℃12个月的稳定性；评价反复冻融15次、开瓶后放置7 d和模拟运输后的稳定性。定值通过溯源至国家一级标准物质（GBW09150），不确定度包括不均匀性引入的不确定度、长期稳定性引入的不确定度和定值时引入的不确定度。结果基质互通性实验表明制备物测定的均值在临床新鲜样本95%可信区间内；均匀性实验表明批间不精密度为2.04%，批内不精密度为1.98%（F=1.0524， P〈0.05）；室温14 d、37℃7 d、45℃3 d、2～8℃6个月和-20℃12个月的检测结果与第0天/月比较，采用直线拟合法分析，差异无统计学意义（P〈0.05）；反复冻融15次、开瓶后放置7 d和模拟运输（至2家实验室）的检测结果与对照组（-20℃）比较，差异无统计学意义（t=0.46、-0.35、1.53、0.75，P〈0.05）。制备物定值为（2.5±0.9）×106 IU/mL。结论制备物达到了国家二级标准物质的要求，可用作核酸扩增检测的HBV DNA标准物质。

上海地区乙型肝炎病毒DNA检测正确度验证结果分析

目的分析上海地区2017年乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸(HBV DNA)正确度验证结果,了解上海地区HBV DNA的检测质量。方法收集临床实验室检验剩余样本,制备低、高2个浓度样本。要求临床实验室在3个不同工作日检测,每批次重复检测3次,通过网络回报结果。采用国家二级标准物质对调查样本进行赋值,分析不同试剂组的组内变异系数(CV)和偏移以及各临床实验室的室内CV和偏移。结果通过赋值,2个正确度样本的定值分别为5.96×10^3IU/mL和4.34×10^5IU/mL。2个样本不同试剂组组内CV为4.49%~8.87%和2.64%~4.55%,检测结果与靶值的偏移为-5.52%^-18.06%和-2.19%^-7.79%。2个样本室内CV为1.28%~7.59%和0.53%~4.09%;偏移为-1.88%^-26.66%和0.02%^-11.21%。2个样本的符合率分别为37.93%(11/29)和65.52%(19/29)。结论上海地区临床实验室HBV DNA检测重复性较好,但正确度水平还需改进。

上海地区伊立替康药物代谢相关基因检测室间质量评价结果分析

目的以抽取自人全血的基因组DNA为质控样本,开展伊立替康代谢相关基因室间质量评价(EQA)计划,评估参评实验室检测能力,提高其检测质量。方法通过对人类基因组DNA的测序,获得包含多种尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶1A1(UGT1A1)*6和UGT1A1*28不同基因型组合的样本,制备EQA质控样本盘。每个样本盘包含5支样本,要求参评实验室收到样本后在规定时间内检测,并上传检测结果。汇总各实验室各样本的总体符合率,分析不同检测方法的符合率和检测错误类型。结果2019年2次EQA中,满分的实验室分别占88.00%(22/25)和86.36%(19/22),样本检测的总符合率分别为96.33%(236/245)和96.74%(208/215);其中,荧光分子杂交法样本符合率均为100.00%,Sanger测序法样本符合率分别为91.82%(101/110)和93.00%(93/100)。结论参评实验室检测的总体准确率较高,但个别实验室检测能力仍有待提高,尤其是需加强实验室自建的Sanger测序法的全程质量控制。

乙型肝炎病毒YMDD突变室间质量评价调查品制备及应用

目的制备乙型肝炎病毒(HBV)YMDD突变室间质量评价(EQA)调查品,评估上海地区临床实验室检测HBV YMDD突变的能力。方法筛选HBV DNA>5×104 IU/ML的临床样本,经稀释制成含HBV YMDD不同突变类型的样本盘。采用实时荧光聚合酶链反应(PCR)、高温连接酶反应(LDR)和测序法筛选EQA候选样本,并采用PCR评估样本均匀性和稳定性。2017年2次EQA各制备5份样本,要求参评实验室在规定时间内检测样本并上报检测结果。对回报结果进行分析。结果 2017年2次EQA分别收到12份和10份有效回报结果,66.67%的实验室检测结果完全正确。HBV YIDD、YVDD、YIDD+YVDD和YMDD不同突变样本的检测符合率分别为90.63%、86.36%、77.27%和88.24%。结论制备的调查品均匀、稳定,可用于EQA;部分临床实验室HBV YMDD突变检测能力尚需提高,应加强质量控制以保证检测结果的准确性。

3种HLA-B5801诊断试剂盒性能评估研究

目的分析3种不同厂家的HLA-B*5801基因分型试剂盒的检测性能,并探讨性能差异的原因。方法收集HLA-B*5801分型明确的临床样本70例,参照美国临床实验室标准化协会(CLSI)EP12-A2文件评估3种检测试剂盒的灵敏度、特异度及符合率并对试剂盒检测下限进行验证。结果3种诊断试剂盒检测结果表明,阳性样本结果一致性较高,阴性样本检测结果存在差异。3种试剂盒灵敏度均为100%;特异度分别为:100%、100%、75%;检测下限均可达到试剂盒说明书声称的最低值。结论3种诊断试剂盒性能存在一定差异,其中两种试剂盒灵敏度和特异度均较高,另一种试剂盒出现假阳性结果。