目的通过生物信息学方法与实验验证挖掘结肠癌发生发展中的关键基因,预测可用于诊断结肠癌(colorectal cancer,CRC)的生物标志物。方法从TCGA数据库中获取结肠癌转录组数据,用edgR,Deseq2和limma3个R包分析癌组织与癌旁组织的差异性,将...目的通过生物信息学方法与实验验证挖掘结肠癌发生发展中的关键基因,预测可用于诊断结肠癌(colorectal cancer,CRC)的生物标志物。方法从TCGA数据库中获取结肠癌转录组数据,用edgR,Deseq2和limma3个R包分析癌组织与癌旁组织的差异性,将得到的差异基因进行Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)分析。通过STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络后,置于Cytoscape软件中进行可视化及核心基因筛选。利用R包对核心基因进行Kaplan-Meier单因素生存分析,通过qRT-PCR对13对结肠癌及配对癌旁组织中各核心基因的表达进行检测。结果研究共获得1645个差异基因,其中712个上调,933个下调。上调基因主要富集在类风湿性关节炎、IL-17信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、Wnt信号通路、Hippo信号通路。下调基因主要富集在矿物质吸收、神经活性配体-受体相互作用、CAMP信号通路、胆汁分泌、碳酸氢盐在肾单位近曲小管重吸收等通路。研究共获得10个核心基因:CXCL8、CXCL1、CXCL12、CXCL5、CSF2、CXCL2、CXCL3、CXCL11、CCL19和CCL13。生存分析显示CXCL8、CXCL5、CSF2、CCL13、CCL19、CXCL12与结肠癌预后相关,qRT-PCR检测结果证实CXCL8、CXCL5和CSF2结肠癌及癌旁组织中的表达有明显差异。结论结肠癌发生发展过程中CXCL8、CXCL5和CSF2基因存在表达变化,可能在结肠癌的发生发展中起关键作用。展开更多
目的探讨综合应用多排螺旋CT血管成像(MSCTA)多种重建方法对腹主动脉瘤(AAA)进行术前影像学评估的临床应用价值。方法回顾分析2009年6月至2010年5月共75例AAA患者的MSCTA资料,并对比分析其中61例成功实施血管腔内修复(EVAR)术患者的MSCT...目的探讨综合应用多排螺旋CT血管成像(MSCTA)多种重建方法对腹主动脉瘤(AAA)进行术前影像学评估的临床应用价值。方法回顾分析2009年6月至2010年5月共75例AAA患者的MSCTA资料,并对比分析其中61例成功实施血管腔内修复(EVAR)术患者的MSCTA及术中DSA资料。应用容积再现(VRT)、多平面重建(MPR)、最大密度投影(MIP)和曲面重建(CPR)分别测量EVAR术相关各解剖学数据,并对照DSA测量数据,比较各测量值之间的差异。结果①12例(12/75,16.0%)行外科腹主动脉人工血管置换术,2例(2/75,2.7%)临床定期随诊,未行手术治疗,61例(61/75,81.3%)行EVAR术治疗。②行EVAR术治疗的61例患者中,Ⅰ型仅2例(3.2%,2/61);Ⅱ型44例(72.3%,44/61),其中Ⅱa型27例、Ⅱb型11例、Ⅱc型6例;Ⅲ型15例(24.5%,15/61)。③对比61例行EVAR术病例的术中DSA数据和MSCTA数据,近端瘤颈长度、内径,瘤体长度,远端瘤颈长度、内径,髂总动脉长度、内径等各测量值差异分析显示差异无统计学意义(F=0.006~0.427,P=0.653~0.999),以DSA测量值为参考标准,应用Bland And Altman方法计算3种重建方法测量数值的偏倚在0.00~1.70。结论采用VRT重建图像观察AAA与腹主动脉及其分支的解剖关系,MPR重建图像测量血管内径,MIP重建图像测量血管长度和血管走行角度,CPR重建图像观察血管及分支管腔内及管壁情况,合理应用MSCTA多种重建方法可以准确、直观显示AAA的形态学变异、腔内精确结构及分支血管关系,精确测量AAA与治疗相关的主要径线,为临床治疗方法的选择提供有力依据,具有显著的临床应用价值。展开更多
文摘目的通过生物信息学方法与实验验证挖掘结肠癌发生发展中的关键基因,预测可用于诊断结肠癌(colorectal cancer,CRC)的生物标志物。方法从TCGA数据库中获取结肠癌转录组数据,用edgR,Deseq2和limma3个R包分析癌组织与癌旁组织的差异性,将得到的差异基因进行Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)分析。通过STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络后,置于Cytoscape软件中进行可视化及核心基因筛选。利用R包对核心基因进行Kaplan-Meier单因素生存分析,通过qRT-PCR对13对结肠癌及配对癌旁组织中各核心基因的表达进行检测。结果研究共获得1645个差异基因,其中712个上调,933个下调。上调基因主要富集在类风湿性关节炎、IL-17信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、Wnt信号通路、Hippo信号通路。下调基因主要富集在矿物质吸收、神经活性配体-受体相互作用、CAMP信号通路、胆汁分泌、碳酸氢盐在肾单位近曲小管重吸收等通路。研究共获得10个核心基因:CXCL8、CXCL1、CXCL12、CXCL5、CSF2、CXCL2、CXCL3、CXCL11、CCL19和CCL13。生存分析显示CXCL8、CXCL5、CSF2、CCL13、CCL19、CXCL12与结肠癌预后相关,qRT-PCR检测结果证实CXCL8、CXCL5和CSF2结肠癌及癌旁组织中的表达有明显差异。结论结肠癌发生发展过程中CXCL8、CXCL5和CSF2基因存在表达变化,可能在结肠癌的发生发展中起关键作用。
文摘目的探讨综合应用多排螺旋CT血管成像(MSCTA)多种重建方法对腹主动脉瘤(AAA)进行术前影像学评估的临床应用价值。方法回顾分析2009年6月至2010年5月共75例AAA患者的MSCTA资料,并对比分析其中61例成功实施血管腔内修复(EVAR)术患者的MSCTA及术中DSA资料。应用容积再现(VRT)、多平面重建(MPR)、最大密度投影(MIP)和曲面重建(CPR)分别测量EVAR术相关各解剖学数据,并对照DSA测量数据,比较各测量值之间的差异。结果①12例(12/75,16.0%)行外科腹主动脉人工血管置换术,2例(2/75,2.7%)临床定期随诊,未行手术治疗,61例(61/75,81.3%)行EVAR术治疗。②行EVAR术治疗的61例患者中,Ⅰ型仅2例(3.2%,2/61);Ⅱ型44例(72.3%,44/61),其中Ⅱa型27例、Ⅱb型11例、Ⅱc型6例;Ⅲ型15例(24.5%,15/61)。③对比61例行EVAR术病例的术中DSA数据和MSCTA数据,近端瘤颈长度、内径,瘤体长度,远端瘤颈长度、内径,髂总动脉长度、内径等各测量值差异分析显示差异无统计学意义(F=0.006~0.427,P=0.653~0.999),以DSA测量值为参考标准,应用Bland And Altman方法计算3种重建方法测量数值的偏倚在0.00~1.70。结论采用VRT重建图像观察AAA与腹主动脉及其分支的解剖关系,MPR重建图像测量血管内径,MIP重建图像测量血管长度和血管走行角度,CPR重建图像观察血管及分支管腔内及管壁情况,合理应用MSCTA多种重建方法可以准确、直观显示AAA的形态学变异、腔内精确结构及分支血管关系,精确测量AAA与治疗相关的主要径线,为临床治疗方法的选择提供有力依据,具有显著的临床应用价值。