目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨川牛膝治疗继发性闭经(secondary amenorrhea, SA)的作用机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TC...目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨川牛膝治疗继发性闭经(secondary amenorrhea, SA)的作用机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索川牛膝的活性成分及作用靶点,从GeneCards数据库获取SA的疾病靶点,采用R软件得到两者的交集靶点。借助STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,通过Cytoscape 3.8.2软件进行聚类分析和拓扑分析从而筛选核心靶点。应用R软件进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析(P<0.05)。最后,采用Autodock Vina软件进行分子对接验证。结果:川牛膝活性成分4个,即槲皮素、β-谷甾醇、甜菜素、红苋甾酮;川牛膝作用靶点178个,SA相关靶点1 366个,两者的交集靶点56个;基于Network Analyzer插件的拓扑分析筛选得到9个核心靶点,包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(serine/threorine protein kinase, AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen activated protein kinase 1,MAPK1)、雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)等。GO功能分析主要涉及对类固醇激素的反应、活性氧代谢过程、上皮细胞增殖等;KEGG通路135条,主要包括HIF-1信号通路、内分泌抵抗、雌激素信号通路等。分子对接显示,活性成分(槲皮素、β-谷甾醇)与核心靶点(AKT1、MAPK1)具有较好的结合活性。结论:川牛膝治疗SA具有多成分、多靶点、多途径的特点,其可能通过槲皮素、β-谷甾醇等成分作用于AKT1、MAPK1、ESR1等靶点,调控雌激素信号通路、内分泌抵抗等通路。展开更多
文摘目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨川牛膝治疗继发性闭经(secondary amenorrhea, SA)的作用机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索川牛膝的活性成分及作用靶点,从GeneCards数据库获取SA的疾病靶点,采用R软件得到两者的交集靶点。借助STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,通过Cytoscape 3.8.2软件进行聚类分析和拓扑分析从而筛选核心靶点。应用R软件进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析(P<0.05)。最后,采用Autodock Vina软件进行分子对接验证。结果:川牛膝活性成分4个,即槲皮素、β-谷甾醇、甜菜素、红苋甾酮;川牛膝作用靶点178个,SA相关靶点1 366个,两者的交集靶点56个;基于Network Analyzer插件的拓扑分析筛选得到9个核心靶点,包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(serine/threorine protein kinase, AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen activated protein kinase 1,MAPK1)、雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)等。GO功能分析主要涉及对类固醇激素的反应、活性氧代谢过程、上皮细胞增殖等;KEGG通路135条,主要包括HIF-1信号通路、内分泌抵抗、雌激素信号通路等。分子对接显示,活性成分(槲皮素、β-谷甾醇)与核心靶点(AKT1、MAPK1)具有较好的结合活性。结论:川牛膝治疗SA具有多成分、多靶点、多途径的特点,其可能通过槲皮素、β-谷甾醇等成分作用于AKT1、MAPK1、ESR1等靶点,调控雌激素信号通路、内分泌抵抗等通路。
