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QTL Mapping for Quality Traits of Chinese Dry Noodle 被引量:3
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作者 ZHAO Jing-lan CHEN Min-sheng +4 位作者 MA Yan-ming li Rui-jun REN Yong-pan SUN Qing-quan li si-shen 《Agricultural Sciences in China》 CAS CSCD 2009年第4期394-400,共7页
The QTLs for quality traits of Chinese dry noodle (CDN) were mapped based on a population of recombinant inbred lines (RILs) derived from the cross between two Chinese winter wheat varieties, Chuan 35050 and Shann... The QTLs for quality traits of Chinese dry noodle (CDN) were mapped based on a population of recombinant inbred lines (RILs) derived from the cross between two Chinese winter wheat varieties, Chuan 35050 and Shannong 483. Sensory quality traits of CDN were tested according to the standard of Ministry of Commerce of P.R.China (SB/T 10137-93), and the textural property traits were detected using a texture analyser (TA.XTplus). We have obtained 8 putative QTLs for 6 sensory quality traits and 2 QTLs for textural property of CDN with a single QTL explainning 4.07-75.67% of phenotypic variations on chromosomes 1A, 1 D, 3D, 4A, and 6D. A cluster of 3 QTLs for palate, elasticity and smoothness of CDN was found near the Glu-D I locus on chromosome 1D with high contributions, The increasing effect come from Chuan 35050, and the relationship between the QTLs were positive. On chromosome 4A, co-location QTLs for stickiness and total score were detected in the region of Xwmc420-Xswes620-Xswes615. Their contributions were high and the increasing effects come from Shannong 483. A taste QTL QStas.sdau-4A.1 was obtained in Xsrap18-Xswes624c-Xissr25b-Xissr23b on chromosome 4A with the highest contribution of 75.67%. This QTL was a major gene and the increasing effects come from Shannong 483. 展开更多
关键词 WHEAT NOODLE quality trait textural property QTL RIL
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QTL Detection and Epistasis Analysis for Heading Date Using Single Segment Substitution Lines in Rice(Oryza sativa L.)
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作者 li Guang-xian CHEN Ai-hua +6 位作者 liU Xu WANG Wen-ying DING Han-feng li Jun liU Wei li si-shen YAO Fang-yin 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2014年第11期2311-2321,共11页
Heading date of rice is a key agronomic trait determining cultivated areas and seasons and affecting yield. In the present study, ifve primary single segment substitution lines with the same genetic background were us... Heading date of rice is a key agronomic trait determining cultivated areas and seasons and affecting yield. In the present study, ifve primary single segment substitution lines with the same genetic background were used to detect quantitative trait loci (QTLs) for heading date in rice. Two QTLs, qHD3 and qHD6 on the short arm of chromosome 3 and the short arm of chromosome 6, respectively, were identiifed under natural long-day (NLD). Nineteen secondary single segment substitution lines (SSSLs) and seven double segments pyramiding lines were designed to map the two QTLs and to evaluate their epistatic interaction between them. By overlapping mapping, qHD3 was mapped in a 791-kb interval between SSR markers RM3894 and RM569 and qHD6 in a 1 125-kb interval between RM587 and RM225. Results revealed the existence of epistatic interaction between qHD3 and qHD6 under natural long-day (NLD). It was also found that qHD3 and qHD6 had signiifcant effects on plant height and yield traits, indicating that both of the QTLs have pleiotropic effects. 展开更多
关键词 rice (Oryza sativa L.) single segment substitution lines heading date EPISTASIS
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小麦成熟期产量及钾效率相关性状的全基因组关联分析 被引量:4
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作者 徐易如 赵艳艳 +4 位作者 孙福来 郭营 赵岩 李斯深 孔凡美 《植物营养与肥料学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1081-1090,共10页
【目的】探明不同钾供应条件下控制产量及钾效率相关性状的稳定的显著关联分子标记位点,为小麦产量及钾效率相关性状的遗传控制机理研究及相关基因的克隆提供参考。【方法】利用134个小麦品种(系)组成的群体为试验材料,设置正常供钾(T1... 【目的】探明不同钾供应条件下控制产量及钾效率相关性状的稳定的显著关联分子标记位点,为小麦产量及钾效率相关性状的遗传控制机理研究及相关基因的克隆提供参考。【方法】利用134个小麦品种(系)组成的群体为试验材料,设置正常供钾(T1)和不施钾(T2)两个处理,进行了2年田间试验(E1、E2)。对小麦成熟期株高、穗长、穗粒数及钾吸收、利用效率等23个性状进行了表型鉴定,分别定义了同年同一处理和同一处理两年平均共6个环境平均值。采用GLM+Q一般线性模型和MLM+K+Q混合线性模型相结合的方法,利用群体差异SNP分子标记(90K SNP芯片)对小麦产量和钾效率相关性状进行全基因组关联分析。【结果】与正常钾处理相比,不施钾处理条件下籽粒钾利用效率显著升高,单株钾累积量、单株钾含量及总小穗数等性状显著降低。供试小麦各性状的群体变异系数为6.98%~350.38%,有14个性状的遗传力在50%以上,以株高的遗传力最高(92.03%)。利用保留的7485个多态性好的群体差异(SNP)进行了全基因组关联分析,共检测到1420个分子标记位点与供试23个性状在P≤0.001水平存在显著关联,分布在21条染色体上。有1097个(77.25%)分子标记位点仅在一个关联分析环境中被检测到;能在至少两个关联分析环境中被检测到的相对稳定分子标记位点有323个,其中113个位点与钾效率相关性状有关,Tdurumcontig26281139、Kukric3072053等分子标记位点可以提高钾吸收效率,Exc19038571、BS0003914851等分子标记位点能够提高钾利用效率。在至少4个关联分析环境中被检测到的位点有22个,分别与株高、千粒重、穗粒数等5个性状相关。与株高和千粒重显著关联的分子标记位点RFLContig40692628和BS0000363251可同时在全部6个关联分析环境中检测到,平均贡献率为9.59%和13.66%,环境稳定性非常好,与株高的降低和千粒重的提高显著关联。【结论】不同钾供应水平下与产量及钾效率相关性状显著关联的分子标记位点存在显著差异,77.25%的分子标记位点仅在特定环境下被检测到。但也有22个显著关联分子标记位点(涉及9个产量及钾效率相关性状)在至少4个关联分析环境(共6个环境)下被检测到,形成高频表达分子标记位点。其中与株高和千粒重分别显著关联的两个分子标记位点在所有6个关联分析环境中均稳定被检测到,能显著降低株高和提高千粒重。这些分子标记位点的相关基因对相关性状的调控效应受钾处理环境影响小,具有较高的理论和应用价值,值得深入研究。 展开更多
关键词 小麦 关联分析 产量 钾效率
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小麦产量及氮效率相关性状的全基因组关联分析 被引量:3
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作者 张鹏霞 周秀文 +4 位作者 梁雪 郭营 赵岩 李斯深 孔凡美 《植物营养与肥料学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期991-1003,I0001-I0015,共28页
【目的】探明控制产量及氮效率相关性状的稳定基因关联位点,为高产和氮素高效小麦育种及养分管理提供参考。【方法】采用134个小麦品种(系)为试验材料,依据小麦产量水平600和400 kg/hm^(2)的需氮量设置正常氮(T1)和低氮(T2)2个处理,进行... 【目的】探明控制产量及氮效率相关性状的稳定基因关联位点,为高产和氮素高效小麦育种及养分管理提供参考。【方法】采用134个小麦品种(系)为试验材料,依据小麦产量水平600和400 kg/hm^(2)的需氮量设置正常氮(T1)和低氮(T2)2个处理,进行了2年田间试验,共形成4个处理环境。对小麦成熟期与产量及氮效率相关的14个性状进行了表型鉴定,采用GLM+Q一般线性模型和MLM+K+Q混合线性模型相结合的方法,利用群体差异S NP分子标记(90 K SNP芯片)对小麦产量和氮效率相关性状进行全基因组关联分析。【结果】与正常氮处理相比,低氮处理条件下小麦籽粒产量、秸秆产量显著下降;所有性状的遗传力均在75%以上,其中小穗数的遗传力最高(95.12%)。利用9329个SNP标记进行关联分析,共检测到382个SNP标记位点与供试14个性状存在显著关联(P≤0.001),分布在21条染色体上。有305个(79.84%)SNP标记位点仅在一个关联分析环境中被检测到;有77个位点在至少两种处理环境(包含平均值环境)中被检测到与同一性状显著关联(稳定关联标记)。其中9个SNP标记位点在至少3个环境中被检测到。在4个环境下(包括平均值环境)均检测到的稳定关联位点有4个:BobWhite_c47168_598、Kukri_c31599_1456、wsnp_CAP11_c1761_958064和Excalibur_c62826_254,分别与穗粒数、籽粒氮含量和小穗数显著关联;同时与至少3个性状显著关联的SNP标记位点共12个,分别位于2A、3A、4A、5B和7B染色体上,贡献率为11.14%~22.97%,其中,标记BobWhite_c47168_598和Kukri_c31599_1456还分别定位了两个多环境(4种环境)稳定位点。根据12个与多性状共同定位位点和4个多环境(4个环境)稳定位点关联的SNP标记位置获得稳定位点附近区域的基因(基于LD block等方式估算的区间大小),使用NCBI中CDD工具和EnsemblPlants网站对这些基因进行基因功能注释,根据功能注释,共得到10个与产量和氮效率性状相关的候选基因。【结论】氮供应水平对小麦成熟期产量和氮效率相关性状均有显著影响,氮素累积量与小麦产量显著正相关。本试验中检测到的与产量及氮效率相关性状显著关联的位点中,79.84%的SNP标记位点仅在一个氮处理环境中出现,环境稳定性较差;4个位点在4个环境条件下均被检测到,环境稳定性较好;12个SNP标记位点同时与至少3个性状显著关联,涉及性状均为产量及氮效率相关性状,反映了籽粒产量与氮素效率之间的显著相关关系,也可能是同时控制这些性状的遗传热点位点。根据这些热点位点和环境稳定性好的位点筛选到10个与产量及氮效率相关性状有关候选基因,值得深入探讨。 展开更多
关键词 小麦 全基因组关联分析 产量 氮效率
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小麦苗期钾效率相关性状的全基因组关联分析 被引量:1
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作者 张艳霞 赵艳艳 +3 位作者 郭营 赵岩 李斯深 孔凡美 《植物营养与肥料学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期699-709,共11页
【目的】深入探究小麦钾效率的遗传基础,定向培育钾高效小麦品种是缓解我国钾肥资源短缺的重要途径。本文拟对不同钾处理条件下小麦苗期钾效率相关性状进行鉴定,并进行差异分子标记关联分析,筛选与钾效率紧密关联的分子标记,为钾效率相... 【目的】深入探究小麦钾效率的遗传基础,定向培育钾高效小麦品种是缓解我国钾肥资源短缺的重要途径。本文拟对不同钾处理条件下小麦苗期钾效率相关性状进行鉴定,并进行差异分子标记关联分析,筛选与钾效率紧密关联的分子标记,为钾效率相关基因的克隆及其在育种中的应用奠定基础。【方法】本研究以不同小麦品种(134份)为试验材料,于2014年和2015年,在山东农业大学温室内进行了营养液培养试验。设置正常供钾和低钾水平两个处理,7cm高、7日龄的幼苗在黑暗中生长28天后收获。将幼苗分为地上部和根部,测定植株干重(生物量)、钾含量,计算植株钾累积量、根冠生物量比和钾累积量比和钾利用效率。分析低钾处理对生物量及钾效率相关性状的影响,并以该群体检测到的15230个差异SNP标记为基础,用TASSEL5.0软件中的GLM模型和MLM模型对钾效率相关性状数据进行标记.性状的关联分析,以确定小麦苗期钾效率稳定关联的分子标记位点。【结果】与正常钾处理相比,低钾处理下植株根、冠及全株钾含量及积累量均显著下降,而根冠生物量比、根冠和全株钾利用率均显著增加。关联分析共获得了1300个关联分子标记,其中1102个标记被定位在19条染色体上,这些分子标记绝大多数仅在特定环境条件下被检测到,三个环境下均可检测到的相对稳定的分子标记位点仅有3个,分别为Excalibur_c14273_1407、Ku_c11150_773、BS00094893_51。同时,试验筛选出4个性状簇集位点标记,这些位点同时与6~7个性状存在显著关联,分别为Excalibur_c8670_972、wsnp_Ex_c12887_20426781、wsnp_Ku_c13311_21255428、IACX5989。【结论】低钾处理对小麦苗期生长及钾效率相关性状遗传控制位点有显著影响,低钾处理下与生物量和钾效率相关性状显著关联的分子标记绝大多数在同一个钾处理环境中被检测到,因此不同钾处理环境下这些性状可能由截然不同的基因控制。试验检测到4个至少与6个性状同时显著关联的热点分子标记位点,这些位点与小麦苗期多个生物量及钾效率相关性状均存在显著关联,可能包含重要的基因信息,值得进一步深入研究。 展开更多
关键词 小麦 苗期 钾效率 关联分析
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